ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50606

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.020, 0.047, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.024, 0.057, 0.090, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.057 std_dev=0.033
N3 B 0, 0.140, 0.372, 0.603, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.372 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.237, 0.493, 0.750, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.493 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.223, 0.488, 0.754, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.488 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.267, 0.544, 0.821, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.544 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.309, 0.594, 0.879, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.594 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.216, 0.513, 0.810, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.513 std_dev=0.297
O4 B 0, 0.270, 0.630, 0.990, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.630 std_dev=0.360
O2 B 0, 0.318, 0.705, 1.092, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.705 std_dev=0.387
O4' A 0, -0.082, 0.338, 0.759, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.338 std_dev=0.421
C2' A 0, -0.086, 0.345, 0.777, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.345 std_dev=0.432
C1' B 0, 0.313, 0.749, 1.185, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.749 std_dev=0.436
C3' A 0, -0.026, 0.545, 1.117, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.545 std_dev=0.571
C4' A 0, -0.093, 0.537, 1.167, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.537 std_dev=0.630
O3' A 0, 0.071, 0.729, 1.387, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.729 std_dev=0.658
O2' A 0, -0.206, 0.490, 1.186, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.490 std_dev=0.696
C5' A 0, -0.058, 0.842, 1.741, 3.295 max_d=3.295 avg_d=0.842 std_dev=0.900
C2' B 0, 0.324, 1.294, 2.265, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.294 std_dev=0.970
O4' B 0, 0.292, 1.338, 2.385, 3.714 max_d=3.714 avg_d=1.338 std_dev=1.046
O2' B 0, 0.370, 1.628, 2.885, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.628 std_dev=1.257
C3' B 0, 0.260, 1.688, 3.116, 5.178 max_d=5.178 avg_d=1.688 std_dev=1.428
C4' B 0, 0.284, 1.767, 3.251, 5.252 max_d=5.252 avg_d=1.767 std_dev=1.483
O3' B 0, 0.318, 1.880, 3.442, 5.726 max_d=5.726 avg_d=1.880 std_dev=1.562
O5' A 0, -0.401, 1.183, 2.766, 5.609 max_d=5.609 avg_d=1.183 std_dev=1.584
OP2 A 0, -0.358, 1.436, 3.230, 6.362 max_d=6.362 avg_d=1.436 std_dev=1.794
P A 0, -0.518, 1.469, 3.456, 7.022 max_d=7.022 avg_d=1.469 std_dev=1.987
C5' B 0, 0.081, 2.440, 4.798, 7.843 max_d=7.843 avg_d=2.440 std_dev=2.359
OP1 A 0, -0.807, 1.817, 4.440, 9.144 max_d=9.144 avg_d=1.817 std_dev=2.623
O5' B 0, -0.106, 2.692, 5.489, 9.153 max_d=9.153 avg_d=2.692 std_dev=2.797
P B 0, -0.144, 3.493, 7.131, 11.991 max_d=11.991 avg_d=3.493 std_dev=3.637
OP1 B 0, -0.131, 3.870, 7.871, 13.670 max_d=13.670 avg_d=3.870 std_dev=4.001
OP2 B 0, -0.334, 3.807, 7.948, 13.392 max_d=13.392 avg_d=3.807 std_dev=4.141

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.17 0.02 0.01 0.21 0.11 0.50 0.22
C2 0.04 0.00 0.18 0.20 0.02 0.06 0.03 0.12 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.14 0.30 0.31 0.62 0.39
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.13 0.15 0.03 0.14 0.30 0.00 0.01 0.06 0.01 0.17 0.14 0.39 0.11
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.28 0.01 0.28 0.01 0.23 0.16 0.25 0.19 0.02 0.02 0.30 0.02 0.28 0.37 0.12 0.15
C4 0.03 0.02 0.06 0.28 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.23 0.18 0.00 0.04 0.58 0.37 0.49 0.41
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.20 0.07 0.07 0.14 0.22 0.03 0.13 0.01 0.01 0.09 0.40 0.16
C5 0.02 0.03 0.11 0.28 0.01 0.20 0.00 0.22 0.01 0.02 0.02 0.04 0.34 0.22 0.02 0.12 0.72 0.48 0.47 0.54
C5' 0.05 0.12 0.13 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.20 0.09 0.12 0.19 0.08 0.17 0.18 0.01 0.00 0.22 0.30 0.01
C6 0.03 0.03 0.15 0.23 0.01 0.20 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.17 0.02 0.16 0.67 0.41 0.34 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.07 0.01 0.02 0.40 0.21 0.46 0.26
N3 0.03 0.01 0.14 0.25 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.14 0.02 0.10 0.41 0.34 0.57 0.38
O2 0.07 0.01 0.30 0.19 0.03 0.14 0.04 0.19 0.03 0.03 0.02 0.00 0.22 0.24 0.04 0.25 0.22 0.45 0.75 0.54
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.23 0.22 0.34 0.08 0.32 0.14 0.10 0.22 0.00 0.04 0.24 0.15 0.27 0.27 0.35 0.05
O3' 0.17 0.13 0.01 0.02 0.18 0.03 0.22 0.17 0.17 0.07 0.14 0.24 0.04 0.00 0.21 0.10 0.36 0.59 0.19 0.28
O4 0.02 0.02 0.06 0.30 0.00 0.13 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.04 0.24 0.21 0.00 0.04 0.61 0.43 0.54 0.46
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.10 0.25 0.15 0.10 0.04 0.00 0.13 0.17 0.60 0.31
O5' 0.21 0.30 0.17 0.28 0.58 0.01 0.72 0.00 0.67 0.40 0.41 0.22 0.27 0.36 0.61 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.31 0.14 0.37 0.37 0.09 0.48 0.22 0.41 0.21 0.34 0.45 0.27 0.59 0.43 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.62 0.39 0.12 0.49 0.40 0.47 0.30 0.34 0.46 0.57 0.75 0.35 0.19 0.54 0.60 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.39 0.11 0.15 0.41 0.16 0.54 0.01 0.44 0.26 0.38 0.54 0.05 0.28 0.46 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.27 0.47 0.43 0.19 0.66 0.21 1.16 0.24 0.26 0.21 0.34 0.52 0.33 0.18 0.67 1.27 2.27 1.40 1.72
C2 0.19 0.23 0.31 0.37 0.16 0.44 0.17 0.81 0.19 0.20 0.20 0.30 0.19 0.26 0.14 0.44 0.76 1.53 0.90 1.08
C2' 0.55 0.52 0.74 0.54 0.38 0.52 0.38 1.03 0.42 0.49 0.45 0.63 0.95 0.53 0.36 0.50 1.24 2.32 1.59 1.76
C3' 0.51 0.48 0.65 0.60 0.32 0.82 0.33 1.35 0.38 0.45 0.38 0.61 0.81 0.53 0.31 0.77 1.60 2.79 1.90 2.14
C4 0.19 0.25 0.24 0.38 0.22 0.37 0.22 0.65 0.23 0.22 0.25 0.30 0.25 0.32 0.21 0.32 0.55 1.19 0.91 0.83
C4' 0.46 0.46 0.56 0.57 0.33 0.91 0.34 1.41 0.39 0.44 0.38 0.55 0.64 0.48 0.28 0.92 1.62 2.74 1.77 2.10
C5 0.20 0.25 0.26 0.38 0.21 0.43 0.21 0.78 0.22 0.22 0.24 0.32 0.15 0.30 0.20 0.40 0.70 1.49 0.93 1.04
C5' 0.47 0.49 0.53 0.56 0.38 0.90 0.39 1.37 0.43 0.46 0.43 0.57 0.57 0.47 0.35 0.92 1.56 2.68 1.69 2.02
C6 0.20 0.25 0.32 0.39 0.18 0.50 0.19 0.91 0.21 0.22 0.22 0.32 0.21 0.29 0.17 0.48 0.89 1.78 1.03 1.28
N1 0.21 0.24 0.36 0.39 0.16 0.52 0.18 0.95 0.20 0.22 0.20 0.32 0.30 0.28 0.15 0.52 0.96 1.85 1.08 1.35
N3 0.18 0.24 0.24 0.36 0.18 0.36 0.18 0.64 0.20 0.20 0.23 0.30 0.18 0.29 0.16 0.33 0.55 1.20 0.86 0.82
O2 0.20 0.23 0.36 0.37 0.15 0.46 0.18 0.83 0.20 0.21 0.19 0.30 0.29 0.26 0.16 0.49 0.82 1.55 0.92 1.12
O2' 0.54 0.49 0.81 0.53 0.29 0.47 0.28 1.09 0.34 0.45 0.39 0.63 1.13 0.56 0.26 0.43 1.34 2.44 1.78 1.94
O3' 0.74 0.66 0.82 0.91 0.39 1.23 0.43 1.80 0.53 0.64 0.50 0.83 0.93 0.86 0.32 1.13 2.12 3.39 2.47 2.71
O4 0.24 0.28 0.29 0.42 0.27 0.38 0.28 0.58 0.28 0.26 0.28 0.31 0.44 0.38 0.28 0.30 0.52 1.00 1.06 0.75
O4' 0.44 0.47 0.50 0.54 0.40 0.88 0.41 1.33 0.44 0.45 0.43 0.52 0.46 0.43 0.36 0.93 1.45 2.46 1.48 1.86
O5' 0.53 0.54 0.52 0.58 0.41 0.88 0.42 1.28 0.46 0.51 0.47 0.66 0.49 0.53 0.38 0.91 1.45 2.52 1.57 1.86
OP1 0.91 0.93 0.76 0.88 0.87 1.23 0.88 1.54 0.91 0.92 0.89 0.99 0.66 0.87 0.83 1.28 1.68 2.66 1.69 2.01
OP2 1.04 1.10 0.89 1.01 1.02 1.34 1.01 1.66 1.04 1.07 1.07 1.17 0.77 0.98 0.97 1.38 1.71 2.63 1.68 2.02
P 0.95 0.98 0.79 0.93 0.87 1.29 0.88 1.62 0.93 0.96 0.93 1.06 0.65 0.90 0.81 1.34 1.73 2.70 1.70 2.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.09 0.15 0.02 0.21 0.07 0.01 0.21 0.49 0.39 0.29
C2 0.10 0.00 0.30 0.25 0.01 0.17 0.02 0.34 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.13 0.02 0.29 0.32 0.75 0.54 0.46
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.09 0.02 0.19 0.16 0.25 0.03 0.23 0.51 0.01 0.02 0.10 0.02 0.27 0.76 0.38 0.41
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.33 0.01 0.31 0.01 0.27 0.20 0.30 0.26 0.03 0.02 0.35 0.03 0.30 0.55 0.20 0.26
C4 0.06 0.01 0.09 0.33 0.00 0.16 0.01 0.21 0.01 0.04 0.01 0.02 0.33 0.18 0.01 0.06 0.47 0.62 1.14 0.60
C4' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.16 0.00 0.33 0.01 0.36 0.08 0.10 0.38 0.27 0.03 0.16 0.01 0.02 0.23 0.10 0.04
C5 0.02 0.02 0.19 0.31 0.01 0.33 0.00 0.46 0.00 0.02 0.02 0.03 0.62 0.14 0.02 0.26 0.86 0.87 1.51 0.98
C5' 0.06 0.34 0.16 0.01 0.21 0.01 0.46 0.00 0.47 0.09 0.27 0.65 0.12 0.20 0.24 0.01 0.01 0.26 0.18 0.02
C6 0.02 0.02 0.25 0.27 0.01 0.36 0.00 0.47 0.00 0.01 0.02 0.02 0.64 0.09 0.02 0.33 0.84 0.83 1.29 0.91
N1 0.03 0.01 0.03 0.20 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.03 0.04 0.03 0.31 0.52 0.68 0.38
N3 0.09 0.01 0.23 0.30 0.01 0.10 0.02 0.27 0.02 0.03 0.00 0.03 0.18 0.17 0.02 0.18 0.26 0.72 0.73 0.44
O2 0.15 0.01 0.51 0.26 0.02 0.38 0.03 0.65 0.02 0.02 0.03 0.00 0.67 0.21 0.02 0.52 0.73 1.20 0.67 0.88
O2' 0.02 0.26 0.01 0.03 0.33 0.27 0.62 0.12 0.64 0.18 0.18 0.67 0.00 0.03 0.35 0.18 0.28 0.78 0.40 0.40
O3' 0.21 0.13 0.02 0.02 0.18 0.03 0.14 0.20 0.09 0.03 0.17 0.21 0.03 0.00 0.22 0.13 0.41 0.69 0.39 0.43
O4 0.07 0.02 0.10 0.35 0.01 0.16 0.02 0.24 0.02 0.04 0.02 0.02 0.35 0.22 0.00 0.06 0.49 0.67 1.24 0.65
O4' 0.01 0.29 0.02 0.03 0.06 0.01 0.26 0.01 0.33 0.03 0.18 0.52 0.18 0.13 0.06 0.00 0.16 0.31 0.23 0.18
O5' 0.21 0.32 0.27 0.30 0.47 0.02 0.86 0.01 0.84 0.31 0.26 0.73 0.28 0.41 0.49 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.49 0.75 0.76 0.55 0.62 0.23 0.87 0.26 0.83 0.52 0.72 1.20 0.78 0.69 0.67 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.54 0.38 0.20 1.14 0.10 1.51 0.18 1.29 0.68 0.73 0.67 0.40 0.39 1.24 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.46 0.41 0.26 0.60 0.04 0.98 0.02 0.91 0.38 0.44 0.88 0.40 0.43 0.65 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00