ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50598

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 6, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.370, 0.803, 1.976, 3.785 max_d=3.785 avg_d=0.803 std_dev=1.173
O4 A 0, -0.678, 0.517, 1.713, 3.700 max_d=3.700 avg_d=0.517 std_dev=1.195
N3 B 0, -0.467, 0.789, 2.045, 3.975 max_d=3.975 avg_d=0.789 std_dev=1.256
O2 B 0, -0.438, 0.844, 2.126, 4.117 max_d=4.117 avg_d=0.844 std_dev=1.282
N3 A 0, -0.779, 0.511, 1.800, 3.871 max_d=3.871 avg_d=0.511 std_dev=1.290
O2 A 0, -0.777, 0.545, 1.867, 3.935 max_d=3.935 avg_d=0.545 std_dev=1.322
C4 B 0, -0.646, 0.907, 2.460, 4.862 max_d=4.862 avg_d=0.907 std_dev=1.553
C4 A 0, -0.966, 0.640, 2.247, 4.834 max_d=4.834 avg_d=0.640 std_dev=1.606
C2 B 0, -0.700, 0.921, 2.543, 5.051 max_d=5.051 avg_d=0.921 std_dev=1.622
C2 A 0, -0.998, 0.663, 2.323, 4.923 max_d=4.923 avg_d=0.663 std_dev=1.660
C5 B 0, -1.160, 1.248, 3.656, 7.384 max_d=7.384 avg_d=1.248 std_dev=2.408
N1 B 0, -1.248, 1.228, 3.704, 7.539 max_d=7.539 avg_d=1.228 std_dev=2.476
C5 A 0, -1.513, 0.984, 3.481, 7.436 max_d=7.436 avg_d=0.984 std_dev=2.497
N1 A 0, -1.525, 0.997, 3.519, 7.437 max_d=7.437 avg_d=0.997 std_dev=2.522
C6 B 0, -1.452, 1.405, 4.262, 8.685 max_d=8.685 avg_d=1.405 std_dev=2.857
C6 A 0, -1.769, 1.158, 4.085, 8.664 max_d=8.664 avg_d=1.158 std_dev=2.927
C1' B 0, -1.524, 1.449, 4.421, 9.024 max_d=9.024 avg_d=1.449 std_dev=2.973
C1' A 0, -1.829, 1.199, 4.227, 8.931 max_d=8.931 avg_d=1.199 std_dev=3.028
O2' A 0, -1.703, 1.354, 4.411, 9.146 max_d=9.146 avg_d=1.354 std_dev=3.057
C2' A 0, -1.729, 1.369, 4.467, 9.270 max_d=9.270 avg_d=1.369 std_dev=3.098
O2' B 0, -1.588, 1.600, 4.788, 9.809 max_d=9.809 avg_d=1.600 std_dev=3.188
C2' B 0, -1.664, 1.570, 4.805, 9.933 max_d=9.933 avg_d=1.570 std_dev=3.235
O4' B 0, -1.950, 1.845, 5.641, 11.560 max_d=11.560 avg_d=1.845 std_dev=3.795
O4' A 0, -2.189, 1.670, 5.529, 11.536 max_d=11.536 avg_d=1.670 std_dev=3.859
C3' A 0, -2.160, 1.830, 5.820, 12.005 max_d=12.005 avg_d=1.830 std_dev=3.990
C3' B 0, -2.135, 2.005, 6.144, 12.682 max_d=12.682 avg_d=2.005 std_dev=4.139
C4' A 0, -2.438, 1.978, 6.394, 13.245 max_d=13.245 avg_d=1.978 std_dev=4.416
C4' B 0, -2.293, 2.156, 6.605, 13.507 max_d=13.507 avg_d=2.156 std_dev=4.449
O3' A 0, -2.324, 2.171, 6.665, 13.619 max_d=13.619 avg_d=2.171 std_dev=4.495
O3' B 0, -2.372, 2.347, 7.067, 14.531 max_d=14.531 avg_d=2.347 std_dev=4.719
OP2 A 0, -2.156, 2.695, 7.546, 15.036 max_d=15.036 avg_d=2.695 std_dev=4.851
O5' A 0, -2.565, 2.294, 7.153, 14.679 max_d=14.679 avg_d=2.294 std_dev=4.859
O5' B 0, -2.662, 2.307, 7.276, 14.961 max_d=14.961 avg_d=2.307 std_dev=4.969
C5' A 0, -2.723, 2.406, 7.535, 15.493 max_d=15.493 avg_d=2.406 std_dev=5.129
OP2 B 0, -2.755, 2.396, 7.548, 15.535 max_d=15.535 avg_d=2.396 std_dev=5.152
C5' B 0, -2.726, 2.479, 7.684, 15.728 max_d=15.728 avg_d=2.479 std_dev=5.205
P A 0, -2.626, 2.764, 8.153, 16.493 max_d=16.493 avg_d=2.764 std_dev=5.389
P B 0, -3.033, 2.581, 8.194, 16.892 max_d=16.892 avg_d=2.581 std_dev=5.614
OP1 A 0, -2.956, 3.254, 9.464, 18.962 max_d=18.962 avg_d=3.254 std_dev=6.210
OP1 B 0, -3.441, 3.034, 9.509, 19.526 max_d=19.526 avg_d=3.034 std_dev=6.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.16 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.08 0.10 0.29 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.16 0.07 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.09 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.21 0.16 0.08
C4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.14 0.21 0.44 0.25
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.03 0.16 0.25 0.47 0.28
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.14 0.19 0.37 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.10 0.27 0.16
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.11 0.14 0.37 0.20
O2 0.02 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.02 0.06 0.11 0.24 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.11 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.17 0.10 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.07 0.12 0.03 0.00 0.10 0.01 0.04 0.31 0.32 0.15
O4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.03 0.15 0.25 0.48 0.28
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.14 0.11
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.14 0.01 0.16 0.01 0.14 0.08 0.11 0.06 0.03 0.04 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.16 0.21 0.21 0.09 0.25 0.06 0.19 0.10 0.14 0.11 0.17 0.31 0.25 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.16 0.29 0.07 0.16 0.44 0.08 0.47 0.12 0.37 0.27 0.37 0.24 0.10 0.32 0.48 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.15 0.03 0.08 0.25 0.01 0.28 0.01 0.23 0.16 0.20 0.10 0.04 0.15 0.28 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.33 0.20 0.22 0.80 0.14 0.71 0.24 0.49 0.31 0.62 0.12 0.39 0.29 1.02 0.16 0.40 0.45 0.69 0.53
C2 0.22 0.08 0.39 0.27 0.79 0.19 0.66 0.13 0.37 0.11 0.48 0.32 0.68 0.38 1.10 0.12 0.29 0.38 0.66 0.45
C2' 0.35 0.61 0.25 0.33 1.00 0.32 0.91 0.45 0.72 0.57 0.86 0.42 0.20 0.27 1.17 0.40 0.62 0.65 0.89 0.74
C3' 0.28 0.47 0.22 0.29 0.82 0.27 0.76 0.40 0.59 0.45 0.68 0.31 0.21 0.26 0.97 0.34 0.55 0.59 0.81 0.67
C4 0.74 0.71 0.82 0.63 0.08 0.58 0.08 0.38 0.26 0.56 0.44 1.02 1.04 0.68 0.39 0.59 0.22 0.16 0.31 0.15
C4' 0.18 0.34 0.18 0.23 0.69 0.18 0.63 0.28 0.47 0.33 0.54 0.18 0.28 0.28 0.85 0.23 0.42 0.47 0.67 0.54
C5 0.63 0.58 0.73 0.57 0.08 0.52 0.08 0.34 0.22 0.47 0.35 0.84 0.93 0.64 0.30 0.50 0.21 0.17 0.29 0.15
C5' 0.09 0.16 0.22 0.22 0.48 0.12 0.45 0.19 0.30 0.17 0.33 0.09 0.37 0.32 0.63 0.12 0.30 0.36 0.54 0.42
C6 0.40 0.28 0.53 0.41 0.30 0.34 0.26 0.19 0.07 0.21 0.06 0.53 0.75 0.51 0.55 0.29 0.15 0.22 0.41 0.25
N1 0.20 0.07 0.37 0.28 0.63 0.19 0.54 0.13 0.30 0.09 0.36 0.27 0.61 0.39 0.89 0.12 0.26 0.34 0.59 0.40
N3 0.53 0.39 0.65 0.46 0.50 0.41 0.41 0.21 0.10 0.27 0.09 0.79 0.92 0.54 0.91 0.38 0.15 0.25 0.52 0.30
O2 0.11 0.44 0.21 0.19 1.11 0.12 0.94 0.25 0.65 0.40 0.90 0.09 0.51 0.27 1.36 0.15 0.47 0.52 0.83 0.62
O2' 0.59 0.87 0.44 0.50 1.18 0.51 1.08 0.61 0.92 0.80 1.09 0.73 0.21 0.37 1.31 0.62 0.78 0.78 1.02 0.88
O3' 0.48 0.66 0.36 0.44 0.94 0.45 0.89 0.57 0.75 0.64 0.83 0.53 0.19 0.34 1.05 0.54 0.71 0.74 0.94 0.82
O4 0.97 1.05 1.01 0.80 0.38 0.77 0.29 0.56 0.54 0.85 0.86 1.29 1.19 0.81 0.11 0.81 0.38 0.20 0.19 0.17
O4' 0.10 0.21 0.24 0.23 0.63 0.14 0.56 0.19 0.37 0.21 0.45 0.07 0.42 0.34 0.83 0.12 0.32 0.38 0.58 0.44
O5' 0.21 0.15 0.37 0.31 0.31 0.20 0.29 0.14 0.16 0.12 0.16 0.28 0.54 0.42 0.46 0.13 0.21 0.27 0.44 0.31
OP1 0.29 0.25 0.45 0.41 0.24 0.28 0.23 0.20 0.18 0.22 0.21 0.36 0.58 0.53 0.33 0.19 0.22 0.28 0.37 0.28
OP2 0.63 0.62 0.70 0.57 0.48 0.56 0.46 0.46 0.49 0.57 0.55 0.73 0.86 0.61 0.48 0.56 0.40 0.36 0.42 0.39
P 0.40 0.36 0.52 0.44 0.26 0.36 0.25 0.26 0.24 0.32 0.28 0.48 0.68 0.53 0.33 0.31 0.24 0.25 0.34 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.02 0.07 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.08 0.04 0.06 0.08 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.15 0.08 0.11 0.08 0.02 0.01 0.18 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.20 0.00 0.02 0.10 0.12 0.14 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.17 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.22 0.00 0.01 0.11 0.12 0.14 0.11
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.02 0.09 0.10 0.12 0.09
N1 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
N3 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.01 0.02 0.08 0.10 0.13 0.09
O2 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.03 0.03 0.07 0.08 0.13 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.08 0.07
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.20 0.01 0.22 0.02 0.18 0.09 0.14 0.09 0.02 0.00 0.24 0.01 0.07 0.11 0.12 0.10
O4 0.02 0.02 0.11 0.18 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.24 0.00 0.02 0.11 0.13 0.15 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O5' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.08 0.07 0.07 0.12 0.03 0.12 0.03 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.08 0.07 0.14 0.03 0.14 0.02 0.12 0.12 0.13 0.13 0.08 0.12 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.03 0.11 0.02 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00