ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50617

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 0.559, 1.934, 3.310, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.934 std_dev=1.375
O4 B 0, 0.698, 2.382, 4.066, 3.588 max_d=3.588 avg_d=2.382 std_dev=1.684
N3 A 0, 0.694, 2.406, 4.118, 3.840 max_d=3.840 avg_d=2.406 std_dev=1.712
N3 B 0, 0.808, 2.758, 4.709, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.758 std_dev=1.950
C4 A 0, 0.835, 2.864, 4.893, 4.450 max_d=4.450 avg_d=2.864 std_dev=2.029
O2 A 0, 0.826, 2.863, 4.900, 4.568 max_d=4.568 avg_d=2.863 std_dev=2.037
O2 B 0, 0.923, 3.151, 5.379, 4.729 max_d=4.729 avg_d=3.151 std_dev=2.228
C4 B 0, 0.945, 3.227, 5.508, 4.843 max_d=4.843 avg_d=3.227 std_dev=2.282
C2 A 0, 0.983, 3.381, 5.779, 5.293 max_d=5.293 avg_d=3.381 std_dev=2.398
C2 B 0, 1.074, 3.666, 6.259, 5.502 max_d=5.502 avg_d=3.666 std_dev=2.593
C5 A 0, 1.353, 4.623, 7.892, 7.029 max_d=7.029 avg_d=4.623 std_dev=3.270
C5 B 0, 1.440, 4.915, 8.390, 7.374 max_d=7.374 avg_d=4.915 std_dev=3.475
N1 A 0, 1.488, 5.090, 8.692, 7.805 max_d=7.805 avg_d=5.090 std_dev=3.602
N1 B 0, 1.557, 5.316, 9.076, 7.976 max_d=7.976 avg_d=5.316 std_dev=3.759
C6 A 0, 1.658, 5.665, 9.672, 8.616 max_d=8.616 avg_d=5.665 std_dev=4.007
C6 B 0, 1.733, 5.915, 10.098, 8.874 max_d=8.874 avg_d=5.915 std_dev=4.183
C1' A 0, 1.851, 6.327, 10.802, 9.667 max_d=9.667 avg_d=6.327 std_dev=4.476
C1' B 0, 1.892, 6.458, 11.025, 9.689 max_d=9.689 avg_d=6.458 std_dev=4.567
C2' A 0, 1.954, 6.680, 11.405, 10.200 max_d=10.200 avg_d=6.680 std_dev=4.726
C2' B 0, 1.985, 6.778, 11.571, 10.230 max_d=10.230 avg_d=6.778 std_dev=4.793
O2' A 0, 2.012, 6.886, 11.760, 10.606 max_d=10.606 avg_d=6.886 std_dev=4.874
O2' B 0, 2.008, 6.886, 11.764, 10.694 max_d=10.694 avg_d=6.886 std_dev=4.878
O4' A 0, 2.345, 8.012, 13.679, 12.170 max_d=12.170 avg_d=8.012 std_dev=5.667
O4' B 0, 2.378, 8.121, 13.863, 12.188 max_d=12.188 avg_d=8.121 std_dev=5.742
C3' A 0, 2.470, 8.436, 14.402, 12.781 max_d=12.781 avg_d=8.436 std_dev=5.966
C3' B 0, 2.491, 8.509, 14.526, 12.904 max_d=12.904 avg_d=8.509 std_dev=6.018
C4' A 0, 2.704, 9.237, 15.770, 13.994 max_d=13.994 avg_d=9.237 std_dev=6.533
C4' B 0, 2.725, 9.309, 15.892, 14.101 max_d=14.101 avg_d=9.309 std_dev=6.583
O3' A 0, 2.826, 9.653, 16.479, 14.621 max_d=14.621 avg_d=9.653 std_dev=6.826
O3' B 0, 2.830, 9.661, 16.493, 14.512 max_d=14.512 avg_d=9.661 std_dev=6.831
C5' A 0, 3.094, 10.564, 18.033, 15.873 max_d=15.873 avg_d=10.564 std_dev=7.470
C5' B 0, 3.091, 10.595, 18.100, 16.421 max_d=16.421 avg_d=10.595 std_dev=7.504
OP2 B 0, 3.135, 10.704, 18.273, 16.079 max_d=16.079 avg_d=10.704 std_dev=7.569
O5' B 0, 3.154, 10.778, 18.401, 16.400 max_d=16.400 avg_d=10.778 std_dev=7.624
O5' A 0, 3.163, 10.799, 18.436, 16.285 max_d=16.285 avg_d=10.799 std_dev=7.637
OP2 A 0, 3.319, 11.346, 19.374, 17.352 max_d=17.352 avg_d=11.346 std_dev=8.028
P B 0, 3.463, 11.825, 20.187, 17.863 max_d=17.863 avg_d=11.825 std_dev=8.362
P A 0, 3.572, 12.200, 20.828, 18.493 max_d=18.493 avg_d=12.200 std_dev=8.628
OP1 B 0, 3.975, 13.576, 23.177, 20.543 max_d=20.543 avg_d=13.576 std_dev=9.601
OP1 A 0, 4.055, 13.850, 23.645, 20.992 max_d=20.992 avg_d=13.850 std_dev=9.795

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.12 0.08 0.09
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.21 0.23 0.21 0.20
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.18 0.21 0.14 0.17
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.27 0.14 0.22
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.25 0.27 0.28 0.26
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.25 0.26 0.26 0.26
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.16 0.00 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.06 0.03 0.02 0.18 0.02 0.00 0.07 0.19 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.23 0.20 0.23
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.20 0.17 0.18
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.24 0.26 0.26 0.24
O2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.19 0.22 0.20 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.00 0.03 0.05 0.04 0.07 0.13 0.08 0.08
O3' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.21 0.27 0.13 0.21
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.25 0.28 0.30 0.27
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.01
O5' 0.10 0.21 0.18 0.24 0.25 0.00 0.25 0.00 0.24 0.20 0.24 0.19 0.07 0.21 0.25 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.23 0.21 0.27 0.27 0.06 0.26 0.07 0.23 0.20 0.26 0.22 0.13 0.27 0.28 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.21 0.14 0.14 0.28 0.10 0.26 0.19 0.20 0.17 0.26 0.20 0.08 0.13 0.30 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.20 0.17 0.22 0.26 0.00 0.26 0.00 0.23 0.18 0.24 0.18 0.08 0.21 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.28 0.21 0.15 0.63 0.13 0.58 0.43 0.42 0.28 0.47 0.20 0.51 0.09 0.80 0.16 0.36 0.41 0.27 0.29
C2 0.19 0.21 0.27 0.02 0.64 0.01 0.57 0.40 0.37 0.20 0.42 0.29 0.59 0.09 0.87 0.14 0.32 0.34 0.23 0.24
C2' 0.18 0.36 0.21 0.17 0.71 0.15 0.63 0.41 0.47 0.34 0.57 0.24 0.51 0.13 0.88 0.18 0.37 0.41 0.27 0.28
C3' 0.12 0.22 0.20 0.07 0.54 0.03 0.47 0.37 0.32 0.19 0.40 0.16 0.54 0.09 0.71 0.08 0.29 0.30 0.13 0.17
C4 0.49 0.49 0.54 0.31 0.20 0.28 0.19 0.45 0.13 0.35 0.31 0.72 0.78 0.36 0.44 0.36 0.25 0.12 0.04 0.13
C4' 0.14 0.20 0.21 0.11 0.47 0.07 0.43 0.38 0.29 0.19 0.34 0.17 0.53 0.10 0.62 0.11 0.31 0.34 0.15 0.21
C5 0.46 0.43 0.49 0.27 0.15 0.27 0.14 0.44 0.13 0.33 0.27 0.63 0.74 0.31 0.33 0.35 0.26 0.14 0.07 0.15
C5' 0.20 0.09 0.24 0.06 0.24 0.11 0.21 0.39 0.08 0.07 0.11 0.22 0.57 0.09 0.38 0.16 0.21 0.19 0.05 0.12
C6 0.32 0.26 0.37 0.14 0.29 0.15 0.27 0.40 0.13 0.19 0.16 0.45 0.66 0.20 0.49 0.24 0.25 0.19 0.03 0.13
N1 0.20 0.18 0.27 0.02 0.52 0.02 0.47 0.40 0.29 0.16 0.31 0.28 0.59 0.09 0.72 0.14 0.29 0.30 0.17 0.20
N3 0.33 0.27 0.41 0.17 0.50 0.14 0.44 0.41 0.22 0.18 0.23 0.54 0.70 0.24 0.79 0.21 0.26 0.21 0.12 0.14
O2 0.20 0.39 0.22 0.14 0.84 0.15 0.74 0.44 0.55 0.37 0.67 0.24 0.53 0.07 1.02 0.21 0.40 0.47 0.36 0.36
O2' 0.38 0.59 0.37 0.37 0.86 0.35 0.79 0.51 0.65 0.55 0.77 0.48 0.54 0.32 0.99 0.38 0.53 0.60 0.43 0.46
O3' 0.14 0.30 0.20 0.13 0.60 0.09 0.52 0.36 0.37 0.26 0.48 0.21 0.51 0.13 0.75 0.11 0.32 0.33 0.16 0.19
O4 0.64 0.71 0.68 0.45 0.20 0.41 0.11 0.51 0.27 0.54 0.57 0.91 0.86 0.48 0.24 0.49 0.30 0.16 0.16 0.20
O4' 0.15 0.20 0.20 0.11 0.50 0.08 0.46 0.41 0.32 0.20 0.34 0.18 0.51 0.07 0.65 0.13 0.32 0.37 0.21 0.25
O5' 0.06 0.15 0.09 0.19 0.47 0.19 0.46 0.59 0.33 0.18 0.29 0.09 0.40 0.10 0.61 0.10 0.25 0.25 0.23 0.18
OP1 0.03 0.12 0.06 0.20 0.40 0.21 0.41 0.62 0.29 0.15 0.25 0.03 0.37 0.12 0.52 0.10 0.18 0.18 0.23 0.14
OP2 0.17 0.11 0.20 0.26 0.23 0.27 0.27 0.67 0.17 0.10 0.07 0.24 0.43 0.23 0.35 0.15 0.04 0.12 0.27 0.16
P 0.05 0.03 0.12 0.18 0.33 0.19 0.35 0.60 0.23 0.07 0.16 0.12 0.42 0.11 0.46 0.04 0.15 0.15 0.20 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.37 0.23 0.25
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 0.01 0.01 0.29 0.34 0.31 0.28
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.15 0.35 0.18 0.18
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.03 0.20 0.12 0.15 0.03 0.02 0.00 0.23 0.02 0.06 0.36 0.06 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.21 0.00 0.22 0.00 0.52 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.21 0.00 0.01 0.23 0.26 0.33 0.27
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.22 0.00 0.26 0.01 0.23 0.12 0.14 0.02 0.06 0.02 0.23 0.00 0.00 0.24 0.14 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.24 0.00 0.26 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.01 0.22 0.26 0.33 0.27
C5' 0.09 0.30 0.05 0.03 0.52 0.01 0.57 0.00 0.49 0.31 0.41 0.18 0.06 0.04 0.56 0.02 0.01 0.34 0.33 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.20 0.00 0.23 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.01 0.01 0.26 0.28 0.30 0.27
N1 0.01 0.00 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.01 0.29 0.33 0.29 0.27
N3 0.02 0.00 0.05 0.15 0.00 0.14 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.00 0.01 0.26 0.30 0.32 0.27
O2 0.02 0.00 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.06 0.00 0.02 0.30 0.38 0.31 0.29
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.16 0.27 0.00 0.01 0.09 0.14 0.06 0.21 0.08 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.21 0.02 0.25 0.04 0.21 0.10 0.12 0.06 0.01 0.00 0.24 0.02 0.23 0.28 0.11 0.11
O4 0.02 0.01 0.04 0.23 0.00 0.23 0.00 0.56 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.24 0.00 0.01 0.20 0.25 0.34 0.26
O4' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.01 0.00 0.32 0.36 0.18 0.23
O5' 0.29 0.29 0.15 0.06 0.23 0.00 0.22 0.01 0.26 0.29 0.26 0.30 0.06 0.23 0.20 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.37 0.34 0.35 0.36 0.26 0.24 0.26 0.34 0.28 0.33 0.30 0.38 0.21 0.28 0.25 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.31 0.18 0.06 0.33 0.14 0.33 0.33 0.30 0.29 0.32 0.31 0.08 0.11 0.34 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.28 0.18 0.12 0.27 0.02 0.27 0.02 0.27 0.27 0.27 0.29 0.03 0.11 0.26 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00