ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50588

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 8, 7, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, -0.282, 0.761, 1.805, 3.490 max_d=3.490 avg_d=0.761 std_dev=1.044
N3 B 0, -0.358, 0.717, 1.791, 3.647 max_d=3.647 avg_d=0.717 std_dev=1.074
O2 A 0, -0.686, 0.432, 1.550, 3.556 max_d=3.556 avg_d=0.432 std_dev=1.118
O4 B 0, -0.347, 0.789, 1.926, 3.877 max_d=3.877 avg_d=0.789 std_dev=1.136
N3 A 0, -0.735, 0.429, 1.593, 3.766 max_d=3.766 avg_d=0.429 std_dev=1.164
O4 A 0, -0.694, 0.475, 1.644, 3.911 max_d=3.911 avg_d=0.475 std_dev=1.169
C2 B 0, -0.517, 0.834, 2.186, 4.525 max_d=4.525 avg_d=0.834 std_dev=1.352
C4 B 0, -0.568, 0.879, 2.325, 4.853 max_d=4.853 avg_d=0.879 std_dev=1.446
C2 A 0, -0.919, 0.537, 1.992, 4.596 max_d=4.596 avg_d=0.537 std_dev=1.455
C4 A 0, -0.956, 0.559, 2.073, 4.918 max_d=4.918 avg_d=0.559 std_dev=1.515
N1 B 0, -1.004, 1.132, 3.268, 7.025 max_d=7.025 avg_d=1.132 std_dev=2.136
N1 A 0, -1.430, 0.824, 3.079, 7.086 max_d=7.086 avg_d=0.824 std_dev=2.254
C5 B 0, -1.057, 1.213, 3.483, 7.471 max_d=7.471 avg_d=1.213 std_dev=2.270
O2' B 0, -0.361, 1.956, 4.274, 8.223 max_d=8.223 avg_d=1.956 std_dev=2.318
C5 A 0, -1.492, 0.857, 3.206, 7.513 max_d=7.513 avg_d=0.857 std_dev=2.349
C1' B 0, -1.169, 1.333, 3.836, 8.207 max_d=8.207 avg_d=1.333 std_dev=2.502
C6 B 0, -1.281, 1.313, 3.906, 8.477 max_d=8.477 avg_d=1.313 std_dev=2.594
O2' A 0, -0.550, 2.095, 4.740, 9.211 max_d=9.211 avg_d=2.095 std_dev=2.645
C1' A 0, -1.684, 0.973, 3.630, 8.374 max_d=8.374 avg_d=0.973 std_dev=2.657
C6 A 0, -1.708, 0.986, 3.679, 8.528 max_d=8.528 avg_d=0.986 std_dev=2.694
C2' B 0, -1.220, 1.575, 4.370, 9.490 max_d=9.490 avg_d=1.575 std_dev=2.795
C2' A 0, -1.127, 1.735, 4.596, 9.618 max_d=9.618 avg_d=1.735 std_dev=2.861
O4' B 0, -1.273, 1.899, 5.072, 10.691 max_d=10.691 avg_d=1.899 std_dev=3.172
O4' A 0, -1.434, 1.795, 5.024, 10.738 max_d=10.738 avg_d=1.795 std_dev=3.229
O3' B 0, 0.206, 3.503, 6.801, 11.899 max_d=11.899 avg_d=3.503 std_dev=3.297
O3' A 0, -0.475, 2.909, 6.292, 11.733 max_d=11.733 avg_d=2.909 std_dev=3.383
C3' B 0, -0.790, 2.615, 6.020, 11.969 max_d=11.969 avg_d=2.615 std_dev=3.405
C3' A 0, -1.075, 2.351, 5.777, 11.645 max_d=11.645 avg_d=2.351 std_dev=3.426
C4' B 0, -1.126, 2.517, 6.161, 12.426 max_d=12.426 avg_d=2.517 std_dev=3.644
C4' A 0, -1.318, 2.407, 6.131, 12.606 max_d=12.606 avg_d=2.407 std_dev=3.724
C5' B 0, -1.598, 2.843, 7.284, 15.001 max_d=15.001 avg_d=2.843 std_dev=4.441
O5' A 0, -1.694, 2.751, 7.196, 14.980 max_d=14.980 avg_d=2.751 std_dev=4.445
C5' A 0, -1.469, 2.979, 7.427, 15.083 max_d=15.083 avg_d=2.979 std_dev=4.448
O5' B 0, -1.681, 2.813, 7.307, 15.188 max_d=15.188 avg_d=2.813 std_dev=4.494
P A 0, -1.767, 3.374, 8.516, 17.458 max_d=17.458 avg_d=3.374 std_dev=5.141
OP1 B 0, -1.233, 3.914, 9.061, 17.679 max_d=17.679 avg_d=3.914 std_dev=5.147
OP2 A 0, -1.549, 3.624, 8.797, 18.741 max_d=18.741 avg_d=3.624 std_dev=5.173
P B 0, -2.110, 3.094, 8.297, 17.322 max_d=17.322 avg_d=3.094 std_dev=5.203
OP2 B 0, -1.052, 4.351, 9.754, 18.954 max_d=18.954 avg_d=4.351 std_dev=5.403
OP1 A 0, -1.742, 3.686, 9.114, 18.562 max_d=18.562 avg_d=3.686 std_dev=5.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.02 0.00 0.09 0.54 0.13 0.17
C2 0.01 0.00 0.18 0.25 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.02 0.10 0.16 0.29 0.41 0.20
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.16 0.15 0.03 0.13 0.30 0.00 0.03 0.06 0.02 0.36 1.06 0.50 0.63
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.38 0.00 0.36 0.02 0.30 0.22 0.32 0.17 0.02 0.01 0.40 0.02 0.04 0.72 0.11 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.38 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.34 0.17 0.01 0.03 0.32 0.22 0.74 0.51
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.08 0.05 0.28 0.02 0.15 0.00 0.01 0.30 0.05 0.11
C5 0.01 0.01 0.11 0.36 0.00 0.19 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.23 0.01 0.08 0.34 0.26 0.70 0.53
C5' 0.05 0.06 0.16 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.18 0.08 0.10 0.07 0.12 0.20 0.18 0.01 0.01 0.12 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.30 0.01 0.18 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.16 0.01 0.11 0.26 0.16 0.46 0.34
N1 0.00 0.01 0.03 0.22 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.09 0.02 0.01 0.14 0.29 0.31 0.16
N3 0.01 0.01 0.13 0.32 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.07 0.02 0.07 0.24 0.17 0.60 0.36
O2 0.02 0.01 0.30 0.17 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.28 0.04 0.15 0.10 0.41 0.33 0.12
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.34 0.28 0.38 0.12 0.33 0.20 0.24 0.09 0.00 0.06 0.35 0.20 0.24 1.08 0.57 0.60
O3' 0.30 0.13 0.03 0.01 0.17 0.02 0.23 0.20 0.16 0.09 0.07 0.28 0.06 0.00 0.21 0.20 0.23 0.42 0.28 0.07
O4 0.02 0.02 0.06 0.40 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.04 0.35 0.21 0.00 0.03 0.36 0.30 0.86 0.60
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.07 0.15 0.20 0.20 0.03 0.00 0.07 0.21 0.15 0.09
O5' 0.09 0.16 0.36 0.04 0.32 0.01 0.34 0.01 0.26 0.14 0.24 0.10 0.24 0.23 0.36 0.07 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.54 0.29 1.06 0.72 0.22 0.30 0.26 0.12 0.16 0.29 0.17 0.41 1.08 0.42 0.30 0.21 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.41 0.50 0.11 0.74 0.05 0.70 0.08 0.46 0.31 0.60 0.33 0.57 0.28 0.86 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.20 0.63 0.29 0.51 0.11 0.53 0.01 0.34 0.16 0.36 0.12 0.60 0.07 0.60 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.35 0.37 0.31 0.77 0.22 0.65 0.22 0.43 0.29 0.62 0.27 0.62 0.39 0.99 0.29 0.48 1.11 0.96 0.58
C2 0.41 0.23 0.54 0.48 0.71 0.38 0.56 0.25 0.28 0.20 0.46 0.49 0.83 0.41 1.03 0.36 0.43 1.07 1.03 0.48
C2' 0.43 0.61 0.65 0.55 0.95 0.41 0.84 0.47 0.68 0.56 0.83 0.50 0.51 0.33 1.11 0.40 0.70 0.97 1.17 0.73
C3' 0.33 0.47 0.46 0.36 0.79 0.30 0.72 0.37 0.56 0.44 0.66 0.39 0.57 0.60 0.96 0.34 0.60 1.05 1.03 0.68
C4 0.82 0.78 0.89 0.82 0.18 0.71 0.17 0.54 0.36 0.65 0.51 1.08 1.07 0.70 0.37 0.71 0.57 1.05 1.19 0.44
C4' 0.28 0.39 0.39 0.31 0.69 0.26 0.60 0.29 0.44 0.35 0.56 0.33 0.68 0.58 0.85 0.32 0.53 1.17 0.90 0.64
C5 0.70 0.63 0.78 0.71 0.17 0.62 0.16 0.46 0.29 0.53 0.39 0.89 0.97 0.61 0.33 0.62 0.52 1.05 1.15 0.41
C5' 0.26 0.28 0.38 0.29 0.53 0.25 0.47 0.26 0.33 0.26 0.41 0.30 0.68 0.54 0.69 0.30 0.48 1.14 0.91 0.58
C6 0.50 0.36 0.61 0.54 0.32 0.45 0.26 0.32 0.16 0.31 0.19 0.61 0.83 0.48 0.56 0.46 0.44 1.06 1.05 0.42
N1 0.36 0.22 0.49 0.42 0.59 0.34 0.48 0.23 0.25 0.19 0.38 0.41 0.75 0.40 0.86 0.35 0.42 1.07 1.01 0.48
N3 0.68 0.53 0.77 0.70 0.42 0.59 0.31 0.42 0.17 0.43 0.23 0.92 1.01 0.59 0.81 0.57 0.48 1.06 1.12 0.43
O2 0.25 0.39 0.41 0.38 1.02 0.26 0.81 0.19 0.52 0.30 0.83 0.27 0.74 0.33 1.27 0.26 0.47 1.10 1.01 0.58
O2' 0.49 0.80 0.66 0.54 1.10 0.40 0.98 0.47 0.81 0.70 1.02 0.69 0.55 0.59 1.24 0.50 0.73 1.24 1.03 0.83
O3' 0.64 0.73 0.67 0.72 0.89 0.62 0.83 0.64 0.73 0.69 0.82 0.72 0.99 1.23 1.00 0.63 0.81 1.45 0.86 0.92
O4 1.02 1.08 1.06 1.00 0.45 0.88 0.38 0.70 0.61 0.90 0.89 1.31 1.20 0.87 0.20 0.89 0.71 1.07 1.30 0.52
O4' 0.31 0.35 0.37 0.28 0.67 0.27 0.57 0.26 0.41 0.32 0.53 0.33 0.76 0.51 0.86 0.36 0.49 1.22 0.86 0.62
O5' 0.30 0.24 0.44 0.35 0.43 0.30 0.40 0.28 0.28 0.23 0.28 0.36 0.64 0.46 0.59 0.31 0.49 1.00 1.07 0.53
OP1 0.70 0.60 0.67 0.69 0.36 0.73 0.36 0.62 0.42 0.56 0.44 0.78 1.09 1.23 0.39 0.75 0.62 1.40 0.74 0.67
OP2 0.48 0.49 0.56 0.50 0.68 0.46 0.70 0.50 0.59 0.50 0.53 0.54 0.59 0.35 0.81 0.47 0.72 0.82 1.41 0.71
P 0.36 0.28 0.45 0.34 0.37 0.34 0.37 0.28 0.26 0.26 0.24 0.44 0.71 0.60 0.52 0.36 0.48 0.96 1.09 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.36 0.02 0.01 0.22 0.70 0.15 0.29
C2 0.02 0.00 0.18 0.25 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.24 0.02 0.13 0.29 0.94 0.52 0.33
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.21 0.15 0.02 0.14 0.30 0.00 0.03 0.06 0.02 0.49 0.70 0.32 0.54
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.40 0.01 0.40 0.02 0.34 0.24 0.33 0.19 0.02 0.01 0.43 0.03 0.17 0.41 0.11 0.17
C4 0.02 0.01 0.04 0.40 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.16 0.00 0.03 0.43 1.17 0.95 0.44
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.22 0.09 0.10 0.14 0.32 0.02 0.17 0.00 0.02 0.17 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.40 0.00 0.22 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.22 0.01 0.12 0.49 1.24 0.95 0.51
C5' 0.08 0.09 0.21 0.02 0.20 0.01 0.29 0.00 0.26 0.09 0.12 0.17 0.11 0.23 0.23 0.01 0.01 0.20 0.41 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.34 0.01 0.22 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.15 0.01 0.15 0.42 1.15 0.67 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.14 0.01 0.02 0.27 0.93 0.43 0.33
N3 0.02 0.00 0.14 0.33 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.16 0.01 0.09 0.35 1.05 0.76 0.37
O2 0.03 0.00 0.30 0.19 0.02 0.14 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.43 0.02 0.23 0.31 0.86 0.42 0.35
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.38 0.32 0.43 0.11 0.39 0.22 0.31 0.28 0.00 0.05 0.40 0.22 0.34 0.51 0.27 0.41
O3' 0.36 0.24 0.03 0.01 0.16 0.02 0.22 0.23 0.15 0.14 0.16 0.43 0.05 0.00 0.20 0.24 0.27 0.76 0.37 0.40
O4 0.02 0.02 0.06 0.43 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.20 0.00 0.04 0.47 1.20 1.10 0.49
O4' 0.01 0.13 0.02 0.03 0.03 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.09 0.23 0.22 0.24 0.04 0.00 0.12 0.52 0.14 0.16
O5' 0.22 0.29 0.49 0.17 0.43 0.02 0.49 0.01 0.42 0.27 0.35 0.31 0.34 0.27 0.47 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.70 0.94 0.70 0.41 1.17 0.17 1.24 0.20 1.15 0.93 1.05 0.86 0.51 0.76 1.20 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.52 0.32 0.11 0.95 0.20 0.95 0.41 0.67 0.43 0.76 0.42 0.27 0.37 1.10 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.33 0.54 0.17 0.44 0.03 0.51 0.02 0.45 0.33 0.37 0.35 0.41 0.40 0.49 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00