ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50619

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C2 B 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
O2 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
P A 0, 0.000, 0.328, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.328
OP1 A 0, 0.000, 0.344, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.000, 0.346, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.346 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
O5' A 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
O4 B 0, 0.000, 0.477, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
C1' B 0, 0.000, 0.601, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.601 std_dev=0.601
OP2 B 0, 0.000, 0.768, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.768 std_dev=0.768
O2' B 0, 0.000, 0.823, 1.646, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.823 std_dev=0.823
C2' B 0, 0.000, 0.825, 1.650, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.825 std_dev=0.825
O4' B 0, 0.000, 0.964, 1.929, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.964 std_dev=0.964
O5' B 0, 0.000, 1.020, 2.040, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.020 std_dev=1.020
P B 0, 0.000, 1.094, 2.187, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.094 std_dev=1.094
C3' B 0, 0.000, 1.285, 2.571, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.285 std_dev=1.285
C4' B 0, 0.000, 1.357, 2.714, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.357 std_dev=1.357
OP1 B 0, 0.000, 1.534, 3.068, 3.068 max_d=3.068 avg_d=1.534 std_dev=1.534
C5' B 0, 0.000, 1.660, 3.320, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.660 std_dev=1.660
O3' B 0, 0.000, 1.662, 3.324, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.662 std_dev=1.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04 0.04
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02
O2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02
O4 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01
O5' 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.06 0.37 0.47 0.11 0.31 0.19 0.34 0.20 0.15 0.04 0.01 0.26 0.57 0.09 0.17 0.00 0.11 0.30 0.12
C2 0.14 0.06 0.33 0.41 0.11 0.26 0.17 0.28 0.18 0.13 0.04 0.03 0.20 0.49 0.09 0.13 0.06 0.06 0.27 0.07
C2' 0.18 0.12 0.36 0.42 0.16 0.27 0.21 0.29 0.21 0.17 0.11 0.07 0.25 0.51 0.16 0.16 0.02 0.09 0.32 0.13
C3' 0.15 0.11 0.34 0.40 0.15 0.24 0.19 0.25 0.19 0.15 0.11 0.07 0.23 0.49 0.16 0.12 0.02 0.05 0.29 0.08
C4 0.05 0.05 0.23 0.31 0.16 0.13 0.17 0.16 0.13 0.08 0.09 0.02 0.09 0.38 0.19 0.01 0.20 0.03 0.19 0.04
C4' 0.16 0.08 0.37 0.47 0.11 0.30 0.18 0.32 0.19 0.14 0.06 0.02 0.26 0.58 0.11 0.15 0.01 0.10 0.28 0.10
C5 0.07 0.05 0.26 0.36 0.16 0.16 0.18 0.19 0.15 0.09 0.09 0.01 0.12 0.44 0.19 0.02 0.18 0.00 0.20 0.02
C5' 0.13 0.06 0.35 0.45 0.10 0.26 0.16 0.29 0.17 0.12 0.05 0.01 0.24 0.57 0.10 0.11 0.07 0.07 0.24 0.05
C6 0.11 0.06 0.31 0.41 0.14 0.22 0.19 0.25 0.17 0.12 0.07 0.01 0.17 0.50 0.16 0.07 0.11 0.04 0.24 0.03
N1 0.14 0.06 0.33 0.43 0.12 0.26 0.18 0.29 0.18 0.13 0.05 0.02 0.21 0.52 0.11 0.12 0.07 0.07 0.26 0.07
N3 0.09 0.05 0.26 0.34 0.13 0.18 0.16 0.21 0.15 0.10 0.06 0.04 0.13 0.41 0.13 0.06 0.14 0.00 0.22 0.01
O2 0.19 0.06 0.37 0.45 0.08 0.32 0.17 0.34 0.20 0.16 0.02 0.03 0.26 0.52 0.05 0.20 0.01 0.10 0.30 0.13
O2' 0.22 0.12 0.39 0.46 0.15 0.34 0.21 0.36 0.23 0.19 0.10 0.07 0.31 0.55 0.13 0.22 0.10 0.14 0.36 0.19
O3' 0.16 0.13 0.34 0.39 0.17 0.23 0.20 0.24 0.19 0.16 0.14 0.10 0.23 0.47 0.18 0.12 0.01 0.05 0.30 0.10
O4 0.01 0.04 0.18 0.26 0.17 0.08 0.15 0.10 0.10 0.05 0.11 0.02 0.04 0.31 0.24 0.04 0.25 0.07 0.15 0.09
O4' 0.16 0.04 0.37 0.49 0.09 0.32 0.18 0.36 0.19 0.14 0.02 0.03 0.26 0.61 0.07 0.16 0.02 0.12 0.28 0.11
O5' 0.07 0.02 0.28 0.37 0.06 0.18 0.10 0.19 0.10 0.06 0.02 0.01 0.17 0.48 0.07 0.03 0.16 0.02 0.16 0.04
OP1 0.03 0.02 0.24 0.33 0.08 0.12 0.11 0.14 0.09 0.04 0.03 0.02 0.12 0.44 0.11 0.02 0.20 0.06 0.14 0.07
OP2 0.03 0.04 0.24 0.33 0.11 0.11 0.12 0.12 0.09 0.05 0.06 0.00 0.11 0.43 0.15 0.03 0.23 0.07 0.13 0.10
P 0.07 0.04 0.29 0.38 0.09 0.17 0.12 0.19 0.11 0.07 0.04 0.00 0.17 0.49 0.11 0.02 0.18 0.02 0.16 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.15 0.18 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.25 0.15 0.12 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.20 0.22 0.09 0.11
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.21 0.25 0.08 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.36 0.16 0.01 0.18
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.14 0.22 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.02 0.39 0.16 0.01 0.20
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.15 0.22 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02 0.35 0.16 0.08 0.16
N1 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.25 0.15 0.14 0.09
N3 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.30 0.15 0.07 0.13
O2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.20 0.15 0.13 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.15 0.16 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.09 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.26 0.07 0.11
O4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.03 0.39 0.16 0.04 0.22
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.10 0.25 0.03
O5' 0.15 0.25 0.20 0.21 0.36 0.01 0.39 0.00 0.35 0.25 0.30 0.20 0.05 0.14 0.39 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.15 0.15 0.22 0.25 0.16 0.14 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.26 0.16 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.12 0.09 0.08 0.01 0.22 0.01 0.22 0.08 0.14 0.07 0.13 0.16 0.07 0.04 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.11 0.12 0.18 0.01 0.20 0.00 0.16 0.09 0.13 0.07 0.01 0.11 0.22 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00