ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50611

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, 0.910, 2.633, 4.356, 4.057 max_d=4.057 avg_d=2.633 std_dev=1.723
O2 A 0, 0.423, 2.209, 3.994, 3.865 max_d=3.865 avg_d=2.209 std_dev=1.785
N3 B 0, 0.751, 2.582, 4.412, 4.079 max_d=4.079 avg_d=2.582 std_dev=1.831
O2 B 0, 0.789, 2.639, 4.489, 4.154 max_d=4.154 avg_d=2.639 std_dev=1.850
N3 A 0, 0.429, 2.289, 4.149, 3.838 max_d=3.838 avg_d=2.289 std_dev=1.860
O4 A 0, 0.452, 2.375, 4.298, 4.073 max_d=4.073 avg_d=2.375 std_dev=1.923
C4 B 0, 0.902, 3.109, 5.317, 4.908 max_d=4.908 avg_d=3.109 std_dev=2.208
C2 A 0, 0.533, 2.834, 5.135, 4.793 max_d=4.793 avg_d=2.834 std_dev=2.301
C2 B 0, 0.808, 3.123, 5.438, 5.019 max_d=5.019 avg_d=3.123 std_dev=2.315
C4 A 0, 0.553, 2.974, 5.394, 5.029 max_d=5.029 avg_d=2.974 std_dev=2.420
C5 B 0, 1.134, 4.507, 7.880, 7.270 max_d=7.270 avg_d=4.507 std_dev=3.373
N1 B 0, 0.995, 4.489, 7.983, 7.347 max_d=7.347 avg_d=4.489 std_dev=3.494
N1 A 0, 0.793, 4.295, 7.797, 7.234 max_d=7.234 avg_d=4.295 std_dev=3.502
C5 A 0, 0.836, 4.505, 8.174, 7.563 max_d=7.563 avg_d=4.505 std_dev=3.669
O2' B 0, 1.696, 5.684, 9.673, 9.027 max_d=9.027 avg_d=5.684 std_dev=3.988
C6 B 0, 1.126, 5.135, 9.143, 8.424 max_d=8.424 avg_d=5.135 std_dev=4.009
O2' A 0, 1.074, 5.092, 9.110, 9.126 max_d=9.126 avg_d=5.092 std_dev=4.018
C2' B 0, 1.439, 5.529, 9.619, 8.865 max_d=8.865 avg_d=5.529 std_dev=4.090
C2' A 0, 1.068, 5.170, 9.272, 8.832 max_d=8.832 avg_d=5.170 std_dev=4.102
C1' A 0, 0.928, 5.031, 9.135, 8.567 max_d=8.567 avg_d=5.031 std_dev=4.103
C6 A 0, 0.943, 5.114, 9.284, 8.526 max_d=8.526 avg_d=5.114 std_dev=4.171
C1' B 0, 1.302, 5.531, 9.760, 8.998 max_d=8.998 avg_d=5.531 std_dev=4.229
O4' A 0, 1.337, 6.675, 12.014, 11.157 max_d=11.157 avg_d=6.675 std_dev=5.339
C3' B 0, 1.618, 7.035, 12.451, 11.459 max_d=11.459 avg_d=7.035 std_dev=5.416
C3' A 0, 1.447, 6.874, 12.301, 11.441 max_d=11.441 avg_d=6.874 std_dev=5.427
O4' B 0, 1.649, 7.097, 12.545, 11.576 max_d=11.576 avg_d=7.097 std_dev=5.448
O3' B 0, 1.877, 7.859, 13.841, 12.747 max_d=12.747 avg_d=7.859 std_dev=5.982
C4' A 0, 1.568, 7.643, 13.719, 12.760 max_d=12.760 avg_d=7.643 std_dev=6.076
O3' A 0, 1.703, 7.784, 13.865, 12.974 max_d=12.974 avg_d=7.784 std_dev=6.081
C4' B 0, 1.721, 7.947, 14.173, 13.036 max_d=13.036 avg_d=7.947 std_dev=6.226
O5' A 0, 2.096, 9.003, 15.910, 14.739 max_d=14.739 avg_d=9.003 std_dev=6.907
C5' B 0, 2.296, 9.381, 16.466, 15.170 max_d=15.170 avg_d=9.381 std_dev=7.085
C5' A 0, 1.962, 9.161, 16.360, 15.210 max_d=15.210 avg_d=9.161 std_dev=7.199
O5' B 0, 2.556, 10.105, 17.654, 16.254 max_d=16.254 avg_d=10.105 std_dev=7.549
OP2 A 0, 1.910, 9.541, 17.173, 16.369 max_d=16.369 avg_d=9.541 std_dev=7.632
P A 0, 2.206, 10.230, 18.254, 17.207 max_d=17.207 avg_d=10.230 std_dev=8.024
P B 0, 2.511, 10.874, 19.236, 17.715 max_d=17.715 avg_d=10.874 std_dev=8.362
OP2 B 0, 3.148, 11.600, 20.052, 18.543 max_d=18.543 avg_d=11.600 std_dev=8.452
OP1 B 0, 3.431, 11.896, 20.361, 18.807 max_d=18.807 avg_d=11.896 std_dev=8.465
OP1 A 0, 2.534, 11.755, 20.976, 19.303 max_d=19.303 avg_d=11.755 std_dev=9.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.09 0.02 0.00 0.05 0.12 0.17 0.07
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.19 0.01 0.05 0.10 0.15 0.40 0.22
C2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04 0.08 0.02 0.10 0.23 0.01 0.08 0.04 0.02 0.07 0.18 0.26 0.05
C3' 0.05 0.16 0.02 0.00 0.13 0.02 0.15 0.03 0.17 0.11 0.15 0.23 0.07 0.03 0.14 0.05 0.05 0.22 0.22 0.03
C4 0.03 0.01 0.03 0.13 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.00 0.08 0.10 0.19 0.50 0.32
C4' 0.04 0.09 0.06 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.06 0.06 0.09 0.12 0.17 0.08 0.10 0.02 0.02 0.17 0.05 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.15 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.11 0.06 0.11 0.39 0.27
C5' 0.01 0.09 0.04 0.03 0.12 0.01 0.10 0.00 0.07 0.06 0.11 0.10 0.19 0.11 0.14 0.02 0.01 0.14 0.09 0.09
C6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.20 0.01 0.11 0.07 0.04 0.28 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.14 0.01 0.05 0.05 0.08 0.29 0.16
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.18 0.01 0.06 0.12 0.19 0.50 0.29
O2 0.05 0.00 0.23 0.23 0.02 0.12 0.02 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.20 0.29 0.03 0.06 0.11 0.19 0.38 0.19
O2' 0.03 0.12 0.01 0.07 0.05 0.17 0.03 0.19 0.05 0.04 0.10 0.20 0.00 0.16 0.06 0.04 0.06 0.36 0.11 0.14
O3' 0.09 0.19 0.08 0.03 0.16 0.08 0.19 0.11 0.20 0.14 0.18 0.29 0.16 0.00 0.16 0.09 0.05 0.34 0.23 0.13
O4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.16 0.00 0.08 0.13 0.25 0.56 0.36
O4' 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.02 0.11 0.02 0.11 0.05 0.06 0.06 0.04 0.09 0.08 0.00 0.10 0.15 0.05 0.06
O5' 0.05 0.10 0.07 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.12 0.11 0.06 0.05 0.13 0.10 0.00 0.06 0.02 0.01
OP1 0.12 0.15 0.18 0.22 0.19 0.17 0.11 0.14 0.04 0.08 0.19 0.19 0.36 0.34 0.25 0.15 0.06 0.00 0.04 0.01
OP2 0.17 0.40 0.26 0.22 0.50 0.05 0.39 0.09 0.28 0.29 0.50 0.38 0.11 0.23 0.56 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.07 0.22 0.05 0.03 0.32 0.05 0.27 0.09 0.19 0.16 0.29 0.19 0.14 0.13 0.36 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.40 0.40 0.35 0.92 0.20 0.75 0.13 0.49 0.32 0.76 0.19 0.71 0.63 1.17 0.19 0.27 0.09 0.32 0.13
C2 0.34 0.11 0.65 0.48 0.88 0.35 0.68 0.17 0.33 0.09 0.58 0.40 1.00 0.71 1.24 0.22 0.30 0.04 0.35 0.13
C2' 0.26 0.56 0.27 0.24 1.07 0.19 0.93 0.25 0.69 0.50 0.89 0.30 0.56 0.49 1.28 0.35 0.29 0.31 0.34 0.26
C3' 0.13 0.38 0.29 0.23 0.90 0.09 0.80 0.15 0.57 0.36 0.69 0.12 0.58 0.51 1.11 0.24 0.22 0.26 0.27 0.15
C4 0.78 0.75 1.03 0.82 0.15 0.66 0.12 0.44 0.24 0.59 0.40 1.12 1.27 0.98 0.56 0.58 0.56 0.31 0.50 0.37
C4' 0.13 0.35 0.31 0.28 0.79 0.12 0.67 0.08 0.46 0.30 0.63 0.17 0.57 0.56 0.99 0.20 0.24 0.12 0.29 0.07
C5 0.65 0.57 0.96 0.81 0.16 0.61 0.13 0.42 0.18 0.46 0.27 0.88 1.19 1.01 0.48 0.47 0.56 0.35 0.55 0.40
C5' 0.15 0.15 0.44 0.40 0.55 0.23 0.47 0.13 0.28 0.13 0.38 0.11 0.67 0.66 0.75 0.14 0.30 0.11 0.36 0.14
C6 0.43 0.24 0.78 0.67 0.43 0.46 0.34 0.30 0.07 0.21 0.14 0.54 1.04 0.91 0.74 0.29 0.45 0.23 0.45 0.28
N1 0.28 0.11 0.63 0.51 0.74 0.34 0.58 0.18 0.29 0.09 0.48 0.29 0.93 0.76 1.05 0.18 0.33 0.07 0.36 0.15
N3 0.64 0.46 0.89 0.66 0.57 0.53 0.42 0.30 0.04 0.35 0.11 0.94 1.20 0.84 1.04 0.44 0.41 0.12 0.38 0.20
O2 0.21 0.47 0.45 0.30 1.21 0.23 0.96 0.18 0.61 0.36 1.02 0.17 0.86 0.53 1.50 0.19 0.31 0.24 0.44 0.27
O2' 0.58 0.88 0.38 0.40 1.24 0.46 1.11 0.51 0.91 0.78 1.14 0.71 0.45 0.51 1.41 0.63 0.49 0.51 0.50 0.50
O3' 0.29 0.52 0.16 0.14 1.00 0.17 0.93 0.29 0.71 0.51 0.80 0.27 0.43 0.40 1.19 0.40 0.28 0.41 0.31 0.29
O4 0.98 1.07 1.17 0.93 0.29 0.79 0.22 0.56 0.49 0.85 0.83 1.39 1.37 1.05 0.21 0.76 0.67 0.42 0.58 0.49
O4' 0.14 0.29 0.43 0.39 0.75 0.23 0.60 0.12 0.37 0.22 0.59 0.14 0.70 0.67 0.98 0.14 0.30 0.05 0.36 0.13
O5' 0.29 0.13 0.57 0.49 0.40 0.33 0.35 0.20 0.14 0.11 0.18 0.34 0.81 0.72 0.62 0.21 0.37 0.14 0.42 0.21
OP1 0.34 0.25 0.62 0.55 0.16 0.38 0.15 0.26 0.03 0.20 0.07 0.44 0.83 0.76 0.33 0.23 0.45 0.26 0.52 0.33
OP2 0.73 0.68 0.90 0.79 0.40 0.68 0.39 0.56 0.45 0.61 0.53 0.87 1.07 0.95 0.42 0.65 0.66 0.49 0.70 0.57
P 0.50 0.40 0.73 0.65 0.28 0.50 0.26 0.40 0.24 0.36 0.26 0.58 0.93 0.85 0.42 0.42 0.52 0.34 0.57 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.21 0.23 0.16
C2 0.04 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06 0.24 0.10 0.39 0.19
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.08 0.01 0.14 0.17 0.18 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.08 0.09 0.03 0.00 0.10 0.01 0.15 0.23 0.22 0.14
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.12 0.01 0.06 0.33 0.18 0.57 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.13 0.04 0.07
C5 0.02 0.02 0.09 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.13 0.03 0.06 0.35 0.23 0.59 0.35
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.07 0.07 0.03 0.06 0.01 0.01 0.15 0.03 0.02
C6 0.02 0.03 0.08 0.09 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.10 0.03 0.07 0.33 0.18 0.48 0.30
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.06 0.25 0.13 0.37 0.21
N3 0.03 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.06 0.28 0.10 0.49 0.25
O2 0.07 0.01 0.06 0.09 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.03 0.08 0.20 0.12 0.33 0.14
O2' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.07 0.00 0.06 0.11 0.04 0.04 0.29 0.04 0.10
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.12 0.03 0.13 0.03 0.10 0.05 0.10 0.10 0.06 0.00 0.14 0.02 0.14 0.41 0.28 0.26
O4 0.02 0.02 0.08 0.10 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.11 0.14 0.00 0.05 0.34 0.21 0.62 0.35
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.02 0.05 0.00 0.16 0.27 0.22 0.22
O5' 0.17 0.24 0.14 0.15 0.33 0.03 0.35 0.01 0.33 0.25 0.28 0.20 0.04 0.14 0.34 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.21 0.10 0.17 0.23 0.18 0.13 0.23 0.15 0.18 0.13 0.10 0.12 0.29 0.41 0.21 0.27 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.39 0.18 0.22 0.57 0.04 0.59 0.03 0.48 0.37 0.49 0.33 0.04 0.28 0.62 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.19 0.04 0.14 0.32 0.07 0.35 0.02 0.30 0.21 0.25 0.14 0.10 0.26 0.35 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00