ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50610

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, 0.871, 2.456, 4.040, 3.593 max_d=3.593 avg_d=2.456 std_dev=1.584
O2 B 0, 1.073, 2.718, 4.363, 3.887 max_d=3.887 avg_d=2.718 std_dev=1.645
O4 A 0, 0.712, 2.357, 4.003, 3.716 max_d=3.716 avg_d=2.357 std_dev=1.645
N3 B 0, 0.983, 2.640, 4.298, 3.808 max_d=3.808 avg_d=2.640 std_dev=1.658
N3 A 0, 0.719, 2.439, 4.160, 3.727 max_d=3.727 avg_d=2.439 std_dev=1.721
O2 A 0, 0.759, 2.486, 4.214, 3.834 max_d=3.834 avg_d=2.486 std_dev=1.728
C4 B 0, 1.126, 3.243, 5.360, 4.740 max_d=4.740 avg_d=3.243 std_dev=2.117
C2 B 0, 1.238, 3.374, 5.509, 4.883 max_d=4.883 avg_d=3.374 std_dev=2.136
C4 A 0, 0.911, 3.079, 5.247, 4.698 max_d=4.698 avg_d=3.079 std_dev=2.168
C2 A 0, 0.928, 3.130, 5.332, 4.779 max_d=4.779 avg_d=3.130 std_dev=2.202
N1 B 0, 1.733, 5.039, 8.345, 7.380 max_d=7.380 avg_d=5.039 std_dev=3.306
C5 B 0, 1.639, 4.956, 8.274, 7.302 max_d=7.302 avg_d=4.956 std_dev=3.317
C5 A 0, 1.408, 4.783, 8.158, 7.208 max_d=7.208 avg_d=4.783 std_dev=3.375
N1 A 0, 1.414, 4.790, 8.165, 7.337 max_d=7.337 avg_d=4.790 std_dev=3.376
O2' B 0, 2.147, 5.978, 9.808, 9.442 max_d=9.442 avg_d=5.978 std_dev=3.830
C6 B 0, 1.932, 5.818, 9.703, 8.566 max_d=8.566 avg_d=5.818 std_dev=3.886
C6 A 0, 1.652, 5.597, 9.542, 8.462 max_d=8.462 avg_d=5.597 std_dev=3.945
C1' B 0, 2.065, 6.011, 9.957, 8.803 max_d=8.803 avg_d=6.011 std_dev=3.946
C2' B 0, 2.147, 6.153, 10.158, 9.503 max_d=9.503 avg_d=6.153 std_dev=4.005
C1' A 0, 1.704, 5.776, 9.848, 8.957 max_d=8.957 avg_d=5.776 std_dev=4.072
O2' A 0, 1.901, 6.210, 10.519, 9.320 max_d=9.320 avg_d=6.210 std_dev=4.309
C2' A 0, 1.917, 6.345, 10.773, 9.515 max_d=9.515 avg_d=6.345 std_dev=4.428
O4' B 0, 2.539, 7.746, 12.952, 11.463 max_d=11.463 avg_d=7.746 std_dev=5.207
O4' A 0, 2.222, 7.456, 12.690, 11.538 max_d=11.538 avg_d=7.456 std_dev=5.234
C3' B 0, 2.696, 8.032, 13.367, 12.300 max_d=12.300 avg_d=8.032 std_dev=5.335
C3' A 0, 2.490, 8.198, 13.905, 12.331 max_d=12.331 avg_d=8.198 std_dev=5.708
C4' B 0, 2.913, 8.873, 14.832, 13.297 max_d=13.297 avg_d=8.873 std_dev=5.960
O3' B 0, 3.025, 8.992, 14.959, 14.121 max_d=14.121 avg_d=8.992 std_dev=5.967
C4' A 0, 2.642, 8.781, 14.921, 13.436 max_d=13.436 avg_d=8.781 std_dev=6.139
O3' A 0, 2.866, 9.362, 15.858, 14.019 max_d=14.019 avg_d=9.362 std_dev=6.496
O5' B 0, 3.175, 9.975, 16.776, 14.871 max_d=14.871 avg_d=9.975 std_dev=6.801
O5' A 0, 3.118, 9.922, 16.726, 14.960 max_d=14.960 avg_d=9.922 std_dev=6.804
OP2 B 0, 3.392, 10.449, 17.505, 15.694 max_d=15.694 avg_d=10.449 std_dev=7.056
C5' B 0, 3.319, 10.409, 17.498, 15.452 max_d=15.452 avg_d=10.409 std_dev=7.090
C5' A 0, 3.138, 10.325, 17.511, 15.715 max_d=15.715 avg_d=10.325 std_dev=7.187
OP2 A 0, 3.377, 10.696, 18.015, 16.055 max_d=16.055 avg_d=10.696 std_dev=7.319
P B 0, 3.619, 11.303, 18.986, 16.865 max_d=16.865 avg_d=11.303 std_dev=7.683
P A 0, 3.574, 11.399, 19.224, 17.155 max_d=17.155 avg_d=11.399 std_dev=7.825
OP1 B 0, 4.127, 12.958, 21.790, 19.345 max_d=19.345 avg_d=12.958 std_dev=8.832
OP1 A 0, 4.064, 13.052, 22.040, 19.606 max_d=19.606 avg_d=13.052 std_dev=8.988

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.10 0.08
C2 0.02 0.00 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.05 0.01 0.03 0.09 0.09 0.17 0.14
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.06 0.21 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.15 0.00 0.23 0.02 0.23 0.08 0.06 0.14 0.01 0.01 0.16 0.01 0.03 0.13 0.04 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.00 0.02 0.16 0.20 0.22 0.18
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.04 0.06 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02
C5 0.01 0.02 0.09 0.23 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.28 0.01 0.03 0.18 0.23 0.22 0.18
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.09 0.07 0.06 0.02 0.13 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.26 0.01 0.05 0.13 0.17 0.13 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.09 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.01 0.03 0.12 0.15 0.20 0.16
O2 0.05 0.00 0.21 0.14 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.28 0.20 0.01 0.04 0.11 0.08 0.19 0.15
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.03 0.12 0.28 0.00 0.05 0.05 0.06 0.02 0.16 0.03 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.18 0.01 0.28 0.02 0.26 0.08 0.06 0.20 0.05 0.00 0.20 0.02 0.04 0.27 0.16 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.02 0.18 0.23 0.26 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.08
O5' 0.05 0.09 0.08 0.03 0.16 0.02 0.18 0.01 0.13 0.07 0.12 0.11 0.02 0.04 0.18 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.09 0.09 0.13 0.20 0.07 0.23 0.04 0.17 0.09 0.15 0.08 0.16 0.27 0.23 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.17 0.08 0.04 0.22 0.01 0.22 0.01 0.13 0.12 0.20 0.19 0.03 0.16 0.26 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.07 0.05 0.18 0.02 0.18 0.01 0.12 0.10 0.16 0.15 0.04 0.15 0.21 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.28 0.40 0.35 0.83 0.29 0.70 0.23 0.44 0.25 0.63 0.06 0.77 0.57 1.07 0.15 0.37 0.40 0.74 0.52
C2 0.43 0.07 0.70 0.55 0.76 0.46 0.59 0.23 0.25 0.11 0.44 0.47 1.10 0.77 1.11 0.31 0.19 0.26 0.62 0.38
C2' 0.12 0.44 0.29 0.26 0.88 0.21 0.73 0.21 0.49 0.34 0.75 0.25 0.63 0.48 1.09 0.13 0.41 0.41 0.77 0.56
C3' 0.14 0.22 0.35 0.30 0.60 0.24 0.47 0.13 0.28 0.16 0.48 0.08 0.67 0.51 0.78 0.08 0.27 0.30 0.61 0.41
C4 0.92 0.85 1.06 0.83 0.08 0.76 0.07 0.47 0.39 0.72 0.53 1.18 1.35 0.94 0.39 0.75 0.22 0.10 0.35 0.11
C4' 0.16 0.24 0.38 0.34 0.64 0.27 0.55 0.21 0.35 0.21 0.48 0.09 0.68 0.54 0.82 0.14 0.34 0.38 0.67 0.48
C5 0.78 0.68 0.91 0.70 0.06 0.66 0.04 0.39 0.31 0.58 0.39 0.97 1.21 0.82 0.33 0.65 0.16 0.10 0.39 0.15
C5' 0.26 0.15 0.48 0.42 0.44 0.34 0.38 0.23 0.22 0.16 0.28 0.21 0.77 0.61 0.61 0.21 0.26 0.34 0.57 0.39
C6 0.56 0.36 0.72 0.55 0.29 0.50 0.22 0.26 0.07 0.32 0.04 0.66 1.06 0.71 0.60 0.45 0.08 0.18 0.50 0.26
N1 0.37 0.07 0.61 0.47 0.62 0.41 0.50 0.20 0.21 0.10 0.34 0.39 0.98 0.68 0.93 0.28 0.20 0.28 0.62 0.38
N3 0.74 0.53 0.96 0.74 0.44 0.64 0.30 0.35 0.09 0.44 0.06 0.97 1.30 0.91 0.90 0.56 0.08 0.13 0.48 0.22
O2 0.25 0.34 0.58 0.49 1.07 0.40 0.86 0.28 0.52 0.27 0.86 0.09 1.02 0.75 1.35 0.21 0.34 0.35 0.72 0.50
O2' 0.47 0.86 0.36 0.40 1.20 0.37 1.05 0.48 0.84 0.73 1.12 0.73 0.42 0.44 1.35 0.48 0.70 0.66 1.02 0.82
O3' 0.13 0.38 0.25 0.23 0.65 0.17 0.53 0.17 0.36 0.28 0.59 0.30 0.50 0.41 0.80 0.12 0.36 0.37 0.67 0.48
O4 1.16 1.20 1.26 1.02 0.48 0.94 0.41 0.64 0.70 1.02 0.99 1.45 1.48 1.08 0.15 0.97 0.42 0.21 0.23 0.17
O4' 0.21 0.20 0.44 0.39 0.69 0.32 0.60 0.25 0.37 0.20 0.48 0.13 0.77 0.60 0.91 0.18 0.35 0.41 0.70 0.49
O5' 0.42 0.26 0.62 0.52 0.25 0.44 0.21 0.27 0.17 0.26 0.16 0.40 0.91 0.70 0.40 0.34 0.19 0.27 0.43 0.27
OP1 0.49 0.34 0.65 0.54 0.22 0.49 0.21 0.32 0.27 0.35 0.23 0.45 0.92 0.70 0.29 0.42 0.22 0.26 0.37 0.24
OP2 0.66 0.55 0.81 0.68 0.28 0.61 0.29 0.42 0.41 0.54 0.41 0.68 1.07 0.81 0.22 0.57 0.29 0.29 0.30 0.22
P 0.50 0.37 0.67 0.56 0.19 0.49 0.19 0.31 0.25 0.36 0.23 0.50 0.94 0.71 0.27 0.42 0.21 0.28 0.39 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.09 0.01 0.03 0.11 0.08 0.15 0.12
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.14 0.04 0.09 0.25 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.13 0.10 0.07
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.29 0.10 0.07 0.21 0.02 0.00 0.18 0.01 0.09 0.17 0.17 0.11
C4 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.19 0.00 0.02 0.32 0.30 0.33 0.33
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.18 0.07 0.06 0.09 0.06 0.02 0.13 0.00 0.01 0.12 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.18 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.32 0.01 0.03 0.41 0.41 0.40 0.41
C5' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.24 0.01 0.32 0.00 0.29 0.13 0.14 0.05 0.05 0.04 0.27 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.14 0.29 0.01 0.18 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.03 0.37 0.34 0.30 0.33
N1 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.17 0.15 0.16 0.16
N3 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.01 0.02 0.19 0.16 0.21 0.21
O2 0.03 0.01 0.25 0.21 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.28 0.02 0.05 0.04 0.07 0.11 0.06
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03 0.14 0.28 0.00 0.04 0.08 0.06 0.08 0.18 0.12 0.09
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.19 0.02 0.32 0.04 0.30 0.09 0.07 0.28 0.04 0.00 0.21 0.01 0.13 0.28 0.29 0.20
O4 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.21 0.00 0.02 0.35 0.35 0.39 0.38
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.19 0.11
O5' 0.04 0.11 0.06 0.09 0.32 0.01 0.41 0.01 0.37 0.17 0.19 0.04 0.08 0.13 0.35 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.08 0.13 0.17 0.30 0.12 0.41 0.09 0.34 0.15 0.16 0.07 0.18 0.28 0.35 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.15 0.10 0.17 0.33 0.05 0.40 0.02 0.30 0.16 0.21 0.11 0.12 0.29 0.39 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.07 0.11 0.33 0.02 0.41 0.01 0.33 0.16 0.21 0.06 0.09 0.20 0.38 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00