ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50630

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.031, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.014, 0.045, 0.075, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.045 std_dev=0.031
C5 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.019, 0.053, 0.088, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.053 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.020, 0.069, 0.119, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.069 std_dev=0.050
C2 A 0, 0.017, 0.069, 0.120, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.069 std_dev=0.052
N3 A 0, 0.020, 0.074, 0.128, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.074 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.027, 0.083, 0.138, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.083 std_dev=0.055
C1' A 0, 0.023, 0.079, 0.134, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.079 std_dev=0.056
N9 A 0, 0.024, 0.081, 0.138, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.081 std_dev=0.057
O6 A 0, 0.032, 0.110, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.110 std_dev=0.078
N2 A 0, 0.043, 0.155, 0.267, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.155 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.054, 0.193, 0.331, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.193 std_dev=0.139
O2 B 0, 0.123, 0.305, 0.487, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.305 std_dev=0.182
O2' A 0, 0.077, 0.289, 0.502, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.289 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.146, 0.372, 0.598, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.372 std_dev=0.226
O4' A 0, 0.096, 0.327, 0.558, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.327 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.154, 0.390, 0.627, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.390 std_dev=0.237
C1' B 0, 0.156, 0.397, 0.639, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.397 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.162, 0.415, 0.667, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.415 std_dev=0.252
C3' A 0, 0.119, 0.372, 0.624, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.372 std_dev=0.253
C6 B 0, 0.181, 0.482, 0.783, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.482 std_dev=0.301
O3' A 0, 0.145, 0.450, 0.754, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.450 std_dev=0.304
C4' A 0, 0.135, 0.448, 0.760, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.448 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.214, 0.558, 0.903, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.558 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.218, 0.565, 0.913, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.565 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.223, 0.579, 0.936, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.579 std_dev=0.356
C5' B 0, 0.224, 0.602, 0.980, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.602 std_dev=0.378
C2' B 0, 0.235, 0.620, 1.004, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.620 std_dev=0.384
OP2 A 0, 0.243, 0.639, 1.035, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.639 std_dev=0.396
P A 0, 0.252, 0.649, 1.045, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.649 std_dev=0.396
C5 B 0, 0.242, 0.654, 1.066, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.654 std_dev=0.412
P B 0, 0.269, 0.683, 1.098, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.683 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.269, 0.704, 1.139, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.704 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.298, 0.735, 1.171, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.735 std_dev=0.436
O5' A 0, 0.271, 0.708, 1.146, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.708 std_dev=0.437
C4 B 0, 0.277, 0.731, 1.186, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.731 std_dev=0.455
O2' B 0, 0.271, 0.726, 1.181, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.726 std_dev=0.455
O5' B 0, 0.278, 0.735, 1.193, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.735 std_dev=0.457
OP1 A 0, 0.284, 0.755, 1.226, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.755 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.316, 0.838, 1.360, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.838 std_dev=0.522
O4 B 0, 0.351, 0.932, 1.513, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.932 std_dev=0.581
C5' A 0, 0.239, 0.862, 1.484, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.862 std_dev=0.623

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.12 0.09 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.17 0.05
C2 0.09 0.00 0.03 0.08 0.01 0.19 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.17 0.26 0.01 0.16 0.18 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.20 0.11 0.09
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.01 0.01 0.02 0.19 0.08 0.27 0.09 0.15
C4 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.27 0.01 0.17 0.12 0.12
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.13 0.04 0.18 0.23 0.16 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.14 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.06 0.25 0.02 0.15 0.14 0.11
C5' 0.03 0.31 0.02 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.28 0.12 0.32 0.36 0.25 0.19 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.29 0.18 0.32 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.07 0.10 0.25 0.00 0.14 0.17 0.12
C8 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.03 0.12 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.21 0.06 0.17 0.13 0.10
N1 0.05 0.00 0.02 0.09 0.01 0.18 0.01 0.32 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.25 0.01 0.15 0.19 0.14
N2 0.12 0.01 0.05 0.10 0.02 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.10 0.22 0.25 0.01 0.19 0.22 0.19
N3 0.09 0.01 0.03 0.07 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.16 0.27 0.01 0.17 0.13 0.14
N7 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.19 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.03 0.22 0.06 0.14 0.14 0.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.23 0.03 0.19 0.12 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.08 0.11 0.02 0.10 0.06 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.13 0.10 0.20 0.08
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.03 0.00 0.01 0.15 0.07 0.27 0.10 0.15
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.02 0.10 0.01 0.15 0.22 0.16 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.14 0.23 0.05
O5' 0.12 0.26 0.12 0.19 0.27 0.02 0.25 0.01 0.25 0.21 0.25 0.25 0.27 0.22 0.23 0.09 0.15 0.11 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.12 0.02 0.29 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.13 0.07 0.08 0.25 0.00 0.13 0.19 0.11
OP1 0.16 0.16 0.20 0.27 0.17 0.14 0.15 0.18 0.14 0.17 0.15 0.19 0.17 0.14 0.19 0.10 0.27 0.14 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.18 0.11 0.09 0.12 0.24 0.14 0.32 0.17 0.13 0.19 0.22 0.13 0.14 0.12 0.20 0.10 0.23 0.02 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.09 0.15 0.12 0.03 0.11 0.02 0.12 0.10 0.14 0.19 0.14 0.09 0.11 0.08 0.15 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.09 0.05 0.04 0.11 0.15 0.10 0.05 0.06 0.16 0.10
C2 0.07 0.06 0.03 0.05 0.14 0.06 0.14 0.08 0.12 0.08 0.09 0.04 0.09 0.08 0.17 0.10 0.08 0.09 0.18 0.11
C2' 0.14 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.09 0.05 0.12 0.15 0.15 0.09 0.11 0.21 0.15
C3' 0.04 0.08 0.08 0.08 0.10 0.05 0.08 0.04 0.07 0.06 0.10 0.09 0.14 0.12 0.13 0.04 0.10 0.06 0.07 0.03
C4 0.07 0.06 0.04 0.06 0.13 0.05 0.13 0.06 0.10 0.07 0.10 0.02 0.08 0.09 0.16 0.08 0.05 0.06 0.17 0.10
C4' 0.08 0.11 0.11 0.11 0.14 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.13 0.12 0.15 0.15 0.17 0.08 0.14 0.10 0.06 0.08
C5 0.07 0.07 0.05 0.07 0.13 0.06 0.12 0.06 0.10 0.07 0.11 0.03 0.08 0.10 0.15 0.08 0.05 0.06 0.18 0.11
C5' 0.28 0.30 0.29 0.28 0.32 0.28 0.31 0.28 0.30 0.30 0.32 0.31 0.33 0.29 0.33 0.28 0.33 0.29 0.22 0.28
C6 0.06 0.06 0.03 0.05 0.12 0.05 0.12 0.06 0.09 0.07 0.10 0.03 0.08 0.08 0.14 0.08 0.05 0.06 0.17 0.10
C8 0.12 0.11 0.11 0.13 0.16 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.14 0.08 0.07 0.14 0.18 0.12 0.10 0.10 0.22 0.16
N1 0.07 0.06 0.03 0.05 0.13 0.06 0.13 0.07 0.11 0.08 0.10 0.04 0.08 0.07 0.16 0.10 0.07 0.09 0.17 0.11
N2 0.09 0.07 0.05 0.06 0.15 0.09 0.16 0.11 0.14 0.10 0.09 0.05 0.09 0.08 0.17 0.13 0.10 0.13 0.20 0.14
N3 0.07 0.06 0.02 0.04 0.13 0.05 0.13 0.06 0.11 0.08 0.10 0.03 0.08 0.08 0.16 0.09 0.06 0.08 0.17 0.11
N7 0.11 0.11 0.11 0.13 0.15 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10 0.14 0.08 0.07 0.14 0.17 0.11 0.09 0.09 0.22 0.15
N9 0.09 0.08 0.07 0.09 0.14 0.08 0.14 0.08 0.11 0.09 0.12 0.05 0.07 0.11 0.17 0.10 0.06 0.08 0.19 0.12
O2' 0.23 0.18 0.21 0.21 0.17 0.22 0.18 0.22 0.19 0.19 0.17 0.18 0.16 0.20 0.17 0.24 0.17 0.17 0.26 0.22
O3' 0.03 0.08 0.07 0.07 0.11 0.04 0.08 0.03 0.06 0.06 0.10 0.09 0.11 0.11 0.13 0.03 0.09 0.06 0.08 0.03
O4' 0.04 0.06 0.07 0.08 0.11 0.04 0.10 0.04 0.08 0.06 0.09 0.06 0.12 0.12 0.15 0.04 0.09 0.05 0.06 0.03
O5' 0.28 0.25 0.27 0.29 0.21 0.28 0.23 0.28 0.25 0.25 0.23 0.25 0.20 0.29 0.19 0.28 0.26 0.29 0.37 0.31
O6 0.06 0.06 0.04 0.06 0.10 0.04 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.03 0.07 0.08 0.11 0.07 0.04 0.04 0.16 0.09
OP1 0.13 0.09 0.14 0.15 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.11 0.12 0.17 0.11 0.11 0.13 0.12 0.16 0.13
OP2 0.16 0.18 0.20 0.18 0.17 0.16 0.15 0.14 0.15 0.16 0.18 0.19 0.24 0.21 0.18 0.14 0.19 0.14 0.14 0.14
P 0.12 0.09 0.13 0.14 0.06 0.12 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.11 0.17 0.07 0.11 0.12 0.12 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.07 0.06 0.14 0.09
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.09 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.10 0.11 0.18 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.10 0.09 0.16 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.08 0.05 0.14 0.08
N1 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.05 0.13 0.08
N3 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.01 0.03 0.09 0.09 0.17 0.10
O2 0.06 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.09 0.03 0.06 0.06 0.05 0.14 0.09
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.11 0.09 0.08
O4 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.00 0.03 0.11 0.13 0.19 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.04
O5' 0.05 0.07 0.02 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.10 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.11 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.06 0.07 0.18 0.05 0.16 0.02 0.14 0.13 0.17 0.14 0.07 0.09 0.19 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.03 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00