ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50605

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 1.459, 2.742, 4.025, 3.548 max_d=3.548 avg_d=2.742 std_dev=1.283
N3 B 0, 1.186, 2.716, 4.245, 3.715 max_d=3.715 avg_d=2.716 std_dev=1.530
O4 B 0, 1.115, 2.753, 4.391, 3.832 max_d=3.832 avg_d=2.753 std_dev=1.638
O2 A 0, 0.908, 2.584, 4.260, 3.739 max_d=3.739 avg_d=2.584 std_dev=1.676
O4 A 0, 0.940, 2.661, 4.381, 3.932 max_d=3.932 avg_d=2.661 std_dev=1.721
N3 A 0, 0.925, 2.663, 4.401, 3.868 max_d=3.868 avg_d=2.663 std_dev=1.738
C2 B 0, 1.616, 3.439, 5.262, 4.622 max_d=4.622 avg_d=3.439 std_dev=1.823
C4 B 0, 1.323, 3.442, 5.561, 4.830 max_d=4.830 avg_d=3.442 std_dev=2.119
C2 A 0, 1.159, 3.340, 5.521, 4.802 max_d=4.802 avg_d=3.340 std_dev=2.181
C4 A 0, 1.185, 3.416, 5.647, 4.996 max_d=4.996 avg_d=3.416 std_dev=2.231
O2' B 0, 3.452, 6.274, 9.096, 8.171 max_d=8.171 avg_d=6.274 std_dev=2.822
N1 B 0, 2.290, 5.221, 8.151, 7.133 max_d=7.133 avg_d=5.221 std_dev=2.930
C2' B 0, 3.200, 6.347, 9.495, 8.526 max_d=8.526 avg_d=6.347 std_dev=3.148
C5 B 0, 2.046, 5.297, 8.547, 7.427 max_d=7.427 avg_d=5.297 std_dev=3.251
N1 A 0, 1.776, 5.119, 8.462, 7.377 max_d=7.377 avg_d=5.119 std_dev=3.343
C1' B 0, 2.862, 6.227, 9.592, 8.414 max_d=8.414 avg_d=6.227 std_dev=3.365
C5 A 0, 1.813, 5.243, 8.672, 7.615 max_d=7.615 avg_d=5.243 std_dev=3.429
C6 B 0, 2.479, 6.124, 9.769, 8.507 max_d=8.507 avg_d=6.124 std_dev=3.645
C6 A 0, 2.092, 6.044, 9.996, 8.716 max_d=8.716 avg_d=6.044 std_dev=3.952
C1' A 0, 2.103, 6.063, 10.023, 8.743 max_d=8.743 avg_d=6.063 std_dev=3.960
O2' A 0, 2.353, 6.331, 10.310, 9.217 max_d=9.217 avg_d=6.331 std_dev=3.978
C2' A 0, 2.385, 6.515, 10.645, 9.437 max_d=9.437 avg_d=6.515 std_dev=4.130
C3' B 0, 3.853, 8.300, 12.747, 11.374 max_d=11.374 avg_d=8.300 std_dev=4.447
O4' B 0, 3.307, 8.020, 12.733, 11.114 max_d=11.114 avg_d=8.020 std_dev=4.713
O3' B 0, 4.597, 9.376, 14.154, 12.739 max_d=12.739 avg_d=9.376 std_dev=4.778
O4' A 0, 2.863, 7.938, 13.012, 11.380 max_d=11.380 avg_d=7.938 std_dev=5.074
C4' B 0, 3.894, 9.174, 14.453, 12.687 max_d=12.687 avg_d=9.174 std_dev=5.279
C3' A 0, 3.154, 8.530, 13.906, 12.246 max_d=12.246 avg_d=8.530 std_dev=5.376
C4' A 0, 3.381, 9.257, 15.132, 13.207 max_d=13.207 avg_d=9.257 std_dev=5.875
O3' A 0, 3.654, 9.695, 15.735, 13.932 max_d=13.932 avg_d=9.695 std_dev=6.040
O5' B 0, 4.365, 10.607, 16.848, 14.787 max_d=14.787 avg_d=10.607 std_dev=6.241
C5' B 0, 4.309, 10.829, 17.349, 15.157 max_d=15.157 avg_d=10.829 std_dev=6.520
OP2 B 0, 4.994, 11.704, 18.413, 16.301 max_d=16.301 avg_d=11.704 std_dev=6.709
O5' A 0, 4.077, 10.820, 17.562, 16.187 max_d=16.187 avg_d=10.820 std_dev=6.743
C5' A 0, 4.118, 11.027, 17.937, 15.635 max_d=15.635 avg_d=11.027 std_dev=6.910
OP2 A 0, 4.732, 11.690, 18.648, 16.750 max_d=16.750 avg_d=11.690 std_dev=6.958
P B 0, 5.119, 12.289, 19.458, 17.099 max_d=17.099 avg_d=12.289 std_dev=7.170
P A 0, 4.916, 12.442, 19.968, 18.062 max_d=18.062 avg_d=12.442 std_dev=7.526
OP1 B 0, 6.287, 14.247, 22.208, 19.546 max_d=19.546 avg_d=14.247 std_dev=7.960
OP1 A 0, 5.714, 14.321, 22.928, 20.722 max_d=20.722 avg_d=14.321 std_dev=8.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.19 0.05
C2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.29 0.24 0.13 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.16 0.00 0.01 0.03 0.00 0.19 0.29 0.05 0.13
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.05 0.14 0.02 0.00 0.05 0.00 0.26 0.38 0.06 0.22
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.43 0.30 0.18 0.28
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.23 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.03 0.45 0.29 0.16 0.28
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.15 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.03 0.39 0.25 0.11 0.20
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.28 0.21 0.12 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.36 0.28 0.15 0.23
O2 0.02 0.00 0.16 0.14 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.18 0.01 0.03 0.24 0.23 0.15 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.16 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.21 0.14 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.14 0.04 0.07 0.18 0.03 0.00 0.06 0.01 0.21 0.47 0.14 0.26
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.46 0.33 0.23 0.32
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.33 0.13
O5' 0.12 0.29 0.19 0.26 0.43 0.01 0.45 0.01 0.39 0.28 0.36 0.24 0.04 0.21 0.46 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.14 0.24 0.29 0.38 0.30 0.15 0.29 0.15 0.25 0.21 0.28 0.23 0.21 0.47 0.33 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.13 0.05 0.06 0.18 0.23 0.16 0.28 0.11 0.12 0.15 0.15 0.14 0.14 0.23 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.17 0.13 0.22 0.28 0.02 0.28 0.01 0.20 0.13 0.23 0.15 0.05 0.26 0.32 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.38 0.24 0.15 0.98 0.07 0.84 0.16 0.56 0.34 0.77 0.10 0.57 0.32 1.25 0.12 0.37 0.47 0.59 0.51
C2 0.34 0.04 0.59 0.38 0.92 0.31 0.73 0.10 0.37 0.05 0.56 0.45 0.95 0.56 1.30 0.21 0.22 0.38 0.53 0.40
C2' 0.27 0.64 0.22 0.23 1.15 0.20 1.00 0.35 0.74 0.55 0.99 0.41 0.46 0.30 1.39 0.32 0.56 0.66 0.75 0.70
C3' 0.21 0.46 0.26 0.23 0.92 0.19 0.80 0.29 0.57 0.41 0.76 0.28 0.51 0.33 1.15 0.26 0.48 0.60 0.68 0.61
C4 0.91 0.85 1.00 0.75 0.07 0.72 0.07 0.46 0.32 0.69 0.49 1.23 1.27 0.81 0.50 0.73 0.25 0.21 0.53 0.21
C4' 0.13 0.39 0.19 0.14 0.85 0.10 0.74 0.21 0.52 0.35 0.67 0.18 0.45 0.28 1.07 0.19 0.39 0.49 0.58 0.52
C5 0.76 0.66 0.86 0.64 0.09 0.62 0.08 0.39 0.24 0.55 0.34 1.00 1.13 0.71 0.43 0.62 0.20 0.21 0.52 0.20
C5' 0.11 0.19 0.28 0.20 0.62 0.13 0.54 0.13 0.34 0.18 0.44 0.08 0.53 0.35 0.83 0.10 0.27 0.39 0.52 0.41
C6 0.50 0.31 0.64 0.46 0.41 0.42 0.33 0.22 0.07 0.25 0.07 0.64 0.94 0.57 0.74 0.38 0.12 0.26 0.48 0.26
N1 0.29 0.04 0.50 0.33 0.76 0.27 0.63 0.09 0.32 0.05 0.45 0.35 0.83 0.49 1.10 0.18 0.21 0.36 0.51 0.38
N3 0.71 0.52 0.88 0.62 0.55 0.56 0.42 0.30 0.05 0.39 0.04 1.01 1.20 0.74 1.05 0.52 0.12 0.27 0.49 0.26
O2 0.09 0.45 0.41 0.24 1.27 0.14 1.04 0.13 0.68 0.37 1.04 0.05 0.83 0.47 1.58 0.08 0.38 0.49 0.63 0.55
O2' 0.58 1.01 0.35 0.40 1.41 0.43 1.25 0.57 1.03 0.88 1.31 0.83 0.21 0.27 1.59 0.62 0.78 0.83 0.92 0.88
O3' 0.38 0.65 0.31 0.33 1.02 0.32 0.90 0.44 0.71 0.58 0.90 0.51 0.42 0.34 1.21 0.43 0.62 0.74 0.78 0.74
O4 1.16 1.22 1.20 0.93 0.42 0.91 0.34 0.65 0.64 1.01 0.98 1.52 1.42 0.95 0.07 0.97 0.43 0.25 0.65 0.29
O4' 0.06 0.27 0.26 0.16 0.81 0.10 0.69 0.11 0.45 0.24 0.59 0.05 0.55 0.34 1.05 0.08 0.29 0.38 0.51 0.43
O5' 0.36 0.35 0.46 0.36 0.64 0.34 0.58 0.27 0.43 0.35 0.47 0.38 0.69 0.46 0.83 0.33 0.30 0.42 0.50 0.38
OP1 0.34 0.28 0.45 0.34 0.47 0.32 0.43 0.24 0.32 0.28 0.33 0.34 0.68 0.45 0.62 0.30 0.23 0.35 0.51 0.32
OP2 0.56 0.44 0.68 0.53 0.24 0.48 0.24 0.29 0.27 0.40 0.28 0.62 0.92 0.63 0.36 0.45 0.16 0.18 0.61 0.21
P 0.39 0.29 0.51 0.39 0.40 0.35 0.37 0.21 0.27 0.28 0.27 0.42 0.75 0.50 0.56 0.32 0.16 0.27 0.51 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.14 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.09 0.13 0.35 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.04 0.16 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.20 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.20 0.07 0.06 0.14 0.01 0.00 0.13 0.01 0.02 0.12 0.32 0.10
C4 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.00 0.01 0.15 0.27 0.56 0.23
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.22 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.03 0.19 0.31 0.55 0.24
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.08 0.04 0.05 0.03 0.12 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.20 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.03 0.17 0.24 0.40 0.20
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.13 0.30 0.16
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.02 0.11 0.19 0.47 0.20
O2 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.18 0.00 0.05 0.08 0.09 0.29 0.15
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.01 0.06 0.17 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.10 0.28 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.16 0.02 0.25 0.03 0.23 0.07 0.08 0.18 0.03 0.00 0.18 0.02 0.05 0.22 0.55 0.16
O4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.02 0.16 0.30 0.61 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.12 0.11
O5' 0.04 0.09 0.03 0.02 0.15 0.01 0.19 0.01 0.17 0.09 0.11 0.08 0.03 0.05 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.07 0.12 0.27 0.04 0.31 0.03 0.24 0.13 0.19 0.09 0.10 0.22 0.30 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.35 0.20 0.32 0.56 0.22 0.55 0.22 0.40 0.30 0.47 0.29 0.28 0.55 0.61 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.08 0.10 0.23 0.03 0.24 0.01 0.20 0.16 0.20 0.15 0.06 0.16 0.24 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00