ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50600

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.316, 0.537, 1.389, 3.317 max_d=3.317 avg_d=0.537 std_dev=0.852
N3 B 0, -0.314, 0.576, 1.466, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.576 std_dev=0.890
O2 A 0, -0.594, 0.299, 1.192, 3.260 max_d=3.260 avg_d=0.299 std_dev=0.893
O2 B 0, -0.147, 0.766, 1.679, 3.508 max_d=3.508 avg_d=0.766 std_dev=0.913
O4 A 0, -0.554, 0.361, 1.276, 3.386 max_d=3.386 avg_d=0.361 std_dev=0.915
N3 A 0, -0.632, 0.287, 1.207, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.287 std_dev=0.919
C4 B 0, -0.602, 0.609, 1.820, 4.595 max_d=4.595 avg_d=0.609 std_dev=1.211
C2 B 0, -0.519, 0.694, 1.907, 4.646 max_d=4.646 avg_d=0.694 std_dev=1.213
C2 A 0, -0.834, 0.384, 1.602, 4.424 max_d=4.424 avg_d=0.384 std_dev=1.218
C4 A 0, -0.862, 0.398, 1.659, 4.579 max_d=4.579 avg_d=0.398 std_dev=1.261
C5 B 0, -0.920, 1.015, 2.950, 7.369 max_d=7.369 avg_d=1.015 std_dev=1.935
N1 B 0, -1.012, 0.928, 2.868, 7.334 max_d=7.334 avg_d=0.928 std_dev=1.940
N1 A 0, -1.352, 0.601, 2.555, 7.080 max_d=7.080 avg_d=0.601 std_dev=1.954
C5 A 0, -1.404, 0.620, 2.644, 7.334 max_d=7.334 avg_d=0.620 std_dev=2.024
C6 B 0, -1.116, 1.154, 3.425, 8.627 max_d=8.627 avg_d=1.154 std_dev=2.270
O2' A 0, -1.324, 0.965, 3.254, 8.530 max_d=8.530 avg_d=0.965 std_dev=2.289
C1' B 0, -1.169, 1.150, 3.470, 8.809 max_d=8.809 avg_d=1.150 std_dev=2.320
C2' A 0, -1.422, 0.902, 3.226, 8.599 max_d=8.599 avg_d=0.902 std_dev=2.324
C1' A 0, -1.609, 0.724, 3.058, 8.465 max_d=8.465 avg_d=0.724 std_dev=2.334
C6 A 0, -1.617, 0.719, 3.055, 8.467 max_d=8.467 avg_d=0.719 std_dev=2.336
O2' B 0, -0.954, 1.413, 3.781, 9.135 max_d=9.135 avg_d=1.413 std_dev=2.368
C2' B 0, -1.112, 1.360, 3.833, 9.443 max_d=9.443 avg_d=1.360 std_dev=2.473
O4' B 0, -1.501, 1.509, 4.519, 11.435 max_d=11.435 avg_d=1.509 std_dev=3.010
O4' A 0, -1.981, 1.069, 4.118, 11.180 max_d=11.180 avg_d=1.069 std_dev=3.050
C3' A 0, -1.857, 1.225, 4.308, 11.432 max_d=11.432 avg_d=1.225 std_dev=3.082
C3' B 0, -1.513, 1.739, 4.991, 12.348 max_d=12.348 avg_d=1.739 std_dev=3.252
O3' A 0, -1.945, 1.502, 4.949, 12.895 max_d=12.895 avg_d=1.502 std_dev=3.447
C4' A 0, -2.198, 1.292, 4.781, 12.858 max_d=12.858 avg_d=1.292 std_dev=3.490
C4' B 0, -1.673, 1.841, 5.355, 13.371 max_d=13.371 avg_d=1.841 std_dev=3.514
O3' B 0, -1.676, 2.050, 5.777, 14.105 max_d=14.105 avg_d=2.050 std_dev=3.727
O5' A 0, -2.203, 1.634, 5.470, 14.323 max_d=14.323 avg_d=1.634 std_dev=3.836
O5' B 0, -1.881, 2.088, 6.057, 15.093 max_d=15.093 avg_d=2.088 std_dev=3.969
OP2 A 0, -2.120, 1.862, 5.844, 14.964 max_d=14.964 avg_d=1.862 std_dev=3.982
C5' A 0, -2.446, 1.638, 5.723, 15.164 max_d=15.164 avg_d=1.638 std_dev=4.084
C5' B 0, -1.883, 2.248, 6.380, 15.732 max_d=15.732 avg_d=2.248 std_dev=4.132
OP2 B 0, -1.966, 2.230, 6.426, 15.940 max_d=15.940 avg_d=2.230 std_dev=4.196
P A 0, -2.432, 1.940, 6.313, 16.370 max_d=16.370 avg_d=1.940 std_dev=4.373
P B 0, -2.164, 2.368, 6.900, 17.206 max_d=17.206 avg_d=2.368 std_dev=4.532
OP1 A 0, -2.785, 2.249, 7.284, 18.858 max_d=18.858 avg_d=2.249 std_dev=5.035
OP1 B 0, -2.403, 2.792, 7.986, 19.766 max_d=19.766 avg_d=2.792 std_dev=5.194

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.09 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.02 0.10 0.11 0.18 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.11 0.08 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.06 0.02 0.00 0.11 0.01 0.07 0.12 0.07 0.04
C4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.03 0.17 0.22 0.29 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.11 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.00 0.03 0.18 0.24 0.28 0.26
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.10 0.05 0.04 0.03 0.15 0.01 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.03 0.15 0.16 0.18 0.18
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.09 0.09 0.14 0.12
N3 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.14 0.16 0.24 0.20
O2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.03 0.09 0.10 0.16 0.12
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.12 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.14 0.06 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.02 0.16 0.03 0.14 0.05 0.06 0.09 0.05 0.00 0.14 0.02 0.09 0.14 0.06 0.04
O4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.00 0.03 0.19 0.27 0.33 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.11 0.05 0.04
O5' 0.05 0.10 0.04 0.07 0.17 0.01 0.18 0.01 0.15 0.09 0.14 0.09 0.02 0.09 0.19 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.11 0.11 0.12 0.22 0.11 0.24 0.11 0.16 0.09 0.16 0.10 0.14 0.14 0.27 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.18 0.08 0.07 0.29 0.03 0.28 0.03 0.18 0.14 0.24 0.16 0.06 0.06 0.33 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.04 0.04 0.25 0.01 0.26 0.02 0.18 0.12 0.20 0.12 0.03 0.04 0.28 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.41 0.50 0.44 0.33 0.38 0.33 0.28 0.19 0.37 0.22 0.44 0.68 0.56 0.22 0.25 0.28 0.41 0.26
C2 0.24 0.10 0.46 0.49 0.42 0.34 0.34 0.31 0.23 0.14 0.31 0.25 0.52 0.64 0.58 0.23 0.22 0.24 0.39 0.22
C2' 0.15 0.27 0.37 0.42 0.47 0.26 0.40 0.26 0.29 0.22 0.42 0.22 0.39 0.59 0.57 0.21 0.23 0.24 0.35 0.21
C3' 0.15 0.21 0.38 0.42 0.42 0.25 0.36 0.25 0.27 0.19 0.35 0.16 0.39 0.59 0.53 0.20 0.21 0.21 0.34 0.18
C4 0.41 0.37 0.54 0.51 0.17 0.40 0.18 0.33 0.22 0.32 0.23 0.53 0.59 0.61 0.31 0.35 0.30 0.25 0.37 0.24
C4' 0.17 0.19 0.40 0.48 0.40 0.30 0.36 0.31 0.27 0.19 0.32 0.17 0.42 0.66 0.51 0.20 0.23 0.26 0.39 0.23
C5 0.36 0.29 0.51 0.51 0.17 0.37 0.19 0.32 0.20 0.27 0.17 0.43 0.55 0.63 0.28 0.31 0.29 0.26 0.38 0.24
C5' 0.19 0.15 0.43 0.50 0.37 0.31 0.35 0.32 0.27 0.19 0.26 0.14 0.44 0.68 0.47 0.21 0.20 0.24 0.41 0.21
C6 0.27 0.15 0.47 0.50 0.23 0.34 0.22 0.31 0.18 0.18 0.12 0.29 0.51 0.65 0.37 0.25 0.24 0.24 0.38 0.22
N1 0.22 0.11 0.45 0.50 0.36 0.33 0.31 0.31 0.22 0.15 0.25 0.21 0.49 0.66 0.50 0.22 0.23 0.25 0.39 0.22
N3 0.35 0.23 0.51 0.49 0.30 0.36 0.24 0.30 0.17 0.22 0.14 0.45 0.57 0.61 0.50 0.30 0.23 0.21 0.36 0.19
O2 0.20 0.25 0.45 0.50 0.56 0.34 0.46 0.33 0.32 0.21 0.50 0.24 0.50 0.65 0.69 0.22 0.25 0.29 0.44 0.28
O2' 0.20 0.37 0.33 0.40 0.52 0.26 0.44 0.28 0.34 0.29 0.50 0.36 0.33 0.58 0.61 0.24 0.26 0.29 0.35 0.25
O3' 0.15 0.25 0.35 0.38 0.44 0.23 0.38 0.24 0.28 0.22 0.37 0.20 0.35 0.55 0.53 0.21 0.22 0.22 0.31 0.18
O4 0.51 0.53 0.59 0.54 0.26 0.45 0.24 0.37 0.32 0.45 0.43 0.65 0.63 0.61 0.24 0.44 0.38 0.31 0.40 0.30
O4' 0.20 0.17 0.43 0.52 0.38 0.35 0.35 0.36 0.27 0.18 0.31 0.20 0.45 0.71 0.50 0.22 0.25 0.30 0.43 0.27
O5' 0.23 0.17 0.44 0.49 0.34 0.31 0.33 0.30 0.27 0.21 0.23 0.18 0.46 0.65 0.44 0.23 0.19 0.21 0.40 0.19
OP1 0.26 0.22 0.45 0.49 0.35 0.32 0.35 0.30 0.29 0.24 0.26 0.24 0.46 0.64 0.45 0.26 0.21 0.20 0.39 0.18
OP2 0.35 0.32 0.50 0.52 0.40 0.38 0.41 0.37 0.37 0.34 0.33 0.34 0.51 0.65 0.47 0.35 0.21 0.23 0.45 0.24
P 0.29 0.24 0.48 0.52 0.37 0.35 0.39 0.34 0.33 0.27 0.27 0.25 0.49 0.67 0.46 0.28 0.17 0.21 0.43 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.09 0.27 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.06 0.27 0.20 0.31 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01 0.24 0.26 0.08 0.15
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.02 0.06 0.06 0.11 0.12 0.02 0.00 0.10 0.01 0.35 0.35 0.07 0.25
C4 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.44 0.35 0.42 0.36
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.00 0.02 0.10 0.24 0.02
C5 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.06 0.48 0.37 0.41 0.40
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.14 0.00 0.18 0.00 0.16 0.08 0.09 0.02 0.05 0.04 0.15 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.07 0.42 0.28 0.32 0.30
N1 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.28 0.19 0.29 0.18
N3 0.03 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.01 0.06 0.36 0.27 0.36 0.27
O2 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.01 0.09 0.19 0.14 0.30 0.13
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.09 0.00 0.05 0.07 0.06 0.11 0.21 0.14 0.07
O3' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.12 0.03 0.09 0.04 0.07 0.06 0.13 0.13 0.05 0.00 0.13 0.02 0.34 0.48 0.16 0.33
O4 0.03 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.05 0.47 0.40 0.47 0.41
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.02 0.05 0.00 0.07 0.04 0.37 0.14
O5' 0.12 0.27 0.24 0.35 0.44 0.02 0.48 0.01 0.42 0.28 0.36 0.19 0.11 0.34 0.47 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.20 0.26 0.35 0.35 0.10 0.37 0.08 0.28 0.19 0.27 0.14 0.21 0.48 0.40 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.31 0.08 0.07 0.42 0.24 0.41 0.27 0.32 0.29 0.36 0.30 0.14 0.16 0.47 0.37 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.15 0.25 0.36 0.02 0.40 0.01 0.30 0.18 0.27 0.13 0.07 0.33 0.41 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00