ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50614

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.358, 0.982, 2.322, 3.287 max_d=3.287 avg_d=0.982 std_dev=1.340
O4 A 0, -0.564, 0.855, 2.273, 3.311 max_d=3.311 avg_d=0.855 std_dev=1.418
N3 B 0, -0.448, 1.042, 2.532, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.042 std_dev=1.490
N3 A 0, -0.670, 0.943, 2.556, 3.736 max_d=3.736 avg_d=0.943 std_dev=1.613
O2 B 0, -0.456, 1.186, 2.829, 4.020 max_d=4.020 avg_d=1.186 std_dev=1.643
O2 A 0, -0.705, 1.059, 2.823, 4.114 max_d=4.114 avg_d=1.059 std_dev=1.764
C4 B 0, -0.589, 1.253, 3.094, 4.434 max_d=4.434 avg_d=1.253 std_dev=1.842
C4 A 0, -0.825, 1.151, 3.127, 4.574 max_d=4.574 avg_d=1.151 std_dev=1.976
C2 B 0, -0.689, 1.340, 3.369, 4.848 max_d=4.848 avg_d=1.340 std_dev=2.029
C2 A 0, -0.898, 1.257, 3.412, 4.990 max_d=4.990 avg_d=1.257 std_dev=2.155
C5 B 0, -0.945, 1.973, 4.892, 7.018 max_d=7.018 avg_d=1.973 std_dev=2.918
N1 B 0, -1.074, 2.016, 5.107, 7.363 max_d=7.363 avg_d=2.016 std_dev=3.090
C5 A 0, -1.309, 1.807, 4.922, 7.203 max_d=7.203 avg_d=1.807 std_dev=3.115
N1 A 0, -1.367, 1.889, 5.145, 7.528 max_d=7.528 avg_d=1.889 std_dev=3.256
C6 B 0, -1.175, 2.336, 5.848, 8.407 max_d=8.407 avg_d=2.336 std_dev=3.511
C2' B 0, -0.994, 2.625, 6.244, 8.866 max_d=8.866 avg_d=2.625 std_dev=3.619
O2' B 0, -0.946, 2.748, 6.442, 9.110 max_d=9.110 avg_d=2.748 std_dev=3.694
C6 A 0, -1.558, 2.159, 5.876, 8.597 max_d=8.597 avg_d=2.159 std_dev=3.717
C1' B 0, -1.286, 2.484, 6.254, 9.005 max_d=9.005 avg_d=2.484 std_dev=3.770
C1' A 0, -1.660, 2.300, 6.261, 9.160 max_d=9.160 avg_d=2.300 std_dev=3.961
O2' A 0, -1.508, 2.517, 6.542, 9.485 max_d=9.485 avg_d=2.517 std_dev=4.025
C2' A 0, -1.521, 2.508, 6.537, 9.482 max_d=9.482 avg_d=2.508 std_dev=4.029
C3' B 0, -1.495, 3.242, 7.979, 11.423 max_d=11.423 avg_d=3.242 std_dev=4.737
O4' B 0, -1.954, 3.023, 8.000, 11.642 max_d=11.642 avg_d=3.023 std_dev=4.977
O4' A 0, -1.908, 3.103, 8.114, 11.777 max_d=11.777 avg_d=3.103 std_dev=5.011
C3' A 0, -1.874, 3.308, 8.490, 12.272 max_d=12.272 avg_d=3.308 std_dev=5.182
O3' B 0, -1.625, 3.694, 9.013, 12.869 max_d=12.869 avg_d=3.694 std_dev=5.319
C4' B 0, -2.087, 3.488, 9.062, 13.132 max_d=13.132 avg_d=3.488 std_dev=5.574
C4' A 0, -2.133, 3.621, 9.376, 13.576 max_d=13.576 avg_d=3.621 std_dev=5.755
O3' A 0, -2.023, 3.810, 9.643, 13.897 max_d=13.897 avg_d=3.810 std_dev=5.833
OP2 B 0, -1.783, 4.442, 10.667, 15.182 max_d=15.182 avg_d=4.442 std_dev=6.225
O5' A 0, -2.118, 4.186, 10.490, 15.089 max_d=15.089 avg_d=4.186 std_dev=6.304
O5' B 0, -1.855, 4.523, 10.901, 15.530 max_d=15.530 avg_d=4.523 std_dev=6.378
C5' B 0, -2.117, 4.272, 10.661, 15.314 max_d=15.314 avg_d=4.272 std_dev=6.389
OP2 A 0, -2.015, 4.423, 10.862, 15.547 max_d=15.547 avg_d=4.423 std_dev=6.438
C5' A 0, -2.157, 4.446, 11.050, 15.853 max_d=15.853 avg_d=4.446 std_dev=6.604
P B 0, -2.308, 4.789, 11.887, 17.053 max_d=17.053 avg_d=4.789 std_dev=7.098
P A 0, -2.529, 4.636, 11.801, 17.023 max_d=17.023 avg_d=4.636 std_dev=7.165
OP1 A 0, -2.693, 5.419, 13.532, 19.428 max_d=19.428 avg_d=5.419 std_dev=8.113
OP1 B 0, -2.797, 5.418, 13.633, 19.604 max_d=19.604 avg_d=5.418 std_dev=8.215

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.33 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.02 0.16 0.14 0.39 0.17
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.02 0.07 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.18 0.20 0.21 0.06
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.12 0.02 0.09 0.16 0.02 0.01 0.05 0.00 0.27 0.29 0.14 0.15
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.26 0.24 0.39 0.24
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.00 0.02 0.09 0.30 0.05
C5 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.00 0.03 0.29 0.24 0.36 0.24
C5' 0.04 0.15 0.05 0.08 0.19 0.01 0.16 0.00 0.11 0.11 0.19 0.14 0.06 0.11 0.20 0.01 0.01 0.10 0.34 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.03 0.25 0.18 0.33 0.19
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.16 0.13 0.36 0.16
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.00 0.02 0.21 0.19 0.40 0.21
O2 0.04 0.00 0.14 0.16 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.01 0.05 0.12 0.09 0.38 0.14
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.03 0.08 0.13 0.00 0.06 0.06 0.03 0.08 0.21 0.22 0.03
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.06 0.04 0.10 0.11 0.12 0.03 0.10 0.16 0.06 0.00 0.07 0.03 0.23 0.35 0.13 0.18
O4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.28 0.27 0.40 0.26
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.10 0.09 0.38 0.18
O5' 0.05 0.16 0.18 0.27 0.26 0.02 0.29 0.01 0.25 0.16 0.21 0.12 0.08 0.23 0.28 0.10 0.00 0.04 0.04 0.01
OP1 0.06 0.14 0.20 0.29 0.24 0.09 0.24 0.10 0.18 0.13 0.19 0.09 0.21 0.35 0.27 0.09 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.33 0.39 0.21 0.14 0.39 0.30 0.36 0.34 0.33 0.36 0.40 0.38 0.22 0.13 0.40 0.38 0.04 0.02 0.00 0.02
P 0.11 0.17 0.06 0.15 0.24 0.05 0.24 0.02 0.19 0.16 0.21 0.14 0.03 0.18 0.26 0.18 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.29 0.27 0.23 0.88 0.18 0.75 0.19 0.49 0.26 0.64 0.05 0.51 0.34 1.16 0.11 0.27 0.30 0.43 0.32
C2 0.33 0.07 0.53 0.37 0.90 0.32 0.73 0.23 0.38 0.10 0.53 0.40 0.83 0.51 1.28 0.22 0.19 0.25 0.38 0.24
C2' 0.20 0.41 0.33 0.31 0.96 0.26 0.81 0.25 0.55 0.35 0.76 0.17 0.57 0.45 1.22 0.19 0.31 0.36 0.42 0.33
C3' 0.31 0.25 0.44 0.38 0.76 0.37 0.64 0.32 0.40 0.25 0.53 0.21 0.70 0.52 1.02 0.30 0.29 0.35 0.31 0.26
C4 0.92 0.89 1.04 0.82 0.08 0.77 0.09 0.62 0.33 0.71 0.55 1.26 1.25 0.88 0.50 0.74 0.45 0.37 0.16 0.26
C4' 0.24 0.22 0.33 0.28 0.71 0.28 0.61 0.24 0.39 0.22 0.49 0.16 0.57 0.38 0.96 0.23 0.26 0.30 0.33 0.25
C5 0.82 0.75 0.92 0.73 0.08 0.70 0.09 0.58 0.30 0.62 0.46 1.07 1.12 0.80 0.36 0.67 0.43 0.37 0.18 0.27
C5' 0.49 0.33 0.54 0.45 0.53 0.50 0.48 0.44 0.35 0.35 0.35 0.46 0.77 0.52 0.75 0.48 0.37 0.39 0.28 0.30
C6 0.56 0.40 0.69 0.53 0.31 0.49 0.27 0.39 0.10 0.33 0.10 0.71 0.92 0.62 0.64 0.45 0.26 0.25 0.13 0.12
N1 0.33 0.08 0.49 0.36 0.69 0.31 0.57 0.23 0.28 0.09 0.36 0.38 0.76 0.48 1.03 0.24 0.17 0.22 0.29 0.17
N3 0.67 0.48 0.84 0.62 0.59 0.56 0.47 0.41 0.12 0.36 0.07 0.95 1.11 0.73 1.10 0.50 0.23 0.23 0.23 0.10
O2 0.15 0.48 0.33 0.27 1.26 0.21 1.04 0.25 0.70 0.42 1.01 0.09 0.65 0.41 1.57 0.17 0.37 0.40 0.60 0.45
O2' 0.29 0.67 0.29 0.34 1.11 0.28 0.95 0.32 0.72 0.56 0.98 0.48 0.39 0.41 1.33 0.29 0.41 0.44 0.55 0.45
O3' 0.28 0.35 0.39 0.36 0.82 0.35 0.69 0.31 0.46 0.31 0.63 0.22 0.62 0.50 1.06 0.28 0.31 0.36 0.32 0.28
O4 1.20 1.29 1.27 1.04 0.43 0.99 0.32 0.83 0.64 1.05 1.06 1.59 1.44 1.06 0.09 1.00 0.66 0.53 0.30 0.45
O4' 0.16 0.17 0.27 0.22 0.71 0.19 0.62 0.18 0.38 0.17 0.47 0.11 0.51 0.31 0.97 0.13 0.22 0.25 0.37 0.26
O5' 0.30 0.16 0.40 0.31 0.52 0.28 0.48 0.24 0.27 0.16 0.27 0.34 0.62 0.39 0.77 0.23 0.05 0.13 0.35 0.18
OP1 0.52 0.40 0.58 0.49 0.41 0.50 0.40 0.46 0.34 0.39 0.33 0.55 0.76 0.55 0.56 0.48 0.33 0.37 0.33 0.31
OP2 0.96 0.85 1.03 0.88 0.48 0.90 0.48 0.81 0.59 0.79 0.66 1.08 1.23 0.95 0.45 0.89 0.66 0.64 0.48 0.55
P 0.62 0.49 0.69 0.57 0.36 0.58 0.35 0.51 0.34 0.46 0.35 0.68 0.89 0.64 0.50 0.56 0.38 0.40 0.30 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.13 0.21 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.04 0.19 0.17 0.25 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.11 0.01 0.02 0.05 0.01 0.14 0.22 0.12 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.12 0.02 0.01 0.04 0.01 0.18 0.26 0.06 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.27 0.25 0.31 0.24
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.28 0.25 0.30 0.24
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.12 0.08 0.04 0.02 0.14 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.25 0.22 0.26 0.19
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.17 0.24 0.14
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.03 0.23 0.20 0.28 0.20
O2 0.03 0.01 0.11 0.12 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.03 0.07 0.15 0.15 0.24 0.13
O2' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.08 0.06 0.06 0.07 0.18 0.12 0.05
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.09 0.14 0.08 0.00 0.05 0.02 0.16 0.29 0.05 0.15
O4 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.00 0.02 0.28 0.27 0.33 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.25 0.10
O5' 0.10 0.19 0.14 0.18 0.27 0.01 0.28 0.01 0.25 0.18 0.23 0.15 0.07 0.16 0.28 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.17 0.22 0.26 0.25 0.09 0.25 0.06 0.22 0.17 0.20 0.15 0.18 0.29 0.27 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.25 0.12 0.06 0.31 0.17 0.30 0.18 0.26 0.24 0.28 0.24 0.12 0.05 0.33 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.10 0.13 0.24 0.02 0.24 0.01 0.19 0.14 0.20 0.13 0.05 0.15 0.27 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00