ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50612

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 A 0, -0.562, 0.855, 2.271, 3.683 max_d=3.683 avg_d=0.855 std_dev=1.417
O4 B 0, -0.188, 1.242, 2.672, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.242 std_dev=1.430
O2 B 0, -0.150, 1.299, 2.747, 4.115 max_d=4.115 avg_d=1.299 std_dev=1.449
N3 B 0, -0.204, 1.249, 2.701, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.249 std_dev=1.453
O4 A 0, -0.649, 0.807, 2.262, 3.716 max_d=3.716 avg_d=0.807 std_dev=1.456
N3 A 0, -0.717, 0.782, 2.280, 3.778 max_d=3.778 avg_d=0.782 std_dev=1.498
C2 B 0, -0.377, 1.387, 3.152, 4.868 max_d=4.868 avg_d=1.387 std_dev=1.764
C4 B 0, -0.436, 1.355, 3.147, 4.899 max_d=4.899 avg_d=1.355 std_dev=1.791
C4 A 0, -0.878, 0.958, 2.794, 4.630 max_d=4.630 avg_d=0.958 std_dev=1.836
C2 A 0, -0.869, 0.972, 2.813, 4.653 max_d=4.653 avg_d=0.972 std_dev=1.841
N1 B 0, -0.894, 1.753, 4.401, 7.027 max_d=7.027 avg_d=1.753 std_dev=2.647
C5 B 0, -1.052, 1.697, 4.446, 7.181 max_d=7.181 avg_d=1.697 std_dev=2.749
N1 A 0, -1.333, 1.455, 4.244, 7.032 max_d=7.032 avg_d=1.455 std_dev=2.788
C5 A 0, -1.379, 1.429, 4.236, 7.043 max_d=7.043 avg_d=1.429 std_dev=2.807
O2' B 0, -0.513, 2.369, 5.250, 8.043 max_d=8.043 avg_d=2.369 std_dev=2.881
C1' B 0, -0.952, 2.104, 5.161, 8.180 max_d=8.180 avg_d=2.104 std_dev=3.056
C2' B 0, -0.876, 2.244, 5.364, 8.435 max_d=8.435 avg_d=2.244 std_dev=3.120
C6 B 0, -1.234, 1.923, 5.079, 8.223 max_d=8.223 avg_d=1.923 std_dev=3.157
C6 A 0, -1.577, 1.679, 4.936, 8.192 max_d=8.192 avg_d=1.679 std_dev=3.256
C1' A 0, -1.628, 1.754, 5.137, 8.520 max_d=8.520 avg_d=1.754 std_dev=3.383
C2' A 0, -1.549, 1.884, 5.317, 8.746 max_d=8.746 avg_d=1.884 std_dev=3.433
O2' A 0, -1.344, 2.147, 5.639, 9.114 max_d=9.114 avg_d=2.147 std_dev=3.492
O4' B 0, -1.499, 2.602, 6.702, 10.765 max_d=10.765 avg_d=2.602 std_dev=4.100
C3' B 0, -1.453, 2.780, 7.012, 11.209 max_d=11.209 avg_d=2.780 std_dev=4.233
C3' A 0, -1.549, 2.706, 6.961, 11.192 max_d=11.192 avg_d=2.706 std_dev=4.255
O4' A 0, -1.792, 2.501, 6.794, 11.078 max_d=11.078 avg_d=2.501 std_dev=4.293
C4' B 0, -1.703, 3.004, 7.711, 12.382 max_d=12.382 avg_d=3.004 std_dev=4.707
C4' A 0, -1.562, 3.166, 7.893, 12.581 max_d=12.581 avg_d=3.166 std_dev=4.727
O3' B 0, -1.540, 3.225, 7.990, 12.707 max_d=12.707 avg_d=3.225 std_dev=4.765
O3' A 0, -1.632, 3.203, 8.039, 12.837 max_d=12.837 avg_d=3.203 std_dev=4.836
C5' A 0, -1.193, 3.987, 9.167, 14.235 max_d=14.235 avg_d=3.987 std_dev=5.180
O5' B 0, -2.229, 3.355, 8.939, 14.500 max_d=14.500 avg_d=3.355 std_dev=5.584
C5' B 0, -2.173, 3.514, 9.200, 14.857 max_d=14.857 avg_d=3.514 std_dev=5.687
O5' A 0, -1.949, 3.843, 9.636, 15.379 max_d=15.379 avg_d=3.843 std_dev=5.792
OP2 B 0, -2.058, 3.876, 9.810, 15.692 max_d=15.692 avg_d=3.876 std_dev=5.934
OP2 A 0, -1.664, 4.341, 10.346, 16.239 max_d=16.239 avg_d=4.341 std_dev=6.005
P B 0, -2.440, 3.915, 10.270, 16.598 max_d=16.598 avg_d=3.915 std_dev=6.355
P A 0, -2.507, 4.076, 10.659, 17.180 max_d=17.180 avg_d=4.076 std_dev=6.583
OP1 B 0, -2.271, 4.537, 11.346, 18.088 max_d=18.088 avg_d=4.537 std_dev=6.808
OP1 A 0, -2.439, 5.009, 12.457, 19.833 max_d=19.833 avg_d=5.009 std_dev=7.448

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.16 0.17 0.32 0.17
C2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.03 0.27 0.23 0.63 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.08 0.13 0.01 0.04 0.05 0.01 0.13 0.18 0.15 0.12
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.00 0.12 0.02 0.10 0.07 0.14 0.13 0.03 0.01 0.13 0.01 0.12 0.25 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.14 0.01 0.04 0.33 0.27 0.97 0.36
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.13 0.00 0.13 0.02 0.10 0.06 0.11 0.07 0.06 0.02 0.13 0.01 0.02 0.10 0.14 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.04 0.32 0.27 0.96 0.35
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.26 0.02 0.26 0.00 0.20 0.13 0.23 0.12 0.08 0.03 0.28 0.03 0.01 0.16 0.25 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04 0.30 0.25 0.76 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.25 0.22 0.57 0.24
N3 0.04 0.02 0.08 0.14 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.14 0.01 0.03 0.31 0.26 0.81 0.31
O2 0.07 0.01 0.13 0.13 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.16 0.14 0.02 0.06 0.25 0.23 0.51 0.23
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.05 0.06 0.02 0.08 0.03 0.02 0.09 0.16 0.00 0.07 0.06 0.05 0.06 0.10 0.13 0.10
O3' 0.03 0.11 0.04 0.01 0.14 0.02 0.13 0.03 0.10 0.06 0.14 0.14 0.07 0.00 0.14 0.02 0.06 0.33 0.36 0.10
O4 0.03 0.01 0.05 0.13 0.01 0.13 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.00 0.04 0.33 0.27 1.07 0.39
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.11 0.20 0.28 0.18
O5' 0.16 0.27 0.13 0.12 0.33 0.02 0.32 0.01 0.30 0.25 0.31 0.25 0.06 0.06 0.33 0.11 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.17 0.23 0.18 0.25 0.27 0.10 0.27 0.16 0.25 0.22 0.26 0.23 0.10 0.33 0.27 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.63 0.15 0.16 0.97 0.14 0.96 0.25 0.76 0.57 0.81 0.51 0.13 0.36 1.07 0.28 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.17 0.26 0.12 0.12 0.36 0.07 0.35 0.03 0.30 0.24 0.31 0.23 0.10 0.10 0.39 0.18 0.02 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.46 0.28 0.27 1.07 0.27 0.90 0.34 0.61 0.40 0.86 0.19 0.50 0.33 1.36 0.32 0.53 0.98 0.88 0.70
C2 0.40 0.10 0.55 0.38 0.99 0.36 0.82 0.27 0.45 0.17 0.62 0.41 0.85 0.53 1.38 0.33 0.37 0.83 0.80 0.57
C2' 0.45 0.67 0.36 0.41 1.20 0.42 1.07 0.51 0.83 0.63 1.02 0.41 0.39 0.36 1.43 0.50 0.68 1.04 1.05 0.83
C3' 0.43 0.52 0.36 0.39 1.02 0.41 0.94 0.49 0.72 0.52 0.81 0.29 0.42 0.38 1.25 0.48 0.62 1.00 0.98 0.77
C4 0.95 0.91 1.08 0.86 0.05 0.78 0.08 0.56 0.32 0.72 0.53 1.31 1.28 0.96 0.50 0.76 0.35 0.49 0.37 0.19
C4' 0.32 0.43 0.28 0.29 0.93 0.30 0.81 0.37 0.58 0.41 0.74 0.23 0.41 0.31 1.17 0.36 0.52 0.95 0.84 0.68
C5 0.82 0.71 0.95 0.76 0.08 0.69 0.08 0.50 0.27 0.60 0.38 1.05 1.15 0.86 0.46 0.66 0.31 0.52 0.35 0.20
C5' 0.36 0.33 0.36 0.32 0.76 0.35 0.68 0.38 0.48 0.34 0.56 0.25 0.51 0.38 1.00 0.38 0.47 0.91 0.77 0.62
C6 0.56 0.32 0.69 0.53 0.43 0.48 0.35 0.34 0.13 0.30 0.09 0.65 0.93 0.65 0.80 0.45 0.25 0.69 0.51 0.35
N1 0.38 0.10 0.50 0.36 0.83 0.34 0.69 0.28 0.38 0.17 0.51 0.32 0.77 0.49 1.19 0.32 0.36 0.84 0.73 0.54
N3 0.73 0.52 0.88 0.66 0.60 0.59 0.49 0.39 0.14 0.40 0.07 1.04 1.15 0.78 1.08 0.56 0.25 0.65 0.61 0.36
O2 0.29 0.56 0.33 0.28 1.38 0.28 1.16 0.35 0.79 0.49 1.14 0.14 0.65 0.37 1.67 0.33 0.57 0.99 1.03 0.77
O2' 0.65 0.99 0.53 0.57 1.39 0.56 1.24 0.65 1.02 0.88 1.29 0.81 0.36 0.45 1.58 0.67 0.84 1.15 1.18 0.97
O3' 0.55 0.66 0.46 0.50 1.10 0.52 1.04 0.60 0.84 0.67 0.91 0.45 0.41 0.44 1.28 0.60 0.72 1.04 1.08 0.85
O4 1.20 1.32 1.31 1.09 0.44 0.99 0.32 0.76 0.64 1.06 1.07 1.65 1.46 1.16 0.08 0.99 0.55 0.35 0.27 0.22
O4' 0.25 0.33 0.28 0.24 0.89 0.23 0.73 0.27 0.47 0.28 0.69 0.11 0.50 0.33 1.17 0.26 0.44 0.92 0.75 0.61
O5' 0.28 0.19 0.29 0.21 0.67 0.24 0.62 0.30 0.41 0.24 0.41 0.25 0.48 0.28 0.92 0.29 0.39 0.89 0.79 0.59
OP1 0.33 0.22 0.44 0.39 0.43 0.31 0.42 0.29 0.29 0.23 0.25 0.34 0.55 0.52 0.60 0.29 0.33 0.73 0.58 0.43
OP2 0.71 0.80 0.74 0.69 1.07 0.70 1.05 0.75 0.89 0.78 0.91 0.83 0.81 0.68 1.27 0.71 0.78 1.16 1.23 1.01
P 0.31 0.23 0.41 0.28 0.48 0.26 0.45 0.21 0.27 0.20 0.26 0.42 0.60 0.39 0.71 0.27 0.20 0.75 0.64 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.03 0.10 0.23 0.10
C2 0.02 0.00 0.15 0.13 0.02 0.05 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.05 0.08 0.14 0.36 0.25 0.15
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.14 0.02 0.12 0.26 0.01 0.04 0.10 0.00 0.04 0.10 0.05 0.03
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.19 0.07 0.11 0.22 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.14 0.08 0.07
C4 0.05 0.02 0.08 0.08 0.00 0.05 0.01 0.15 0.03 0.04 0.01 0.03 0.11 0.09 0.02 0.07 0.15 0.49 0.25 0.18
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.18 0.14 0.04
C5 0.04 0.02 0.11 0.16 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.20 0.03 0.10 0.16 0.41 0.23 0.16
C5' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.11 0.15 0.16 0.02 0.04 0.16 0.01 0.02 0.26 0.13 0.02
C6 0.04 0.02 0.14 0.19 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.22 0.05 0.11 0.13 0.28 0.22 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06 0.02 0.10 0.25 0.23 0.11
N3 0.02 0.01 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.15 0.13 0.04 0.05 0.15 0.46 0.26 0.18
O2 0.07 0.01 0.26 0.22 0.03 0.08 0.02 0.16 0.04 0.04 0.02 0.00 0.26 0.28 0.06 0.15 0.16 0.35 0.27 0.17
O2' 0.03 0.17 0.01 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.15 0.26 0.00 0.06 0.14 0.04 0.03 0.14 0.07 0.01
O3' 0.03 0.16 0.04 0.01 0.09 0.02 0.20 0.04 0.22 0.07 0.13 0.28 0.06 0.00 0.08 0.02 0.10 0.25 0.20 0.14
O4 0.07 0.05 0.10 0.08 0.02 0.06 0.03 0.16 0.05 0.06 0.04 0.06 0.14 0.08 0.00 0.08 0.17 0.56 0.27 0.20
O4' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.05 0.15 0.04 0.02 0.08 0.00 0.13 0.18 0.35 0.19
O5' 0.03 0.14 0.04 0.07 0.15 0.02 0.16 0.02 0.13 0.10 0.15 0.16 0.03 0.10 0.17 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.10 0.36 0.10 0.14 0.49 0.18 0.41 0.26 0.28 0.25 0.46 0.35 0.14 0.25 0.56 0.18 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.25 0.05 0.08 0.25 0.14 0.23 0.13 0.22 0.23 0.26 0.27 0.07 0.20 0.27 0.35 0.04 0.03 0.00 0.03
P 0.10 0.15 0.03 0.07 0.18 0.04 0.16 0.02 0.11 0.11 0.18 0.17 0.01 0.14 0.20 0.19 0.01 0.01 0.03 0.00