ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50594

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 0, 0, 4, 2, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, 0.107, 1.049, 1.991, 3.564 max_d=3.564 avg_d=1.049 std_dev=0.942
N3 B 0, -0.079, 0.946, 1.971, 3.690 max_d=3.690 avg_d=0.946 std_dev=1.025
O2 B 0, 0.077, 1.129, 2.181, 3.866 max_d=3.866 avg_d=1.129 std_dev=1.052
O4 A 0, -0.703, 0.476, 1.654, 3.780 max_d=3.780 avg_d=0.476 std_dev=1.178
O2 A 0, -0.713, 0.484, 1.681, 3.922 max_d=3.922 avg_d=0.484 std_dev=1.197
N3 A 0, -0.754, 0.449, 1.653, 3.787 max_d=3.787 avg_d=0.449 std_dev=1.203
C4 B 0, -0.294, 1.028, 2.350, 4.614 max_d=4.614 avg_d=1.028 std_dev=1.322
C2 B 0, -0.315, 1.065, 2.446, 4.790 max_d=4.790 avg_d=1.065 std_dev=1.381
C2 A 0, -0.942, 0.572, 2.085, 4.831 max_d=4.831 avg_d=0.572 std_dev=1.514
C4 A 0, -0.948, 0.577, 2.103, 4.796 max_d=4.796 avg_d=0.577 std_dev=1.526
C5 B 0, -0.694, 1.426, 3.545, 7.181 max_d=7.181 avg_d=1.426 std_dev=2.119
N1 B 0, -0.854, 1.338, 3.529, 7.314 max_d=7.314 avg_d=1.338 std_dev=2.191
N1 A 0, -1.451, 0.859, 3.169, 7.297 max_d=7.297 avg_d=0.859 std_dev=2.310
C5 A 0, -1.493, 0.870, 3.233, 7.393 max_d=7.393 avg_d=0.870 std_dev=2.363
C6 B 0, -0.949, 1.584, 4.117, 8.466 max_d=8.466 avg_d=1.584 std_dev=2.533
O2' B 0, -0.732, 1.875, 4.481, 9.034 max_d=9.034 avg_d=1.875 std_dev=2.607
O2' A 0, -1.448, 1.171, 3.790, 8.736 max_d=8.736 avg_d=1.171 std_dev=2.619
C1' B 0, -0.990, 1.650, 4.289, 8.834 max_d=8.834 avg_d=1.650 std_dev=2.639
C2' B 0, -0.869, 1.842, 4.552, 9.250 max_d=9.250 avg_d=1.842 std_dev=2.711
C2' A 0, -1.552, 1.158, 3.869, 8.837 max_d=8.837 avg_d=1.158 std_dev=2.711
C6 A 0, -1.710, 1.016, 3.743, 8.512 max_d=8.512 avg_d=1.016 std_dev=2.727
C1' A 0, -1.720, 1.024, 3.768, 8.754 max_d=8.754 avg_d=1.024 std_dev=2.744
O4' B 0, -1.337, 2.094, 5.526, 11.452 max_d=11.452 avg_d=2.094 std_dev=3.432
C3' A 0, -1.977, 1.595, 5.167, 11.589 max_d=11.589 avg_d=1.595 std_dev=3.572
O4' A 0, -2.157, 1.417, 4.991, 11.393 max_d=11.393 avg_d=1.417 std_dev=3.574
C3' B 0, -1.293, 2.282, 5.857, 12.028 max_d=12.028 avg_d=2.282 std_dev=3.575
O3' A 0, -1.999, 1.944, 5.887, 12.999 max_d=12.999 avg_d=1.944 std_dev=3.943
C4' B 0, -1.529, 2.432, 6.392, 13.222 max_d=13.222 avg_d=2.432 std_dev=3.960
O3' B 0, -1.491, 2.542, 6.575, 13.598 max_d=13.598 avg_d=2.542 std_dev=4.033
C4' A 0, -2.362, 1.689, 5.741, 13.011 max_d=13.011 avg_d=1.689 std_dev=4.051
O5' A 0, -1.042, 3.241, 7.524, 14.796 max_d=14.796 avg_d=3.241 std_dev=4.283
OP2 A 0, 0.557, 4.911, 9.265, 16.239 max_d=16.239 avg_d=4.911 std_dev=4.354
O5' B 0, -1.754, 2.760, 7.274, 15.228 max_d=15.228 avg_d=2.760 std_dev=4.514
C5' B 0, -1.843, 2.848, 7.539, 15.658 max_d=15.658 avg_d=2.848 std_dev=4.691
P A 0, -0.191, 4.556, 9.303, 17.107 max_d=17.107 avg_d=4.556 std_dev=4.747
C5' A 0, -2.712, 2.090, 6.892, 15.386 max_d=15.386 avg_d=2.090 std_dev=4.802
OP2 B 0, -1.952, 2.979, 7.911, 16.945 max_d=16.945 avg_d=2.979 std_dev=4.932
P B 0, -2.077, 3.118, 8.312, 17.458 max_d=17.458 avg_d=3.118 std_dev=5.195
OP1 A 0, -0.117, 5.234, 10.586, 19.524 max_d=19.524 avg_d=5.234 std_dev=5.352
OP1 B 0, -2.469, 3.507, 9.484, 20.038 max_d=20.038 avg_d=3.507 std_dev=5.976

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.13 0.42 0.27
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.03 0.50 0.30 0.99 0.67
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.31 0.18 0.27 0.20
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.08 0.06 0.11 0.10 0.01 0.01 0.13 0.01 0.40 0.14 0.15 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.00 0.03 0.74 0.84 1.53 1.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.27 0.21 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.02 0.78 0.93 1.54 1.18
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.01 0.14 0.37 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.69 0.68 1.19 0.95
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.50 0.32 0.88 0.65
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.01 0.03 0.63 0.56 1.29 0.91
O2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.38 0.11 0.80 0.48
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.60 0.11 0.18
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.15 0.02 0.13 0.03 0.10 0.06 0.14 0.11 0.04 0.00 0.17 0.01 0.26 0.29 0.27 0.13
O4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.03 0.79 0.98 1.70 1.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.18 0.18 0.15
O5' 0.24 0.50 0.31 0.40 0.74 0.01 0.78 0.01 0.69 0.50 0.63 0.38 0.05 0.26 0.79 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.30 0.18 0.14 0.84 0.27 0.93 0.14 0.68 0.32 0.56 0.11 0.60 0.29 0.98 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.99 0.27 0.15 1.53 0.21 1.54 0.37 1.19 0.88 1.29 0.80 0.11 0.27 1.70 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.67 0.20 0.23 1.12 0.10 1.18 0.01 0.95 0.65 0.91 0.48 0.18 0.13 1.24 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.34 0.27 0.27 0.78 0.20 0.64 0.18 0.43 0.28 0.64 0.16 0.42 0.38 0.98 0.18 0.28 0.35 0.50 0.37
C2 0.34 0.09 0.52 0.42 0.74 0.34 0.57 0.20 0.28 0.11 0.48 0.34 0.76 0.56 1.04 0.26 0.18 0.25 0.42 0.26
C2' 0.33 0.60 0.28 0.31 0.96 0.29 0.84 0.34 0.66 0.53 0.85 0.42 0.25 0.30 1.11 0.35 0.45 0.50 0.61 0.51
C3' 0.30 0.47 0.28 0.30 0.79 0.28 0.71 0.31 0.56 0.44 0.68 0.33 0.26 0.30 0.93 0.32 0.38 0.43 0.51 0.43
C4 0.78 0.73 0.91 0.77 0.11 0.68 0.10 0.51 0.31 0.60 0.43 1.03 1.07 0.86 0.39 0.64 0.37 0.29 0.32 0.25
C4' 0.19 0.35 0.23 0.25 0.68 0.19 0.58 0.21 0.43 0.31 0.57 0.22 0.28 0.32 0.83 0.22 0.30 0.35 0.47 0.36
C5 0.66 0.57 0.79 0.68 0.11 0.59 0.09 0.44 0.25 0.48 0.32 0.83 0.94 0.78 0.33 0.54 0.33 0.28 0.33 0.24
C5' 0.17 0.20 0.27 0.27 0.50 0.19 0.43 0.16 0.29 0.19 0.38 0.12 0.35 0.37 0.64 0.17 0.22 0.27 0.39 0.27
C6 0.44 0.26 0.59 0.51 0.31 0.42 0.23 0.29 0.08 0.24 0.09 0.51 0.76 0.63 0.56 0.35 0.20 0.21 0.32 0.18
N1 0.29 0.08 0.45 0.38 0.60 0.30 0.47 0.19 0.24 0.10 0.38 0.26 0.65 0.52 0.86 0.23 0.17 0.24 0.39 0.24
N3 0.63 0.44 0.79 0.64 0.44 0.55 0.32 0.37 0.11 0.37 0.11 0.82 1.00 0.75 0.84 0.49 0.22 0.20 0.31 0.16
O2 0.20 0.40 0.36 0.29 1.05 0.23 0.84 0.19 0.54 0.32 0.88 0.11 0.63 0.43 1.29 0.19 0.31 0.38 0.58 0.42
O2' 0.53 0.86 0.44 0.46 1.13 0.44 1.01 0.50 0.84 0.75 1.08 0.74 0.24 0.36 1.25 0.52 0.62 0.66 0.78 0.68
O3' 0.47 0.65 0.40 0.41 0.90 0.42 0.83 0.47 0.71 0.61 0.81 0.53 0.28 0.34 1.00 0.49 0.53 0.56 0.61 0.56
O4 0.99 1.05 1.09 0.94 0.39 0.85 0.33 0.67 0.57 0.87 0.84 1.30 1.21 1.00 0.15 0.83 0.54 0.42 0.41 0.39
O4' 0.17 0.24 0.30 0.29 0.62 0.21 0.50 0.17 0.32 0.20 0.48 0.12 0.43 0.42 0.81 0.17 0.24 0.32 0.45 0.31
O5' 0.48 0.67 0.31 0.25 0.96 0.39 0.86 0.45 0.71 0.62 0.85 0.60 0.42 0.27 1.11 0.55 0.54 0.55 0.73 0.65
OP1 0.38 0.65 0.30 0.27 1.08 0.29 0.95 0.35 0.72 0.58 0.92 0.53 0.45 0.44 1.30 0.44 0.50 0.51 0.80 0.64
OP2 1.18 1.40 0.96 0.95 1.79 1.11 1.72 1.23 1.53 1.38 1.62 1.25 0.92 0.79 1.97 1.27 1.38 1.41 1.63 1.53
P 0.73 0.97 0.54 0.51 1.32 0.63 1.22 0.72 1.04 0.91 1.18 0.85 0.58 0.43 1.50 0.80 0.86 0.87 1.11 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.12 0.00 0.04 0.13 0.15 0.26 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.11 0.10 0.06
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.16 0.09 0.12 0.13 0.01 0.01 0.14 0.01 0.03 0.13 0.07 0.05
C4 0.02 0.00 0.03 0.14 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.00 0.04 0.22 0.28 0.39 0.27
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.03 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.07 0.24 0.30 0.41 0.30
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.04 0.07 0.02 0.16 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.01 0.08 0.21 0.23 0.32 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.14 0.15 0.24 0.16
N3 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.01 0.03 0.17 0.21 0.33 0.21
O2 0.02 0.00 0.17 0.13 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.17 0.01 0.08 0.10 0.12 0.21 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.03 0.09 0.19 0.00 0.04 0.06 0.06 0.03 0.12 0.06 0.03
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.17 0.02 0.21 0.02 0.18 0.08 0.14 0.17 0.04 0.00 0.19 0.02 0.08 0.20 0.16 0.12
O4 0.02 0.00 0.04 0.14 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.04 0.23 0.32 0.43 0.30
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.03 0.08 0.06 0.02 0.04 0.00 0.05 0.07 0.12 0.08
O5' 0.07 0.13 0.05 0.03 0.22 0.01 0.24 0.01 0.21 0.14 0.17 0.10 0.03 0.08 0.23 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.15 0.11 0.13 0.28 0.07 0.30 0.06 0.23 0.15 0.21 0.12 0.12 0.20 0.32 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.26 0.10 0.07 0.39 0.03 0.41 0.02 0.32 0.24 0.33 0.21 0.06 0.16 0.43 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.06 0.05 0.27 0.01 0.30 0.01 0.24 0.16 0.21 0.12 0.03 0.12 0.30 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00