ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50589

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 2, 2, 5, 2, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 1.636, 2.886, 4.135, 3.511 max_d=3.511 avg_d=2.886 std_dev=1.249
O4 B 0, 1.718, 2.992, 4.265, 3.616 max_d=3.616 avg_d=2.992 std_dev=1.273
N3 B 0, 1.679, 2.968, 4.257, 3.555 max_d=3.555 avg_d=2.968 std_dev=1.289
O2 A 0, 1.615, 2.917, 4.219, 3.866 max_d=3.866 avg_d=2.917 std_dev=1.302
O4 A 0, 1.624, 2.936, 4.247, 3.785 max_d=3.785 avg_d=2.936 std_dev=1.312
N3 A 0, 1.618, 2.933, 4.249, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.933 std_dev=1.316
C2 B 0, 2.129, 3.761, 5.393, 4.507 max_d=4.507 avg_d=3.761 std_dev=1.632
C4 B 0, 2.200, 3.878, 5.556, 4.648 max_d=4.648 avg_d=3.878 std_dev=1.678
C2 A 0, 2.093, 3.787, 5.482, 4.876 max_d=4.876 avg_d=3.787 std_dev=1.694
C4 A 0, 2.127, 3.851, 5.574, 4.811 max_d=4.811 avg_d=3.851 std_dev=1.724
N1 B 0, 3.324, 5.867, 8.409, 7.016 max_d=7.016 avg_d=5.867 std_dev=2.543
C5 B 0, 3.437, 6.066, 8.695, 7.251 max_d=7.251 avg_d=6.066 std_dev=2.629
N1 A 0, 3.272, 5.919, 8.566, 7.398 max_d=7.398 avg_d=5.919 std_dev=2.647
C5 A 0, 3.345, 6.054, 8.763, 7.410 max_d=7.410 avg_d=6.054 std_dev=2.709
C1' B 0, 3.938, 6.934, 9.930, 8.296 max_d=8.296 avg_d=6.934 std_dev=2.996
C6 B 0, 3.963, 7.000, 10.037, 8.376 max_d=8.376 avg_d=7.000 std_dev=3.037
O2' B 0, 4.135, 7.230, 10.325, 9.036 max_d=9.036 avg_d=7.230 std_dev=3.095
O2' A 0, 3.996, 7.107, 10.217, 8.894 max_d=8.894 avg_d=7.107 std_dev=3.111
C6 A 0, 3.884, 7.021, 10.158, 8.635 max_d=8.635 avg_d=7.021 std_dev=3.137
C1' A 0, 3.894, 7.045, 10.197, 8.806 max_d=8.806 avg_d=7.045 std_dev=3.152
C2' A 0, 4.160, 7.485, 10.810, 9.267 max_d=9.267 avg_d=7.485 std_dev=3.325
C2' B 0, 4.465, 7.860, 11.255, 9.705 max_d=9.705 avg_d=7.860 std_dev=3.395
O4' B 0, 5.060, 8.923, 12.785, 10.776 max_d=10.776 avg_d=8.923 std_dev=3.862
O4' A 0, 5.099, 9.202, 13.304, 11.480 max_d=11.480 avg_d=9.202 std_dev=4.103
C3' A 0, 5.375, 9.619, 13.863, 12.046 max_d=12.046 avg_d=9.619 std_dev=4.244
C3' B 0, 5.741, 10.112, 14.482, 12.218 max_d=12.218 avg_d=10.112 std_dev=4.371
C4' B 0, 6.006, 10.577, 15.149, 12.698 max_d=12.698 avg_d=10.577 std_dev=4.572
O3' A 0, 5.696, 10.313, 14.929, 13.867 max_d=13.867 avg_d=10.313 std_dev=4.617
C4' A 0, 5.924, 10.637, 15.349, 13.194 max_d=13.194 avg_d=10.637 std_dev=4.713
O3' B 0, 6.183, 10.948, 15.713, 13.992 max_d=13.992 avg_d=10.948 std_dev=4.765
O5' A 0, 6.986, 12.470, 17.953, 15.544 max_d=15.544 avg_d=12.470 std_dev=5.483
C5' B 0, 7.201, 12.697, 18.194, 15.298 max_d=15.298 avg_d=12.697 std_dev=5.497
O5' B 0, 7.256, 12.834, 18.413, 16.567 max_d=16.567 avg_d=12.834 std_dev=5.579
C5' A 0, 7.125, 12.746, 18.367, 15.624 max_d=15.624 avg_d=12.746 std_dev=5.621
OP2 A 0, 7.628, 13.657, 19.686, 17.434 max_d=17.434 avg_d=13.657 std_dev=6.029
P A 0, 8.041, 14.349, 20.657, 17.561 max_d=17.561 avg_d=14.349 std_dev=6.308
P B 0, 8.179, 14.495, 20.810, 19.003 max_d=19.003 avg_d=14.495 std_dev=6.316
OP2 B 0, 8.209, 14.719, 21.229, 19.000 max_d=19.000 avg_d=14.719 std_dev=6.510
OP1 B 0, 8.683, 15.473, 22.264, 21.429 max_d=21.429 avg_d=15.473 std_dev=6.791
OP1 A 0, 8.945, 15.973, 23.002, 19.608 max_d=19.608 avg_d=15.973 std_dev=7.029

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.02 0.01 0.13 0.57 0.21 0.16
C2 0.01 0.00 0.18 0.26 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.16 0.01 0.09 0.20 0.31 0.48 0.23
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.17 0.13 0.02 0.14 0.29 0.00 0.04 0.06 0.02 0.41 1.13 0.59 0.68
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.42 0.01 0.42 0.02 0.36 0.25 0.35 0.17 0.02 0.01 0.44 0.03 0.06 0.78 0.25 0.35
C4 0.01 0.01 0.04 0.42 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.18 0.00 0.03 0.38 0.25 0.84 0.58
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.09 0.06 0.32 0.02 0.16 0.00 0.01 0.34 0.15 0.11
C5 0.01 0.01 0.09 0.42 0.00 0.21 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.26 0.01 0.08 0.41 0.32 0.83 0.62
C5' 0.05 0.05 0.17 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.19 0.07 0.09 0.07 0.14 0.22 0.18 0.02 0.01 0.16 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.20 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.18 0.01 0.11 0.32 0.16 0.58 0.41
N1 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.08 0.01 0.01 0.19 0.30 0.40 0.19
N3 0.01 0.00 0.14 0.35 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.08 0.01 0.07 0.29 0.17 0.67 0.40
O2 0.02 0.00 0.29 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.35 0.02 0.15 0.16 0.47 0.38 0.13
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.36 0.32 0.40 0.14 0.34 0.22 0.27 0.10 0.00 0.07 0.38 0.21 0.27 1.16 0.66 0.64
O3' 0.32 0.16 0.04 0.01 0.18 0.02 0.26 0.22 0.18 0.08 0.08 0.35 0.07 0.00 0.22 0.21 0.29 0.42 0.30 0.17
O4 0.02 0.01 0.06 0.44 0.00 0.16 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.22 0.00 0.04 0.42 0.36 0.96 0.67
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.03 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.07 0.15 0.21 0.21 0.04 0.00 0.14 0.23 0.25 0.12
O5' 0.13 0.20 0.41 0.06 0.38 0.01 0.41 0.01 0.32 0.19 0.29 0.16 0.27 0.29 0.42 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.57 0.31 1.13 0.78 0.25 0.34 0.32 0.16 0.16 0.30 0.17 0.47 1.16 0.42 0.36 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.48 0.59 0.25 0.84 0.15 0.83 0.08 0.58 0.40 0.67 0.38 0.66 0.30 0.96 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.68 0.35 0.58 0.11 0.62 0.01 0.41 0.19 0.40 0.13 0.64 0.17 0.67 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.29 0.15 0.08 0.68 0.23 0.57 0.17 0.37 0.25 0.54 0.20 0.58 0.56 0.88 0.27 0.37 1.30 0.96 0.62
C2 0.34 0.13 0.39 0.31 0.66 0.34 0.51 0.19 0.24 0.12 0.42 0.40 0.73 0.39 0.94 0.32 0.31 1.28 1.03 0.55
C2' 0.20 0.38 0.36 0.25 0.75 0.18 0.64 0.17 0.46 0.33 0.63 0.24 0.28 0.41 0.93 0.13 0.41 1.08 1.20 0.61
C3' 0.12 0.25 0.09 0.18 0.61 0.19 0.53 0.11 0.35 0.21 0.47 0.17 0.50 0.83 0.79 0.15 0.38 1.15 1.11 0.59
C4 0.73 0.70 0.76 0.70 0.15 0.63 0.16 0.46 0.31 0.57 0.43 0.98 0.94 0.57 0.38 0.63 0.46 1.19 1.20 0.48
C4' 0.26 0.31 0.17 0.23 0.59 0.28 0.51 0.24 0.37 0.29 0.48 0.27 0.68 0.81 0.75 0.29 0.45 1.33 0.93 0.66
C5 0.62 0.56 0.66 0.59 0.14 0.55 0.15 0.40 0.26 0.47 0.33 0.80 0.87 0.51 0.31 0.56 0.41 1.20 1.16 0.47
C5' 0.24 0.20 0.18 0.17 0.44 0.27 0.38 0.20 0.25 0.19 0.31 0.25 0.69 0.75 0.59 0.27 0.39 1.32 0.96 0.61
C6 0.44 0.31 0.48 0.39 0.27 0.41 0.21 0.27 0.11 0.26 0.12 0.54 0.75 0.46 0.51 0.41 0.32 1.24 1.08 0.49
N1 0.31 0.14 0.34 0.25 0.53 0.31 0.42 0.18 0.20 0.13 0.32 0.34 0.68 0.44 0.77 0.31 0.31 1.27 1.02 0.54
N3 0.59 0.44 0.63 0.57 0.42 0.52 0.30 0.34 0.12 0.36 0.12 0.82 0.88 0.47 0.79 0.51 0.36 1.23 1.11 0.49
O2 0.19 0.36 0.22 0.16 0.94 0.22 0.75 0.13 0.48 0.27 0.79 0.16 0.64 0.37 1.16 0.23 0.36 1.30 0.98 0.63
O2' 0.36 0.66 0.27 0.31 0.97 0.33 0.86 0.35 0.68 0.57 0.89 0.52 0.22 0.77 1.13 0.44 0.56 1.36 0.97 0.75
O3' 0.69 0.72 0.68 0.87 0.80 0.75 0.75 0.68 0.69 0.68 0.76 0.75 1.06 1.56 0.89 0.67 0.85 1.56 0.94 0.93
O4 0.91 0.97 0.92 0.89 0.39 0.78 0.35 0.61 0.54 0.81 0.80 1.19 1.04 0.71 0.21 0.80 0.61 1.14 1.30 0.52
O4' 0.34 0.35 0.23 0.19 0.63 0.33 0.55 0.30 0.41 0.34 0.51 0.32 0.76 0.69 0.79 0.38 0.45 1.42 0.85 0.69
O5' 0.30 0.19 0.30 0.22 0.31 0.32 0.28 0.21 0.16 0.17 0.16 0.34 0.65 0.64 0.47 0.31 0.42 1.25 1.20 0.63
OP1 0.80 0.65 0.69 0.78 0.33 0.87 0.34 0.73 0.46 0.62 0.47 0.85 1.19 1.49 0.33 0.85 0.67 1.54 0.81 0.72
OP2 0.60 0.59 0.65 0.57 0.68 0.58 0.69 0.59 0.62 0.59 0.59 0.66 0.71 0.53 0.77 0.57 0.58 0.93 1.59 0.71
P 0.37 0.27 0.35 0.25 0.29 0.38 0.29 0.27 0.19 0.24 0.18 0.45 0.74 0.76 0.46 0.38 0.30 1.15 1.21 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.36 0.02 0.01 0.26 0.80 0.54 0.35
C2 0.02 0.00 0.11 0.20 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.30 0.01 0.06 0.28 1.08 0.78 0.45
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.22 0.11 0.02 0.08 0.20 0.00 0.04 0.05 0.02 0.50 0.77 0.31 0.55
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.37 0.01 0.41 0.01 0.37 0.22 0.28 0.14 0.02 0.01 0.40 0.03 0.07 0.15 0.16 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.37 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.15 0.00 0.02 0.38 1.36 1.06 0.58
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.18 0.08 0.08 0.05 0.32 0.02 0.15 0.00 0.01 0.26 0.33 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.41 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.23 0.00 0.06 0.41 1.37 1.07 0.60
C5' 0.08 0.08 0.22 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.20 0.10 0.13 0.07 0.10 0.24 0.22 0.01 0.01 0.31 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.18 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.18 0.01 0.07 0.35 1.22 0.89 0.52
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.16 0.01 0.01 0.27 1.05 0.73 0.44
N3 0.02 0.00 0.08 0.28 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.20 0.01 0.05 0.32 1.23 0.94 0.52
O2 0.04 0.01 0.20 0.14 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.52 0.01 0.11 0.25 0.97 0.69 0.40
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.38 0.32 0.35 0.10 0.28 0.22 0.35 0.23 0.00 0.05 0.39 0.22 0.35 0.62 0.31 0.44
O3' 0.36 0.30 0.04 0.01 0.15 0.02 0.23 0.24 0.18 0.16 0.20 0.52 0.05 0.00 0.18 0.24 0.31 0.49 0.36 0.37
O4 0.02 0.01 0.05 0.40 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.18 0.00 0.03 0.41 1.42 1.15 0.62
O4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.11 0.22 0.24 0.03 0.00 0.15 0.63 0.61 0.24
O5' 0.26 0.28 0.50 0.07 0.38 0.01 0.41 0.01 0.35 0.27 0.32 0.25 0.35 0.31 0.41 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.80 1.08 0.77 0.15 1.36 0.26 1.37 0.31 1.22 1.05 1.23 0.97 0.62 0.49 1.42 0.63 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 0.78 0.31 0.16 1.06 0.33 1.07 0.36 0.89 0.73 0.94 0.69 0.31 0.36 1.15 0.61 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.45 0.55 0.07 0.58 0.06 0.60 0.01 0.52 0.44 0.52 0.40 0.44 0.37 0.62 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00