ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50591

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 9, 2, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.179, 0.836, 1.852, 3.724 max_d=3.724 avg_d=0.836 std_dev=1.015
N3 B 0, -0.374, 0.688, 1.751, 3.748 max_d=3.748 avg_d=0.688 std_dev=1.062
O2 B 0, -0.368, 0.731, 1.831, 3.889 max_d=3.889 avg_d=0.731 std_dev=1.099
O2 A 0, -0.691, 0.472, 1.635, 3.866 max_d=3.866 avg_d=0.472 std_dev=1.163
O4 A 0, -0.702, 0.483, 1.667, 3.937 max_d=3.937 avg_d=0.483 std_dev=1.184
N3 A 0, -0.765, 0.424, 1.613, 3.898 max_d=3.898 avg_d=0.424 std_dev=1.189
C4 B 0, -0.531, 0.840, 2.211, 4.801 max_d=4.801 avg_d=0.840 std_dev=1.371
C2 B 0, -0.607, 0.780, 2.167, 4.802 max_d=4.802 avg_d=0.780 std_dev=1.387
C2 A 0, -0.944, 0.532, 2.008, 4.840 max_d=4.840 avg_d=0.532 std_dev=1.476
C4 A 0, -0.972, 0.544, 2.059, 4.964 max_d=4.964 avg_d=0.544 std_dev=1.515
N1 B 0, -1.068, 1.075, 3.217, 7.306 max_d=7.306 avg_d=1.075 std_dev=2.143
C5 B 0, -1.012, 1.155, 3.322, 7.437 max_d=7.437 avg_d=1.155 std_dev=2.167
N1 A 0, -1.454, 0.786, 3.026, 7.317 max_d=7.317 avg_d=0.786 std_dev=2.240
C5 A 0, -1.506, 0.810, 3.125, 7.562 max_d=7.562 avg_d=0.810 std_dev=2.315
O2' A 0, -1.392, 1.082, 3.556, 8.293 max_d=8.293 avg_d=1.082 std_dev=2.474
C6 B 0, -1.241, 1.279, 3.799, 8.603 max_d=8.603 avg_d=1.279 std_dev=2.520
C1' B 0, -1.245, 1.299, 3.844, 8.705 max_d=8.705 avg_d=1.299 std_dev=2.545
C2' A 0, -1.492, 1.080, 3.651, 8.574 max_d=8.574 avg_d=1.080 std_dev=2.571
O2' B 0, -1.088, 1.522, 4.131, 9.110 max_d=9.110 avg_d=1.522 std_dev=2.610
C2' B 0, -1.219, 1.412, 4.044, 9.081 max_d=9.081 avg_d=1.412 std_dev=2.632
C1' A 0, -1.707, 0.932, 3.570, 8.629 max_d=8.629 avg_d=0.932 std_dev=2.638
C6 A 0, -1.716, 0.936, 3.587, 8.668 max_d=8.668 avg_d=0.936 std_dev=2.651
O4' B 0, -1.682, 1.648, 4.977, 11.340 max_d=11.340 avg_d=1.648 std_dev=3.329
C3' A 0, -1.908, 1.489, 4.885, 11.379 max_d=11.379 avg_d=1.489 std_dev=3.396
O4' A 0, -2.053, 1.368, 4.789, 11.345 max_d=11.345 avg_d=1.368 std_dev=3.421
C3' B 0, -1.728, 1.734, 5.195, 11.821 max_d=11.821 avg_d=1.734 std_dev=3.462
O3' A 0, -2.007, 1.763, 5.533, 12.734 max_d=12.734 avg_d=1.763 std_dev=3.770
C4' B 0, -1.934, 1.903, 5.739, 13.078 max_d=13.078 avg_d=1.903 std_dev=3.836
C4' A 0, -2.225, 1.630, 5.485, 12.857 max_d=12.857 avg_d=1.630 std_dev=3.855
O3' B 0, -1.866, 2.058, 5.983, 13.483 max_d=13.483 avg_d=2.058 std_dev=3.925
O5' A 0, -1.618, 2.687, 6.993, 14.872 max_d=14.872 avg_d=2.687 std_dev=4.306
O5' B 0, -2.333, 2.032, 6.397, 14.747 max_d=14.747 avg_d=2.032 std_dev=4.365
OP2 B 0, -2.272, 2.217, 6.706, 15.226 max_d=15.226 avg_d=2.217 std_dev=4.489
C5' B 0, -2.361, 2.182, 6.726, 15.413 max_d=15.413 avg_d=2.182 std_dev=4.543
C5' A 0, -2.500, 2.068, 6.636, 15.354 max_d=15.354 avg_d=2.068 std_dev=4.568
OP2 A 0, -1.167, 3.444, 8.056, 15.920 max_d=15.920 avg_d=3.444 std_dev=4.611
P B 0, -2.612, 2.306, 7.224, 16.591 max_d=16.591 avg_d=2.306 std_dev=4.918
P A 0, -1.680, 3.282, 8.243, 17.084 max_d=17.084 avg_d=3.282 std_dev=4.961
OP1 A 0, -1.658, 3.960, 9.579, 19.506 max_d=19.506 avg_d=3.960 std_dev=5.619
OP1 B 0, -2.970, 2.695, 8.360, 19.139 max_d=19.139 avg_d=2.695 std_dev=5.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.19 0.44 0.23
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.02 0.45 0.36 0.90 0.57
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.15 0.00 0.01 0.06 0.01 0.30 0.26 0.36 0.22
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.03 0.12 0.05 0.09 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.41 0.29 0.30 0.29
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.04 0.68 0.80 1.35 0.97
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.27 0.24 0.08
C5 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05 0.71 0.86 1.34 1.01
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.08 0.04 0.05 0.13 0.02 0.02 0.19 0.35 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.02 0.05 0.61 0.63 1.05 0.80
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.44 0.35 0.81 0.54
N3 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.03 0.57 0.57 1.15 0.77
O2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.19 0.04 0.03 0.35 0.24 0.76 0.42
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.08 0.14 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.50 0.22 0.14
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.10 0.02 0.12 0.05 0.13 0.05 0.11 0.19 0.04 0.00 0.12 0.02 0.34 0.35 0.32 0.23
O4 0.03 0.03 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.12 0.00 0.05 0.73 0.94 1.50 1.08
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.14 0.23 0.33 0.17
O5' 0.21 0.45 0.30 0.41 0.68 0.02 0.71 0.02 0.61 0.44 0.57 0.35 0.07 0.34 0.73 0.14 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.19 0.36 0.26 0.29 0.80 0.27 0.86 0.19 0.63 0.35 0.57 0.24 0.50 0.35 0.94 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.90 0.36 0.30 1.35 0.24 1.34 0.35 1.05 0.81 1.15 0.76 0.22 0.32 1.50 0.33 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.57 0.22 0.29 0.97 0.08 1.01 0.02 0.80 0.54 0.77 0.42 0.14 0.23 1.08 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.30 0.30 0.26 0.75 0.23 0.62 0.21 0.41 0.26 0.60 0.12 0.55 0.39 0.96 0.20 0.25 0.28 0.56 0.40
C2 0.34 0.09 0.54 0.39 0.70 0.35 0.54 0.22 0.26 0.11 0.45 0.36 0.83 0.53 1.01 0.27 0.16 0.21 0.51 0.31
C2' 0.25 0.49 0.26 0.26 0.87 0.26 0.74 0.29 0.54 0.42 0.77 0.33 0.47 0.35 1.06 0.29 0.38 0.41 0.71 0.54
C3' 0.24 0.36 0.30 0.27 0.71 0.27 0.60 0.27 0.42 0.31 0.59 0.24 0.52 0.37 0.90 0.27 0.33 0.37 0.64 0.48
C4 0.80 0.74 0.91 0.71 0.18 0.67 0.15 0.50 0.34 0.62 0.45 1.04 1.12 0.76 0.42 0.67 0.33 0.19 0.28 0.18
C4' 0.18 0.29 0.26 0.23 0.65 0.21 0.55 0.21 0.37 0.26 0.52 0.17 0.47 0.35 0.84 0.21 0.25 0.28 0.55 0.40
C5 0.68 0.58 0.79 0.62 0.19 0.59 0.15 0.43 0.28 0.51 0.34 0.85 1.01 0.69 0.39 0.57 0.29 0.18 0.27 0.17
C5' 0.23 0.20 0.33 0.28 0.52 0.26 0.44 0.22 0.28 0.20 0.38 0.18 0.54 0.39 0.70 0.24 0.22 0.24 0.50 0.35
C6 0.46 0.29 0.61 0.47 0.32 0.43 0.23 0.29 0.10 0.26 0.14 0.54 0.85 0.57 0.58 0.38 0.17 0.14 0.35 0.19
N1 0.30 0.08 0.48 0.36 0.58 0.32 0.46 0.20 0.22 0.10 0.36 0.29 0.74 0.49 0.85 0.24 0.15 0.19 0.47 0.29
N3 0.63 0.45 0.79 0.59 0.42 0.54 0.30 0.36 0.11 0.37 0.15 0.83 1.05 0.68 0.82 0.50 0.19 0.14 0.39 0.20
O2 0.22 0.38 0.39 0.30 1.00 0.27 0.80 0.23 0.53 0.31 0.83 0.13 0.71 0.44 1.24 0.23 0.29 0.32 0.65 0.45
O2' 0.46 0.75 0.32 0.35 1.04 0.38 0.91 0.43 0.74 0.65 0.98 0.64 0.34 0.34 1.19 0.48 0.53 0.52 0.81 0.66
O3' 0.34 0.49 0.32 0.33 0.78 0.35 0.68 0.38 0.53 0.44 0.69 0.39 0.48 0.39 0.94 0.38 0.44 0.48 0.74 0.59
O4 1.03 1.07 1.09 0.87 0.43 0.86 0.38 0.67 0.61 0.90 0.85 1.32 1.27 0.89 0.26 0.89 0.50 0.29 0.24 0.28
O4' 0.18 0.21 0.32 0.28 0.62 0.24 0.51 0.20 0.33 0.19 0.47 0.09 0.54 0.41 0.82 0.19 0.21 0.23 0.48 0.33
O5' 0.47 0.63 0.39 0.33 0.90 0.39 0.80 0.42 0.65 0.57 0.80 0.59 0.54 0.37 1.09 0.50 0.50 0.52 0.72 0.59
OP1 0.50 0.70 0.44 0.38 1.06 0.41 0.95 0.44 0.75 0.64 0.92 0.62 0.60 0.48 1.27 0.53 0.54 0.54 0.79 0.64
OP2 1.18 1.32 0.99 0.96 1.60 1.10 1.54 1.17 1.40 1.30 1.48 1.23 1.01 0.83 1.76 1.24 1.26 1.28 1.48 1.37
P 0.69 0.87 0.54 0.48 1.17 0.59 1.07 0.64 0.91 0.81 1.05 0.81 0.64 0.43 1.36 0.73 0.73 0.74 0.96 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.10 0.25 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.04 0.10 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.16 0.09 0.06
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.15 0.06 0.06 0.08 0.02 0.00 0.11 0.01 0.05 0.20 0.09 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.15 0.00 0.05 0.11 0.22 0.34 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.00 0.02 0.11 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.20 0.01 0.06 0.13 0.24 0.34 0.25
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.11 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.06 0.11 0.16 0.27 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.09 0.22 0.15
N3 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.09 0.16 0.30 0.20
O2 0.03 0.01 0.10 0.08 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.11 0.03 0.04 0.07 0.09 0.23 0.15
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.13 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.17 0.08 0.05
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.15 0.03 0.20 0.03 0.18 0.07 0.07 0.11 0.05 0.00 0.16 0.02 0.07 0.29 0.15 0.13
O4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.16 0.00 0.05 0.13 0.26 0.36 0.26
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.13 0.09
O5' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.11 0.02 0.13 0.01 0.11 0.06 0.09 0.07 0.04 0.07 0.13 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.10 0.16 0.20 0.22 0.11 0.24 0.09 0.16 0.09 0.16 0.09 0.17 0.29 0.26 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.25 0.09 0.09 0.34 0.04 0.34 0.02 0.27 0.22 0.30 0.23 0.08 0.15 0.36 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.06 0.08 0.24 0.02 0.25 0.02 0.20 0.15 0.20 0.15 0.05 0.13 0.26 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00