ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50602

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 1.659, 2.945, 4.230, 3.572 max_d=3.572 avg_d=2.945 std_dev=1.285
O2 A 0, 1.489, 2.812, 4.136, 3.630 max_d=3.630 avg_d=2.812 std_dev=1.324
O4 B 0, 1.786, 3.147, 4.507, 3.816 max_d=3.816 avg_d=3.147 std_dev=1.361
N3 B 0, 1.724, 3.091, 4.458, 3.742 max_d=3.742 avg_d=3.091 std_dev=1.367
N3 A 0, 1.565, 2.965, 4.365, 3.791 max_d=3.791 avg_d=2.965 std_dev=1.400
O4 A 0, 1.608, 3.062, 4.517, 4.018 max_d=4.018 avg_d=3.062 std_dev=1.455
C2 B 0, 2.110, 3.801, 5.493, 4.602 max_d=4.602 avg_d=3.801 std_dev=1.691
C2 A 0, 1.956, 3.695, 5.434, 4.663 max_d=4.663 avg_d=3.695 std_dev=1.739
C4 B 0, 2.206, 3.960, 5.714, 4.796 max_d=4.796 avg_d=3.960 std_dev=1.754
C4 A 0, 2.058, 3.896, 5.734, 4.975 max_d=4.975 avg_d=3.896 std_dev=1.838
N1 B 0, 3.206, 5.827, 8.448, 7.070 max_d=7.070 avg_d=5.827 std_dev=2.621
N1 A 0, 3.043, 5.751, 8.460, 7.144 max_d=7.144 avg_d=5.751 std_dev=2.708
C5 B 0, 3.338, 6.060, 8.782, 7.350 max_d=7.350 avg_d=6.060 std_dev=2.722
C5 A 0, 3.184, 6.028, 8.873, 7.599 max_d=7.599 avg_d=6.028 std_dev=2.844
O2' B 0, 3.741, 6.730, 9.719, 8.353 max_d=8.353 avg_d=6.730 std_dev=2.989
C1' B 0, 3.769, 6.848, 9.927, 8.308 max_d=8.308 avg_d=6.848 std_dev=3.079
C6 B 0, 3.810, 6.945, 10.081, 8.425 max_d=8.425 avg_d=6.945 std_dev=3.136
C1' A 0, 3.577, 6.760, 9.943, 8.409 max_d=8.409 avg_d=6.760 std_dev=3.183
O2' A 0, 3.724, 6.940, 10.157, 8.588 max_d=8.588 avg_d=6.940 std_dev=3.216
C6 A 0, 3.650, 6.899, 10.149, 8.559 max_d=8.559 avg_d=6.899 std_dev=3.249
C2' B 0, 3.993, 7.273, 10.552, 9.045 max_d=9.045 avg_d=7.273 std_dev=3.280
C2' A 0, 3.943, 7.376, 10.810, 9.313 max_d=9.313 avg_d=7.376 std_dev=3.433
O4' B 0, 4.935, 8.957, 12.979, 10.949 max_d=10.949 avg_d=8.957 std_dev=4.022
O4' A 0, 4.728, 8.848, 12.969, 11.072 max_d=11.072 avg_d=8.848 std_dev=4.120
C3' B 0, 5.236, 9.530, 13.825, 11.655 max_d=11.655 avg_d=9.530 std_dev=4.294
C3' A 0, 5.100, 9.450, 13.800, 11.733 max_d=11.733 avg_d=9.450 std_dev=4.350
O3' B 0, 5.594, 10.214, 14.834, 13.085 max_d=13.085 avg_d=10.214 std_dev=4.620
C4' B 0, 5.737, 10.360, 14.984, 12.589 max_d=12.589 avg_d=10.360 std_dev=4.624
O3' A 0, 5.495, 10.187, 14.878, 13.390 max_d=13.390 avg_d=10.187 std_dev=4.692
C4' A 0, 5.553, 10.312, 15.072, 12.741 max_d=12.741 avg_d=10.312 std_dev=4.760
O5' B 0, 6.963, 12.491, 18.020, 15.227 max_d=15.227 avg_d=12.491 std_dev=5.528
C5' B 0, 6.974, 12.510, 18.045, 15.207 max_d=15.207 avg_d=12.510 std_dev=5.535
O5' A 0, 6.649, 12.257, 17.866, 15.074 max_d=15.074 avg_d=12.257 std_dev=5.609
C5' A 0, 6.704, 12.414, 18.124, 15.265 max_d=15.265 avg_d=12.414 std_dev=5.710
P B 0, 8.159, 14.483, 20.807, 17.768 max_d=17.768 avg_d=14.483 std_dev=6.324
P A 0, 7.691, 14.108, 20.526, 17.523 max_d=17.523 avg_d=14.108 std_dev=6.417
OP2 A 0, 8.635, 15.246, 21.857, 19.182 max_d=19.182 avg_d=15.246 std_dev=6.611
OP1 B 0, 8.526, 15.176, 21.827, 19.287 max_d=19.287 avg_d=15.176 std_dev=6.650
OP1 A 0, 8.073, 14.773, 21.473, 18.330 max_d=18.330 avg_d=14.773 std_dev=6.700
OP2 B 0, 8.589, 15.343, 22.096, 18.923 max_d=18.923 avg_d=15.343 std_dev=6.754

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.01 0.01 0.10 0.57 0.15 0.18
C2 0.01 0.00 0.16 0.24 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.16 0.01 0.07 0.12 0.35 0.34 0.19
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.17 0.13 0.03 0.12 0.27 0.00 0.02 0.06 0.02 0.38 1.11 0.55 0.66
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.38 0.00 0.38 0.02 0.32 0.23 0.32 0.16 0.02 0.00 0.41 0.03 0.03 0.77 0.11 0.32
C4 0.01 0.01 0.05 0.38 0.00 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.18 0.00 0.03 0.29 0.20 0.66 0.48
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.18 0.08 0.09 0.04 0.30 0.02 0.15 0.00 0.01 0.32 0.04 0.11
C5 0.01 0.01 0.10 0.38 0.01 0.19 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.23 0.01 0.07 0.31 0.24 0.65 0.51
C5' 0.05 0.04 0.17 0.02 0.15 0.00 0.19 0.00 0.15 0.05 0.09 0.05 0.13 0.20 0.17 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.32 0.01 0.18 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.16 0.01 0.09 0.22 0.17 0.43 0.34
N1 0.00 0.00 0.03 0.23 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.08 0.01 0.01 0.10 0.33 0.27 0.16
N3 0.01 0.00 0.12 0.32 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.11 0.01 0.05 0.21 0.22 0.52 0.33
O2 0.02 0.00 0.27 0.16 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.33 0.01 0.12 0.08 0.49 0.26 0.12
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.39 0.30 0.40 0.13 0.34 0.23 0.31 0.08 0.00 0.04 0.41 0.19 0.25 1.11 0.62 0.61
O3' 0.30 0.16 0.02 0.00 0.18 0.02 0.23 0.20 0.16 0.08 0.11 0.33 0.04 0.00 0.22 0.20 0.23 0.43 0.20 0.08
O4 0.01 0.01 0.06 0.41 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.22 0.00 0.03 0.33 0.27 0.78 0.57
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.05 0.12 0.19 0.20 0.03 0.00 0.06 0.22 0.16 0.11
O5' 0.10 0.12 0.38 0.03 0.29 0.01 0.31 0.01 0.22 0.10 0.21 0.08 0.25 0.23 0.33 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.57 0.35 1.11 0.77 0.20 0.32 0.24 0.07 0.17 0.33 0.22 0.49 1.11 0.43 0.27 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.34 0.55 0.11 0.66 0.04 0.65 0.04 0.43 0.27 0.52 0.26 0.62 0.20 0.78 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.19 0.66 0.32 0.48 0.11 0.51 0.01 0.34 0.16 0.33 0.12 0.61 0.08 0.57 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.36 0.20 0.15 0.77 0.08 0.66 0.12 0.46 0.31 0.63 0.20 0.41 0.47 0.96 0.19 0.23 0.92 0.58 0.38
C2 0.25 0.12 0.47 0.43 0.75 0.26 0.60 0.12 0.32 0.10 0.50 0.29 0.67 0.46 1.04 0.18 0.16 0.87 0.64 0.25
C2' 0.37 0.61 0.45 0.36 0.97 0.30 0.88 0.38 0.70 0.56 0.84 0.44 0.15 0.37 1.12 0.36 0.51 0.82 0.73 0.52
C3' 0.26 0.47 0.18 0.21 0.83 0.24 0.76 0.30 0.59 0.44 0.68 0.34 0.40 0.78 0.99 0.32 0.39 0.87 0.65 0.47
C4 0.76 0.70 0.91 0.89 0.15 0.69 0.17 0.54 0.32 0.59 0.41 0.99 0.98 0.80 0.42 0.62 0.51 0.71 0.94 0.28
C4' 0.21 0.38 0.11 0.15 0.68 0.18 0.60 0.22 0.45 0.34 0.56 0.29 0.51 0.70 0.83 0.26 0.28 0.95 0.56 0.43
C5 0.63 0.55 0.79 0.78 0.15 0.59 0.16 0.46 0.27 0.47 0.31 0.79 0.86 0.71 0.35 0.51 0.45 0.71 0.93 0.26
C5' 0.12 0.21 0.19 0.18 0.48 0.14 0.42 0.12 0.28 0.18 0.36 0.17 0.53 0.68 0.63 0.17 0.15 0.87 0.62 0.30
C6 0.40 0.24 0.58 0.55 0.32 0.38 0.26 0.27 0.10 0.22 0.09 0.48 0.69 0.56 0.56 0.31 0.25 0.76 0.78 0.14
N1 0.21 0.10 0.42 0.38 0.61 0.22 0.49 0.11 0.26 0.08 0.39 0.23 0.58 0.46 0.85 0.17 0.14 0.85 0.65 0.22
N3 0.58 0.39 0.76 0.71 0.48 0.52 0.36 0.35 0.11 0.32 0.12 0.77 0.90 0.65 0.86 0.44 0.30 0.79 0.76 0.13
O2 0.09 0.47 0.27 0.24 1.06 0.08 0.87 0.11 0.59 0.37 0.91 0.18 0.54 0.36 1.28 0.14 0.29 0.98 0.62 0.45
O2' 0.53 0.83 0.40 0.37 1.13 0.45 1.02 0.52 0.86 0.75 1.05 0.70 0.20 0.68 1.25 0.60 0.61 1.18 0.67 0.72
O3' 0.75 0.84 0.65 0.84 0.98 0.79 0.93 0.78 0.84 0.80 0.91 0.84 1.00 1.50 1.08 0.78 0.80 1.35 0.79 0.90
O4 1.00 1.04 1.11 1.11 0.39 0.90 0.38 0.74 0.60 0.88 0.82 1.27 1.14 0.99 0.19 0.84 0.73 0.68 1.11 0.47
O4' 0.20 0.31 0.20 0.18 0.63 0.18 0.53 0.17 0.37 0.27 0.50 0.23 0.58 0.59 0.80 0.24 0.20 0.99 0.55 0.39
O5' 0.20 0.09 0.38 0.34 0.34 0.22 0.31 0.16 0.17 0.09 0.16 0.23 0.55 0.65 0.51 0.14 0.19 0.68 0.79 0.17
OP1 0.75 0.61 0.68 0.77 0.27 0.82 0.29 0.70 0.42 0.59 0.42 0.79 1.09 1.43 0.25 0.81 0.50 1.14 0.81 0.56
OP2 0.56 0.54 0.74 0.71 0.61 0.55 0.61 0.55 0.55 0.53 0.53 0.62 0.71 0.75 0.71 0.47 0.67 0.39 1.24 0.59
P 0.38 0.28 0.53 0.51 0.29 0.40 0.29 0.33 0.22 0.27 0.20 0.44 0.71 0.85 0.44 0.33 0.34 0.58 0.96 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.01 0.01 0.16 0.62 0.20 0.28
C2 0.01 0.00 0.11 0.20 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.24 0.01 0.05 0.10 0.79 0.52 0.24
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.21 0.09 0.01 0.08 0.18 0.00 0.04 0.04 0.02 0.46 0.73 0.27 0.52
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.38 0.01 0.40 0.01 0.35 0.23 0.29 0.09 0.02 0.00 0.41 0.02 0.03 0.18 0.25 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.38 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.12 0.00 0.02 0.24 0.88 0.89 0.24
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.09 0.02 0.29 0.02 0.14 0.00 0.01 0.11 0.18 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.40 0.00 0.17 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.21 0.01 0.03 0.27 0.89 0.87 0.24
C5' 0.07 0.06 0.21 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.13 0.06 0.09 0.05 0.08 0.23 0.15 0.01 0.01 0.12 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.35 0.01 0.16 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.14 0.01 0.04 0.18 0.85 0.62 0.23
N1 0.00 0.01 0.01 0.23 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.14 0.01 0.01 0.09 0.77 0.44 0.24
N3 0.01 0.00 0.08 0.29 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.01 0.04 0.16 0.85 0.72 0.23
O2 0.02 0.00 0.18 0.09 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.44 0.02 0.07 0.09 0.74 0.40 0.24
O2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.38 0.29 0.35 0.08 0.27 0.22 0.34 0.18 0.00 0.05 0.40 0.20 0.35 0.61 0.20 0.43
O3' 0.36 0.24 0.04 0.00 0.12 0.02 0.21 0.23 0.14 0.14 0.13 0.44 0.05 0.00 0.16 0.25 0.25 0.45 0.70 0.40
O4 0.01 0.01 0.04 0.41 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.16 0.00 0.03 0.27 0.87 1.00 0.25
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.20 0.25 0.03 0.00 0.02 0.44 0.15 0.13
O5' 0.16 0.10 0.46 0.03 0.24 0.01 0.27 0.01 0.18 0.09 0.16 0.09 0.35 0.25 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 0.79 0.73 0.18 0.88 0.11 0.89 0.12 0.85 0.77 0.85 0.74 0.61 0.45 0.87 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.52 0.27 0.25 0.89 0.18 0.87 0.31 0.62 0.44 0.72 0.40 0.20 0.70 1.00 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.24 0.52 0.06 0.24 0.02 0.24 0.01 0.23 0.24 0.23 0.24 0.43 0.40 0.25 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00