ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50572

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C6 A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.018, 0.062, 0.106, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.062 std_dev=0.044
C4 A 0, 0.017, 0.062, 0.106, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.062 std_dev=0.045
N1 A 0, 0.019, 0.063, 0.108, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.063 std_dev=0.045
C5 A 0, 0.021, 0.072, 0.123, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.072 std_dev=0.051
O2 A 0, 0.023, 0.081, 0.139, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.081 std_dev=0.058
O4 A 0, 0.028, 0.126, 0.223, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.126 std_dev=0.097
N4 B 0, 0.040, 0.219, 0.398, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.001, 0.290, 0.579, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.290 std_dev=0.289
C4 B 0, -0.020, 0.277, 0.574, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.277 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.053, 0.451, 0.849, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.451 std_dev=0.398
O2 B 0, 0.071, 0.470, 0.869, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.470 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.016, 0.426, 0.836, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.426 std_dev=0.410
N1 B 0, 0.093, 0.604, 1.114, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.604 std_dev=0.511
C6 B 0, 0.066, 0.581, 1.096, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.581 std_dev=0.515
O2' A 0, 0.214, 0.734, 1.253, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.734 std_dev=0.519
C2' A 0, 0.216, 0.746, 1.275, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.746 std_dev=0.529
O4' A 0, 0.246, 0.846, 1.447, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.846 std_dev=0.600
C1' B 0, 0.153, 0.814, 1.475, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.814 std_dev=0.661
C2' B 0, 0.201, 0.972, 1.743, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.972 std_dev=0.771
O2' B 0, 0.196, 0.996, 1.796, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.996 std_dev=0.800
C4' A 0, 0.355, 1.219, 2.084, 1.904 max_d=1.904 avg_d=1.219 std_dev=0.864
C3' A 0, 0.364, 1.256, 2.148, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.256 std_dev=0.892
O4' B 0, 0.251, 1.147, 2.043, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.147 std_dev=0.896
C3' B 0, 0.284, 1.276, 2.267, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.276 std_dev=0.992
C4' B 0, 0.325, 1.412, 2.499, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.412 std_dev=1.087
O3' A 0, 0.490, 1.704, 2.918, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.704 std_dev=1.214
C5' B 0, 0.405, 1.663, 2.920, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.663 std_dev=1.257
O5' B 0, 0.522, 1.782, 3.042, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.782 std_dev=1.260
O3' B 0, 0.402, 1.687, 2.972, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.687 std_dev=1.285
OP1 B 0, 0.553, 1.891, 3.230, 2.891 max_d=2.891 avg_d=1.891 std_dev=1.338
P B 0, 0.558, 1.909, 3.260, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.909 std_dev=1.351
OP2 B 0, 0.553, 1.910, 3.267, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.910 std_dev=1.357
C5' A 0, 0.614, 2.108, 3.603, 3.288 max_d=3.288 avg_d=2.108 std_dev=1.494
O5' A 0, 0.910, 3.112, 5.313, 4.753 max_d=4.753 avg_d=3.112 std_dev=2.202
P A 0, 1.270, 4.339, 7.407, 6.558 max_d=6.558 avg_d=4.339 std_dev=3.068
OP1 A 0, 1.622, 5.541, 9.461, 8.439 max_d=8.439 avg_d=5.541 std_dev=3.920
OP2 A 0, 1.626, 5.552, 9.478, 8.360 max_d=8.360 avg_d=5.552 std_dev=3.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.09 0.47 0.24
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.03 0.06 0.05 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.12 0.35 0.06 0.83 0.39
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.11 0.01 0.08 0.15 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.04 0.28 0.15
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.06 0.17 0.11
C4 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.02 0.01 0.06 0.04 0.10 0.01 0.04 0.64 0.43 1.42 0.82
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.05 0.11 0.07 0.01 0.07 0.00 0.03 0.18 0.03 0.02
C5 0.02 0.05 0.09 0.07 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.06 0.03 0.07 0.74 0.63 1.53 0.96
C5' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.04 0.09 0.18 0.08 0.03 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.06 0.03 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.07 0.04 0.11 0.67 0.50 1.26 0.82
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.42 0.11 0.86 0.48
N3 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.12 0.02 0.08 0.48 0.15 1.11 0.58
O2 0.04 0.01 0.15 0.07 0.06 0.11 0.06 0.18 0.02 0.01 0.05 0.00 0.14 0.11 0.07 0.20 0.19 0.31 0.56 0.17
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.07 0.10 0.08 0.10 0.03 0.06 0.14 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.20 0.07 0.08
O3' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.12 0.11 0.01 0.00 0.11 0.01 0.08 0.04 0.16 0.08
O4 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.07 0.03 0.09 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.11 0.00 0.04 0.68 0.51 1.55 0.89
O4' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.08 0.20 0.05 0.01 0.04 0.00 0.19 0.18 0.36 0.17
O5' 0.24 0.35 0.15 0.11 0.64 0.03 0.74 0.01 0.67 0.42 0.48 0.19 0.10 0.08 0.68 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.09 0.06 0.04 0.06 0.43 0.18 0.63 0.06 0.50 0.11 0.15 0.31 0.20 0.04 0.51 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.83 0.28 0.17 1.42 0.03 1.53 0.02 1.26 0.86 1.11 0.56 0.07 0.16 1.55 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.39 0.15 0.11 0.82 0.02 0.96 0.01 0.82 0.48 0.58 0.17 0.08 0.08 0.89 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.05 0.18 0.19 0.09 0.14 0.09 0.10 0.07 0.06 0.07 0.13 0.03 0.20 0.24 0.08 0.21 0.25 0.17 0.18
C2 0.08 0.04 0.14 0.14 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.14 0.02 0.14 0.18 0.08 0.35 0.36 0.28 0.30
C2' 0.22 0.21 0.12 0.11 0.15 0.19 0.16 0.22 0.19 0.21 0.16 0.17 0.24 0.13 0.08 0.26 0.44 0.46 0.38 0.40
C3' 0.11 0.13 0.10 0.11 0.13 0.07 0.12 0.10 0.12 0.13 0.12 0.16 0.14 0.12 0.21 0.16 0.34 0.35 0.31 0.32
C4 0.11 0.06 0.18 0.18 0.12 0.13 0.13 0.10 0.11 0.09 0.07 0.18 0.03 0.17 0.24 0.09 0.42 0.43 0.39 0.39
C4' 0.23 0.15 0.41 0.44 0.13 0.34 0.15 0.29 0.18 0.18 0.12 0.13 0.15 0.44 0.55 0.21 0.10 0.11 0.02 0.07
C5 0.12 0.07 0.21 0.22 0.13 0.16 0.14 0.12 0.12 0.10 0.09 0.18 0.04 0.21 0.28 0.11 0.39 0.41 0.37 0.37
C5' 0.38 0.25 0.60 0.65 0.19 0.52 0.25 0.48 0.29 0.30 0.20 0.15 0.26 0.63 0.80 0.36 0.18 0.17 0.10 0.15
C6 0.10 0.06 0.18 0.19 0.12 0.14 0.12 0.11 0.09 0.08 0.08 0.18 0.03 0.19 0.25 0.09 0.38 0.40 0.35 0.35
N1 0.08 0.04 0.16 0.17 0.10 0.12 0.09 0.09 0.07 0.06 0.06 0.15 0.02 0.17 0.22 0.08 0.33 0.35 0.29 0.30
N3 0.09 0.05 0.15 0.15 0.11 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.17 0.02 0.15 0.19 0.08 0.39 0.40 0.33 0.35
O2 0.06 0.02 0.11 0.11 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.09 0.01 0.12 0.13 0.06 0.29 0.31 0.21 0.24
O2' 0.23 0.19 0.15 0.15 0.14 0.20 0.14 0.23 0.17 0.20 0.13 0.17 0.23 0.17 0.13 0.25 0.39 0.41 0.30 0.33
O3' 0.22 0.22 0.09 0.08 0.20 0.17 0.20 0.21 0.21 0.22 0.19 0.21 0.23 0.11 0.13 0.28 0.41 0.42 0.37 0.38
O4 0.10 0.07 0.17 0.18 0.11 0.12 0.13 0.08 0.11 0.09 0.07 0.16 0.04 0.16 0.23 0.09 0.44 0.45 0.42 0.43
O4' 0.35 0.26 0.49 0.51 0.22 0.43 0.25 0.39 0.29 0.29 0.23 0.19 0.27 0.51 0.59 0.33 0.13 0.10 0.05 0.10
O5' 0.07 0.14 0.34 0.36 0.32 0.23 0.24 0.15 0.13 0.08 0.27 0.45 0.08 0.44 0.57 0.04 0.19 0.21 0.32 0.23
OP1 0.81 0.47 1.16 1.22 0.18 1.06 0.31 0.98 0.50 0.59 0.25 0.13 0.57 1.32 1.50 0.80 0.63 0.65 0.40 0.56
OP2 0.25 0.58 0.11 0.11 0.94 0.10 0.83 0.20 0.63 0.50 0.82 1.18 0.42 0.31 0.37 0.29 0.57 0.60 0.85 0.67
P 0.21 0.09 0.51 0.54 0.35 0.41 0.25 0.32 0.09 0.01 0.28 0.55 0.01 0.66 0.80 0.19 0.10 0.14 0.27 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.14 0.16 0.08 0.06
C2 0.04 0.00 0.08 0.07 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.08 0.04 0.33 0.31 0.17 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.07 0.12 0.00 0.02 0.00 0.20 0.29 0.07 0.17
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.11 0.01 0.01 0.01 0.28 0.39 0.10 0.26
C4 0.03 0.02 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.05 0.01 0.53 0.49 0.42 0.47
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.12 0.19 0.00
C5 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.57 0.51 0.41 0.50
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.11 0.25 0.01
C6 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.48 0.41 0.23 0.37
N1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.33 0.30 0.11 0.23
N3 0.05 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.09 0.09 0.03 0.44 0.41 0.31 0.37
N4 0.03 0.03 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06 0.01 0.57 0.55 0.52 0.54
O2 0.07 0.01 0.12 0.11 0.03 0.09 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.13 0.12 0.06 0.23 0.23 0.08 0.15
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.07 0.13 0.00 0.05 0.02 0.01 0.14 0.09 0.01
O3' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.06 0.12 0.05 0.00 0.03 0.22 0.42 0.10 0.26
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.07 0.04 0.25 0.08
O5' 0.14 0.33 0.20 0.28 0.53 0.01 0.57 0.00 0.48 0.33 0.44 0.57 0.23 0.01 0.22 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.31 0.29 0.39 0.49 0.12 0.51 0.11 0.41 0.30 0.41 0.55 0.23 0.14 0.42 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.07 0.10 0.42 0.19 0.41 0.25 0.23 0.11 0.31 0.52 0.08 0.09 0.10 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.25 0.17 0.26 0.47 0.00 0.50 0.01 0.37 0.23 0.37 0.54 0.15 0.01 0.26 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00