ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50609

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.017, 0.077, 0.136, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.077 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.025, 0.108, 0.192, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.108 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.066, 0.152, 0.238, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.152 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.082, 0.180, 0.277, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.180 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.102, 0.217, 0.331, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.217 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.116, 0.236, 0.356, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.236 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.092, 0.259, 0.426, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.259 std_dev=0.167
O4 B 0, 0.149, 0.318, 0.488, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.318 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.065, 0.241, 0.417, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.241 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.203, 0.381, 0.559, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.381 std_dev=0.178
O2 B 0, 0.118, 0.298, 0.478, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.298 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.102, 0.296, 0.490, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.296 std_dev=0.194
C5' A 0, 0.094, 0.290, 0.487, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.290 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.125, 0.324, 0.523, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.324 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.100, 0.300, 0.500, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.300 std_dev=0.200
P A 0, 0.088, 0.300, 0.511, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.300 std_dev=0.211
OP2 A 0, 0.077, 0.338, 0.600, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.338 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.105, 0.374, 0.644, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.374 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.099, 0.374, 0.648, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.374 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.107, 0.411, 0.715, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.411 std_dev=0.304
C2' B 0, 0.184, 0.496, 0.809, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.496 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.130, 0.455, 0.779, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.455 std_dev=0.324
C3' B 0, 0.185, 0.545, 0.904, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.545 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.215, 0.602, 0.988, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.602 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.151, 0.543, 0.935, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.543 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.197, 0.593, 0.990, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.593 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.207, 0.624, 1.042, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.624 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.265, 0.698, 1.131, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.698 std_dev=0.433
OP2 B 0, 0.336, 0.785, 1.234, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.785 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.231, 0.690, 1.150, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.690 std_dev=0.459
P B 0, 0.301, 0.776, 1.250, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.776 std_dev=0.475
OP1 B 0, 0.334, 0.868, 1.403, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.868 std_dev=0.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.07 0.05 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04
N3 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.08 0.09
O4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.09 0.05 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.11 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.09 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.12 0.09 0.15 0.11 0.06 0.07 0.12 0.08
C2 0.12 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.15 0.15 0.10 0.11 0.12 0.07 0.07 0.11 0.08
C2' 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.13 0.10 0.09 0.15 0.11 0.06 0.07 0.12 0.08
C3' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.06 0.10 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08
C4 0.13 0.14 0.13 0.13 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.14 0.16 0.16 0.12 0.18 0.13 0.13 0.15 0.16 0.14
C4' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.09 0.11 0.11 0.06 0.07 0.11 0.07
C5 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12 0.16 0.12 0.14 0.13 0.13 0.15 0.15 0.12 0.18 0.13 0.13 0.15 0.17 0.15
C5' 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.11 0.07
C6 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.12 0.11 0.11 0.14 0.14 0.11 0.17 0.12 0.11 0.12 0.15 0.12
N1 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.13 0.10 0.14 0.11 0.07 0.08 0.12 0.09
N3 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.13 0.16 0.16 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.11
O2 0.13 0.11 0.10 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.15 0.14 0.09 0.10 0.13 0.06 0.06 0.10 0.07
O2' 0.09 0.09 0.09 0.10 0.15 0.09 0.13 0.10 0.10 0.08 0.13 0.11 0.09 0.09 0.20 0.11 0.07 0.08 0.14 0.10
O3' 0.11 0.08 0.11 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09 0.13 0.10
O4 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.13 0.13 0.14 0.12 0.13 0.16 0.17 0.17 0.13 0.19 0.13 0.15 0.16 0.17 0.15
O4' 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.12 0.09 0.14 0.12 0.06 0.07 0.12 0.08
O5' 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.05 0.07 0.11 0.07
OP1 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.16 0.14 0.12 0.09 0.13 0.09 0.10 0.12 0.09
OP2 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.12 0.10 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.11 0.07
P 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.14 0.11 0.10 0.07 0.11 0.07 0.08 0.12 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.07 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
O2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.03 0.08 0.12 0.04 0.00 0.07 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.08
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.03 0.04 0.09 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.10 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.06 0.07 0.12 0.02 0.11 0.01 0.08 0.07 0.10 0.07 0.03 0.07 0.13 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05 0.03 0.04 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00