ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50586

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 8, 8, 6, 1, 3, 1, 1, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 1.892, 3.108, 4.324, 3.685 max_d=3.685 avg_d=3.108 std_dev=1.216
O4 B 0, 1.843, 3.071, 4.298, 3.623 max_d=3.623 avg_d=3.071 std_dev=1.227
N3 B 0, 1.875, 3.129, 4.382, 3.672 max_d=3.672 avg_d=3.129 std_dev=1.253
O4 A 0, 1.832, 3.163, 4.493, 4.060 max_d=4.060 avg_d=3.163 std_dev=1.331
O2 A 0, 1.912, 3.267, 4.623, 4.109 max_d=4.109 avg_d=3.267 std_dev=1.356
N3 A 0, 1.844, 3.210, 4.577, 4.035 max_d=4.035 avg_d=3.210 std_dev=1.367
C2 B 0, 2.381, 3.981, 5.580, 4.706 max_d=4.706 avg_d=3.981 std_dev=1.600
C4 B 0, 2.379, 3.997, 5.616, 4.699 max_d=4.699 avg_d=3.997 std_dev=1.619
C2 A 0, 2.330, 4.035, 5.740, 4.912 max_d=4.912 avg_d=4.035 std_dev=1.705
C4 A 0, 2.322, 4.040, 5.759, 5.002 max_d=5.002 avg_d=4.040 std_dev=1.719
N1 B 0, 3.618, 6.104, 8.590, 7.195 max_d=7.195 avg_d=6.104 std_dev=2.486
C5 B 0, 3.667, 6.201, 8.735, 7.292 max_d=7.292 avg_d=6.201 std_dev=2.534
N1 A 0, 3.515, 6.112, 8.708, 7.370 max_d=7.370 avg_d=6.112 std_dev=2.597
C5 A 0, 3.567, 6.205, 8.844, 7.484 max_d=7.484 avg_d=6.205 std_dev=2.639
C6 B 0, 4.241, 7.181, 10.121, 8.465 max_d=8.465 avg_d=7.181 std_dev=2.940
C1' B 0, 4.309, 7.294, 10.279, 8.587 max_d=8.587 avg_d=7.294 std_dev=2.985
C6 A 0, 4.130, 7.185, 10.240, 8.620 max_d=8.620 avg_d=7.185 std_dev=3.055
C1' A 0, 4.172, 7.249, 10.326, 8.760 max_d=8.760 avg_d=7.249 std_dev=3.077
O2' B 0, 4.454, 7.540, 10.626, 9.207 max_d=9.207 avg_d=7.540 std_dev=3.086
O2' A 0, 4.310, 7.407, 10.505, 9.289 max_d=9.289 avg_d=7.407 std_dev=3.097
C2' B 0, 4.486, 7.615, 10.745, 9.235 max_d=9.235 avg_d=7.615 std_dev=3.129
C2' A 0, 4.343, 7.507, 10.670, 9.290 max_d=9.290 avg_d=7.507 std_dev=3.164
O4' B 0, 5.626, 9.528, 13.430, 11.224 max_d=11.224 avg_d=9.528 std_dev=3.902
O4' A 0, 5.444, 9.440, 13.437, 11.398 max_d=11.398 avg_d=9.440 std_dev=3.997
C3' B 0, 5.867, 9.976, 14.084, 12.031 max_d=12.031 avg_d=9.976 std_dev=4.108
C3' A 0, 5.726, 9.851, 13.977, 12.057 max_d=12.057 avg_d=9.851 std_dev=4.125
C4' B 0, 6.472, 11.007, 15.543, 13.062 max_d=13.062 avg_d=11.007 std_dev=4.535
C4' A 0, 6.310, 10.889, 15.469, 13.147 max_d=13.147 avg_d=10.889 std_dev=4.579
O3' A 0, 6.513, 11.171, 15.829, 13.700 max_d=13.700 avg_d=11.171 std_dev=4.658
O3' B 0, 6.668, 11.328, 15.988, 13.732 max_d=13.732 avg_d=11.328 std_dev=4.660
O5' B 0, 7.341, 12.449, 17.557, 14.833 max_d=14.833 avg_d=12.449 std_dev=5.108
O5' A 0, 7.246, 12.455, 17.664, 15.549 max_d=15.549 avg_d=12.455 std_dev=5.209
C5' B 0, 7.674, 13.011, 18.348, 15.376 max_d=15.376 avg_d=13.011 std_dev=5.337
OP2 B 0, 8.085, 13.427, 18.769, 16.098 max_d=16.098 avg_d=13.427 std_dev=5.342
C5' A 0, 7.472, 12.862, 18.252, 15.405 max_d=15.405 avg_d=12.862 std_dev=5.390
OP2 A 0, 7.862, 13.669, 19.477, 18.627 max_d=18.627 avg_d=13.669 std_dev=5.808
P B 0, 8.436, 14.296, 20.157, 17.060 max_d=17.060 avg_d=14.296 std_dev=5.861
P A 0, 8.232, 14.154, 20.075, 18.441 max_d=18.441 avg_d=14.154 std_dev=5.922
OP1 B 0, 10.223, 16.633, 23.043, 19.638 max_d=19.638 avg_d=16.633 std_dev=6.410
OP1 A 0, 9.406, 16.077, 22.747, 20.043 max_d=20.043 avg_d=16.077 std_dev=6.671

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.11 0.42 0.25
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.03 0.40 0.31 0.84 0.55
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.10 0.15 0.00 0.02 0.08 0.01 0.23 0.10 0.23 0.17
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.13 0.13 0.02 0.01 0.15 0.01 0.29 0.09 0.17 0.17
C4 0.02 0.02 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.17 0.01 0.04 0.60 0.71 1.29 0.89
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.17 0.16 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.03 0.63 0.78 1.31 0.93
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.13 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.03 0.56 0.59 1.03 0.76
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.40 0.32 0.77 0.53
N3 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.16 0.03 0.04 0.50 0.50 1.08 0.72
O2 0.04 0.01 0.15 0.13 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.15 0.05 0.04 0.30 0.15 0.69 0.40
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.10 0.16 0.00 0.05 0.08 0.04 0.05 0.40 0.11 0.11
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.17 0.02 0.15 0.04 0.12 0.07 0.16 0.15 0.05 0.00 0.20 0.02 0.20 0.26 0.39 0.13
O4 0.02 0.03 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.20 0.00 0.04 0.63 0.81 1.41 0.97
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.10 0.16 0.29 0.17
O5' 0.20 0.40 0.23 0.29 0.60 0.01 0.63 0.01 0.56 0.40 0.50 0.30 0.05 0.20 0.63 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.31 0.10 0.09 0.71 0.17 0.78 0.14 0.59 0.32 0.50 0.15 0.40 0.26 0.81 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.84 0.23 0.17 1.29 0.16 1.31 0.27 1.03 0.77 1.08 0.69 0.11 0.39 1.41 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.55 0.17 0.17 0.89 0.06 0.93 0.01 0.76 0.53 0.72 0.40 0.11 0.13 0.97 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.31 0.28 0.22 0.79 0.16 0.65 0.13 0.43 0.25 0.63 0.13 0.54 0.36 1.02 0.10 0.25 0.55 0.44 0.40
C2 0.34 0.09 0.54 0.39 0.77 0.32 0.60 0.16 0.29 0.07 0.48 0.38 0.85 0.54 1.10 0.24 0.16 0.49 0.40 0.33
C2' 0.29 0.57 0.25 0.28 0.98 0.26 0.86 0.33 0.66 0.51 0.84 0.38 0.35 0.28 1.16 0.31 0.46 0.73 0.62 0.60
C3' 0.26 0.46 0.25 0.27 0.83 0.25 0.75 0.31 0.58 0.43 0.68 0.30 0.36 0.29 1.00 0.29 0.42 0.72 0.55 0.55
C4 0.81 0.76 0.95 0.75 0.14 0.67 0.13 0.47 0.31 0.62 0.46 1.07 1.15 0.84 0.43 0.64 0.31 0.34 0.30 0.13
C4' 0.12 0.32 0.21 0.19 0.69 0.14 0.60 0.16 0.42 0.27 0.55 0.17 0.41 0.31 0.88 0.14 0.27 0.56 0.42 0.40
C5 0.69 0.61 0.84 0.68 0.15 0.60 0.13 0.42 0.26 0.51 0.36 0.88 1.04 0.79 0.36 0.55 0.28 0.34 0.30 0.13
C5' 0.12 0.15 0.28 0.23 0.51 0.15 0.44 0.11 0.28 0.14 0.36 0.10 0.48 0.37 0.68 0.09 0.18 0.49 0.34 0.31
C6 0.47 0.30 0.65 0.52 0.32 0.43 0.26 0.27 0.09 0.26 0.12 0.56 0.87 0.64 0.59 0.36 0.16 0.39 0.28 0.17
N1 0.29 0.09 0.49 0.37 0.62 0.30 0.50 0.16 0.24 0.08 0.38 0.30 0.76 0.52 0.90 0.21 0.14 0.47 0.35 0.29
N3 0.64 0.46 0.81 0.61 0.48 0.53 0.36 0.33 0.09 0.36 0.13 0.86 1.07 0.72 0.90 0.48 0.16 0.41 0.30 0.19
O2 0.13 0.40 0.34 0.22 1.09 0.17 0.87 0.12 0.56 0.30 0.90 0.13 0.71 0.39 1.36 0.09 0.31 0.61 0.55 0.50
O2' 0.46 0.80 0.34 0.38 1.12 0.37 0.99 0.44 0.81 0.69 1.04 0.67 0.26 0.28 1.27 0.46 0.58 0.79 0.73 0.69
O3' 0.44 0.63 0.33 0.37 0.95 0.39 0.88 0.46 0.74 0.61 0.82 0.49 0.28 0.29 1.08 0.46 0.56 0.84 0.67 0.68
O4 1.02 1.08 1.12 0.91 0.39 0.83 0.32 0.62 0.56 0.88 0.87 1.34 1.28 0.96 0.19 0.84 0.47 0.33 0.38 0.23
O4' 0.15 0.19 0.32 0.26 0.62 0.19 0.51 0.12 0.30 0.15 0.46 0.11 0.57 0.42 0.84 0.11 0.17 0.46 0.35 0.31
O5' 0.43 0.52 0.45 0.37 0.72 0.38 0.66 0.38 0.53 0.47 0.63 0.53 0.62 0.44 0.88 0.43 0.45 0.65 0.59 0.56
OP1 0.44 0.59 0.52 0.48 0.84 0.40 0.75 0.40 0.60 0.53 0.74 0.57 0.65 0.59 1.00 0.42 0.50 0.63 0.73 0.59
OP2 1.10 1.22 1.05 1.01 1.41 1.05 1.37 1.11 1.27 1.19 1.33 1.18 1.09 0.96 1.53 1.11 1.23 1.35 1.43 1.35
P 0.71 0.82 0.70 0.64 0.99 0.65 0.93 0.66 0.82 0.77 0.92 0.81 0.81 0.66 1.11 0.70 0.75 0.84 0.93 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.16 0.23 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.12 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.03 0.10 0.28 0.27 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.09 0.13 0.06
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.12 0.08 0.13 0.14 0.02 0.01 0.15 0.01 0.04 0.11 0.10 0.05
C4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.03 0.17 0.39 0.35 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.08 0.00 0.01 0.08 0.17 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.04 0.18 0.39 0.36 0.19
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.06 0.06 0.04 0.13 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.02 0.04 0.15 0.31 0.31 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.10 0.25 0.27 0.12
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.01 0.03 0.13 0.34 0.31 0.16
O2 0.05 0.01 0.14 0.14 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.16 0.02 0.06 0.09 0.25 0.25 0.11
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.07 0.12 0.00 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.15 0.05
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.18 0.02 0.17 0.04 0.14 0.08 0.16 0.16 0.07 0.00 0.20 0.02 0.11 0.23 0.22 0.13
O4 0.03 0.02 0.07 0.15 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.20 0.00 0.04 0.18 0.43 0.38 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.16 0.26 0.10
O5' 0.06 0.10 0.04 0.04 0.17 0.01 0.18 0.01 0.15 0.10 0.13 0.09 0.04 0.11 0.18 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.16 0.28 0.09 0.11 0.39 0.08 0.39 0.14 0.31 0.25 0.34 0.25 0.09 0.23 0.43 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.27 0.13 0.10 0.35 0.17 0.36 0.17 0.31 0.27 0.31 0.25 0.15 0.22 0.38 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.13 0.06 0.05 0.19 0.03 0.19 0.01 0.15 0.12 0.16 0.11 0.05 0.13 0.22 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00