ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50601

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 1, 4, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, 0.552, 2.142, 3.732, 3.704 max_d=3.704 avg_d=2.142 std_dev=1.590
O4 A 0, 0.014, 1.705, 3.396, 3.628 max_d=3.628 avg_d=1.705 std_dev=1.691
O2 B 0, 0.515, 2.242, 3.970, 3.971 max_d=3.971 avg_d=2.242 std_dev=1.727
N3 B 0, 0.407, 2.145, 3.882, 3.880 max_d=3.880 avg_d=2.145 std_dev=1.737
N3 A 0, 0.002, 1.824, 3.646, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.824 std_dev=1.822
O2 A 0, 0.014, 1.944, 3.873, 4.066 max_d=4.066 avg_d=1.944 std_dev=1.929
C4 B 0, 0.467, 2.631, 4.794, 4.780 max_d=4.780 avg_d=2.631 std_dev=2.164
C2 B 0, 0.365, 2.632, 4.899, 4.902 max_d=4.902 avg_d=2.632 std_dev=2.267
C4 A 0, 0.006, 2.289, 4.572, 4.769 max_d=4.769 avg_d=2.289 std_dev=2.283
C2 A 0, 0.007, 2.415, 4.823, 4.991 max_d=4.991 avg_d=2.415 std_dev=2.408
C5 B 0, 0.665, 3.992, 7.320, 7.307 max_d=7.307 avg_d=3.992 std_dev=3.327
N1 B 0, 0.392, 3.876, 7.361, 7.360 max_d=7.360 avg_d=3.876 std_dev=3.484
C5 A 0, 0.004, 3.602, 7.200, 7.361 max_d=7.361 avg_d=3.602 std_dev=3.598
N1 A 0, 0.008, 3.697, 7.386, 7.526 max_d=7.526 avg_d=3.697 std_dev=3.689
C6 B 0, 0.632, 4.592, 8.553, 8.547 max_d=8.547 avg_d=4.592 std_dev=3.961
C1' B 0, 0.434, 4.618, 8.802, 8.810 max_d=8.810 avg_d=4.618 std_dev=4.184
O2' B 0, 0.623, 4.872, 9.122, 9.354 max_d=9.354 avg_d=4.872 std_dev=4.249
C6 A 0, 0.006, 4.267, 8.528, 8.675 max_d=8.675 avg_d=4.267 std_dev=4.261
C2' B 0, 0.611, 4.962, 9.313, 9.394 max_d=9.394 avg_d=4.962 std_dev=4.351
C1' A 0, 0.009, 4.481, 8.952, 9.053 max_d=9.053 avg_d=4.481 std_dev=4.471
C2' A 0, 0.157, 4.893, 9.629, 9.805 max_d=9.805 avg_d=4.893 std_dev=4.736
O2' A 0, 0.112, 4.878, 9.645, 9.908 max_d=9.908 avg_d=4.878 std_dev=4.766
O4' B 0, 0.598, 5.980, 11.362, 11.369 max_d=11.369 avg_d=5.980 std_dev=5.382
C3' B 0, 0.807, 6.460, 12.113, 12.255 max_d=12.255 avg_d=6.460 std_dev=5.653
O4' A 0, 0.171, 5.846, 11.521, 11.618 max_d=11.618 avg_d=5.846 std_dev=5.675
C3' A 0, 0.293, 6.338, 12.384, 12.545 max_d=12.545 avg_d=6.338 std_dev=6.046
C4' B 0, 0.770, 6.995, 13.220, 13.266 max_d=13.266 avg_d=6.995 std_dev=6.225
O3' B 0, 1.020, 7.382, 13.744, 13.893 max_d=13.893 avg_d=7.382 std_dev=6.362
OP2 A 0, 1.828, 8.413, 14.997, 14.941 max_d=14.941 avg_d=8.413 std_dev=6.584
C4' A 0, 0.281, 6.875, 13.470, 13.572 max_d=13.572 avg_d=6.875 std_dev=6.594
O3' A 0, 0.428, 7.325, 14.223, 14.513 max_d=14.513 avg_d=7.325 std_dev=6.897
O5' A 0, 0.867, 7.824, 14.781, 14.841 max_d=14.841 avg_d=7.824 std_dev=6.957
O5' B 0, 0.944, 7.965, 14.985, 15.435 max_d=15.435 avg_d=7.965 std_dev=7.021
C5' B 0, 0.980, 8.285, 15.591, 15.776 max_d=15.776 avg_d=8.285 std_dev=7.306
P A 0, 1.409, 8.953, 16.497, 16.486 max_d=16.486 avg_d=8.953 std_dev=7.544
C5' A 0, 0.450, 8.055, 15.659, 15.734 max_d=15.734 avg_d=8.055 std_dev=7.605
OP2 B 0, 0.898, 8.505, 16.111, 16.934 max_d=16.934 avg_d=8.505 std_dev=7.606
P B 0, 1.032, 9.106, 17.179, 17.815 max_d=17.815 avg_d=9.106 std_dev=8.073
OP1 A 0, 1.727, 10.459, 19.191, 19.169 max_d=19.169 avg_d=10.459 std_dev=8.732
OP1 B 0, 1.198, 10.424, 19.650, 20.292 max_d=20.292 avg_d=10.424 std_dev=9.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.12 0.34 0.19
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.01 0.42 0.24 0.82 0.53
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.25 0.20 0.22 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.08 0.07 0.11 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.35 0.22 0.16 0.23
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.01 0.63 0.70 1.30 0.93
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.24 0.17 0.10
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.02 0.67 0.78 1.29 0.98
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.13 0.08 0.12 0.05 0.04 0.03 0.15 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.02 0.58 0.56 0.99 0.77
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.41 0.25 0.73 0.51
N3 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.01 0.53 0.46 1.08 0.74
O2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.31 0.07 0.66 0.37
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.51 0.08 0.17
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.14 0.02 0.12 0.03 0.09 0.06 0.12 0.09 0.02 0.00 0.16 0.01 0.29 0.34 0.24 0.22
O4 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.02 0.67 0.82 1.43 1.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.12 0.20 0.20 0.13
O5' 0.19 0.42 0.25 0.35 0.63 0.01 0.67 0.01 0.58 0.41 0.53 0.31 0.05 0.29 0.67 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.24 0.20 0.22 0.70 0.24 0.78 0.13 0.56 0.25 0.46 0.07 0.51 0.34 0.82 0.20 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.82 0.22 0.16 1.30 0.17 1.29 0.29 0.99 0.73 1.08 0.66 0.08 0.24 1.43 0.20 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.53 0.15 0.23 0.93 0.10 0.98 0.01 0.77 0.51 0.74 0.37 0.17 0.22 1.03 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.37 0.40 0.36 1.13 0.27 0.93 0.21 0.58 0.30 0.85 0.08 0.69 0.53 1.49 0.14 0.36 0.46 0.70 0.47
C2 0.46 0.11 0.72 0.55 1.12 0.46 0.87 0.28 0.42 0.10 0.70 0.51 1.08 0.75 1.60 0.33 0.25 0.33 0.59 0.35
C2' 0.19 0.56 0.33 0.33 1.23 0.24 1.03 0.24 0.69 0.45 1.01 0.27 0.56 0.46 1.56 0.18 0.41 0.47 0.70 0.49
C3' 0.24 0.34 0.39 0.36 0.99 0.30 0.83 0.25 0.52 0.29 0.74 0.16 0.62 0.49 1.32 0.23 0.32 0.38 0.57 0.38
C4 1.09 1.01 1.25 1.02 0.20 0.93 0.15 0.70 0.34 0.81 0.55 1.49 1.50 1.15 0.74 0.88 0.49 0.40 0.31 0.35
C4' 0.20 0.28 0.38 0.35 0.92 0.27 0.77 0.21 0.47 0.23 0.66 0.09 0.61 0.50 1.24 0.18 0.31 0.41 0.60 0.40
C5 0.96 0.84 1.12 0.92 0.17 0.84 0.13 0.64 0.29 0.69 0.43 1.26 1.36 1.05 0.61 0.79 0.45 0.38 0.32 0.34
C5' 0.35 0.11 0.48 0.42 0.66 0.37 0.56 0.27 0.28 0.13 0.39 0.29 0.72 0.57 0.97 0.31 0.24 0.32 0.46 0.30
C6 0.69 0.43 0.87 0.70 0.49 0.63 0.39 0.45 0.08 0.37 0.11 0.85 1.14 0.86 0.93 0.55 0.29 0.30 0.38 0.27
N1 0.44 0.09 0.66 0.53 0.91 0.45 0.72 0.29 0.33 0.10 0.52 0.47 0.98 0.71 1.34 0.33 0.24 0.33 0.54 0.33
N3 0.84 0.57 1.07 0.83 0.76 0.73 0.57 0.50 0.12 0.45 0.21 1.15 1.38 1.00 1.37 0.64 0.30 0.29 0.42 0.26
O2 0.17 0.56 0.47 0.37 1.51 0.28 1.21 0.20 0.77 0.42 1.25 0.15 0.88 0.59 1.90 0.12 0.39 0.47 0.78 0.52
O2' 0.39 0.90 0.37 0.43 1.45 0.31 1.23 0.38 0.93 0.74 1.31 0.69 0.36 0.45 1.73 0.35 0.60 0.66 0.90 0.68
O3' 0.26 0.50 0.35 0.35 1.07 0.28 0.91 0.28 0.62 0.43 0.86 0.30 0.49 0.44 1.36 0.26 0.39 0.43 0.61 0.44
O4 1.37 1.45 1.49 1.24 0.39 1.15 0.30 0.90 0.68 1.17 1.12 1.86 1.68 1.33 0.31 1.13 0.70 0.56 0.38 0.52
O4' 0.22 0.22 0.43 0.38 0.93 0.29 0.77 0.22 0.45 0.19 0.64 0.13 0.69 0.55 1.27 0.17 0.32 0.44 0.64 0.43
O5' 0.35 0.44 0.38 0.25 0.97 0.28 0.86 0.25 0.58 0.40 0.71 0.44 0.65 0.43 1.29 0.36 0.33 0.38 0.63 0.46
OP1 0.39 0.44 0.53 0.42 0.98 0.37 0.86 0.27 0.55 0.38 0.71 0.46 0.82 0.66 1.31 0.37 0.29 0.32 0.61 0.42
OP2 0.91 1.05 0.77 0.71 1.49 0.83 1.44 0.90 1.20 1.03 1.25 0.99 0.89 0.65 1.76 0.96 0.99 1.03 1.26 1.13
P 0.57 0.69 0.53 0.41 1.15 0.48 1.06 0.48 0.79 0.64 0.91 0.68 0.76 0.50 1.45 0.58 0.56 0.58 0.84 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.13 0.15 0.22 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.11 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.10 0.11 0.02 0.00 0.12 0.01 0.05 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.02 0.22 0.28 0.37 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.02 0.24 0.30 0.37 0.31
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.06 0.05 0.03 0.15 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.01 0.02 0.20 0.23 0.26 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.13 0.14 0.19 0.16
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.00 0.02 0.18 0.21 0.30 0.24
O2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.13 0.01 0.04 0.10 0.12 0.18 0.14
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.14 0.00 0.05 0.05 0.05 0.03 0.12 0.03 0.04
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.14 0.02 0.17 0.03 0.14 0.07 0.11 0.13 0.05 0.00 0.16 0.02 0.10 0.20 0.14 0.14
O4 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.00 0.02 0.24 0.33 0.42 0.34
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.07
O5' 0.05 0.13 0.02 0.05 0.22 0.01 0.24 0.01 0.20 0.13 0.18 0.10 0.03 0.10 0.24 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.15 0.10 0.13 0.28 0.07 0.30 0.05 0.23 0.14 0.21 0.12 0.12 0.20 0.33 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.22 0.04 0.08 0.37 0.01 0.37 0.01 0.26 0.19 0.30 0.18 0.03 0.14 0.42 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.03 0.07 0.30 0.01 0.31 0.01 0.24 0.16 0.24 0.14 0.04 0.14 0.34 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00