ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50608

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 1.464, 2.716, 3.968, 3.677 max_d=3.677 avg_d=2.716 std_dev=1.252
O4 B 0, 1.595, 2.885, 4.175, 3.482 max_d=3.482 avg_d=2.885 std_dev=1.290
N3 A 0, 1.589, 2.887, 4.186, 3.713 max_d=3.713 avg_d=2.887 std_dev=1.299
N3 B 0, 1.662, 3.008, 4.353, 3.638 max_d=3.638 avg_d=3.008 std_dev=1.345
O2 B 0, 1.737, 3.143, 4.550, 3.830 max_d=3.830 avg_d=3.143 std_dev=1.406
O2 A 0, 1.728, 3.141, 4.554, 3.976 max_d=3.976 avg_d=3.141 std_dev=1.413
C4 A 0, 2.028, 3.685, 5.342, 4.666 max_d=4.666 avg_d=3.685 std_dev=1.657
C4 B 0, 2.128, 3.850, 5.572, 4.628 max_d=4.628 avg_d=3.850 std_dev=1.722
C2 A 0, 2.126, 3.853, 5.580, 4.818 max_d=4.818 avg_d=3.853 std_dev=1.727
C2 B 0, 2.167, 3.921, 5.674, 4.744 max_d=4.744 avg_d=3.921 std_dev=1.753
C5 A 0, 3.253, 5.891, 8.530, 7.249 max_d=7.249 avg_d=5.891 std_dev=2.639
N1 A 0, 3.272, 5.923, 8.574, 7.266 max_d=7.266 avg_d=5.923 std_dev=2.651
N1 B 0, 3.315, 5.997, 8.678, 7.206 max_d=7.206 avg_d=5.997 std_dev=2.682
C5 B 0, 3.353, 6.066, 8.779, 7.294 max_d=7.294 avg_d=6.066 std_dev=2.713
C6 A 0, 3.824, 6.920, 10.017, 8.453 max_d=8.453 avg_d=6.920 std_dev=3.097
O2' B 0, 3.845, 6.959, 10.073, 8.523 max_d=8.523 avg_d=6.959 std_dev=3.114
C6 B 0, 3.898, 7.052, 10.206, 8.468 max_d=8.468 avg_d=7.052 std_dev=3.154
C1' A 0, 3.971, 7.187, 10.402, 8.773 max_d=8.773 avg_d=7.187 std_dev=3.215
C1' B 0, 3.979, 7.198, 10.416, 8.670 max_d=8.670 avg_d=7.198 std_dev=3.219
C2' B 0, 4.003, 7.245, 10.488, 8.885 max_d=8.885 avg_d=7.245 std_dev=3.243
O2' A 0, 4.040, 7.316, 10.591, 8.934 max_d=8.934 avg_d=7.316 std_dev=3.276
C2' A 0, 4.094, 7.427, 10.759, 9.363 max_d=9.363 avg_d=7.427 std_dev=3.332
O4' A 0, 5.176, 9.364, 13.553, 11.349 max_d=11.349 avg_d=9.364 std_dev=4.189
O4' B 0, 5.206, 9.419, 13.631, 11.372 max_d=11.372 avg_d=9.419 std_dev=4.213
C3' B 0, 5.305, 9.602, 13.899, 11.704 max_d=11.704 avg_d=9.602 std_dev=4.297
C3' A 0, 5.366, 9.728, 14.090, 12.194 max_d=12.194 avg_d=9.728 std_dev=4.362
O3' B 0, 5.903, 10.688, 15.473, 13.107 max_d=13.107 avg_d=10.688 std_dev=4.785
C4' B 0, 5.939, 10.744, 15.550, 12.944 max_d=12.944 avg_d=10.744 std_dev=4.805
C4' A 0, 5.963, 10.792, 15.621, 13.214 max_d=13.214 avg_d=10.792 std_dev=4.829
O3' A 0, 6.077, 11.025, 15.973, 13.785 max_d=13.785 avg_d=11.025 std_dev=4.948
O5' A 0, 6.799, 12.312, 17.826, 15.249 max_d=15.249 avg_d=12.312 std_dev=5.514
O5' B 0, 6.834, 12.368, 17.903, 15.090 max_d=15.090 avg_d=12.368 std_dev=5.534
C5' B 0, 7.073, 12.797, 18.521, 15.485 max_d=15.485 avg_d=12.797 std_dev=5.724
C5' A 0, 7.076, 12.808, 18.539, 15.689 max_d=15.689 avg_d=12.808 std_dev=5.731
OP2 B 0, 7.215, 13.090, 18.964, 16.373 max_d=16.373 avg_d=13.090 std_dev=5.875
OP2 A 0, 7.363, 13.329, 19.296, 16.394 max_d=16.394 avg_d=13.329 std_dev=5.966
P A 0, 7.807, 14.131, 20.454, 17.363 max_d=17.363 avg_d=14.131 std_dev=6.324
P B 0, 7.818, 14.160, 20.501, 17.457 max_d=17.457 avg_d=14.160 std_dev=6.342
OP1 B 0, 8.958, 16.214, 23.470, 19.803 max_d=19.803 avg_d=16.214 std_dev=7.256
OP1 A 0, 9.019, 16.327, 23.635, 20.100 max_d=20.100 avg_d=16.327 std_dev=7.308

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.11 0.09 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.02 0.16 0.18 0.16 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.08 0.09 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.11 0.13 0.08
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.14 0.03 0.11 0.09 0.15 0.11 0.02 0.02 0.17 0.02 0.08 0.13 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.19 0.01 0.04 0.24 0.25 0.25 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.04 0.10 0.03 0.09 0.00 0.02 0.10 0.03 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.18 0.02 0.05 0.24 0.25 0.23 0.23
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.05 0.10 0.06 0.15 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02
C6 0.01 0.02 0.04 0.11 0.02 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.13 0.02 0.05 0.21 0.21 0.16 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.02 0.16 0.17 0.13 0.13
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.01 0.02 0.21 0.22 0.21 0.20
O2 0.03 0.01 0.09 0.11 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.03 0.13 0.15 0.15 0.13
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04 0.10 0.03 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.07 0.08 0.06 0.13 0.09 0.08
O3' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.19 0.03 0.18 0.06 0.13 0.09 0.17 0.11 0.01 0.00 0.22 0.02 0.10 0.14 0.08 0.07
O4 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.22 0.00 0.04 0.25 0.27 0.28 0.26
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.07 0.10 0.09 0.10
O5' 0.08 0.16 0.07 0.08 0.24 0.02 0.24 0.01 0.21 0.16 0.21 0.13 0.06 0.10 0.25 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.18 0.11 0.13 0.25 0.10 0.25 0.09 0.21 0.17 0.22 0.15 0.13 0.14 0.27 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.16 0.13 0.09 0.25 0.03 0.23 0.01 0.16 0.13 0.21 0.15 0.09 0.08 0.28 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.08 0.07 0.23 0.04 0.23 0.02 0.18 0.13 0.20 0.13 0.08 0.07 0.26 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.17 0.16 0.33 0.09 0.29 0.08 0.20 0.14 0.27 0.11 0.27 0.25 0.42 0.10 0.16 0.18 0.39 0.27
C2 0.16 0.12 0.27 0.22 0.31 0.15 0.25 0.07 0.15 0.11 0.21 0.20 0.39 0.30 0.44 0.10 0.13 0.17 0.37 0.25
C2' 0.16 0.22 0.18 0.16 0.38 0.14 0.33 0.16 0.25 0.20 0.33 0.17 0.27 0.24 0.46 0.19 0.18 0.17 0.35 0.26
C3' 0.18 0.20 0.20 0.17 0.35 0.18 0.32 0.20 0.25 0.19 0.29 0.18 0.29 0.25 0.43 0.23 0.19 0.17 0.34 0.27
C4 0.29 0.30 0.39 0.32 0.17 0.24 0.16 0.14 0.17 0.25 0.23 0.41 0.46 0.36 0.26 0.21 0.10 0.15 0.29 0.19
C4' 0.11 0.14 0.14 0.14 0.29 0.09 0.26 0.10 0.19 0.13 0.23 0.09 0.23 0.23 0.36 0.14 0.16 0.16 0.37 0.26
C5 0.24 0.24 0.34 0.28 0.16 0.20 0.15 0.12 0.14 0.20 0.19 0.34 0.42 0.34 0.24 0.17 0.09 0.14 0.29 0.19
C5' 0.14 0.14 0.18 0.17 0.25 0.13 0.23 0.13 0.18 0.14 0.20 0.13 0.26 0.25 0.32 0.15 0.17 0.18 0.37 0.27
C6 0.17 0.16 0.28 0.23 0.18 0.16 0.16 0.09 0.11 0.13 0.14 0.24 0.37 0.30 0.28 0.12 0.10 0.14 0.32 0.22
N1 0.13 0.12 0.24 0.21 0.27 0.13 0.22 0.07 0.14 0.11 0.19 0.17 0.35 0.28 0.37 0.09 0.13 0.16 0.36 0.24
N3 0.25 0.22 0.36 0.28 0.22 0.21 0.18 0.11 0.12 0.18 0.15 0.35 0.45 0.34 0.37 0.17 0.10 0.15 0.33 0.21
O2 0.12 0.16 0.23 0.19 0.43 0.12 0.35 0.07 0.23 0.13 0.33 0.16 0.37 0.28 0.55 0.08 0.18 0.20 0.42 0.28
O2' 0.16 0.29 0.15 0.16 0.43 0.08 0.38 0.12 0.30 0.25 0.39 0.24 0.17 0.25 0.49 0.18 0.21 0.20 0.40 0.28
O3' 0.20 0.23 0.17 0.15 0.39 0.19 0.37 0.24 0.30 0.23 0.33 0.19 0.25 0.23 0.47 0.28 0.22 0.21 0.34 0.29
O4 0.37 0.41 0.45 0.38 0.26 0.30 0.25 0.18 0.27 0.35 0.37 0.50 0.51 0.41 0.30 0.28 0.14 0.16 0.25 0.16
O4' 0.09 0.12 0.18 0.18 0.28 0.09 0.25 0.08 0.17 0.11 0.21 0.10 0.26 0.26 0.36 0.08 0.17 0.20 0.41 0.28
O5' 0.25 0.25 0.30 0.27 0.28 0.24 0.27 0.22 0.23 0.23 0.27 0.28 0.37 0.33 0.34 0.24 0.24 0.23 0.36 0.30
OP1 0.31 0.31 0.34 0.30 0.29 0.29 0.28 0.26 0.27 0.28 0.30 0.34 0.41 0.35 0.32 0.30 0.27 0.25 0.37 0.31
OP2 0.33 0.33 0.36 0.31 0.25 0.30 0.23 0.27 0.25 0.30 0.30 0.40 0.44 0.35 0.26 0.32 0.29 0.29 0.39 0.34
P 0.27 0.26 0.30 0.26 0.24 0.25 0.23 0.23 0.22 0.24 0.25 0.30 0.37 0.31 0.27 0.26 0.25 0.26 0.40 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.14 0.10
C2 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.03 0.10 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.14 0.11 0.30 0.22
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.03 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.09 0.07
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.05 0.08 0.11 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.16 0.06 0.08
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.01 0.02 0.18 0.26 0.42 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.13 0.02 0.02
C5 0.01 0.03 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.02 0.04 0.18 0.27 0.42 0.32
C5' 0.04 0.10 0.03 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.14 0.10 0.12 0.10 0.03 0.04 0.14 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01
C6 0.01 0.03 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.11 0.02 0.04 0.16 0.19 0.33 0.26
N1 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.12 0.09 0.25 0.19
N3 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.01 0.04 0.17 0.19 0.37 0.28
O2 0.07 0.02 0.09 0.11 0.03 0.05 0.05 0.10 0.06 0.05 0.03 0.00 0.07 0.12 0.03 0.09 0.14 0.09 0.27 0.20
O2' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.18 0.06 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.11 0.05 0.09 0.12 0.02 0.00 0.09 0.01 0.13 0.27 0.14 0.14
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.00 0.02 0.19 0.31 0.47 0.34
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.13 0.08
O5' 0.06 0.14 0.08 0.09 0.18 0.01 0.18 0.00 0.16 0.12 0.17 0.14 0.06 0.13 0.19 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.04 0.11 0.12 0.16 0.26 0.13 0.27 0.10 0.19 0.09 0.19 0.09 0.18 0.27 0.31 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.30 0.09 0.06 0.42 0.02 0.42 0.01 0.33 0.25 0.37 0.27 0.06 0.14 0.47 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.07 0.08 0.31 0.02 0.32 0.01 0.26 0.19 0.28 0.20 0.06 0.14 0.34 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00