ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50595

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 4, 2, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.021, 0.036, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.037 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.042, 0.074, 0.107, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.074 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.034, 0.097, 0.159, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.097 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.057, 0.166, 0.275, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.166 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.026, 0.141, 0.256, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.141 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.077, 0.229, 0.381, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.229 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.092, 0.247, 0.403, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.247 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.127, 0.300, 0.473, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.300 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.258, 0.460, 0.662, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.460 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.173, 0.385, 0.597, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.385 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.143, 0.365, 0.587, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.365 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.167, 0.391, 0.615, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.391 std_dev=0.224
O4 B 0, 0.159, 0.408, 0.658, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.408 std_dev=0.249
O5' A 0, 0.026, 0.280, 0.533, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.280 std_dev=0.253
C1' B 0, 0.362, 0.617, 0.872, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.617 std_dev=0.255
O3' A 0, 0.242, 0.509, 0.776, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.509 std_dev=0.267
C5 B 0, 0.286, 0.554, 0.821, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.554 std_dev=0.267
O2 B 0, 0.277, 0.554, 0.831, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.554 std_dev=0.277
P A 0, 0.338, 0.623, 0.908, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.623 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.307, 0.598, 0.889, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.598 std_dev=0.291
C5' A 0, 0.036, 0.330, 0.624, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.330 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.476, 0.820, 1.164, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.820 std_dev=0.344
O2' B 0, 0.455, 0.822, 1.189, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.822 std_dev=0.367
O4' B 0, 0.449, 0.881, 1.313, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.881 std_dev=0.432
C3' B 0, 0.590, 1.139, 1.688, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.139 std_dev=0.549
OP1 A 0, 0.265, 0.821, 1.376, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.821 std_dev=0.555
C4' B 0, 0.543, 1.162, 1.782, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.162 std_dev=0.620
O5' B 0, 0.780, 1.402, 2.024, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.402 std_dev=0.622
OP2 B 0, 0.842, 1.530, 2.218, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.530 std_dev=0.688
P B 0, 0.868, 1.630, 2.393, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.630 std_dev=0.762
O3' B 0, 0.771, 1.538, 2.305, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.538 std_dev=0.767
C5' B 0, 0.627, 1.433, 2.239, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.433 std_dev=0.806
OP2 A 0, 0.872, 1.832, 2.792, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.832 std_dev=0.960
OP1 B 0, 1.030, 2.015, 3.000, 3.275 max_d=3.275 avg_d=2.015 std_dev=0.985

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.22 0.20 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.03 0.15 0.27 0.39 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.13 0.29 0.15 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.09 0.12 0.02 0.01 0.10 0.06 0.18 0.31 0.25 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.20 0.31 0.57 0.23
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.03 0.08 0.01 0.01 0.11 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.07 0.21 0.31 0.59 0.25
C5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.12 0.00 0.11 0.00 0.09 0.06 0.11 0.08 0.07 0.04 0.14 0.03 0.01 0.10 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.18 0.28 0.47 0.21
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.14 0.25 0.36 0.16
N3 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.04 0.18 0.30 0.49 0.20
O2 0.03 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.13 0.02 0.03 0.13 0.26 0.34 0.14
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.24 0.16 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.03 0.11 0.04 0.09 0.04 0.10 0.13 0.06 0.00 0.13 0.06 0.18 0.32 0.45 0.21
O4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.07 0.21 0.33 0.61 0.25
O4' 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.00 0.13 0.23 0.19 0.12
O5' 0.07 0.15 0.13 0.18 0.20 0.01 0.21 0.01 0.18 0.14 0.18 0.13 0.06 0.18 0.21 0.13 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.22 0.27 0.29 0.31 0.31 0.11 0.31 0.10 0.28 0.25 0.30 0.26 0.24 0.32 0.33 0.23 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.39 0.15 0.25 0.57 0.18 0.59 0.24 0.47 0.36 0.49 0.34 0.16 0.45 0.61 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.09 0.15 0.23 0.02 0.25 0.02 0.21 0.16 0.20 0.14 0.07 0.21 0.25 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.17 0.44 0.55 0.18 0.36 0.16 0.45 0.17 0.19 0.16 0.20 0.35 0.66 0.22 0.25 0.27 0.31 0.32 0.23
C2 0.26 0.17 0.44 0.53 0.18 0.35 0.17 0.44 0.18 0.20 0.17 0.22 0.35 0.62 0.23 0.25 0.27 0.29 0.31 0.23
C2' 0.27 0.18 0.45 0.52 0.18 0.34 0.16 0.40 0.18 0.20 0.16 0.22 0.38 0.62 0.22 0.27 0.27 0.30 0.30 0.22
C3' 0.30 0.21 0.46 0.53 0.18 0.35 0.17 0.42 0.19 0.22 0.17 0.28 0.40 0.63 0.22 0.30 0.32 0.32 0.29 0.25
C4 0.24 0.20 0.38 0.47 0.19 0.31 0.18 0.44 0.19 0.20 0.17 0.27 0.30 0.54 0.24 0.21 0.27 0.24 0.30 0.21
C4' 0.28 0.19 0.45 0.56 0.17 0.37 0.17 0.46 0.18 0.21 0.16 0.24 0.37 0.68 0.22 0.28 0.30 0.32 0.31 0.25
C5 0.24 0.20 0.39 0.49 0.19 0.32 0.18 0.45 0.19 0.20 0.17 0.26 0.31 0.58 0.24 0.21 0.28 0.26 0.31 0.22
C5' 0.30 0.22 0.43 0.54 0.20 0.37 0.19 0.46 0.20 0.23 0.19 0.28 0.37 0.66 0.24 0.30 0.34 0.33 0.29 0.27
C6 0.25 0.19 0.42 0.53 0.19 0.34 0.18 0.46 0.19 0.20 0.17 0.25 0.34 0.63 0.24 0.23 0.28 0.29 0.32 0.23
N1 0.26 0.18 0.44 0.54 0.18 0.36 0.17 0.46 0.18 0.20 0.17 0.23 0.35 0.64 0.23 0.25 0.27 0.30 0.32 0.23
N3 0.25 0.19 0.41 0.50 0.19 0.33 0.17 0.43 0.18 0.20 0.17 0.25 0.32 0.56 0.23 0.23 0.26 0.26 0.30 0.21
O2 0.27 0.17 0.46 0.54 0.18 0.36 0.17 0.43 0.19 0.20 0.18 0.19 0.36 0.62 0.22 0.27 0.26 0.31 0.32 0.23
O2' 0.24 0.15 0.42 0.50 0.18 0.31 0.16 0.37 0.17 0.17 0.17 0.17 0.34 0.60 0.23 0.25 0.22 0.28 0.30 0.19
O3' 0.32 0.24 0.48 0.53 0.19 0.37 0.18 0.42 0.21 0.24 0.20 0.31 0.42 0.63 0.23 0.33 0.33 0.34 0.30 0.26
O4 0.23 0.22 0.34 0.42 0.19 0.29 0.19 0.42 0.19 0.20 0.18 0.28 0.28 0.48 0.24 0.20 0.26 0.21 0.29 0.20
O4' 0.27 0.20 0.44 0.57 0.20 0.38 0.19 0.50 0.20 0.21 0.19 0.25 0.35 0.69 0.24 0.26 0.28 0.33 0.34 0.26
O5' 0.17 0.18 0.36 0.48 0.28 0.26 0.25 0.38 0.20 0.17 0.23 0.20 0.25 0.60 0.35 0.15 0.29 0.26 0.33 0.25
OP1 0.44 0.43 0.56 0.65 0.45 0.49 0.43 0.61 0.42 0.43 0.43 0.47 0.46 0.75 0.49 0.41 0.45 0.46 0.54 0.47
OP2 0.45 0.46 0.33 0.32 0.62 0.39 0.62 0.41 0.56 0.49 0.54 0.40 0.38 0.35 0.69 0.51 0.58 0.48 0.49 0.53
P 0.14 0.16 0.24 0.34 0.29 0.16 0.27 0.27 0.20 0.15 0.22 0.17 0.19 0.46 0.37 0.17 0.33 0.23 0.26 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.14 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.19 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.20 0.02 0.05 0.23 0.13 0.14 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.04 0.10 0.18 0.00 0.01 0.10 0.01 0.23 0.23 0.14 0.17
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.21 0.00 0.18 0.03 0.15 0.11 0.22 0.21 0.01 0.01 0.24 0.01 0.29 0.29 0.13 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.21 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.25 0.00 0.05 0.29 0.15 0.16 0.15
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.13 0.08 0.13 0.08 0.04 0.02 0.17 0.00 0.02 0.13 0.20 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.15 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.01 0.06 0.31 0.16 0.17 0.17
C5' 0.06 0.23 0.03 0.03 0.35 0.01 0.34 0.00 0.28 0.21 0.30 0.18 0.04 0.03 0.37 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.06 0.28 0.15 0.15 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.03 0.22 0.13 0.15 0.09
N3 0.02 0.01 0.10 0.22 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.25 0.01 0.05 0.26 0.13 0.15 0.12
O2 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.24 0.03 0.07 0.21 0.15 0.14 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.14 0.00 0.03 0.04 0.09 0.08 0.17 0.13 0.06
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.25 0.02 0.22 0.03 0.17 0.11 0.25 0.24 0.03 0.00 0.29 0.02 0.25 0.31 0.16 0.22
O4 0.02 0.02 0.10 0.24 0.00 0.17 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.29 0.00 0.05 0.30 0.17 0.18 0.17
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.09 0.02 0.05 0.00 0.11 0.15 0.23 0.12
O5' 0.14 0.23 0.23 0.29 0.29 0.02 0.31 0.01 0.28 0.22 0.26 0.21 0.08 0.25 0.30 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.13 0.23 0.29 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.17 0.31 0.17 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.14 0.14 0.13 0.16 0.20 0.17 0.30 0.15 0.15 0.15 0.14 0.13 0.16 0.18 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.17 0.22 0.15 0.02 0.17 0.01 0.13 0.09 0.12 0.09 0.06 0.22 0.17 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00