ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50590

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 5, 1, 4, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, 2.370, 3.439, 4.508, 3.840 max_d=3.840 avg_d=3.439 std_dev=1.069
O2 A 0, 2.252, 3.334, 4.415, 4.080 max_d=4.080 avg_d=3.334 std_dev=1.082
N3 B 0, 2.394, 3.478, 4.562, 3.850 max_d=3.850 avg_d=3.478 std_dev=1.084
O4 A 0, 2.281, 3.369, 4.457, 4.132 max_d=4.132 avg_d=3.369 std_dev=1.088
N3 A 0, 2.261, 3.355, 4.449, 4.128 max_d=4.128 avg_d=3.355 std_dev=1.094
O2 B 0, 2.414, 3.511, 4.608, 3.915 max_d=3.915 avg_d=3.511 std_dev=1.097
C2 A 0, 2.816, 4.172, 5.528, 5.069 max_d=5.069 avg_d=4.172 std_dev=1.356
C2 B 0, 2.977, 4.342, 5.707, 4.814 max_d=4.814 avg_d=4.342 std_dev=1.365
C4 B 0, 2.997, 4.368, 5.739, 4.837 max_d=4.837 avg_d=4.368 std_dev=1.371
C4 A 0, 2.884, 4.271, 5.657, 5.164 max_d=5.164 avg_d=4.271 std_dev=1.386
N1 A 0, 4.294, 6.358, 8.422, 7.516 max_d=7.516 avg_d=6.358 std_dev=2.064
N1 B 0, 4.472, 6.548, 8.624, 7.245 max_d=7.245 avg_d=6.548 std_dev=2.076
C5 B 0, 4.559, 6.679, 8.800, 7.372 max_d=7.372 avg_d=6.679 std_dev=2.120
C5 A 0, 4.434, 6.563, 8.692, 7.708 max_d=7.708 avg_d=6.563 std_dev=2.129
O2' B 0, 5.369, 7.775, 10.181, 8.744 max_d=8.744 avg_d=7.775 std_dev=2.406
C1' A 0, 5.081, 7.524, 9.966, 8.831 max_d=8.831 avg_d=7.524 std_dev=2.442
C6 A 0, 5.102, 7.549, 9.997, 8.817 max_d=8.817 avg_d=7.549 std_dev=2.447
C6 B 0, 5.254, 7.706, 10.158, 8.521 max_d=8.521 avg_d=7.706 std_dev=2.452
O2' A 0, 5.063, 7.520, 9.976, 9.088 max_d=9.088 avg_d=7.520 std_dev=2.456
C1' B 0, 5.313, 7.770, 10.227, 8.589 max_d=8.589 avg_d=7.770 std_dev=2.457
C2' B 0, 5.480, 8.001, 10.522, 9.463 max_d=9.463 avg_d=8.001 std_dev=2.521
C2' A 0, 5.363, 7.892, 10.421, 9.622 max_d=9.622 avg_d=7.892 std_dev=2.529
O4' A 0, 6.684, 9.817, 12.949, 11.317 max_d=11.317 avg_d=9.817 std_dev=3.133
O4' B 0, 6.956, 10.158, 13.360, 11.229 max_d=11.229 avg_d=10.158 std_dev=3.202
C3' A 0, 7.146, 10.395, 13.643, 12.071 max_d=12.071 avg_d=10.395 std_dev=3.249
C3' B 0, 7.201, 10.523, 13.845, 12.014 max_d=12.014 avg_d=10.523 std_dev=3.322
C4' A 0, 7.837, 11.388, 14.938, 13.106 max_d=13.106 avg_d=11.388 std_dev=3.551
O3' A 0, 7.994, 11.619, 15.245, 13.597 max_d=13.597 avg_d=11.619 std_dev=3.626
O3' B 0, 8.080, 11.736, 15.392, 13.233 max_d=13.233 avg_d=11.736 std_dev=3.656
C4' B 0, 8.007, 11.691, 15.375, 12.954 max_d=12.954 avg_d=11.691 std_dev=3.684
OP2 A 0, 9.622, 13.496, 17.371, 16.255 max_d=16.255 avg_d=13.496 std_dev=3.874
O5' A 0, 9.031, 12.977, 16.922, 14.712 max_d=14.712 avg_d=12.977 std_dev=3.946
O5' B 0, 9.070, 13.217, 17.364, 15.330 max_d=15.330 avg_d=13.217 std_dev=4.147
C5' A 0, 9.378, 13.535, 17.692, 15.376 max_d=15.376 avg_d=13.535 std_dev=4.157
P A 0, 10.172, 14.486, 18.801, 16.616 max_d=16.616 avg_d=14.486 std_dev=4.315
C5' B 0, 9.475, 13.840, 18.204, 15.346 max_d=15.346 avg_d=13.840 std_dev=4.365
OP2 B 0, 9.583, 14.148, 18.713, 18.744 max_d=18.744 avg_d=14.148 std_dev=4.565
P B 0, 10.311, 15.054, 19.797, 18.037 max_d=18.037 avg_d=15.054 std_dev=4.743
OP1 A 0, 11.578, 16.665, 21.753, 18.863 max_d=18.863 avg_d=16.665 std_dev=5.088
OP1 B 0, 11.704, 17.096, 22.487, 19.583 max_d=19.583 avg_d=17.096 std_dev=5.392

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.15 0.02 0.01 0.15 0.29 0.18 0.15
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.06 0.16 0.20 0.26 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.09 0.02 0.07 0.15 0.00 0.02 0.05 0.01 0.21 0.55 0.28 0.33
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.20 0.01 0.20 0.02 0.16 0.12 0.17 0.09 0.02 0.01 0.21 0.01 0.05 0.37 0.08 0.15
C4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.01 0.03 0.21 0.17 0.39 0.27
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.08 0.05 0.15 0.01 0.13 0.00 0.01 0.15 0.03 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.20 0.01 0.15 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.01 0.05 0.22 0.17 0.38 0.28
C5' 0.06 0.15 0.09 0.02 0.25 0.01 0.28 0.00 0.25 0.15 0.20 0.12 0.07 0.11 0.26 0.02 0.01 0.12 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.14 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.10 0.02 0.06 0.19 0.14 0.29 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02 0.01 0.16 0.19 0.23 0.14
N3 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.04 0.18 0.16 0.33 0.21
O2 0.04 0.00 0.15 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.16 0.02 0.10 0.14 0.25 0.22 0.13
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.17 0.15 0.20 0.07 0.18 0.10 0.11 0.07 0.00 0.04 0.18 0.11 0.14 0.55 0.31 0.32
O3' 0.15 0.09 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.11 0.10 0.06 0.07 0.16 0.04 0.00 0.13 0.10 0.15 0.24 0.19 0.09
O4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.18 0.13 0.00 0.03 0.23 0.20 0.45 0.31
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.10 0.11 0.10 0.03 0.00 0.16 0.13 0.19 0.14
O5' 0.15 0.16 0.21 0.05 0.21 0.01 0.22 0.01 0.19 0.16 0.18 0.14 0.14 0.15 0.23 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.20 0.55 0.37 0.17 0.15 0.17 0.12 0.14 0.19 0.16 0.25 0.55 0.24 0.20 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.26 0.28 0.08 0.39 0.03 0.38 0.04 0.29 0.23 0.33 0.22 0.31 0.19 0.45 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.15 0.33 0.15 0.27 0.05 0.28 0.02 0.20 0.14 0.21 0.13 0.32 0.09 0.31 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.36 0.25 0.27 0.64 0.20 0.56 0.22 0.42 0.31 0.54 0.26 0.33 0.29 0.78 0.20 0.37 0.58 0.85 0.47
C2 0.20 0.17 0.33 0.30 0.61 0.20 0.50 0.16 0.30 0.16 0.42 0.23 0.52 0.33 0.82 0.16 0.31 0.53 0.89 0.42
C2' 0.41 0.56 0.47 0.46 0.77 0.37 0.70 0.40 0.60 0.52 0.70 0.47 0.33 0.34 0.86 0.37 0.55 0.56 0.92 0.57
C3' 0.33 0.43 0.36 0.34 0.62 0.30 0.58 0.33 0.48 0.41 0.54 0.36 0.31 0.37 0.71 0.31 0.44 0.53 0.82 0.47
C4 0.50 0.46 0.60 0.52 0.14 0.43 0.14 0.30 0.19 0.37 0.26 0.68 0.74 0.54 0.35 0.40 0.30 0.46 0.89 0.33
C4' 0.25 0.34 0.28 0.28 0.51 0.24 0.46 0.26 0.37 0.31 0.44 0.29 0.33 0.36 0.61 0.25 0.36 0.57 0.77 0.43
C5 0.41 0.35 0.51 0.45 0.16 0.36 0.15 0.25 0.15 0.29 0.19 0.53 0.65 0.48 0.31 0.33 0.28 0.45 0.87 0.32
C5' 0.24 0.20 0.31 0.29 0.26 0.24 0.24 0.21 0.19 0.19 0.22 0.24 0.40 0.38 0.34 0.21 0.27 0.46 0.75 0.32
C6 0.27 0.18 0.39 0.34 0.32 0.25 0.28 0.17 0.16 0.16 0.17 0.33 0.52 0.38 0.48 0.21 0.26 0.47 0.85 0.34
N1 0.19 0.19 0.30 0.28 0.52 0.19 0.44 0.16 0.28 0.17 0.37 0.21 0.45 0.32 0.69 0.16 0.30 0.52 0.86 0.40
N3 0.39 0.27 0.51 0.42 0.39 0.33 0.32 0.21 0.14 0.22 0.15 0.54 0.69 0.46 0.67 0.30 0.27 0.48 0.89 0.35
O2 0.16 0.38 0.24 0.27 0.82 0.18 0.68 0.21 0.48 0.32 0.69 0.19 0.44 0.27 0.99 0.16 0.41 0.62 0.93 0.53
O2' 0.52 0.72 0.56 0.55 0.88 0.47 0.81 0.50 0.71 0.65 0.85 0.66 0.41 0.49 0.96 0.49 0.63 0.76 0.92 0.67
O3' 0.46 0.56 0.43 0.47 0.69 0.45 0.66 0.46 0.59 0.53 0.64 0.51 0.46 0.64 0.76 0.46 0.53 0.75 0.74 0.57
O4 0.66 0.70 0.75 0.65 0.24 0.56 0.21 0.43 0.36 0.57 0.55 0.88 0.86 0.67 0.14 0.55 0.39 0.49 0.92 0.36
O4' 0.21 0.31 0.23 0.24 0.54 0.20 0.48 0.21 0.36 0.27 0.45 0.25 0.38 0.33 0.67 0.21 0.33 0.61 0.80 0.44
O5' 0.25 0.28 0.29 0.30 0.46 0.24 0.44 0.27 0.35 0.28 0.37 0.26 0.32 0.33 0.56 0.24 0.39 0.52 0.89 0.46
OP1 0.40 0.38 0.36 0.39 0.37 0.42 0.36 0.39 0.35 0.36 0.36 0.43 0.52 0.63 0.41 0.43 0.38 0.67 0.77 0.46
OP2 0.31 0.29 0.37 0.35 0.41 0.29 0.43 0.31 0.36 0.31 0.31 0.31 0.37 0.32 0.49 0.28 0.46 0.41 1.01 0.51
P 0.24 0.22 0.29 0.27 0.31 0.23 0.31 0.22 0.25 0.21 0.23 0.26 0.38 0.37 0.39 0.22 0.33 0.44 0.87 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.01 0.01 0.09 0.36 0.17 0.19
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.04 0.16 0.43 0.48 0.26
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.11 0.07 0.03 0.08 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.27 0.40 0.21 0.30
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.21 0.00 0.23 0.02 0.19 0.12 0.17 0.11 0.02 0.00 0.23 0.01 0.18 0.38 0.15 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.01 0.03 0.26 0.50 0.79 0.36
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.04 0.14 0.01 0.09 0.00 0.03 0.13 0.14 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.23 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.02 0.05 0.27 0.53 0.78 0.37
C5' 0.04 0.04 0.11 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.11 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.11 0.02 0.01 0.15 0.26 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.14 0.02 0.06 0.22 0.50 0.58 0.32
N1 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.01 0.15 0.43 0.42 0.26
N3 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.02 0.03 0.21 0.46 0.65 0.31
O2 0.03 0.01 0.15 0.11 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.21 0.03 0.07 0.13 0.40 0.39 0.23
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.16 0.14 0.17 0.05 0.14 0.10 0.13 0.08 0.00 0.06 0.16 0.10 0.20 0.33 0.14 0.23
O3' 0.16 0.10 0.02 0.00 0.12 0.01 0.17 0.09 0.14 0.06 0.08 0.21 0.06 0.00 0.15 0.10 0.19 0.60 0.21 0.29
O4 0.01 0.02 0.06 0.23 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.16 0.15 0.00 0.04 0.28 0.50 0.88 0.38
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.10 0.10 0.04 0.00 0.08 0.32 0.14 0.18
O5' 0.09 0.16 0.27 0.18 0.26 0.03 0.27 0.01 0.22 0.15 0.21 0.13 0.20 0.19 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.43 0.40 0.38 0.50 0.13 0.53 0.15 0.50 0.43 0.46 0.40 0.33 0.60 0.50 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.48 0.21 0.15 0.79 0.14 0.78 0.26 0.58 0.42 0.65 0.39 0.14 0.21 0.88 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.26 0.30 0.20 0.36 0.04 0.37 0.02 0.32 0.26 0.31 0.23 0.23 0.29 0.38 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00