ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50585

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 25, 20, 10, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.253, 0.569, 1.392, 3.559 max_d=3.559 avg_d=0.569 std_dev=0.822
O2 B 0, -0.289, 0.561, 1.411, 3.635 max_d=3.635 avg_d=0.561 std_dev=0.850
N3 B 0, -0.365, 0.504, 1.373, 3.649 max_d=3.649 avg_d=0.504 std_dev=0.869
O2 A 0, -0.580, 0.334, 1.248, 3.739 max_d=3.739 avg_d=0.334 std_dev=0.914
O4 A 0, -0.534, 0.382, 1.297, 3.911 max_d=3.911 avg_d=0.382 std_dev=0.915
N3 A 0, -0.670, 0.274, 1.218, 3.836 max_d=3.836 avg_d=0.274 std_dev=0.944
C4 B 0, -0.509, 0.614, 1.736, 4.674 max_d=4.674 avg_d=0.614 std_dev=1.122
C2 B 0, -0.547, 0.584, 1.715, 4.681 max_d=4.681 avg_d=0.584 std_dev=1.131
C2 A 0, -0.824, 0.366, 1.556, 4.762 max_d=4.762 avg_d=0.366 std_dev=1.190
C4 A 0, -0.843, 0.367, 1.577, 4.901 max_d=4.901 avg_d=0.367 std_dev=1.210
N1 B 0, -0.972, 0.803, 2.577, 7.230 max_d=7.230 avg_d=0.803 std_dev=1.774
C5 B 0, -0.897, 0.880, 2.658, 7.317 max_d=7.317 avg_d=0.880 std_dev=1.778
N1 A 0, -1.306, 0.533, 2.371, 7.294 max_d=7.294 avg_d=0.533 std_dev=1.838
C5 A 0, -1.349, 0.532, 2.414, 7.448 max_d=7.448 avg_d=0.532 std_dev=1.881
C6 B 0, -1.112, 0.970, 3.052, 8.516 max_d=8.516 avg_d=0.970 std_dev=2.082
C1' B 0, -1.172, 0.949, 3.070, 8.639 max_d=8.639 avg_d=0.949 std_dev=2.121
O2' A 0, -1.338, 0.805, 2.947, 8.912 max_d=8.912 avg_d=0.805 std_dev=2.143
O2' B 0, -1.075, 1.079, 3.232, 8.923 max_d=8.923 avg_d=1.079 std_dev=2.153
C2' B 0, -1.082, 1.077, 3.237, 8.957 max_d=8.957 avg_d=1.077 std_dev=2.159
C6 A 0, -1.536, 0.635, 2.806, 8.589 max_d=8.589 avg_d=0.635 std_dev=2.171
C1' A 0, -1.535, 0.637, 2.809, 8.645 max_d=8.645 avg_d=0.637 std_dev=2.172
C2' A 0, -1.416, 0.779, 2.974, 8.970 max_d=8.970 avg_d=0.779 std_dev=2.195
O4' B 0, -1.407, 1.354, 4.116, 11.327 max_d=11.327 avg_d=1.354 std_dev=2.761
C3' B 0, -1.125, 1.660, 4.444, 11.730 max_d=11.730 avg_d=1.660 std_dev=2.784
O4' A 0, -1.903, 0.930, 3.763, 11.326 max_d=11.326 avg_d=0.930 std_dev=2.833
C3' A 0, -1.863, 1.039, 3.941, 11.776 max_d=11.776 avg_d=1.039 std_dev=2.902
O3' B 0, -1.054, 2.066, 5.186, 13.310 max_d=13.310 avg_d=2.066 std_dev=3.120
C4' B 0, -1.353, 1.779, 4.910, 13.001 max_d=13.001 avg_d=1.779 std_dev=3.132
C4' A 0, -2.113, 1.125, 4.363, 13.066 max_d=13.066 avg_d=1.125 std_dev=3.238
O3' A 0, -2.015, 1.255, 4.526, 13.398 max_d=13.398 avg_d=1.255 std_dev=3.270
O5' B 0, -1.376, 2.178, 5.733, 14.862 max_d=14.862 avg_d=2.178 std_dev=3.554
O5' A 0, -2.338, 1.320, 4.979, 14.740 max_d=14.740 avg_d=1.320 std_dev=3.658
OP2 B 0, -1.194, 2.510, 6.213, 15.774 max_d=15.774 avg_d=2.510 std_dev=3.703
C5' B 0, -1.459, 2.246, 5.951, 15.401 max_d=15.401 avg_d=2.246 std_dev=3.705
C5' A 0, -2.439, 1.394, 5.227, 15.434 max_d=15.434 avg_d=1.394 std_dev=3.833
P B 0, -1.417, 2.576, 6.570, 16.869 max_d=16.869 avg_d=2.576 std_dev=3.993
OP2 A 0, -1.321, 2.698, 6.718, 17.241 max_d=17.241 avg_d=2.698 std_dev=4.020
P A 0, -2.569, 1.616, 5.802, 16.908 max_d=16.908 avg_d=1.616 std_dev=4.186
OP1 B 0, -1.480, 2.951, 7.382, 19.360 max_d=19.360 avg_d=2.951 std_dev=4.431
OP1 A 0, -1.722, 2.764, 7.250, 19.013 max_d=19.013 avg_d=2.764 std_dev=4.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.11 0.21 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.12 0.16 0.37 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.11 0.11 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.09 0.05 0.07 0.09 0.02 0.01 0.10 0.01 0.04 0.19 0.14 0.06
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.03 0.14 0.23 0.53 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.03 0.15 0.25 0.54 0.23
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.03 0.14 0.21 0.44 0.19
N1 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.11 0.15 0.34 0.16
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.13 0.19 0.45 0.19
O2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.12 0.14 0.33 0.16
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.14 0.10 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.11 0.05 0.09 0.11 0.04 0.00 0.13 0.02 0.06 0.32 0.30 0.11
O4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.03 0.14 0.25 0.57 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.16 0.18 0.10
O5' 0.07 0.12 0.05 0.04 0.14 0.02 0.15 0.01 0.14 0.11 0.13 0.12 0.04 0.06 0.14 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.16 0.11 0.19 0.23 0.08 0.25 0.07 0.21 0.15 0.19 0.14 0.14 0.32 0.25 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.37 0.11 0.14 0.53 0.09 0.54 0.14 0.44 0.34 0.45 0.33 0.10 0.30 0.57 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.06 0.06 0.22 0.02 0.23 0.01 0.19 0.16 0.19 0.16 0.05 0.11 0.23 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.26 0.29 0.31 0.59 0.22 0.50 0.21 0.34 0.23 0.47 0.14 0.41 0.45 0.75 0.22 0.29 0.56 0.61 0.42
C2 0.27 0.12 0.42 0.35 0.56 0.28 0.44 0.19 0.24 0.13 0.36 0.29 0.61 0.49 0.79 0.25 0.22 0.51 0.55 0.35
C2' 0.24 0.42 0.27 0.30 0.70 0.27 0.61 0.30 0.47 0.37 0.61 0.31 0.31 0.39 0.83 0.31 0.34 0.58 0.65 0.46
C3' 0.22 0.34 0.27 0.28 0.59 0.26 0.53 0.29 0.40 0.31 0.49 0.25 0.31 0.38 0.72 0.30 0.30 0.55 0.61 0.42
C4 0.58 0.55 0.68 0.57 0.14 0.50 0.12 0.37 0.24 0.45 0.34 0.77 0.81 0.65 0.32 0.49 0.34 0.47 0.49 0.31
C4' 0.17 0.26 0.28 0.31 0.52 0.22 0.45 0.22 0.33 0.24 0.42 0.18 0.34 0.44 0.65 0.23 0.29 0.54 0.60 0.41
C5 0.49 0.43 0.60 0.52 0.13 0.44 0.12 0.33 0.20 0.37 0.26 0.62 0.73 0.62 0.28 0.43 0.32 0.48 0.51 0.32
C5' 0.17 0.18 0.31 0.33 0.40 0.22 0.35 0.20 0.25 0.17 0.29 0.15 0.38 0.46 0.52 0.22 0.27 0.53 0.59 0.38
C6 0.34 0.22 0.47 0.42 0.26 0.33 0.21 0.24 0.11 0.20 0.12 0.41 0.61 0.54 0.45 0.31 0.26 0.49 0.52 0.32
N1 0.24 0.12 0.38 0.35 0.46 0.26 0.38 0.19 0.21 0.12 0.29 0.24 0.54 0.48 0.66 0.24 0.23 0.51 0.55 0.35
N3 0.47 0.35 0.59 0.48 0.35 0.41 0.27 0.27 0.12 0.28 0.14 0.64 0.76 0.58 0.65 0.39 0.23 0.47 0.49 0.30
O2 0.17 0.31 0.32 0.29 0.78 0.23 0.64 0.20 0.42 0.25 0.65 0.12 0.52 0.43 0.96 0.22 0.28 0.56 0.63 0.43
O2' 0.36 0.58 0.35 0.38 0.80 0.35 0.71 0.39 0.59 0.51 0.75 0.50 0.28 0.43 0.90 0.40 0.43 0.63 0.72 0.54
O3' 0.31 0.45 0.31 0.32 0.66 0.34 0.61 0.39 0.50 0.42 0.58 0.38 0.29 0.38 0.76 0.39 0.38 0.60 0.66 0.49
O4 0.74 0.78 0.81 0.69 0.31 0.62 0.26 0.49 0.43 0.65 0.64 0.96 0.92 0.75 0.17 0.63 0.45 0.48 0.50 0.37
O4' 0.17 0.19 0.31 0.35 0.48 0.23 0.41 0.21 0.28 0.18 0.36 0.11 0.42 0.48 0.63 0.20 0.30 0.56 0.61 0.41
O5' 0.24 0.18 0.37 0.36 0.32 0.27 0.29 0.23 0.21 0.18 0.22 0.25 0.47 0.48 0.44 0.26 0.28 0.53 0.57 0.37
OP1 0.29 0.27 0.43 0.45 0.36 0.32 0.35 0.30 0.28 0.27 0.30 0.31 0.48 0.58 0.45 0.30 0.39 0.58 0.65 0.45
OP2 0.55 0.55 0.57 0.52 0.57 0.54 0.56 0.51 0.53 0.53 0.55 0.60 0.67 0.57 0.62 0.56 0.52 0.67 0.70 0.58
P 0.33 0.29 0.45 0.44 0.31 0.34 0.30 0.30 0.26 0.28 0.27 0.36 0.53 0.55 0.39 0.32 0.37 0.57 0.63 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.12 0.27 0.13
C2 0.01 0.00 0.13 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.18 0.01 0.06 0.23 0.36 0.41 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.10 0.22 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.12 0.14 0.08
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.15 0.00 0.11 0.02 0.09 0.09 0.17 0.20 0.02 0.01 0.16 0.02 0.12 0.15 0.10 0.10
C4 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.00 0.03 0.36 0.60 0.58 0.47
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.12 0.00 0.01 0.10 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.11 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.07 0.37 0.60 0.56 0.49
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.22 0.00 0.26 0.00 0.23 0.12 0.15 0.04 0.05 0.04 0.24 0.01 0.01 0.17 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.09 0.32 0.45 0.45 0.39
N1 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.22 0.31 0.37 0.27
N3 0.01 0.00 0.10 0.17 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.01 0.04 0.30 0.49 0.50 0.37
O2 0.02 0.00 0.22 0.20 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.24 0.01 0.11 0.18 0.28 0.36 0.21
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.07 0.05 0.10 0.05 0.09 0.03 0.05 0.14 0.00 0.05 0.08 0.05 0.05 0.11 0.16 0.05
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.17 0.02 0.14 0.04 0.11 0.08 0.20 0.24 0.05 0.00 0.20 0.02 0.14 0.24 0.17 0.16
O4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.03 0.38 0.67 0.63 0.51
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.04 0.11 0.05 0.02 0.03 0.00 0.06 0.07 0.29 0.10
O5' 0.10 0.23 0.09 0.12 0.36 0.01 0.37 0.01 0.32 0.22 0.30 0.18 0.05 0.14 0.38 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.36 0.12 0.15 0.60 0.10 0.60 0.17 0.45 0.31 0.49 0.28 0.11 0.24 0.67 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.41 0.14 0.10 0.58 0.19 0.56 0.18 0.45 0.37 0.50 0.36 0.16 0.17 0.63 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.28 0.08 0.10 0.47 0.03 0.49 0.01 0.39 0.27 0.37 0.21 0.05 0.16 0.51 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00