ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50571

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O4 A 0, -0.002, 0.026, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.032, 0.130, 0.227, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.130 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.037, 0.136, 0.235, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.136 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.042, 0.146, 0.249, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.146 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.048, 0.166, 0.283, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.166 std_dev=0.118
O5' A 0, 0.048, 0.177, 0.305, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.177 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.030, 0.169, 0.309, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.169 std_dev=0.140
P A 0, 0.047, 0.188, 0.330, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.188 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.059, 0.217, 0.376, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.217 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.079, 0.270, 0.462, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.270 std_dev=0.192
OP2 A 0, 0.039, 0.254, 0.468, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.254 std_dev=0.215
OP1 A 0, 0.050, 0.302, 0.554, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.302 std_dev=0.252
N4 B 0, 0.029, 0.306, 0.583, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.306 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.020, 0.329, 0.638, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.329 std_dev=0.309
C4 B 0, -0.029, 0.295, 0.620, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.295 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.072, 0.407, 0.742, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.407 std_dev=0.335
O2 B 0, 0.128, 0.476, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.476 std_dev=0.349
C5 B 0, -0.027, 0.339, 0.704, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.339 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.045, 0.417, 0.788, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.417 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.089, 0.485, 0.881, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.485 std_dev=0.396
C6 B 0, -0.026, 0.372, 0.770, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.372 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.111, 0.517, 0.923, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.517 std_dev=0.406
O4' B 0, 0.086, 0.501, 0.915, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.501 std_dev=0.414
C3' B 0, 0.103, 0.526, 0.950, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.526 std_dev=0.424
O2' B 0, 0.131, 0.561, 0.992, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.561 std_dev=0.430
C4' B 0, 0.094, 0.542, 0.990, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.542 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.103, 0.551, 1.000, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.551 std_dev=0.448
OP2 B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.081, 0.552, 1.023, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.552 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.070, 0.543, 1.016, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.543 std_dev=0.473
P B 0, 0.011, 0.503, 0.995, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.503 std_dev=0.492
OP1 B 0, 0.068, 0.574, 1.081, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.574 std_dev=0.506

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.14 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.05
C4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.14 0.21 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.17 0.22 0.15
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.17 0.13
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.13 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.09 0.18 0.10
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.11 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.11 0.06 0.06
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.10 0.05 0.05
O4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.10 0.16 0.24 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.10 0.06
O5' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.06 0.02 0.05 0.03 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.08 0.09 0.14 0.04 0.17 0.04 0.14 0.07 0.09 0.01 0.11 0.10 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.14 0.03 0.04 0.21 0.02 0.22 0.02 0.17 0.13 0.18 0.11 0.06 0.05 0.24 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.04 0.05 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.08 0.10 0.04 0.06 0.05 0.16 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.08 0.09 0.14 0.11 0.14 0.11 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.06 0.08 0.13 0.07 0.04 0.01 0.05
C2 0.09 0.10 0.05 0.07 0.16 0.09 0.16 0.10 0.14 0.11 0.13 0.18 0.07 0.03 0.06 0.11 0.07 0.05 0.02 0.06
C2' 0.12 0.14 0.09 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.14 0.13 0.15 0.07 0.09 0.14 0.07 0.04 0.02 0.04
C3' 0.12 0.14 0.09 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.07 0.08 0.13 0.07 0.04 0.01 0.04
C4 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.06 0.10 0.04 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03
C4' 0.11 0.12 0.08 0.09 0.14 0.10 0.14 0.10 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.07 0.08 0.12 0.06 0.04 0.04 0.05
C5 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.01 0.05 0.07 0.11 0.06
C5' 0.12 0.13 0.10 0.10 0.15 0.11 0.16 0.11 0.15 0.13 0.14 0.17 0.11 0.09 0.10 0.13 0.08 0.06 0.07 0.07
C6 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.08 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.08 0.02
N1 0.07 0.09 0.04 0.06 0.12 0.08 0.12 0.08 0.11 0.09 0.11 0.13 0.08 0.03 0.05 0.09 0.04 0.02 0.03 0.03
N3 0.04 0.05 0.02 0.03 0.12 0.05 0.13 0.06 0.10 0.06 0.07 0.16 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03
O2 0.13 0.16 0.10 0.12 0.21 0.14 0.21 0.14 0.19 0.16 0.18 0.22 0.12 0.07 0.10 0.15 0.11 0.09 0.07 0.11
O2' 0.15 0.17 0.13 0.13 0.12 0.15 0.10 0.14 0.12 0.14 0.16 0.11 0.20 0.12 0.13 0.16 0.10 0.08 0.04 0.06
O3' 0.10 0.12 0.08 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.06 0.07 0.11 0.05 0.03 0.02 0.03
O4 0.10 0.11 0.13 0.09 0.05 0.07 0.03 0.06 0.05 0.09 0.10 0.03 0.14 0.16 0.10 0.06 0.08 0.09 0.11 0.07
O4' 0.11 0.12 0.09 0.09 0.14 0.11 0.15 0.10 0.14 0.12 0.13 0.15 0.11 0.08 0.08 0.12 0.06 0.04 0.04 0.05
O5' 0.11 0.12 0.07 0.08 0.14 0.11 0.14 0.10 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.06 0.07 0.13 0.06 0.03 0.03 0.04
OP1 0.13 0.14 0.08 0.09 0.16 0.13 0.17 0.13 0.16 0.14 0.15 0.17 0.13 0.06 0.07 0.16 0.09 0.06 0.03 0.08
OP2 0.18 0.19 0.14 0.16 0.21 0.19 0.21 0.19 0.21 0.19 0.20 0.21 0.18 0.12 0.15 0.21 0.16 0.13 0.11 0.14
P 0.12 0.13 0.07 0.09 0.15 0.12 0.16 0.12 0.15 0.13 0.14 0.16 0.12 0.05 0.07 0.14 0.08 0.05 0.03 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.07 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.09 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.08 0.09 0.14 0.09
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.10 0.15 0.10
O2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.08 0.08 0.12 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.04 0.05 0.10 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.08 0.02 0.03 0.09 0.02 0.08 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.02 0.02 0.14 0.00 0.11 0.00 0.08 0.09 0.14 0.15 0.12 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.01 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.06 0.06 0.09 0.10 0.08 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00