ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50599

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 5, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 0.123, 1.019, 1.914, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.019 std_dev=0.895
N3 B 0, -0.329, 0.763, 1.856, 3.393 max_d=3.393 avg_d=0.763 std_dev=1.093
O4 B 0, -0.201, 0.959, 2.120, 3.754 max_d=3.754 avg_d=0.959 std_dev=1.160
O4 A 0, -0.610, 0.557, 1.723, 3.618 max_d=3.618 avg_d=0.557 std_dev=1.166
O2 A 0, -0.678, 0.562, 1.802, 3.763 max_d=3.763 avg_d=0.562 std_dev=1.240
N3 A 0, -0.724, 0.525, 1.774, 3.773 max_d=3.773 avg_d=0.525 std_dev=1.249
C2 B 0, -0.365, 0.997, 2.359, 4.284 max_d=4.284 avg_d=0.997 std_dev=1.362
C4 B 0, -0.549, 0.989, 2.528, 4.732 max_d=4.732 avg_d=0.989 std_dev=1.538
C4 A 0, -0.921, 0.672, 2.266, 4.738 max_d=4.738 avg_d=0.672 std_dev=1.594
C2 A 0, -0.935, 0.685, 2.304, 4.792 max_d=4.792 avg_d=0.685 std_dev=1.619
N1 B 0, -0.828, 1.420, 3.667, 6.897 max_d=6.897 avg_d=1.420 std_dev=2.248
O2' B 0, -0.351, 2.062, 4.475, 7.969 max_d=7.969 avg_d=2.062 std_dev=2.413
C5 B 0, -0.921, 1.511, 3.942, 7.426 max_d=7.426 avg_d=1.511 std_dev=2.432
C5 A 0, -1.480, 1.041, 3.561, 7.333 max_d=7.333 avg_d=1.041 std_dev=2.521
N1 A 0, -1.474, 1.047, 3.567, 7.317 max_d=7.317 avg_d=1.047 std_dev=2.521
C1' B 0, -0.837, 1.764, 4.366, 8.092 max_d=8.092 avg_d=1.764 std_dev=2.601
C2' B 0, -0.789, 1.901, 4.592, 8.433 max_d=8.433 avg_d=1.901 std_dev=2.691
C6 B 0, -1.086, 1.677, 4.441, 8.406 max_d=8.406 avg_d=1.677 std_dev=2.764
O2' A 0, -1.167, 1.673, 4.514, 9.092 max_d=9.092 avg_d=1.673 std_dev=2.841
C6 A 0, -1.728, 1.224, 4.176, 8.542 max_d=8.542 avg_d=1.224 std_dev=2.952
C2' A 0, -1.441, 1.557, 4.554, 9.187 max_d=9.187 avg_d=1.557 std_dev=2.998
C1' A 0, -1.762, 1.261, 4.284, 8.746 max_d=8.746 avg_d=1.261 std_dev=3.023
O4' B 0, -1.257, 2.244, 5.746, 10.774 max_d=10.774 avg_d=2.244 std_dev=3.502
C3' B 0, -1.305, 2.389, 6.084, 11.384 max_d=11.384 avg_d=2.389 std_dev=3.694
O4' A 0, -2.077, 1.808, 5.693, 11.330 max_d=11.330 avg_d=1.808 std_dev=3.885
C3' A 0, -1.767, 2.138, 6.043, 11.884 max_d=11.884 avg_d=2.138 std_dev=3.905
C4' B 0, -1.448, 2.615, 6.677, 12.531 max_d=12.531 avg_d=2.615 std_dev=4.062
O3' B 0, -1.415, 2.739, 6.892, 12.905 max_d=12.905 avg_d=2.739 std_dev=4.154
O3' A 0, -1.709, 2.604, 6.916, 13.506 max_d=13.506 avg_d=2.604 std_dev=4.312
C4' A 0, -2.218, 2.196, 6.611, 13.091 max_d=13.091 avg_d=2.196 std_dev=4.415
O5' B 0, -1.933, 2.887, 7.707, 14.731 max_d=14.731 avg_d=2.887 std_dev=4.820
O5' A 0, -1.874, 2.948, 7.770, 14.894 max_d=14.894 avg_d=2.948 std_dev=4.822
C5' B 0, -1.862, 3.053, 7.969, 15.061 max_d=15.061 avg_d=3.053 std_dev=4.916
OP2 A 0, -1.748, 3.279, 8.306, 15.924 max_d=15.924 avg_d=3.279 std_dev=5.027
OP2 B 0, -1.153, 3.989, 9.130, 16.534 max_d=16.534 avg_d=3.989 std_dev=5.141
C5' A 0, -2.361, 2.788, 7.937, 15.405 max_d=15.405 avg_d=2.788 std_dev=5.149
P A 0, -1.994, 3.465, 8.925, 17.119 max_d=17.119 avg_d=3.465 std_dev=5.459
P B 0, -2.003, 3.549, 9.101, 17.208 max_d=17.208 avg_d=3.549 std_dev=5.552
OP1 B 0, -1.640, 4.562, 10.764, 19.618 max_d=19.618 avg_d=4.562 std_dev=6.202
OP1 A 0, -2.240, 4.030, 10.300, 19.605 max_d=19.605 avg_d=4.030 std_dev=6.270

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.15 0.08
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.03 0.11 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.09 0.14 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.15 0.22 0.13
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.18 0.01 0.20 0.02 0.19 0.12 0.16 0.14 0.03 0.01 0.19 0.01 0.06 0.16 0.17 0.10
C4 0.03 0.02 0.08 0.18 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.22 0.00 0.04 0.22 0.21 0.21 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.08 0.08 0.07 0.02 0.11 0.01 0.02 0.10 0.08 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.20 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.24 0.01 0.05 0.26 0.24 0.22 0.24
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.08 0.06 0.03 0.17 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.21 0.01 0.04 0.22 0.20 0.16 0.18
N1 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.02 0.01 0.12 0.13 0.14 0.12
N3 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.02 0.03 0.16 0.16 0.17 0.16
O2 0.06 0.01 0.14 0.14 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.17 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.12
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.11 0.18 0.00 0.04 0.10 0.05 0.04 0.14 0.18 0.08
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.22 0.02 0.24 0.03 0.21 0.12 0.18 0.17 0.04 0.00 0.24 0.02 0.09 0.20 0.17 0.11
O4 0.03 0.02 0.09 0.19 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.24 0.00 0.05 0.23 0.24 0.24 0.24
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.07 0.06 0.13 0.08
O5' 0.07 0.11 0.07 0.06 0.22 0.02 0.26 0.01 0.22 0.12 0.16 0.09 0.04 0.09 0.23 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.12 0.15 0.16 0.21 0.10 0.24 0.08 0.20 0.13 0.16 0.10 0.14 0.20 0.24 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.22 0.17 0.21 0.08 0.22 0.03 0.16 0.14 0.17 0.16 0.18 0.17 0.24 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.13 0.10 0.21 0.04 0.24 0.01 0.18 0.12 0.16 0.12 0.08 0.11 0.24 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.32 0.20 0.19 0.73 0.17 0.63 0.20 0.44 0.29 0.57 0.21 0.37 0.21 0.92 0.18 0.31 0.87 0.68 0.52
C2 0.31 0.20 0.40 0.28 0.69 0.27 0.56 0.17 0.30 0.17 0.44 0.43 0.65 0.37 0.97 0.25 0.20 0.86 0.61 0.43
C2' 0.36 0.52 0.35 0.36 0.82 0.34 0.73 0.37 0.57 0.47 0.72 0.43 0.39 0.34 0.98 0.35 0.43 0.92 0.85 0.64
C3' 0.34 0.41 0.34 0.33 0.65 0.34 0.58 0.34 0.45 0.38 0.54 0.38 0.43 0.33 0.80 0.35 0.36 0.93 0.80 0.59
C4 0.74 0.73 0.80 0.66 0.19 0.63 0.19 0.49 0.34 0.60 0.49 1.00 0.96 0.71 0.36 0.63 0.40 0.92 0.39 0.37
C4' 0.24 0.31 0.25 0.24 0.60 0.23 0.53 0.24 0.39 0.30 0.47 0.26 0.36 0.25 0.76 0.24 0.30 0.86 0.66 0.51
C5 0.64 0.60 0.70 0.57 0.17 0.55 0.17 0.43 0.29 0.50 0.39 0.84 0.86 0.62 0.29 0.55 0.36 0.90 0.38 0.35
C5' 0.23 0.20 0.24 0.20 0.44 0.21 0.39 0.18 0.26 0.20 0.31 0.25 0.41 0.24 0.59 0.22 0.20 0.86 0.56 0.43
C6 0.44 0.34 0.51 0.39 0.28 0.38 0.23 0.28 0.15 0.29 0.18 0.58 0.69 0.46 0.50 0.37 0.23 0.87 0.43 0.34
N1 0.28 0.19 0.36 0.26 0.55 0.25 0.46 0.17 0.26 0.17 0.34 0.37 0.57 0.34 0.79 0.23 0.19 0.86 0.56 0.41
N3 0.58 0.47 0.66 0.50 0.43 0.48 0.33 0.33 0.16 0.37 0.22 0.83 0.87 0.58 0.79 0.46 0.24 0.88 0.49 0.36
O2 0.20 0.42 0.26 0.20 0.98 0.18 0.81 0.19 0.55 0.35 0.82 0.25 0.51 0.26 1.20 0.18 0.33 0.86 0.77 0.56
O2' 0.56 0.77 0.55 0.56 1.02 0.51 0.93 0.55 0.79 0.71 0.95 0.67 0.47 0.51 1.14 0.53 0.65 0.94 0.98 0.79
O3' 0.47 0.53 0.47 0.47 0.72 0.46 0.65 0.47 0.56 0.51 0.64 0.50 0.50 0.46 0.84 0.47 0.47 0.95 0.93 0.68
O4 0.94 1.01 0.98 0.83 0.45 0.80 0.39 0.65 0.58 0.84 0.85 1.21 1.10 0.86 0.23 0.81 0.58 0.98 0.41 0.46
O4' 0.16 0.23 0.19 0.16 0.60 0.15 0.52 0.16 0.35 0.22 0.44 0.17 0.38 0.21 0.78 0.15 0.26 0.84 0.58 0.46
O5' 0.32 0.23 0.34 0.26 0.30 0.28 0.27 0.21 0.17 0.20 0.19 0.38 0.52 0.32 0.46 0.29 0.14 0.89 0.51 0.38
OP1 0.36 0.28 0.37 0.30 0.20 0.33 0.19 0.25 0.17 0.25 0.19 0.41 0.52 0.35 0.32 0.34 0.17 0.89 0.48 0.36
OP2 0.54 0.49 0.58 0.48 0.22 0.49 0.22 0.40 0.30 0.44 0.36 0.65 0.71 0.53 0.22 0.49 0.33 0.95 0.46 0.40
P 0.40 0.32 0.44 0.35 0.18 0.36 0.18 0.28 0.18 0.29 0.20 0.48 0.59 0.40 0.30 0.37 0.20 0.92 0.45 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.16 0.47 0.15
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.13 0.50 0.42 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.12 0.27 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.17 0.19 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.04 0.16 0.82 0.37 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.25 0.39 0.05
C5 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.17 0.80 0.39 0.33
C5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.03 0.12 0.03 0.01 0.40 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.16 0.57 0.45 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.13 0.41 0.44 0.22
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.09 0.01 0.03 0.15 0.69 0.40 0.29
O2 0.05 0.01 0.13 0.13 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.15 0.03 0.05 0.12 0.40 0.41 0.21
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.03 0.08 0.12 0.00 0.03 0.07 0.05 0.06 0.16 0.33 0.08
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.09 0.15 0.03 0.00 0.09 0.02 0.16 0.35 0.19 0.15
O4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.09 0.00 0.04 0.17 0.92 0.34 0.34
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.16 0.12 0.58 0.16
O5' 0.10 0.13 0.04 0.10 0.16 0.02 0.17 0.01 0.16 0.13 0.15 0.12 0.06 0.16 0.17 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.50 0.12 0.17 0.82 0.25 0.80 0.40 0.57 0.41 0.69 0.40 0.16 0.35 0.92 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.42 0.27 0.19 0.37 0.39 0.39 0.32 0.45 0.44 0.40 0.41 0.33 0.19 0.34 0.58 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.09 0.10 0.33 0.05 0.33 0.02 0.28 0.22 0.29 0.21 0.08 0.15 0.34 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00