ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C5' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O5' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
P A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
OP2 A 0, 0.000, 0.215, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.000, 0.228, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.228 std_dev=0.228
N4 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O2 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
O4' B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
O2' B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
O5' B 0, 0.000, 0.454, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C3' B 0, 0.000, 0.480, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.480 std_dev=0.480
C4' B 0, 0.000, 0.518, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.518 std_dev=0.518
O3' B 0, 0.000, 0.540, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C5' B 0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583
P B 0, 0.000, 0.631, 1.262, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.631 std_dev=0.631
OP2 B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
OP1 B 0, 0.000, 0.818, 1.637, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.818 std_dev=0.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.08
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.12 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.09 0.11 0.10
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.07 0.08 0.08
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.11 0.09
O2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.09 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
O3' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04
O4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.14 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.03 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.08 0.07 0.11 0.09 0.02 0.02 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.04 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08 0.02 0.04 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.14 0.23 0.22 0.14 0.23 0.14 0.22 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.25 0.23 0.21 0.17 0.19 0.02 0.12
C2 0.19 0.14 0.20 0.20 0.14 0.21 0.14 0.20 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.21 0.19 0.20 0.16 0.17 0.02 0.11
C2' 0.19 0.13 0.21 0.20 0.13 0.22 0.13 0.21 0.14 0.14 0.13 0.15 0.11 0.23 0.21 0.19 0.17 0.18 0.01 0.10
C3' 0.17 0.11 0.19 0.19 0.13 0.20 0.13 0.18 0.12 0.12 0.12 0.15 0.10 0.22 0.20 0.17 0.15 0.14 0.02 0.07
C4 0.13 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.15 0.07 0.13 0.12 0.14 0.10 0.07 0.06 0.03
C4' 0.19 0.13 0.22 0.22 0.14 0.22 0.14 0.20 0.14 0.14 0.13 0.16 0.12 0.24 0.23 0.20 0.16 0.16 0.01 0.09
C5 0.14 0.10 0.14 0.13 0.12 0.14 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.14 0.07 0.15 0.14 0.13 0.09 0.06 0.08 0.01
C5' 0.21 0.16 0.24 0.23 0.17 0.23 0.16 0.21 0.16 0.17 0.16 0.19 0.14 0.25 0.25 0.21 0.17 0.16 0.00 0.09
C6 0.16 0.11 0.18 0.16 0.12 0.17 0.12 0.15 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.19 0.17 0.16 0.12 0.10 0.05 0.04
N1 0.19 0.13 0.20 0.20 0.14 0.21 0.14 0.19 0.14 0.14 0.14 0.15 0.12 0.22 0.20 0.19 0.15 0.15 0.00 0.09
N3 0.17 0.13 0.17 0.16 0.14 0.18 0.14 0.17 0.14 0.14 0.14 0.15 0.12 0.17 0.15 0.18 0.14 0.13 0.00 0.08
O2 0.20 0.14 0.22 0.21 0.13 0.23 0.13 0.23 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.23 0.21 0.21 0.18 0.21 0.05 0.14
O2' 0.20 0.13 0.22 0.22 0.13 0.24 0.13 0.23 0.14 0.14 0.13 0.15 0.12 0.24 0.23 0.21 0.19 0.21 0.04 0.13
O3' 0.15 0.10 0.17 0.17 0.12 0.18 0.12 0.17 0.11 0.11 0.12 0.15 0.08 0.19 0.18 0.16 0.14 0.13 0.03 0.07
O4 0.09 0.06 0.07 0.05 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.14 0.02 0.07 0.05 0.09 0.05 0.01 0.10 0.02
O4' 0.21 0.14 0.23 0.23 0.14 0.23 0.14 0.22 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.25 0.25 0.21 0.16 0.17 0.01 0.10
O5' 0.21 0.16 0.24 0.23 0.18 0.23 0.18 0.21 0.17 0.17 0.17 0.20 0.15 0.25 0.24 0.21 0.17 0.14 0.01 0.08
OP1 0.22 0.18 0.25 0.24 0.21 0.23 0.21 0.21 0.20 0.19 0.20 0.24 0.16 0.26 0.26 0.22 0.18 0.14 0.00 0.10
OP2 0.24 0.20 0.26 0.25 0.23 0.24 0.23 0.22 0.22 0.21 0.21 0.26 0.17 0.27 0.27 0.23 0.19 0.14 0.01 0.10
P 0.24 0.19 0.26 0.25 0.22 0.25 0.21 0.22 0.21 0.20 0.20 0.24 0.17 0.27 0.27 0.23 0.19 0.15 0.01 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.11 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.22 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.14 0.22 0.16
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.13 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.04
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.17 0.10
N4 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.18 0.28 0.19
O2 0.07 0.01 0.08 0.08 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.00
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.02
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.04 0.04
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01
O5' 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.00 0.04 0.05 0.12 0.05 0.14 0.05 0.07 0.00 0.06 0.18 0.06 0.08 0.10 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.05 0.11 0.04 0.01 0.22 0.01 0.22 0.02 0.13 0.08 0.17 0.28 0.06 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.10 0.04 0.10 0.19 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00