ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50593

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 7, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 A 0, -0.514, 0.248, 1.009, 3.291 max_d=3.291 avg_d=0.248 std_dev=0.762
O2 B 0, -0.209, 0.584, 1.377, 3.607 max_d=3.607 avg_d=0.584 std_dev=0.793
N3 A 0, -0.596, 0.213, 1.021, 3.446 max_d=3.446 avg_d=0.213 std_dev=0.808
O4 A 0, -0.510, 0.306, 1.122, 3.557 max_d=3.557 avg_d=0.306 std_dev=0.816
N3 B 0, -0.216, 0.644, 1.503, 3.966 max_d=3.966 avg_d=0.644 std_dev=0.859
O4 B 0, -0.062, 0.835, 1.733, 4.283 max_d=4.283 avg_d=0.835 std_dev=0.897
C2 A 0, -0.755, 0.281, 1.316, 4.421 max_d=4.421 avg_d=0.281 std_dev=1.035
C2 B 0, -0.456, 0.589, 1.634, 4.694 max_d=4.694 avg_d=0.589 std_dev=1.045
C4 A 0, -0.793, 0.290, 1.373, 4.622 max_d=4.622 avg_d=0.290 std_dev=1.083
C4 B 0, -0.368, 0.757, 1.881, 5.184 max_d=5.184 avg_d=0.757 std_dev=1.125
N1 B 0, -0.878, 0.721, 2.320, 7.099 max_d=7.099 avg_d=0.721 std_dev=1.599
N1 A 0, -1.221, 0.425, 2.070, 7.005 max_d=7.005 avg_d=0.425 std_dev=1.645
O2' B 0, -0.554, 1.117, 2.787, 7.743 max_d=7.743 avg_d=1.117 std_dev=1.670
C5 A 0, -1.273, 0.439, 2.151, 7.287 max_d=7.287 avg_d=0.439 std_dev=1.712
C5 B 0, -0.826, 0.888, 2.603, 7.713 max_d=7.713 avg_d=0.888 std_dev=1.714
C1' B 0, -1.000, 0.829, 2.659, 8.133 max_d=8.133 avg_d=0.829 std_dev=1.830
C6 B 0, -1.039, 0.894, 2.827, 8.603 max_d=8.603 avg_d=0.894 std_dev=1.933
C1' A 0, -1.444, 0.510, 2.464, 8.327 max_d=8.327 avg_d=0.510 std_dev=1.954
C6 A 0, -1.456, 0.513, 2.482, 8.388 max_d=8.388 avg_d=0.513 std_dev=1.969
O2' A 0, -1.311, 0.658, 2.627, 8.524 max_d=8.524 avg_d=0.658 std_dev=1.969
C2' B 0, -0.935, 1.046, 3.027, 8.926 max_d=8.926 avg_d=1.046 std_dev=1.981
C2' A 0, -1.478, 0.662, 2.803, 9.221 max_d=9.221 avg_d=0.662 std_dev=2.141
O4' B 0, -1.240, 1.129, 3.498, 10.536 max_d=10.536 avg_d=1.129 std_dev=2.369
O3' B 0, -0.861, 1.559, 3.979, 10.977 max_d=10.977 avg_d=1.559 std_dev=2.420
O4' A 0, -1.737, 0.763, 3.263, 10.758 max_d=10.758 avg_d=0.763 std_dev=2.500
C3' B 0, -1.224, 1.326, 3.876, 11.363 max_d=11.363 avg_d=1.326 std_dev=2.550
O3' A 0, -1.624, 0.945, 3.513, 11.196 max_d=11.196 avg_d=0.945 std_dev=2.568
C3' A 0, -1.742, 0.863, 3.468, 11.274 max_d=11.274 avg_d=0.863 std_dev=2.605
C4' B 0, -1.353, 1.400, 4.152, 12.268 max_d=12.268 avg_d=1.400 std_dev=2.753
C4' A 0, -1.954, 0.923, 3.800, 12.421 max_d=12.421 avg_d=0.923 std_dev=2.877
C5' B 0, -1.533, 1.818, 5.169, 14.905 max_d=14.905 avg_d=1.818 std_dev=3.351
O5' B 0, -1.588, 1.777, 5.141, 14.955 max_d=14.955 avg_d=1.777 std_dev=3.365
O5' A 0, -2.130, 1.281, 4.691, 14.887 max_d=14.887 avg_d=1.281 std_dev=3.410
C5' A 0, -2.219, 1.217, 4.654, 14.943 max_d=14.943 avg_d=1.217 std_dev=3.437
P B 0, -1.528, 2.239, 6.007, 16.898 max_d=16.898 avg_d=2.239 std_dev=3.768
OP1 B 0, -1.287, 2.491, 6.269, 16.762 max_d=16.762 avg_d=2.491 std_dev=3.778
OP2 A 0, -2.391, 1.484, 5.360, 16.909 max_d=16.909 avg_d=1.484 std_dev=3.876
P A 0, -2.576, 1.393, 5.361, 17.210 max_d=17.210 avg_d=1.393 std_dev=3.968
OP2 B 0, -1.637, 2.348, 6.333, 18.016 max_d=18.016 avg_d=2.348 std_dev=3.985
OP1 A 0, -2.787, 1.509, 5.805, 18.605 max_d=18.605 avg_d=1.509 std_dev=4.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.05 0.24 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.01 0.05 0.14 0.10 0.28 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.02 0.09 0.16 0.00 0.01 0.07 0.01 0.15 0.50 0.23 0.28
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.22 0.00 0.22 0.02 0.19 0.13 0.19 0.11 0.01 0.01 0.24 0.01 0.04 0.35 0.11 0.14
C4 0.01 0.00 0.05 0.22 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.00 0.03 0.26 0.21 0.50 0.39
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.05 0.04 0.15 0.02 0.10 0.00 0.01 0.17 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.05 0.22 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.01 0.04 0.28 0.25 0.49 0.41
C5' 0.02 0.06 0.06 0.02 0.14 0.00 0.18 0.00 0.16 0.07 0.09 0.04 0.09 0.10 0.16 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.01 0.05 0.22 0.13 0.33 0.29
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.01 0.13 0.09 0.22 0.15
N3 0.01 0.00 0.09 0.19 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.01 0.05 0.21 0.10 0.40 0.29
O2 0.02 0.01 0.16 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.18 0.01 0.08 0.11 0.19 0.22 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.17 0.15 0.18 0.09 0.16 0.11 0.14 0.09 0.00 0.03 0.18 0.10 0.09 0.49 0.25 0.25
O3' 0.15 0.08 0.01 0.01 0.12 0.02 0.15 0.10 0.11 0.04 0.07 0.18 0.03 0.00 0.16 0.10 0.13 0.23 0.17 0.08
O4 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.00 0.04 0.28 0.28 0.58 0.45
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.10 0.10 0.04 0.00 0.06 0.11 0.09 0.06
O5' 0.05 0.14 0.15 0.04 0.26 0.01 0.28 0.01 0.22 0.13 0.21 0.11 0.09 0.13 0.28 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.10 0.50 0.35 0.21 0.17 0.25 0.08 0.13 0.09 0.10 0.19 0.49 0.23 0.28 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.28 0.23 0.11 0.50 0.03 0.49 0.02 0.33 0.22 0.40 0.22 0.25 0.17 0.58 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.18 0.28 0.14 0.39 0.05 0.41 0.01 0.29 0.15 0.29 0.11 0.25 0.08 0.45 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.25 0.31 0.30 0.52 0.14 0.43 0.12 0.29 0.20 0.44 0.17 0.25 0.39 0.67 0.20 0.23 0.74 0.44 0.36
C2 0.21 0.15 0.42 0.39 0.50 0.24 0.39 0.15 0.21 0.12 0.36 0.26 0.37 0.38 0.69 0.21 0.21 0.71 0.42 0.30
C2' 0.16 0.24 0.34 0.26 0.48 0.20 0.39 0.20 0.27 0.20 0.40 0.19 0.31 0.35 0.61 0.26 0.15 0.63 0.32 0.24
C3' 0.14 0.24 0.25 0.22 0.40 0.17 0.34 0.20 0.26 0.21 0.35 0.18 0.21 0.43 0.49 0.26 0.19 0.67 0.33 0.28
C4 0.45 0.43 0.60 0.59 0.18 0.41 0.15 0.32 0.19 0.35 0.28 0.62 0.50 0.48 0.35 0.36 0.39 0.65 0.64 0.33
C4' 0.14 0.27 0.25 0.26 0.47 0.14 0.40 0.15 0.30 0.23 0.40 0.19 0.20 0.45 0.58 0.23 0.26 0.77 0.44 0.39
C5 0.38 0.34 0.55 0.54 0.18 0.35 0.15 0.28 0.16 0.28 0.22 0.50 0.45 0.44 0.32 0.30 0.37 0.67 0.66 0.34
C5' 0.10 0.15 0.30 0.31 0.33 0.13 0.28 0.12 0.18 0.13 0.26 0.11 0.22 0.44 0.43 0.17 0.27 0.73 0.53 0.37
C6 0.26 0.18 0.47 0.45 0.27 0.26 0.21 0.19 0.11 0.16 0.17 0.33 0.38 0.39 0.44 0.22 0.30 0.69 0.58 0.33
N1 0.18 0.14 0.40 0.38 0.43 0.21 0.34 0.14 0.19 0.12 0.31 0.21 0.34 0.38 0.60 0.19 0.24 0.72 0.48 0.32
N3 0.37 0.29 0.54 0.52 0.35 0.35 0.26 0.25 0.13 0.23 0.19 0.53 0.47 0.43 0.59 0.30 0.29 0.68 0.50 0.28
O2 0.14 0.30 0.34 0.31 0.67 0.19 0.53 0.14 0.35 0.22 0.58 0.17 0.32 0.36 0.82 0.20 0.20 0.74 0.33 0.35
O2' 0.32 0.54 0.20 0.23 0.77 0.29 0.68 0.33 0.55 0.47 0.71 0.45 0.16 0.46 0.88 0.44 0.34 0.87 0.37 0.49
O3' 0.42 0.55 0.36 0.45 0.66 0.42 0.62 0.46 0.55 0.51 0.63 0.50 0.41 0.75 0.72 0.49 0.48 0.95 0.40 0.58
O4 0.57 0.61 0.67 0.70 0.25 0.52 0.21 0.42 0.32 0.50 0.50 0.77 0.56 0.56 0.22 0.46 0.50 0.62 0.74 0.39
O4' 0.11 0.25 0.28 0.31 0.50 0.13 0.42 0.13 0.29 0.20 0.42 0.16 0.21 0.43 0.64 0.19 0.29 0.80 0.51 0.43
O5' 0.23 0.16 0.44 0.41 0.16 0.25 0.13 0.22 0.12 0.16 0.13 0.22 0.33 0.42 0.24 0.21 0.33 0.61 0.63 0.33
OP1 0.16 0.17 0.27 0.29 0.23 0.19 0.21 0.20 0.19 0.17 0.20 0.15 0.25 0.55 0.26 0.25 0.29 0.77 0.52 0.38
OP2 0.50 0.48 0.66 0.60 0.39 0.47 0.40 0.46 0.43 0.47 0.44 0.52 0.52 0.45 0.36 0.43 0.56 0.42 0.90 0.48
P 0.26 0.23 0.47 0.43 0.16 0.26 0.16 0.25 0.19 0.23 0.19 0.27 0.34 0.42 0.15 0.21 0.39 0.57 0.74 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.00 0.14 0.43 0.16 0.19
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.20 0.01 0.04 0.27 0.64 0.46 0.33
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.11 0.10 0.02 0.06 0.18 0.00 0.03 0.04 0.01 0.24 0.40 0.15 0.29
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.19 0.01 0.22 0.01 0.20 0.11 0.16 0.15 0.02 0.00 0.20 0.03 0.05 0.14 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.10 0.00 0.03 0.43 0.84 0.75 0.52
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.03 0.15 0.02 0.13 0.00 0.01 0.11 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.14 0.01 0.07 0.46 0.87 0.73 0.55
C5' 0.05 0.10 0.11 0.01 0.25 0.01 0.30 0.00 0.27 0.14 0.17 0.04 0.05 0.13 0.27 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.01 0.08 0.39 0.76 0.52 0.44
N1 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01 0.01 0.27 0.62 0.38 0.32
N3 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.01 0.03 0.35 0.75 0.62 0.42
O2 0.01 0.01 0.18 0.15 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.34 0.01 0.08 0.21 0.56 0.38 0.26
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.20 0.15 0.19 0.05 0.15 0.12 0.19 0.16 0.00 0.06 0.22 0.11 0.18 0.33 0.13 0.24
O3' 0.17 0.20 0.03 0.00 0.10 0.02 0.14 0.13 0.12 0.10 0.15 0.34 0.06 0.00 0.11 0.11 0.18 0.34 0.25 0.23
O4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.00 0.04 0.46 0.89 0.85 0.58
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.01 0.03 0.08 0.11 0.11 0.04 0.00 0.08 0.32 0.09 0.10
O5' 0.14 0.27 0.24 0.05 0.43 0.01 0.46 0.01 0.39 0.27 0.35 0.21 0.18 0.18 0.46 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.43 0.64 0.40 0.14 0.84 0.11 0.87 0.12 0.76 0.62 0.75 0.56 0.33 0.34 0.89 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.46 0.15 0.10 0.75 0.10 0.73 0.20 0.52 0.38 0.62 0.38 0.13 0.25 0.85 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.33 0.29 0.06 0.52 0.03 0.55 0.01 0.44 0.32 0.42 0.26 0.24 0.23 0.58 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00