ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50592

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, -0.471, 0.733, 1.938, 3.527 max_d=3.527 avg_d=0.733 std_dev=1.205
O4 B 0, -0.400, 0.810, 2.021, 3.620 max_d=3.620 avg_d=0.810 std_dev=1.210
N3 B 0, -0.506, 0.727, 1.959, 3.569 max_d=3.569 avg_d=0.727 std_dev=1.233
O2 A 0, -0.708, 0.607, 1.923, 3.756 max_d=3.756 avg_d=0.607 std_dev=1.315
O4 A 0, -0.696, 0.620, 1.937, 3.752 max_d=3.752 avg_d=0.620 std_dev=1.317
N3 A 0, -0.759, 0.591, 1.942, 3.802 max_d=3.802 avg_d=0.591 std_dev=1.350
C2 B 0, -0.737, 0.886, 2.509, 4.633 max_d=4.633 avg_d=0.886 std_dev=1.623
C4 B 0, -0.691, 0.953, 2.597, 4.755 max_d=4.755 avg_d=0.953 std_dev=1.644
C2 A 0, -0.974, 0.766, 2.507, 4.918 max_d=4.918 avg_d=0.766 std_dev=1.740
C4 A 0, -0.987, 0.777, 2.542, 4.956 max_d=4.956 avg_d=0.777 std_dev=1.764
N1 B 0, -1.259, 1.319, 3.897, 7.271 max_d=7.271 avg_d=1.319 std_dev=2.578
C5 B 0, -1.217, 1.406, 4.028, 7.446 max_d=7.446 avg_d=1.406 std_dev=2.623
N1 A 0, -1.520, 1.176, 3.872, 7.574 max_d=7.574 avg_d=1.176 std_dev=2.696
C5 A 0, -1.556, 1.199, 3.953, 7.695 max_d=7.695 avg_d=1.199 std_dev=2.754
C6 B 0, -1.483, 1.571, 4.624, 8.619 max_d=8.619 avg_d=1.571 std_dev=3.053
C1' B 0, -1.512, 1.563, 4.638, 8.663 max_d=8.663 avg_d=1.563 std_dev=3.075
O2' B 0, -1.443, 1.664, 4.771, 8.908 max_d=8.908 avg_d=1.664 std_dev=3.107
O2' A 0, -1.630, 1.536, 4.701, 9.019 max_d=9.019 avg_d=1.536 std_dev=3.166
C6 A 0, -1.791, 1.392, 4.575, 8.904 max_d=8.904 avg_d=1.392 std_dev=3.183
C1' A 0, -1.805, 1.403, 4.610, 8.985 max_d=8.985 avg_d=1.403 std_dev=3.207
C2' B 0, -1.563, 1.656, 4.874, 9.172 max_d=9.172 avg_d=1.656 std_dev=3.218
C2' A 0, -1.750, 1.529, 4.808, 9.292 max_d=9.292 avg_d=1.529 std_dev=3.279
O4' B 0, -2.059, 1.987, 6.032, 11.329 max_d=11.329 avg_d=1.987 std_dev=4.045
O4' A 0, -2.272, 1.886, 6.044, 11.684 max_d=11.684 avg_d=1.886 std_dev=4.158
C3' B 0, -2.151, 2.122, 6.394, 12.089 max_d=12.089 avg_d=2.122 std_dev=4.272
C3' A 0, -2.289, 2.023, 6.335, 12.173 max_d=12.173 avg_d=2.023 std_dev=4.312
C4' B 0, -2.393, 2.303, 6.999, 13.186 max_d=13.186 avg_d=2.303 std_dev=4.696
C4' A 0, -2.579, 2.198, 6.975, 13.435 max_d=13.435 avg_d=2.198 std_dev=4.777
O3' B 0, -2.400, 2.425, 7.250, 13.724 max_d=13.724 avg_d=2.425 std_dev=4.825
O3' A 0, -2.520, 2.327, 7.173, 13.751 max_d=13.751 avg_d=2.327 std_dev=4.846
O5' A 0, -2.734, 2.605, 7.944, 15.107 max_d=15.107 avg_d=2.605 std_dev=5.339
O5' B 0, -2.837, 2.607, 8.051, 15.246 max_d=15.246 avg_d=2.607 std_dev=5.444
C5' B 0, -2.900, 2.707, 8.313, 15.705 max_d=15.705 avg_d=2.707 std_dev=5.606
C5' A 0, -2.938, 2.673, 8.284, 15.826 max_d=15.826 avg_d=2.673 std_dev=5.611
OP2 A 0, -2.828, 2.827, 8.483, 16.173 max_d=16.173 avg_d=2.827 std_dev=5.655
OP2 B 0, -3.037, 2.819, 8.675, 16.496 max_d=16.496 avg_d=2.819 std_dev=5.856
P A 0, -3.104, 3.000, 9.103, 17.230 max_d=17.230 avg_d=3.000 std_dev=6.104
P B 0, -3.284, 2.980, 9.245, 17.549 max_d=17.549 avg_d=2.980 std_dev=6.265
OP1 A 0, -3.500, 3.475, 10.449, 19.728 max_d=19.728 avg_d=3.475 std_dev=6.974
OP1 B 0, -3.719, 3.427, 10.573, 20.021 max_d=20.021 avg_d=3.427 std_dev=7.146

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.14 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01 0.11 0.13 0.23 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.05 0.10 0.02 0.00 0.09 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.00 0.03 0.12 0.18 0.26 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.04 0.12 0.16 0.24 0.16
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.10 0.12 0.19 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.10 0.19 0.12
N3 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.11 0.16 0.26 0.16
O2 0.03 0.01 0.11 0.10 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.13 0.03 0.03 0.11 0.12 0.23 0.14
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.10 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.11 0.03 0.05 0.13 0.03 0.00 0.12 0.01 0.05 0.15 0.13 0.09
O4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.12 0.00 0.03 0.13 0.20 0.28 0.18
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.05 0.13 0.09
O5' 0.07 0.11 0.04 0.03 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.09 0.11 0.11 0.03 0.05 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.13 0.07 0.08 0.18 0.07 0.16 0.06 0.12 0.10 0.16 0.12 0.10 0.15 0.20 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.23 0.07 0.05 0.26 0.03 0.24 0.02 0.19 0.19 0.26 0.23 0.06 0.13 0.28 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.04 0.04 0.17 0.02 0.16 0.01 0.13 0.12 0.16 0.14 0.04 0.09 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.22 0.18 0.16 0.63 0.14 0.53 0.13 0.34 0.19 0.48 0.07 0.34 0.22 0.82 0.11 0.17 0.22 0.30 0.21
C2 0.29 0.08 0.38 0.28 0.60 0.28 0.47 0.19 0.23 0.08 0.36 0.37 0.59 0.36 0.87 0.23 0.11 0.12 0.22 0.13
C2' 0.11 0.35 0.13 0.15 0.72 0.11 0.61 0.13 0.43 0.29 0.60 0.19 0.23 0.17 0.89 0.11 0.21 0.24 0.33 0.25
C3' 0.11 0.24 0.14 0.14 0.59 0.12 0.50 0.12 0.34 0.21 0.46 0.12 0.26 0.18 0.76 0.11 0.16 0.18 0.26 0.19
C4 0.69 0.66 0.73 0.62 0.12 0.60 0.11 0.50 0.29 0.54 0.42 0.92 0.86 0.65 0.31 0.59 0.40 0.33 0.26 0.34
C4' 0.10 0.20 0.16 0.16 0.54 0.13 0.46 0.12 0.31 0.18 0.40 0.08 0.27 0.21 0.70 0.10 0.16 0.20 0.26 0.19
C5 0.59 0.53 0.62 0.53 0.11 0.52 0.11 0.44 0.25 0.45 0.32 0.76 0.75 0.56 0.26 0.52 0.36 0.30 0.26 0.31
C5' 0.16 0.11 0.20 0.17 0.39 0.17 0.34 0.14 0.21 0.11 0.26 0.15 0.32 0.22 0.55 0.16 0.13 0.14 0.20 0.15
C6 0.41 0.29 0.45 0.37 0.23 0.37 0.19 0.30 0.10 0.25 0.09 0.51 0.61 0.41 0.46 0.35 0.21 0.17 0.17 0.19
N1 0.26 0.08 0.33 0.25 0.49 0.25 0.39 0.18 0.19 0.09 0.27 0.30 0.51 0.31 0.72 0.22 0.12 0.13 0.20 0.13
N3 0.54 0.42 0.62 0.49 0.36 0.47 0.26 0.36 0.09 0.33 0.10 0.77 0.79 0.54 0.71 0.44 0.24 0.18 0.14 0.18
O2 0.13 0.31 0.24 0.18 0.88 0.17 0.71 0.13 0.46 0.25 0.72 0.07 0.48 0.27 1.10 0.12 0.20 0.24 0.37 0.26
O2' 0.26 0.55 0.23 0.26 0.85 0.21 0.73 0.24 0.57 0.47 0.77 0.43 0.14 0.23 0.99 0.24 0.33 0.36 0.45 0.37
O3' 0.14 0.34 0.15 0.17 0.66 0.13 0.57 0.15 0.41 0.29 0.54 0.23 0.18 0.17 0.81 0.14 0.22 0.23 0.30 0.24
O4 0.86 0.92 0.90 0.79 0.38 0.76 0.32 0.66 0.52 0.77 0.77 1.12 0.99 0.81 0.16 0.75 0.57 0.50 0.42 0.50
O4' 0.14 0.15 0.20 0.18 0.52 0.16 0.44 0.14 0.28 0.15 0.36 0.10 0.34 0.25 0.70 0.12 0.15 0.20 0.26 0.19
O5' 0.30 0.20 0.30 0.25 0.29 0.28 0.25 0.25 0.16 0.19 0.17 0.33 0.43 0.28 0.44 0.29 0.21 0.18 0.22 0.22
OP1 0.36 0.28 0.33 0.29 0.27 0.35 0.25 0.33 0.22 0.27 0.23 0.38 0.44 0.30 0.37 0.37 0.30 0.27 0.31 0.32
OP2 0.56 0.50 0.52 0.47 0.32 0.53 0.31 0.51 0.36 0.47 0.40 0.64 0.62 0.46 0.33 0.56 0.47 0.44 0.46 0.49
P 0.40 0.32 0.37 0.32 0.23 0.37 0.22 0.35 0.22 0.30 0.23 0.45 0.48 0.32 0.33 0.40 0.31 0.27 0.30 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.02 0.08 0.08 0.16 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.12 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.04 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.15 0.19 0.27 0.22
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.02 0.17 0.22 0.29 0.25
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.02 0.15 0.17 0.22 0.19
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.11 0.12 0.22 0.17
O2 0.02 0.01 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.15 0.01 0.03 0.06 0.06 0.14 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.10 0.02 0.06 0.15 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.07 0.05
O4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.16 0.22 0.31 0.25
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.15 0.01 0.17 0.01 0.15 0.09 0.11 0.06 0.04 0.06 0.16 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.08 0.06 0.07 0.19 0.05 0.22 0.04 0.17 0.08 0.12 0.06 0.07 0.10 0.22 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.16 0.06 0.05 0.27 0.03 0.29 0.02 0.22 0.15 0.22 0.14 0.06 0.07 0.31 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.04 0.03 0.22 0.01 0.25 0.01 0.19 0.12 0.17 0.09 0.04 0.05 0.25 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00