ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50604

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.165, 0.718, 1.601, 3.309 max_d=3.309 avg_d=0.718 std_dev=0.883
N3 B 0, -0.327, 0.690, 1.707, 3.699 max_d=3.699 avg_d=0.690 std_dev=1.017
O4 A 0, -0.655, 0.407, 1.469, 3.592 max_d=3.592 avg_d=0.407 std_dev=1.062
O2 B 0, -0.345, 0.753, 1.851, 4.017 max_d=4.017 avg_d=0.753 std_dev=1.098
N3 A 0, -0.760, 0.392, 1.543, 3.845 max_d=3.845 avg_d=0.392 std_dev=1.151
O2 A 0, -0.757, 0.447, 1.651, 4.058 max_d=4.058 avg_d=0.447 std_dev=1.204
C4 B 0, -0.469, 0.803, 2.074, 4.578 max_d=4.578 avg_d=0.803 std_dev=1.271
C2 B 0, -0.549, 0.831, 2.211, 4.947 max_d=4.947 avg_d=0.831 std_dev=1.380
C4 A 0, -0.932, 0.486, 1.905, 4.742 max_d=4.742 avg_d=0.486 std_dev=1.418
C2 A 0, -0.983, 0.515, 2.013, 5.009 max_d=5.009 avg_d=0.515 std_dev=1.498
C5 B 0, -0.973, 1.090, 3.152, 7.256 max_d=7.256 avg_d=1.090 std_dev=2.063
N1 B 0, -1.032, 1.109, 3.251, 7.517 max_d=7.517 avg_d=1.109 std_dev=2.142
C5 A 0, -1.461, 0.742, 2.945, 7.351 max_d=7.351 avg_d=0.742 std_dev=2.203
N1 A 0, -1.497, 0.764, 3.024, 7.546 max_d=7.546 avg_d=0.764 std_dev=2.261
C6 B 0, -1.247, 1.226, 3.699, 8.628 max_d=8.628 avg_d=1.226 std_dev=2.473
C6 A 0, -1.720, 0.880, 3.480, 8.679 max_d=8.679 avg_d=0.880 std_dev=2.600
C1' B 0, -1.302, 1.312, 3.927, 9.140 max_d=9.140 avg_d=1.312 std_dev=2.615
C1' A 0, -1.812, 0.928, 3.668, 9.149 max_d=9.149 avg_d=0.928 std_dev=2.740
O2' A 0, -1.705, 1.104, 3.912, 9.525 max_d=9.525 avg_d=1.104 std_dev=2.808
C2' A 0, -1.814, 1.046, 3.906, 9.624 max_d=9.624 avg_d=1.046 std_dev=2.860
O2' B 0, -1.358, 1.505, 4.367, 10.065 max_d=10.065 avg_d=1.505 std_dev=2.862
C2' B 0, -1.426, 1.446, 4.318, 10.041 max_d=10.041 avg_d=1.446 std_dev=2.872
O4' B 0, -1.748, 1.599, 4.946, 11.621 max_d=11.621 avg_d=1.599 std_dev=3.347
O4' A 0, -2.251, 1.255, 4.760, 11.771 max_d=11.771 avg_d=1.255 std_dev=3.506
C3' B 0, -1.892, 1.782, 5.455, 12.776 max_d=12.776 avg_d=1.782 std_dev=3.674
C3' A 0, -2.306, 1.375, 5.057, 12.417 max_d=12.417 avg_d=1.375 std_dev=3.681
C4' B 0, -2.112, 1.848, 5.809, 13.714 max_d=13.714 avg_d=1.848 std_dev=3.961
C4' A 0, -2.575, 1.476, 5.528, 13.629 max_d=13.629 avg_d=1.476 std_dev=4.052
O3' A 0, -2.535, 1.647, 5.830, 14.189 max_d=14.189 avg_d=1.647 std_dev=4.182
O3' B 0, -2.189, 2.029, 6.248, 14.644 max_d=14.644 avg_d=2.029 std_dev=4.219
OP2 B 0, -2.097, 2.281, 6.660, 15.379 max_d=15.379 avg_d=2.281 std_dev=4.379
O5' B 0, -2.315, 2.151, 6.616, 15.525 max_d=15.525 avg_d=2.151 std_dev=4.466
C5' B 0, -2.460, 2.111, 6.683, 15.805 max_d=15.805 avg_d=2.111 std_dev=4.571
O5' A 0, -2.861, 1.716, 6.294, 15.445 max_d=15.445 avg_d=1.716 std_dev=4.577
C5' A 0, -2.935, 1.782, 6.499, 15.928 max_d=15.928 avg_d=1.782 std_dev=4.717
OP2 A 0, -3.021, 1.842, 6.706, 16.427 max_d=16.427 avg_d=1.842 std_dev=4.863
P B 0, -2.542, 2.404, 7.350, 17.211 max_d=17.211 avg_d=2.404 std_dev=4.946
P A 0, -3.322, 1.920, 7.163, 17.646 max_d=17.646 avg_d=1.920 std_dev=5.243
OP1 B 0, -3.005, 2.674, 8.353, 19.681 max_d=19.681 avg_d=2.674 std_dev=5.679
OP1 A 0, -3.709, 2.266, 8.241, 20.185 max_d=20.185 avg_d=2.266 std_dev=5.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.06 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.16 0.17 0.28 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.11 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.22 0.28 0.39 0.31
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.22 0.29 0.37 0.31
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.05 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.03 0.20 0.22 0.29 0.25
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.15 0.15 0.24 0.20
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.19 0.23 0.35 0.27
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.02 0.14 0.13 0.26 0.18
O2' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.10 0.07 0.04
O3' 0.04 0.07 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.09 0.05 0.07 0.10 0.08 0.00 0.07 0.03 0.11 0.23 0.15 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.22 0.31 0.41 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.08 0.07 0.13 0.10
O5' 0.08 0.16 0.04 0.05 0.22 0.01 0.22 0.01 0.20 0.15 0.19 0.14 0.04 0.11 0.22 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.17 0.08 0.11 0.28 0.04 0.29 0.04 0.22 0.15 0.23 0.13 0.10 0.23 0.31 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.28 0.07 0.06 0.39 0.03 0.37 0.02 0.29 0.24 0.35 0.26 0.07 0.15 0.41 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.21 0.04 0.06 0.31 0.01 0.31 0.01 0.25 0.20 0.27 0.18 0.04 0.15 0.33 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.23 0.08 0.15 0.68 0.08 0.59 0.13 0.39 0.21 0.50 0.13 0.20 0.14 0.90 0.09 0.35 0.37 0.35 0.36
C2 0.24 0.07 0.25 0.14 0.66 0.17 0.55 0.09 0.28 0.07 0.38 0.36 0.48 0.19 0.96 0.18 0.23 0.25 0.28 0.26
C2' 0.15 0.36 0.16 0.22 0.75 0.14 0.66 0.18 0.47 0.32 0.60 0.20 0.10 0.21 0.94 0.14 0.40 0.41 0.36 0.39
C3' 0.11 0.25 0.12 0.17 0.63 0.10 0.55 0.13 0.38 0.23 0.46 0.14 0.11 0.17 0.82 0.11 0.35 0.35 0.30 0.33
C4 0.67 0.67 0.67 0.54 0.11 0.55 0.13 0.46 0.27 0.53 0.43 0.96 0.82 0.56 0.37 0.58 0.16 0.18 0.19 0.16
C4' 0.10 0.21 0.09 0.16 0.58 0.09 0.52 0.12 0.34 0.19 0.41 0.13 0.14 0.16 0.77 0.10 0.33 0.34 0.31 0.32
C5 0.59 0.56 0.57 0.45 0.11 0.49 0.13 0.42 0.23 0.46 0.35 0.81 0.71 0.46 0.29 0.52 0.13 0.17 0.20 0.16
C5' 0.11 0.10 0.07 0.10 0.45 0.07 0.41 0.08 0.24 0.10 0.27 0.17 0.19 0.11 0.63 0.11 0.27 0.28 0.26 0.26
C6 0.39 0.30 0.37 0.27 0.25 0.32 0.23 0.25 0.09 0.24 0.08 0.55 0.54 0.29 0.50 0.35 0.08 0.12 0.15 0.11
N1 0.23 0.08 0.22 0.13 0.52 0.16 0.45 0.10 0.22 0.07 0.27 0.33 0.41 0.16 0.79 0.19 0.21 0.22 0.24 0.22
N3 0.50 0.39 0.52 0.37 0.42 0.38 0.35 0.27 0.10 0.29 0.08 0.76 0.71 0.41 0.80 0.40 0.07 0.12 0.16 0.12
O2 0.08 0.33 0.09 0.10 0.93 0.07 0.77 0.14 0.51 0.28 0.73 0.12 0.33 0.09 1.18 0.08 0.38 0.40 0.42 0.41
O2' 0.30 0.55 0.32 0.36 0.87 0.28 0.77 0.31 0.59 0.48 0.77 0.42 0.18 0.34 1.04 0.28 0.50 0.51 0.45 0.49
O3' 0.22 0.36 0.25 0.28 0.68 0.21 0.61 0.22 0.46 0.34 0.55 0.26 0.16 0.28 0.85 0.20 0.42 0.41 0.34 0.38
O4 0.87 0.96 0.86 0.72 0.35 0.73 0.28 0.63 0.49 0.78 0.79 1.19 0.98 0.73 0.13 0.76 0.31 0.32 0.32 0.30
O4' 0.11 0.16 0.09 0.13 0.56 0.09 0.50 0.11 0.31 0.15 0.38 0.15 0.22 0.14 0.76 0.10 0.32 0.34 0.32 0.32
O5' 0.13 0.07 0.08 0.08 0.41 0.08 0.39 0.07 0.22 0.07 0.21 0.22 0.21 0.09 0.60 0.13 0.27 0.27 0.25 0.25
OP1 0.14 0.09 0.10 0.09 0.37 0.11 0.37 0.08 0.21 0.08 0.18 0.23 0.22 0.10 0.54 0.15 0.25 0.25 0.23 0.23
OP2 0.17 0.14 0.13 0.09 0.28 0.12 0.30 0.08 0.15 0.07 0.07 0.33 0.25 0.10 0.44 0.16 0.24 0.21 0.19 0.21
P 0.14 0.09 0.09 0.06 0.34 0.09 0.34 0.06 0.19 0.05 0.13 0.27 0.23 0.08 0.51 0.14 0.26 0.25 0.23 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.10 0.19 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.03 0.13 0.12 0.27 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.17 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.07 0.24 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.03 0.09 0.01 0.06 0.15 0.01 0.01 0.04 0.01 0.15 0.08 0.21 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.13 0.16 0.32 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.13 0.13 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.02 0.12 0.18 0.33 0.17
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.13 0.00 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.05 0.03 0.02 0.14 0.01 0.01 0.19 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.12 0.13 0.29 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.10 0.25 0.11
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.02 0.13 0.13 0.30 0.14
O2 0.02 0.00 0.17 0.15 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.20 0.01 0.04 0.13 0.13 0.25 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.08 0.17 0.00 0.04 0.05 0.03 0.09 0.08 0.21 0.09
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.08 0.20 0.04 0.00 0.05 0.01 0.25 0.11 0.23 0.18
O4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.13 0.19 0.33 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.10 0.07
O5' 0.08 0.13 0.09 0.15 0.13 0.02 0.12 0.01 0.12 0.12 0.13 0.13 0.09 0.25 0.13 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.12 0.07 0.08 0.16 0.13 0.18 0.19 0.13 0.10 0.13 0.13 0.08 0.11 0.19 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.27 0.24 0.21 0.32 0.13 0.33 0.12 0.29 0.25 0.30 0.25 0.21 0.23 0.33 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.11 0.13 0.16 0.02 0.17 0.01 0.14 0.11 0.14 0.11 0.09 0.18 0.18 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00