ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50607

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, -0.100, 1.085, 2.270, 3.889 max_d=3.889 avg_d=1.085 std_dev=1.185
O4 B 0, -0.073, 1.130, 2.333, 3.944 max_d=3.944 avg_d=1.130 std_dev=1.203
N3 B 0, -0.526, 0.706, 1.938, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.706 std_dev=1.232
O4 A 0, -0.699, 0.566, 1.832, 3.665 max_d=3.665 avg_d=0.566 std_dev=1.266
N3 A 0, -0.763, 0.559, 1.881, 3.798 max_d=3.798 avg_d=0.559 std_dev=1.322
O2 A 0, -0.738, 0.590, 1.917, 3.839 max_d=3.839 avg_d=0.590 std_dev=1.328
C4 B 0, -0.471, 1.079, 2.629, 4.828 max_d=4.828 avg_d=1.079 std_dev=1.550
C2 B 0, -0.588, 0.982, 2.553, 4.811 max_d=4.811 avg_d=0.982 std_dev=1.571
C4 A 0, -0.968, 0.703, 2.374, 4.797 max_d=4.797 avg_d=0.703 std_dev=1.671
C2 A 0, -0.981, 0.709, 2.398, 4.847 max_d=4.847 avg_d=0.709 std_dev=1.690
C5 B 0, -0.941, 1.492, 3.925, 7.415 max_d=7.415 avg_d=1.492 std_dev=2.433
N1 B 0, -1.128, 1.339, 3.806, 7.367 max_d=7.367 avg_d=1.339 std_dev=2.467
N1 A 0, -1.506, 1.067, 3.641, 7.371 max_d=7.371 avg_d=1.067 std_dev=2.574
C5 A 0, -1.509, 1.080, 3.670, 7.423 max_d=7.423 avg_d=1.080 std_dev=2.590
C6 B 0, -1.398, 1.501, 4.401, 8.593 max_d=8.593 avg_d=1.501 std_dev=2.900
O2' B 0, -0.564, 2.374, 5.312, 9.428 max_d=9.428 avg_d=2.374 std_dev=2.938
C1' B 0, -1.146, 1.795, 4.737, 8.957 max_d=8.957 avg_d=1.795 std_dev=2.942
C2' B 0, -1.052, 1.960, 4.972, 9.288 max_d=9.288 avg_d=1.960 std_dev=3.012
C6 A 0, -1.767, 1.247, 4.261, 8.630 max_d=8.630 avg_d=1.247 std_dev=3.014
C1' A 0, -1.795, 1.287, 4.368, 8.835 max_d=8.835 avg_d=1.287 std_dev=3.081
O2' A 0, -1.641, 1.481, 4.603, 9.126 max_d=9.126 avg_d=1.481 std_dev=3.122
C2' A 0, -1.759, 1.437, 4.632, 9.261 max_d=9.261 avg_d=1.437 std_dev=3.196
O4' B 0, -1.522, 2.276, 6.074, 11.537 max_d=11.537 avg_d=2.276 std_dev=3.798
O4' A 0, -2.164, 1.790, 5.744, 11.472 max_d=11.472 avg_d=1.790 std_dev=3.954
C3' B 0, -1.726, 2.257, 6.241, 11.990 max_d=11.990 avg_d=2.257 std_dev=3.983
C3' A 0, -2.163, 1.972, 6.108, 12.090 max_d=12.090 avg_d=1.972 std_dev=4.136
C4' B 0, -1.836, 2.566, 6.968, 13.313 max_d=13.313 avg_d=2.566 std_dev=4.402
O3' B 0, -1.860, 2.618, 7.097, 13.550 max_d=13.550 avg_d=2.618 std_dev=4.478
C4' A 0, -2.409, 2.144, 6.698, 13.287 max_d=13.287 avg_d=2.144 std_dev=4.554
O3' A 0, -2.276, 2.378, 7.032, 13.748 max_d=13.748 avg_d=2.378 std_dev=4.654
O5' B 0, -1.796, 3.109, 8.014, 14.909 max_d=14.909 avg_d=3.109 std_dev=4.905
C5' B 0, -2.166, 2.987, 8.139, 15.566 max_d=15.566 avg_d=2.987 std_dev=5.153
O5' A 0, -2.674, 2.482, 7.638, 15.092 max_d=15.092 avg_d=2.482 std_dev=5.156
OP2 B 0, -1.546, 3.614, 8.774, 15.953 max_d=15.953 avg_d=3.614 std_dev=5.160
C5' A 0, -2.774, 2.587, 7.949, 15.698 max_d=15.698 avg_d=2.587 std_dev=5.361
OP2 A 0, -2.742, 2.762, 8.266, 16.226 max_d=16.226 avg_d=2.762 std_dev=5.504
P B 0, -1.923, 3.663, 9.249, 17.102 max_d=17.102 avg_d=3.663 std_dev=5.586
P A 0, -3.081, 2.838, 8.756, 17.319 max_d=17.319 avg_d=2.838 std_dev=5.918
OP1 B 0, -2.388, 4.074, 10.536, 19.588 max_d=19.588 avg_d=4.074 std_dev=6.462
OP1 A 0, -3.375, 3.344, 10.063, 19.769 max_d=19.769 avg_d=3.344 std_dev=6.719

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.07 0.17 0.09
C2 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.04 0.09 0.10 0.26 0.16
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.15 0.17 0.09
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.16 0.01 0.14 0.02 0.12 0.10 0.15 0.11 0.02 0.01 0.16 0.01 0.07 0.18 0.14 0.08
C4 0.03 0.01 0.04 0.16 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.07 0.15 0.23 0.36 0.24
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.08 0.05 0.07 0.03 0.10 0.02 0.10 0.00 0.01 0.13 0.05 0.01
C5 0.03 0.01 0.03 0.14 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.08 0.15 0.23 0.35 0.24
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.09 0.05 0.09 0.04 0.10 0.03 0.13 0.02 0.01 0.13 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.07 0.11 0.14 0.27 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03 0.08 0.08 0.23 0.15
N3 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.18 0.01 0.05 0.12 0.17 0.32 0.21
O2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.12 0.02 0.05 0.09 0.08 0.25 0.14
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.10 0.02 0.10 0.03 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.04 0.08 0.03 0.14 0.09 0.02
O3' 0.03 0.13 0.03 0.01 0.20 0.02 0.18 0.03 0.13 0.09 0.18 0.12 0.07 0.00 0.22 0.02 0.07 0.23 0.17 0.10
O4 0.03 0.01 0.04 0.16 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.22 0.00 0.06 0.17 0.28 0.39 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.07 0.03 0.05 0.05 0.08 0.02 0.06 0.00 0.04 0.08 0.14 0.09
O5' 0.05 0.09 0.08 0.07 0.15 0.01 0.15 0.01 0.11 0.08 0.12 0.09 0.03 0.07 0.17 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.07 0.10 0.15 0.18 0.23 0.13 0.23 0.13 0.14 0.08 0.17 0.08 0.14 0.23 0.28 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.26 0.17 0.14 0.36 0.05 0.35 0.02 0.27 0.23 0.32 0.25 0.09 0.17 0.39 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.09 0.08 0.24 0.01 0.24 0.02 0.18 0.15 0.21 0.14 0.02 0.10 0.27 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.30 0.23 0.21 0.79 0.15 0.68 0.15 0.45 0.27 0.60 0.14 0.41 0.29 1.02 0.10 0.63 0.70 0.86 0.67
C2 0.32 0.15 0.47 0.35 0.76 0.30 0.62 0.16 0.33 0.15 0.47 0.40 0.71 0.47 1.08 0.22 0.64 0.68 0.83 0.65
C2' 0.19 0.46 0.25 0.27 0.87 0.18 0.75 0.22 0.55 0.40 0.73 0.29 0.32 0.31 1.05 0.17 0.54 0.59 0.77 0.59
C3' 0.17 0.34 0.26 0.26 0.71 0.19 0.62 0.19 0.45 0.31 0.57 0.21 0.35 0.31 0.89 0.15 0.46 0.50 0.68 0.50
C4 0.80 0.77 0.90 0.75 0.17 0.69 0.17 0.54 0.35 0.63 0.49 1.07 1.06 0.82 0.38 0.67 0.85 0.83 0.91 0.78
C4' 0.11 0.28 0.21 0.22 0.67 0.14 0.59 0.16 0.41 0.26 0.51 0.14 0.32 0.28 0.86 0.10 0.58 0.65 0.81 0.62
C5 0.69 0.63 0.77 0.65 0.16 0.61 0.16 0.47 0.30 0.53 0.39 0.88 0.93 0.72 0.33 0.59 0.81 0.82 0.90 0.77
C5' 0.12 0.16 0.22 0.21 0.52 0.14 0.47 0.11 0.30 0.16 0.36 0.12 0.36 0.28 0.71 0.08 0.58 0.65 0.81 0.61
C6 0.47 0.34 0.56 0.46 0.32 0.42 0.27 0.30 0.15 0.29 0.15 0.59 0.75 0.54 0.58 0.39 0.70 0.73 0.84 0.69
N1 0.29 0.15 0.41 0.32 0.62 0.27 0.52 0.16 0.28 0.15 0.37 0.35 0.62 0.42 0.90 0.21 0.63 0.69 0.83 0.65
N3 0.61 0.47 0.75 0.60 0.47 0.53 0.37 0.36 0.17 0.37 0.16 0.86 0.96 0.69 0.86 0.48 0.73 0.74 0.84 0.69
O2 0.14 0.42 0.29 0.23 1.08 0.16 0.90 0.15 0.60 0.36 0.88 0.15 0.57 0.34 1.34 0.12 0.63 0.68 0.87 0.68
O2' 0.43 0.73 0.39 0.42 1.05 0.36 0.93 0.43 0.76 0.64 0.96 0.60 0.30 0.38 1.21 0.41 0.75 0.79 0.97 0.80
O3' 0.27 0.47 0.33 0.35 0.77 0.26 0.69 0.29 0.54 0.43 0.67 0.37 0.34 0.37 0.92 0.25 0.47 0.50 0.67 0.50
O4 1.02 1.08 1.10 0.96 0.44 0.88 0.38 0.72 0.61 0.90 0.89 1.31 1.22 1.01 0.17 0.87 0.99 0.95 1.00 0.90
O4' 0.15 0.22 0.25 0.23 0.66 0.17 0.57 0.16 0.37 0.21 0.46 0.15 0.42 0.31 0.87 0.11 0.66 0.75 0.89 0.70
O5' 0.22 0.13 0.30 0.25 0.38 0.21 0.35 0.12 0.20 0.12 0.21 0.26 0.45 0.32 0.56 0.17 0.59 0.64 0.79 0.60
OP1 0.26 0.18 0.31 0.27 0.36 0.24 0.34 0.19 0.22 0.18 0.21 0.29 0.45 0.33 0.51 0.23 0.63 0.67 0.82 0.64
OP2 0.40 0.34 0.45 0.39 0.36 0.36 0.36 0.30 0.31 0.32 0.28 0.47 0.56 0.44 0.48 0.35 0.71 0.74 0.87 0.71
P 0.29 0.22 0.35 0.30 0.34 0.27 0.33 0.20 0.23 0.21 0.20 0.35 0.49 0.36 0.49 0.25 0.64 0.68 0.82 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.24 0.26 0.13 0.16
C2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.02 0.03 0.49 0.50 0.49 0.45
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.15 0.01 0.01 0.05 0.01 0.26 0.38 0.18 0.22
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.15 0.04 0.02 0.13 0.02 0.02 0.08 0.03 0.29 0.49 0.14 0.27
C4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.09 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.05 0.76 0.79 0.85 0.75
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.04 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.19 0.20 0.03
C5 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.15 0.01 0.04 0.81 0.82 0.85 0.79
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.17 0.01 0.21 0.00 0.18 0.09 0.12 0.04 0.06 0.05 0.19 0.02 0.01 0.26 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.02 0.11 0.02 0.18 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.15 0.03 0.04 0.71 0.68 0.61 0.62
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.50 0.49 0.41 0.42
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02 0.04 0.63 0.65 0.69 0.61
O2 0.01 0.02 0.15 0.13 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.17 0.04 0.05 0.36 0.38 0.38 0.33
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.15 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.20 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01 0.15 0.05 0.15 0.03 0.04 0.17 0.04 0.00 0.08 0.02 0.15 0.48 0.11 0.21
O4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.10 0.01 0.19 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.05 0.80 0.86 0.96 0.83
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.12 0.14 0.13 0.05
O5' 0.24 0.49 0.26 0.29 0.76 0.02 0.81 0.01 0.71 0.50 0.63 0.36 0.04 0.15 0.80 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.50 0.38 0.49 0.79 0.19 0.82 0.26 0.68 0.49 0.65 0.38 0.20 0.48 0.86 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.49 0.18 0.14 0.85 0.20 0.85 0.34 0.61 0.41 0.69 0.38 0.06 0.11 0.96 0.13 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.16 0.45 0.22 0.27 0.75 0.03 0.79 0.01 0.62 0.42 0.61 0.33 0.03 0.21 0.83 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00