ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50615

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 A 0, -0.403, 0.993, 2.388, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.993 std_dev=1.396
O2 B 0, -0.392, 1.009, 2.410, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.009 std_dev=1.401
N3 A 0, -0.453, 1.097, 2.647, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.097 std_dev=1.550
O4 A 0, -0.492, 1.206, 2.904, 3.607 max_d=3.607 avg_d=1.206 std_dev=1.698
N3 B 0, -0.473, 1.225, 2.923, 3.626 max_d=3.626 avg_d=1.225 std_dev=1.698
C2 A 0, -0.570, 1.385, 3.339, 4.149 max_d=4.149 avg_d=1.385 std_dev=1.954
C2 B 0, -0.566, 1.445, 3.455, 4.287 max_d=4.287 avg_d=1.445 std_dev=2.010
O4 B 0, -0.565, 1.452, 3.469, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.452 std_dev=2.017
C4 A 0, -0.627, 1.522, 3.670, 4.560 max_d=4.560 avg_d=1.522 std_dev=2.148
C4 B 0, -0.662, 1.692, 4.046, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.692 std_dev=2.354
N1 A 0, -0.922, 2.230, 5.382, 6.688 max_d=6.688 avg_d=2.230 std_dev=3.152
N1 B 0, -0.900, 2.268, 5.436, 6.748 max_d=6.748 avg_d=2.268 std_dev=3.168
C5 A 0, -0.992, 2.402, 5.796, 7.202 max_d=7.202 avg_d=2.402 std_dev=3.394
C5 B 0, -0.998, 2.518, 6.034, 7.491 max_d=7.491 avg_d=2.518 std_dev=3.516
C1' B 0, -1.049, 2.634, 6.317, 7.843 max_d=7.843 avg_d=2.634 std_dev=3.683
C1' A 0, -1.086, 2.627, 6.340, 7.879 max_d=7.879 avg_d=2.627 std_dev=3.713
O2' A 0, -1.087, 2.656, 6.399, 7.950 max_d=7.950 avg_d=2.656 std_dev=3.743
C6 A 0, -1.127, 2.725, 6.578, 8.174 max_d=8.174 avg_d=2.725 std_dev=3.853
O2' B 0, -1.100, 2.767, 6.634, 8.236 max_d=8.236 avg_d=2.767 std_dev=3.867
C6 B 0, -1.106, 2.782, 6.670, 8.281 max_d=8.281 avg_d=2.782 std_dev=3.888
C2' A 0, -1.193, 2.909, 7.012, 8.711 max_d=8.711 avg_d=2.909 std_dev=4.103
C2' B 0, -1.200, 3.013, 7.227, 8.972 max_d=8.972 avg_d=3.013 std_dev=4.214
O4' B 0, -1.377, 3.446, 8.269, 10.267 max_d=10.267 avg_d=3.446 std_dev=4.823
O4' A 0, -1.429, 3.487, 8.403, 10.439 max_d=10.439 avg_d=3.487 std_dev=4.916
C3' A 0, -1.582, 3.871, 9.323, 11.582 max_d=11.582 avg_d=3.871 std_dev=5.452
C3' B 0, -1.590, 3.983, 9.556, 11.864 max_d=11.864 avg_d=3.983 std_dev=5.573
C4' A 0, -1.674, 4.093, 9.859, 12.247 max_d=12.247 avg_d=4.093 std_dev=5.766
C4' B 0, -1.651, 4.129, 9.908, 12.302 max_d=12.302 avg_d=4.129 std_dev=5.779
O3' A 0, -1.773, 4.349, 10.471, 13.007 max_d=13.007 avg_d=4.349 std_dev=6.122
O3' B 0, -1.805, 4.515, 10.835, 13.452 max_d=13.452 avg_d=4.515 std_dev=6.320
O5' A 0, -2.030, 4.974, 11.978, 14.879 max_d=14.879 avg_d=4.974 std_dev=7.004
C5' A 0, -2.033, 4.983, 12.000, 14.906 max_d=14.906 avg_d=4.983 std_dev=7.017
C5' B 0, -2.008, 5.009, 12.027, 14.933 max_d=14.933 avg_d=5.009 std_dev=7.017
O5' B 0, -2.028, 5.064, 12.155, 15.093 max_d=15.093 avg_d=5.064 std_dev=7.092
OP2 A 0, -2.223, 5.457, 13.138, 16.319 max_d=16.319 avg_d=5.457 std_dev=7.680
P A 0, -2.329, 5.708, 13.745, 17.075 max_d=17.075 avg_d=5.708 std_dev=8.037
OP2 B 0, -2.392, 5.957, 14.306, 17.764 max_d=17.764 avg_d=5.957 std_dev=8.349
P B 0, -2.410, 6.003, 14.417, 17.901 max_d=17.901 avg_d=6.003 std_dev=8.413
OP1 A 0, -2.665, 6.537, 15.738, 19.549 max_d=19.549 avg_d=6.537 std_dev=9.201
OP1 B 0, -2.698, 6.712, 16.122, 20.020 max_d=20.020 avg_d=6.712 std_dev=9.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.23 0.00 0.05 0.17 0.17 0.11 0.08
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.13 0.27 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.14 0.06 0.05
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.18 0.00 0.09 0.01 0.05 0.13 0.23 0.26 0.00 0.01 0.21 0.01 0.10 0.20 0.14 0.12
C4 0.02 0.00 0.05 0.18 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.01 0.28 0.31 0.30 0.27
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.08 0.02 0.06 0.00 0.11 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.06 0.30 0.34 0.34 0.33
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.12 0.14 0.04 0.06 0.02 0.21 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.08 0.26 0.27 0.23 0.25
N1 0.02 0.00 0.03 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.17 0.18 0.11 0.11
N3 0.02 0.00 0.13 0.23 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.26 0.00 0.04 0.22 0.24 0.19 0.16
O2 0.02 0.00 0.27 0.26 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.27 0.01 0.08 0.12 0.11 0.04 0.00
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.06 0.08 0.06 0.08 0.01 0.03 0.15 0.00 0.05 0.03 0.08 0.09 0.18 0.07 0.07
O3' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.21 0.00 0.11 0.02 0.05 0.11 0.26 0.27 0.05 0.00 0.25 0.00 0.13 0.31 0.24 0.19
O4 0.01 0.00 0.06 0.21 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.25 0.00 0.00 0.30 0.36 0.35 0.31
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.04 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.15 0.12
O5' 0.05 0.17 0.06 0.10 0.28 0.02 0.30 0.00 0.26 0.17 0.22 0.12 0.09 0.13 0.30 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.17 0.14 0.20 0.31 0.06 0.34 0.02 0.27 0.18 0.24 0.11 0.18 0.31 0.36 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.11 0.06 0.14 0.30 0.02 0.34 0.01 0.23 0.11 0.19 0.04 0.07 0.24 0.35 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.05 0.12 0.27 0.02 0.33 0.01 0.25 0.11 0.16 0.00 0.07 0.19 0.31 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.25 0.04 0.00 0.55 0.10 0.47 0.02 0.33 0.21 0.46 0.10 0.31 0.11 0.67 0.02 0.17 0.14 0.37 0.21
C2 0.34 0.06 0.37 0.27 0.53 0.38 0.40 0.24 0.17 0.06 0.31 0.40 0.67 0.37 0.74 0.33 0.01 0.03 0.24 0.06
C2' 0.09 0.25 0.06 0.05 0.52 0.06 0.49 0.01 0.39 0.26 0.41 0.08 0.16 0.05 0.61 0.03 0.16 0.11 0.32 0.17
C3' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.31 0.11 0.31 0.09 0.23 0.13 0.20 0.04 0.14 0.05 0.37 0.06 0.06 0.03 0.20 0.07
C4 0.72 0.77 0.77 0.63 0.20 0.64 0.16 0.49 0.34 0.60 0.58 1.03 0.96 0.69 0.03 0.64 0.33 0.30 0.13 0.24
C4' 0.10 0.26 0.12 0.13 0.45 0.01 0.40 0.04 0.31 0.24 0.38 0.16 0.09 0.06 0.52 0.04 0.20 0.18 0.38 0.23
C5 0.57 0.60 0.65 0.53 0.19 0.52 0.14 0.38 0.27 0.46 0.46 0.81 0.83 0.60 0.05 0.49 0.25 0.24 0.10 0.18
C5' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.23 0.11 0.21 0.07 0.14 0.07 0.17 0.00 0.17 0.02 0.30 0.08 0.07 0.07 0.24 0.10
C6 0.36 0.30 0.44 0.34 0.08 0.36 0.08 0.24 0.05 0.22 0.13 0.51 0.65 0.43 0.21 0.31 0.09 0.10 0.07 0.03
N1 0.23 0.04 0.28 0.20 0.39 0.27 0.32 0.16 0.15 0.02 0.21 0.27 0.55 0.30 0.54 0.21 0.03 0.01 0.23 0.09
N3 0.63 0.53 0.65 0.51 0.22 0.58 0.15 0.43 0.12 0.41 0.15 0.91 0.90 0.59 0.52 0.57 0.21 0.20 0.05 0.11
O2 0.18 0.32 0.19 0.11 0.86 0.28 0.67 0.16 0.40 0.20 0.75 0.01 0.56 0.23 1.05 0.22 0.11 0.08 0.42 0.19
O2' 0.47 0.66 0.44 0.39 0.84 0.27 0.80 0.30 0.72 0.64 0.77 0.55 0.20 0.28 0.89 0.39 0.47 0.41 0.62 0.48
O3' 0.19 0.22 0.25 0.20 0.37 0.04 0.40 0.03 0.36 0.27 0.29 0.11 0.11 0.15 0.40 0.09 0.16 0.13 0.28 0.15
O4 0.90 1.04 0.94 0.79 0.54 0.79 0.41 0.63 0.57 0.83 0.94 1.24 1.09 0.83 0.31 0.81 0.48 0.44 0.30 0.39
O4' 0.00 0.23 0.03 0.02 0.49 0.09 0.40 0.01 0.27 0.18 0.41 0.11 0.28 0.07 0.61 0.03 0.17 0.15 0.38 0.23
O5' 0.31 0.24 0.27 0.24 0.05 0.37 0.06 0.32 0.13 0.21 0.15 0.34 0.44 0.28 0.02 0.35 0.18 0.18 0.02 0.15
OP1 0.34 0.29 0.25 0.23 0.15 0.40 0.15 0.38 0.20 0.26 0.23 0.36 0.39 0.23 0.10 0.42 0.24 0.23 0.08 0.22
OP2 0.56 0.54 0.50 0.46 0.37 0.59 0.35 0.54 0.41 0.49 0.47 0.62 0.64 0.46 0.31 0.60 0.41 0.39 0.26 0.37
P 0.34 0.28 0.27 0.24 0.13 0.38 0.13 0.34 0.19 0.26 0.21 0.36 0.42 0.25 0.07 0.39 0.20 0.18 0.03 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C2 0.02 0.00 0.14 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.18 0.01 0.10 0.06 0.10 0.13 0.06
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.10 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.15 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02
C4 0.02 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.01 0.16 0.17 0.17 0.16
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.00 0.08 0.19 0.16 0.11 0.17
C5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.16 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.13 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.05 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.07 0.00 0.11 0.14 0.11 0.04 0.11
N1 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.08 0.11 0.14 0.17 0.11
O2 0.03 0.00 0.25 0.20 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.25 0.01 0.17 0.02 0.07 0.13 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.01 0.13 0.04 0.02 0.15 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02
O3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04 0.18 0.25 0.00 0.00 0.12 0.02 0.04 0.04 0.10 0.03
O4 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.01 0.18 0.20 0.21 0.19
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.08 0.17 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04
O5' 0.01 0.06 0.03 0.03 0.16 0.01 0.19 0.01 0.14 0.06 0.11 0.02 0.01 0.04 0.18 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.03 0.03 0.17 0.05 0.16 0.04 0.11 0.07 0.14 0.07 0.06 0.04 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.13 0.02 0.06 0.17 0.03 0.11 0.02 0.04 0.06 0.17 0.13 0.05 0.10 0.21 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.00 0.02 0.16 0.01 0.17 0.01 0.11 0.05 0.11 0.03 0.02 0.03 0.19 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00