ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50628

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 13, 19, 8, 4, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.015, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.016, 0.025, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.021, 0.033, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.021, 0.034, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.025, 0.039, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.029, 0.047, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.047 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.030, 0.049, 0.068, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.049 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.027, 0.050, 0.072, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.050 std_dev=0.022
O4 B 0, 0.436, 0.632, 0.829, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.632 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.333, 0.533, 0.732, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.533 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.395, 0.598, 0.801, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.598 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.310, 0.523, 0.736, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.523 std_dev=0.213
O2 B 0, 0.371, 0.602, 0.833, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.602 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.320, 0.555, 0.791, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.555 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.472, 0.730, 0.988, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.730 std_dev=0.258
O4' A 0, -0.155, 0.103, 0.361, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.103 std_dev=0.258
C1' B 0, 0.295, 0.554, 0.812, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.554 std_dev=0.258
C6 B 0, 0.436, 0.703, 0.969, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.703 std_dev=0.266
C2' A 0, -0.016, 0.262, 0.539, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.262 std_dev=0.278
O4' B 0, 0.275, 0.557, 0.839, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.557 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.343, 0.630, 0.917, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.630 std_dev=0.287
C4' A 0, -0.183, 0.127, 0.437, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.127 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.334, 0.660, 0.986, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.660 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.274, 0.615, 0.956, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.615 std_dev=0.341
C5' B 0, 0.304, 0.668, 1.033, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.668 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.263, 0.652, 1.042, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.652 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.251, 0.642, 1.033, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.642 std_dev=0.391
P B 0, 0.200, 0.608, 1.017, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.608 std_dev=0.408
C3' A 0, -0.152, 0.257, 0.666, 3.253 max_d=3.253 avg_d=0.257 std_dev=0.409
O2' A 0, 0.037, 0.464, 0.892, 3.525 max_d=3.525 avg_d=0.464 std_dev=0.427
OP1 B 0, 0.200, 0.652, 1.103, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.652 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.185, 0.710, 1.235, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.710 std_dev=0.525
O3' A 0, -0.158, 0.373, 0.903, 4.268 max_d=4.268 avg_d=0.373 std_dev=0.531
OP2 B 0, 0.067, 0.608, 1.150, 3.723 max_d=3.723 avg_d=0.608 std_dev=0.541
C5' A 0, -0.401, 0.256, 0.912, 5.097 max_d=5.097 avg_d=0.256 std_dev=0.657
O5' A 0, -0.562, 0.333, 1.227, 6.942 max_d=6.942 avg_d=0.333 std_dev=0.895
P A 0, -0.871, 0.417, 1.705, 9.938 max_d=9.938 avg_d=0.417 std_dev=1.288
OP1 A 0, -0.914, 0.468, 1.849, 10.665 max_d=10.665 avg_d=0.468 std_dev=1.382
OP2 A 0, -0.981, 0.485, 1.951, 11.313 max_d=11.313 avg_d=0.485 std_dev=1.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.13 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.13 0.54 0.01 0.62 0.82 0.69
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.21 0.04 0.19 0.26 0.22
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.12 0.07 0.07 0.05 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.07 0.27 0.01 0.28 0.38 0.32
C4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.12 0.08 0.18 0.13 0.10 0.03 0.10 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.03 0.16 0.01 0.18 0.25 0.21
C5' 0.02 0.30 0.06 0.01 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.18 0.21 0.40 0.28 0.15 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.06 0.04 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.05 0.25 0.00 0.30 0.41 0.35
C8 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.08 0.16 0.01 0.16 0.17 0.16
N1 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.09 0.10 0.42 0.00 0.50 0.67 0.56
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.18 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.16 0.67 0.01 0.82 1.08 0.90
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.13 0.49 0.01 0.52 0.69 0.60
N7 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.05 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.12 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.07 0.10 0.11 0.05 0.12 0.12 0.10 0.11 0.07 0.14 0.07 0.00 0.04 0.07 0.12 0.14 0.13 0.25 0.15
O3' 0.12 0.08 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.04 0.00 0.07 0.04 0.09 0.11 0.07 0.05
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.10 0.16 0.13 0.05 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04
O5' 0.08 0.54 0.21 0.11 0.27 0.01 0.16 0.01 0.25 0.16 0.42 0.67 0.49 0.10 0.08 0.12 0.04 0.04 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.04 0.20 0.00 0.25 0.34 0.28
OP1 0.07 0.62 0.19 0.12 0.28 0.05 0.18 0.04 0.30 0.16 0.50 0.82 0.52 0.10 0.08 0.13 0.11 0.04 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.82 0.26 0.10 0.38 0.03 0.25 0.08 0.41 0.17 0.67 1.08 0.69 0.11 0.12 0.25 0.07 0.06 0.01 0.34 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.69 0.22 0.11 0.32 0.01 0.21 0.01 0.35 0.16 0.56 0.90 0.60 0.09 0.10 0.15 0.05 0.04 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.15 0.17 0.12 0.12 0.12 0.11 0.36 0.32 0.14
C2 0.13 0.14 0.11 0.15 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.18 0.15 0.09 0.11 0.12 0.14 0.34 0.36 0.15
C2' 0.13 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.16 0.16 0.09 0.14 0.12 0.16 0.29 0.40 0.16
C3' 0.14 0.12 0.13 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.17 0.25 0.16 0.12 0.13 0.11 0.33 0.36 0.14
C4 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.15 0.16 0.09 0.12 0.12 0.11 0.36 0.32 0.14
C4' 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.16 0.20 0.13 0.14 0.12 0.15 0.29 0.41 0.17
C5 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.15 0.16 0.11 0.14 0.13 0.11 0.37 0.30 0.16
C5' 0.13 0.13 0.11 0.12 0.19 0.11 0.21 0.13 0.16 0.12 0.13 0.18 0.21 0.11 0.25 0.13 0.22 0.19 0.54 0.26
C6 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.16 0.15 0.08 0.15 0.12 0.11 0.36 0.30 0.15
C8 0.14 0.11 0.13 0.12 0.10 0.14 0.10 0.12 0.09 0.10 0.08 0.15 0.19 0.17 0.15 0.15 0.12 0.38 0.29 0.17
N1 0.13 0.14 0.11 0.14 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.18 0.16 0.08 0.11 0.12 0.13 0.35 0.34 0.14
N2 0.15 0.17 0.14 0.20 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.19 0.16 0.15 0.14 0.15 0.19 0.32 0.41 0.17
N3 0.11 0.12 0.10 0.12 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.16 0.15 0.07 0.11 0.11 0.13 0.35 0.35 0.14
N7 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.16 0.18 0.17 0.16 0.16 0.13 0.38 0.28 0.18
N9 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.15 0.17 0.12 0.13 0.13 0.11 0.37 0.31 0.15
O2' 0.25 0.24 0.25 0.28 0.19 0.24 0.20 0.25 0.21 0.23 0.21 0.28 0.19 0.18 0.21 0.24 0.29 0.21 0.50 0.26
O3' 0.15 0.12 0.14 0.13 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.17 0.22 0.15 0.14 0.14 0.13 0.33 0.37 0.15
O4' 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.16 0.17 0.12 0.15 0.13 0.14 0.31 0.38 0.17
O5' 0.20 0.23 0.22 0.26 0.39 0.21 0.42 0.28 0.34 0.26 0.29 0.19 0.14 0.12 0.47 0.20 0.41 0.19 0.74 0.44
O6 0.12 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.17 0.16 0.10 0.18 0.13 0.12 0.37 0.29 0.17
OP1 0.28 0.30 0.29 0.37 0.53 0.33 0.58 0.44 0.49 0.36 0.38 0.22 0.16 0.22 0.61 0.30 0.58 0.38 0.97 0.66
OP2 0.35 0.38 0.36 0.44 0.67 0.41 0.72 0.53 0.60 0.45 0.49 0.26 0.19 0.27 0.78 0.38 0.68 0.49 1.08 0.77
P 0.28 0.31 0.30 0.37 0.55 0.32 0.59 0.42 0.49 0.37 0.40 0.23 0.16 0.21 0.65 0.29 0.57 0.35 0.95 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.20 0.07 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.07 0.30 0.18 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.19 0.08 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.10 0.06 0.01 0.00 0.15 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.01 0.11 0.34 0.30 0.13
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.16 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01 0.03 0.12 0.34 0.29 0.13
C5' 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.01 0.04 0.09 0.31 0.20 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.28 0.14 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.09 0.33 0.25 0.12
O2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.16 0.01 0.06 0.07 0.29 0.15 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.09 0.07 0.04 0.06 0.05 0.10 0.11 0.00 0.02 0.09 0.07 0.08 0.15 0.06 0.11
O3' 0.08 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.06 0.12 0.03 0.06 0.16 0.02 0.00 0.12 0.06 0.09 0.24 0.14 0.14
O4 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.00 0.01 0.13 0.35 0.35 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.07 0.06 0.01 0.00 0.03 0.15 0.07 0.07
O5' 0.05 0.07 0.12 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.09 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.30 0.19 0.10 0.34 0.04 0.34 0.05 0.31 0.28 0.33 0.29 0.15 0.24 0.35 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.18 0.08 0.07 0.30 0.06 0.29 0.12 0.20 0.14 0.25 0.15 0.06 0.14 0.35 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.14 0.05 0.13 0.01 0.13 0.01 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00