ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50622

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4 B 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C4 B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N3 B 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2 B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O2 B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
N1 B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C1' B 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C6 B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C2' B 0, 0.000, 0.135, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.135 std_dev=0.135
O2' B 0, 0.000, 0.138, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O4' B 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C3' B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O3' B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C5' B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O3' A 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
O5' A 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O5' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C5' A 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
P A 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
OP2 B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
OP2 A 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
P B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
OP1 B 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02
O4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.07 0.06 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04
C2 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03
C2' 0.10 0.10 0.12 0.11 0.06 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.09 0.13 0.14 0.13 0.04 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08
C3' 0.10 0.11 0.12 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.13 0.12 0.05 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09
C4 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02
C4' 0.05 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.08 0.06 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04
C5 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
C5' 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02
C6 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03
N1 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03
N3 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02
O2 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02
O2' 0.07 0.08 0.10 0.10 0.03 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.05 0.11 0.12 0.12 0.01 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07
O3' 0.12 0.12 0.13 0.13 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.14 0.15 0.13 0.06 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10
O4 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02
O5' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03
OP1 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02
OP2 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02
P 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00