ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50629

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 11, 13, 7, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.040, 0.097, 0.154, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.097 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.070, 0.140, 0.209, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.140 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.078, 0.163, 0.248, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.163 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.085, 0.183, 0.282, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.183 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.109, 0.212, 0.315, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.212 std_dev=0.103
O4 B 0, 0.163, 0.303, 0.443, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.303 std_dev=0.140
C4 B 0, 0.137, 0.278, 0.419, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.278 std_dev=0.141
O3' A 0, 0.105, 0.249, 0.392, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.249 std_dev=0.143
N3 B 0, 0.138, 0.284, 0.431, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.284 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.121, 0.274, 0.428, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.274 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.150, 0.317, 0.483, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.317 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.164, 0.339, 0.514, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.339 std_dev=0.175
C6 B 0, 0.178, 0.360, 0.543, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.360 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.185, 0.374, 0.563, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.374 std_dev=0.189
O2 B 0, 0.163, 0.375, 0.587, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.375 std_dev=0.212
P B 0, 0.221, 0.435, 0.649, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.435 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.206, 0.422, 0.639, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.422 std_dev=0.217
O5' B 0, 0.251, 0.470, 0.689, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.470 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.068, 0.294, 0.520, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.294 std_dev=0.226
P A 0, 0.180, 0.407, 0.635, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.407 std_dev=0.228
OP2 A 0, 0.231, 0.465, 0.698, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.465 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.200, 0.437, 0.673, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.437 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.180, 0.420, 0.661, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.420 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.211, 0.458, 0.704, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.458 std_dev=0.246
C4' B 0, 0.197, 0.463, 0.729, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.463 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.215, 0.481, 0.747, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.481 std_dev=0.266
O3' B 0, 0.213, 0.483, 0.753, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.483 std_dev=0.270
OP1 B 0, 0.216, 0.489, 0.762, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.489 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.109, 0.430, 0.752, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.430 std_dev=0.322
C5' B 0, 0.138, 0.478, 0.818, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.478 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.241, 0.584, 0.928, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.584 std_dev=0.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.07 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.09 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.09 0.02 0.04 0.05 0.03
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.11 0.01 0.07 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.12 0.01 0.08 0.07 0.07
C8 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.08 0.07 0.07
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.10 0.01 0.05 0.05 0.04
N2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.03 0.07 0.02 0.05 0.05 0.03
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.02
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.11 0.09 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.04 0.05 0.03
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.13 0.09 0.06
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.09 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.05 0.11 0.12 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.02 0.05 0.04 0.04
O5' 0.06 0.08 0.02 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.13 0.09 0.04 0.08 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.13 0.00 0.11 0.08 0.09
OP1 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.02 0.08 0.08 0.05 0.05 0.05 0.11 0.04 0.13 0.11 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05 0.09 0.12 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.09 0.03 0.06 0.05 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.25 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.13 0.11 0.16 0.10
C2 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.13 0.09 0.26 0.08 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.13 0.13 0.17 0.12
C2' 0.12 0.11 0.11 0.14 0.12 0.15 0.13 0.27 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.13 0.18 0.12
C3' 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.23 0.09 0.09 0.08 0.11 0.14 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.16 0.10
C4 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.24 0.09 0.09 0.08 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.10
C4' 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.23 0.10 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.15 0.10
C5 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.22 0.08 0.08 0.08 0.12 0.14 0.11 0.13 0.09 0.11 0.11 0.15 0.09
C5' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.20 0.09 0.09 0.08 0.12 0.16 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.10
C6 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.21 0.06 0.07 0.06 0.13 0.14 0.10 0.13 0.07 0.10 0.11 0.15 0.10
C8 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.13 0.10 0.22 0.10 0.10 0.09 0.12 0.15 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.09
N1 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.24 0.06 0.06 0.07 0.13 0.12 0.10 0.11 0.07 0.11 0.12 0.16 0.11
N2 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.14 0.09 0.29 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.09 0.14 0.15 0.19 0.14
N3 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.26 0.09 0.08 0.08 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.12 0.16 0.11
N7 0.11 0.09 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.20 0.09 0.09 0.09 0.12 0.15 0.12 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.09
N9 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.24 0.10 0.10 0.09 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.15 0.10
O2' 0.15 0.14 0.14 0.17 0.15 0.19 0.16 0.31 0.16 0.15 0.14 0.14 0.13 0.16 0.15 0.17 0.17 0.16 0.20 0.15
O3' 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.25 0.11 0.10 0.09 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11 0.13 0.13 0.18 0.12
O4' 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.13 0.11 0.23 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.15 0.09
O5' 0.16 0.12 0.17 0.12 0.08 0.13 0.09 0.12 0.11 0.13 0.09 0.15 0.25 0.14 0.08 0.15 0.16 0.13 0.09 0.11
O6 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.18 0.06 0.07 0.06 0.15 0.16 0.10 0.15 0.08 0.10 0.11 0.14 0.09
OP1 0.14 0.10 0.14 0.11 0.10 0.13 0.11 0.16 0.11 0.11 0.08 0.11 0.23 0.12 0.11 0.14 0.15 0.13 0.13 0.12
OP2 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.19 0.09 0.09 0.08 0.11 0.14 0.07 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.09
P 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.16 0.09 0.09 0.07 0.10 0.18 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.06 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.02 0.08 0.07 0.06 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07 0.02 0.01 0.09 0.01 0.04 0.09 0.06 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.09 0.07 0.09 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.10 0.08 0.08 0.08
C5' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.21 0.01 0.23 0.00 0.20 0.13 0.16 0.09 0.05 0.04 0.23 0.02 0.01 0.11 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.10 0.08 0.06 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.09 0.08 0.06 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.02 0.09 0.07 0.08 0.06
O2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.03 0.08 0.08 0.07 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.11 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.11 0.11
O4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.10 0.08 0.11 0.08
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.10 0.12 0.08 0.10
O5' 0.08 0.08 0.05 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.04 0.09 0.10 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.15 0.08 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.03 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.11 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.11 0.08 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00