ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50596

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.402, 0.848, 2.099, 3.442 max_d=3.442 avg_d=0.848 std_dev=1.251
O2 B 0, -0.440, 0.826, 2.093, 3.458 max_d=3.458 avg_d=0.826 std_dev=1.267
N3 B 0, -0.476, 0.820, 2.117, 3.521 max_d=3.521 avg_d=0.820 std_dev=1.297
O4 A 0, -0.622, 0.729, 2.081, 3.628 max_d=3.628 avg_d=0.729 std_dev=1.351
O2 A 0, -0.679, 0.696, 2.072, 3.698 max_d=3.698 avg_d=0.696 std_dev=1.375
N3 A 0, -0.722, 0.686, 2.094, 3.738 max_d=3.738 avg_d=0.686 std_dev=1.408
C2 B 0, -0.660, 1.032, 2.723, 4.560 max_d=4.560 avg_d=1.032 std_dev=1.691
C4 B 0, -0.636, 1.063, 2.762, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.063 std_dev=1.699
C2 A 0, -0.922, 0.879, 2.679, 4.725 max_d=4.725 avg_d=0.879 std_dev=1.801
C4 A 0, -0.930, 0.890, 2.711, 4.742 max_d=4.742 avg_d=0.890 std_dev=1.821
N1 B 0, -1.118, 1.562, 4.241, 7.137 max_d=7.137 avg_d=1.562 std_dev=2.680
C5 B 0, -1.082, 1.626, 4.333, 7.261 max_d=7.261 avg_d=1.626 std_dev=2.707
N1 A 0, -1.441, 1.352, 4.146, 7.223 max_d=7.223 avg_d=1.352 std_dev=2.794
C5 A 0, -1.475, 1.377, 4.228, 7.344 max_d=7.344 avg_d=1.377 std_dev=2.852
C6 B 0, -1.325, 1.847, 5.019, 8.448 max_d=8.448 avg_d=1.847 std_dev=3.172
C1' B 0, -1.341, 1.865, 5.072, 8.544 max_d=8.544 avg_d=1.865 std_dev=3.207
O2' B 0, -1.149, 2.128, 5.405, 8.946 max_d=8.946 avg_d=2.128 std_dev=3.277
O2' A 0, -1.433, 1.854, 5.141, 8.769 max_d=8.769 avg_d=1.854 std_dev=3.287
C6 A 0, -1.706, 1.601, 4.908, 8.508 max_d=8.508 avg_d=1.601 std_dev=3.307
C1' A 0, -1.709, 1.612, 4.933, 8.570 max_d=8.570 avg_d=1.612 std_dev=3.321
C2' A 0, -1.587, 1.796, 5.178, 8.935 max_d=8.935 avg_d=1.796 std_dev=3.382
C2' B 0, -1.433, 1.957, 5.346, 9.105 max_d=9.105 avg_d=1.957 std_dev=3.390
O4' B 0, -1.784, 2.422, 6.629, 11.195 max_d=11.195 avg_d=2.422 std_dev=4.207
O4' A 0, -2.071, 2.242, 6.555, 11.235 max_d=11.235 avg_d=2.242 std_dev=4.313
C3' B 0, -1.736, 2.688, 7.112, 11.966 max_d=11.966 avg_d=2.688 std_dev=4.424
C3' A 0, -1.988, 2.466, 6.920, 11.743 max_d=11.743 avg_d=2.466 std_dev=4.454
C4' B 0, -2.021, 2.862, 7.746, 13.061 max_d=13.061 avg_d=2.862 std_dev=4.883
C4' A 0, -2.268, 2.680, 7.628, 12.973 max_d=12.973 avg_d=2.680 std_dev=4.948
O3' A 0, -2.095, 2.911, 7.917, 13.349 max_d=13.349 avg_d=2.911 std_dev=5.006
O3' B 0, -1.819, 3.206, 8.231, 13.676 max_d=13.676 avg_d=3.206 std_dev=5.025
OP2 B 0, -1.962, 3.612, 9.187, 15.197 max_d=15.197 avg_d=3.612 std_dev=5.574
O5' B 0, -2.355, 3.227, 8.808, 14.890 max_d=14.890 avg_d=3.227 std_dev=5.582
O5' A 0, -2.546, 3.061, 8.667, 14.748 max_d=14.748 avg_d=3.061 std_dev=5.606
C5' B 0, -2.462, 3.334, 9.130, 15.431 max_d=15.431 avg_d=3.334 std_dev=5.796
C5' A 0, -2.647, 3.211, 9.069, 15.374 max_d=15.374 avg_d=3.211 std_dev=5.858
OP2 A 0, -2.530, 3.599, 9.729, 17.107 max_d=17.107 avg_d=3.599 std_dev=6.129
P B 0, -2.596, 3.555, 9.705, 16.420 max_d=16.420 avg_d=3.555 std_dev=6.150
P A 0, -2.756, 3.644, 10.043, 16.949 max_d=16.949 avg_d=3.644 std_dev=6.400
OP1 B 0, -2.652, 3.948, 10.548, 17.678 max_d=17.678 avg_d=3.948 std_dev=6.600
OP1 A 0, -3.064, 4.218, 11.501, 19.446 max_d=19.446 avg_d=4.218 std_dev=7.282

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.02 0.00 0.06 0.45 0.13 0.14
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.01 0.06 0.13 0.24 0.31 0.13
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.13 0.11 0.03 0.10 0.21 0.00 0.03 0.06 0.01 0.29 0.87 0.46 0.53
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.33 0.00 0.33 0.02 0.28 0.20 0.27 0.13 0.01 0.01 0.35 0.02 0.05 0.61 0.15 0.27
C4 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.00 0.03 0.30 0.16 0.63 0.42
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.09 0.04 0.23 0.02 0.15 0.00 0.01 0.25 0.07 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.00 0.18 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.23 0.01 0.06 0.32 0.23 0.62 0.45
C5' 0.04 0.05 0.13 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.16 0.07 0.10 0.04 0.10 0.16 0.18 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.28 0.01 0.17 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.16 0.01 0.08 0.24 0.12 0.40 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.09 0.02 0.01 0.11 0.23 0.25 0.10
N3 0.02 0.00 0.10 0.27 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.01 0.05 0.22 0.11 0.48 0.28
O2 0.02 0.01 0.21 0.13 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.25 0.01 0.11 0.07 0.37 0.23 0.05
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.27 0.23 0.28 0.10 0.24 0.16 0.21 0.09 0.00 0.05 0.29 0.15 0.20 0.89 0.53 0.52
O3' 0.24 0.13 0.03 0.01 0.18 0.02 0.23 0.16 0.16 0.09 0.11 0.25 0.05 0.00 0.20 0.16 0.17 0.38 0.24 0.09
O4 0.02 0.01 0.06 0.35 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.20 0.00 0.04 0.33 0.24 0.73 0.50
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.05 0.11 0.15 0.16 0.04 0.00 0.07 0.20 0.13 0.07
O5' 0.06 0.13 0.29 0.05 0.30 0.01 0.32 0.01 0.24 0.11 0.22 0.07 0.20 0.17 0.33 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.45 0.24 0.87 0.61 0.16 0.25 0.23 0.08 0.12 0.23 0.11 0.37 0.89 0.38 0.24 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.31 0.46 0.15 0.63 0.07 0.62 0.10 0.40 0.25 0.48 0.23 0.53 0.24 0.73 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.13 0.53 0.27 0.42 0.10 0.45 0.01 0.29 0.10 0.28 0.05 0.52 0.09 0.50 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.33 0.17 0.11 0.82 0.09 0.70 0.12 0.47 0.28 0.65 0.12 0.44 0.39 1.05 0.16 0.23 1.02 0.85 0.53
C2 0.32 0.09 0.50 0.38 0.79 0.28 0.63 0.12 0.31 0.08 0.49 0.41 0.75 0.50 1.12 0.23 0.10 0.97 0.85 0.43
C2' 0.23 0.51 0.34 0.25 0.94 0.16 0.81 0.24 0.60 0.45 0.80 0.33 0.23 0.22 1.14 0.20 0.36 0.97 1.11 0.63
C3' 0.11 0.38 0.10 0.09 0.81 0.10 0.72 0.16 0.51 0.34 0.65 0.19 0.34 0.52 1.02 0.15 0.26 0.98 1.03 0.57
C4 0.83 0.79 0.95 0.84 0.07 0.71 0.07 0.53 0.32 0.64 0.49 1.12 1.09 0.86 0.40 0.67 0.47 0.79 0.83 0.24
C4' 0.16 0.34 0.11 0.13 0.73 0.16 0.64 0.19 0.45 0.30 0.57 0.19 0.47 0.54 0.92 0.20 0.26 1.04 0.82 0.53
C5 0.70 0.63 0.82 0.73 0.06 0.62 0.06 0.47 0.26 0.52 0.36 0.91 0.96 0.77 0.32 0.58 0.41 0.79 0.82 0.23
C5' 0.14 0.17 0.19 0.16 0.54 0.15 0.48 0.11 0.30 0.16 0.37 0.14 0.51 0.53 0.73 0.15 0.14 0.98 0.78 0.42
C6 0.47 0.31 0.60 0.51 0.31 0.42 0.24 0.28 0.06 0.26 0.07 0.59 0.77 0.60 0.59 0.38 0.21 0.87 0.79 0.26
N1 0.27 0.08 0.43 0.33 0.64 0.25 0.52 0.12 0.26 0.07 0.38 0.33 0.65 0.48 0.92 0.22 0.09 0.95 0.82 0.40
N3 0.64 0.48 0.80 0.66 0.48 0.54 0.35 0.35 0.07 0.37 0.10 0.92 0.99 0.72 0.92 0.49 0.25 0.88 0.82 0.29
O2 0.11 0.43 0.28 0.18 1.12 0.11 0.91 0.10 0.60 0.34 0.93 0.12 0.61 0.38 1.37 0.14 0.26 1.06 0.94 0.61
O2' 0.35 0.72 0.25 0.24 1.08 0.28 0.95 0.36 0.75 0.62 0.99 0.57 0.06 0.44 1.25 0.40 0.46 1.10 0.99 0.72
O3' 0.52 0.68 0.42 0.58 0.96 0.55 0.87 0.56 0.73 0.63 0.85 0.61 0.70 1.04 1.11 0.55 0.60 1.23 0.95 0.78
O4 1.07 1.14 1.16 1.06 0.43 0.92 0.36 0.74 0.62 0.94 0.94 1.39 1.25 1.05 0.09 0.90 0.69 0.72 0.91 0.36
O4' 0.21 0.30 0.19 0.15 0.71 0.19 0.61 0.19 0.42 0.28 0.54 0.20 0.56 0.49 0.91 0.24 0.23 1.05 0.70 0.50
O5' 0.26 0.10 0.38 0.30 0.38 0.25 0.33 0.15 0.15 0.09 0.16 0.30 0.56 0.51 0.59 0.21 0.15 0.86 0.91 0.35
OP1 0.63 0.49 0.61 0.65 0.29 0.68 0.29 0.56 0.34 0.47 0.35 0.66 0.95 1.13 0.37 0.65 0.42 0.98 0.50 0.35
OP2 0.52 0.47 0.59 0.50 0.50 0.47 0.50 0.43 0.43 0.44 0.41 0.60 0.69 0.54 0.64 0.47 0.50 0.86 1.21 0.59
P 0.39 0.26 0.46 0.39 0.24 0.36 0.23 0.25 0.12 0.22 0.10 0.45 0.68 0.67 0.44 0.34 0.22 0.80 0.90 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.26 0.03 0.00 0.13 0.51 0.49 0.19
C2 0.02 0.00 0.08 0.15 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.20 0.02 0.04 0.08 0.66 0.60 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.16 0.09 0.02 0.06 0.14 0.00 0.04 0.05 0.02 0.34 0.51 0.24 0.37
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.27 0.00 0.28 0.01 0.25 0.16 0.21 0.10 0.03 0.01 0.28 0.01 0.03 0.09 0.15 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.27 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.11 0.01 0.02 0.20 0.82 0.76 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.05 0.23 0.02 0.10 0.00 0.01 0.26 0.37 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.28 0.00 0.13 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.01 0.03 0.23 0.82 0.77 0.22
C5' 0.05 0.03 0.16 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.10 0.03 0.06 0.05 0.08 0.16 0.11 0.01 0.01 0.35 0.33 0.01
C6 0.00 0.01 0.09 0.25 0.01 0.12 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.01 0.05 0.17 0.72 0.67 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.11 0.02 0.01 0.09 0.63 0.58 0.17
N3 0.02 0.00 0.06 0.21 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.14 0.01 0.03 0.13 0.75 0.68 0.18
O2 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.34 0.01 0.08 0.07 0.60 0.54 0.17
O2' 0.02 0.21 0.00 0.03 0.30 0.23 0.28 0.08 0.22 0.17 0.27 0.16 0.00 0.06 0.31 0.16 0.25 0.47 0.28 0.31
O3' 0.26 0.20 0.04 0.01 0.11 0.02 0.15 0.16 0.11 0.11 0.14 0.34 0.06 0.00 0.14 0.17 0.20 0.37 0.22 0.22
O4 0.03 0.02 0.05 0.28 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.14 0.00 0.03 0.23 0.86 0.82 0.23
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.16 0.17 0.03 0.00 0.06 0.42 0.61 0.14
O5' 0.13 0.08 0.34 0.03 0.20 0.01 0.23 0.01 0.17 0.09 0.13 0.07 0.25 0.20 0.23 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.51 0.66 0.51 0.09 0.82 0.26 0.82 0.35 0.72 0.63 0.75 0.60 0.47 0.37 0.86 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.60 0.24 0.15 0.76 0.37 0.77 0.33 0.67 0.58 0.68 0.54 0.28 0.22 0.82 0.61 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.17 0.37 0.03 0.21 0.05 0.22 0.01 0.19 0.17 0.18 0.17 0.31 0.22 0.23 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00