ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50631

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.006, 0.040, 0.073, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.040 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.008, 0.042, 0.076, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.014, 0.053, 0.093, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.053 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.010, 0.052, 0.094, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.052 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.145, 0.364, 0.582, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.364 std_dev=0.219
C2' A 0, 0.146, 0.400, 0.654, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.400 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.169, 0.500, 0.830, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.500 std_dev=0.331
C4' A 0, 0.209, 0.552, 0.894, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.552 std_dev=0.342
C2' B 0, 0.249, 0.600, 0.951, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.600 std_dev=0.351
C3' A 0, 0.231, 0.618, 1.004, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.618 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.286, 0.812, 1.339, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.812 std_dev=0.527
C1' B 0, 0.279, 0.833, 1.387, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.833 std_dev=0.554
C5' A 0, 0.369, 0.936, 1.503, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.936 std_dev=0.567
O5' A 0, 0.406, 0.978, 1.550, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.978 std_dev=0.572
O3' A 0, 0.315, 0.889, 1.463, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.889 std_dev=0.574
P A 0, 0.402, 1.053, 1.704, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.053 std_dev=0.651
OP2 A 0, 0.481, 1.144, 1.808, 1.585 max_d=1.585 avg_d=1.144 std_dev=0.663
C6 B 0, 0.386, 1.098, 1.810, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.098 std_dev=0.712
O4' B 0, 0.513, 1.353, 2.193, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.353 std_dev=0.840
O2' B 0, 0.260, 1.104, 1.948, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.104 std_dev=0.844
C2 B 0, 0.257, 1.139, 2.020, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.139 std_dev=0.882
C5 B 0, 0.523, 1.565, 2.608, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.565 std_dev=1.042
N3 B 0, 0.349, 1.432, 2.515, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.432 std_dev=1.083
C4 B 0, 0.529, 1.672, 2.814, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.672 std_dev=1.143
O2 B 0, 0.302, 1.466, 2.629, 3.154 max_d=3.154 avg_d=1.466 std_dev=1.163
C4' B 0, 0.506, 1.915, 3.324, 3.351 max_d=3.351 avg_d=1.915 std_dev=1.409
C3' B 0, 0.333, 1.789, 3.245, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.789 std_dev=1.456
O4 B 0, 0.602, 2.104, 3.606, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.104 std_dev=1.502
O5' B 0, 0.974, 2.528, 4.082, 3.932 max_d=3.932 avg_d=2.528 std_dev=1.554
C5' B 0, 0.661, 2.215, 3.769, 3.677 max_d=3.677 avg_d=2.215 std_dev=1.554
OP1 B 0, 0.940, 2.540, 4.139, 4.200 max_d=4.200 avg_d=2.540 std_dev=1.599
P B 0, 0.644, 2.249, 3.855, 3.908 max_d=3.908 avg_d=2.249 std_dev=1.606
OP1 A 0, 0.602, 2.366, 4.131, 4.263 max_d=4.263 avg_d=2.366 std_dev=1.764
OP2 B 0, 0.326, 2.177, 4.027, 4.303 max_d=4.303 avg_d=2.177 std_dev=1.850
O3' B 0, 0.160, 2.710, 5.260, 5.453 max_d=5.453 avg_d=2.710 std_dev=2.550

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.64 0.85 0.39
C2 0.04 0.00 0.26 0.29 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.37 0.05 0.05 0.01 0.86 0.95 0.43
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.14 0.19 0.32 0.26 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.59 0.45 0.23
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.11 0.00 0.04 0.02 0.09 0.24 0.22 0.38 0.27 0.17 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.57 0.16 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.03 0.02 0.90 0.96 0.45
C4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.13 0.08 0.17 0.12 0.10 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.39 0.24 0.13
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 1.01 0.98 0.46
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.19 0.08 0.16 0.10 0.18 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.10 0.42 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04 0.03 0.01 1.01 0.97 0.45
C8 0.01 0.02 0.14 0.24 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.26 0.01 0.06 0.02 1.03 0.99 0.48
N1 0.04 0.00 0.19 0.22 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.28 0.05 0.03 0.01 0.95 0.97 0.44
N2 0.05 0.01 0.32 0.38 0.02 0.17 0.02 0.16 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.30 0.49 0.06 0.07 0.02 0.81 0.93 0.42
N3 0.03 0.01 0.26 0.27 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.33 0.04 0.05 0.02 0.82 0.93 0.43
N7 0.01 0.02 0.09 0.17 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.02 0.07 0.01 1.09 0.98 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.87 0.95 0.45
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.10 0.04 0.06 0.04 0.11 0.09 0.19 0.30 0.22 0.06 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.09 0.34 0.42 0.16
O3' 0.02 0.37 0.02 0.01 0.13 0.02 0.05 0.03 0.12 0.26 0.28 0.49 0.33 0.19 0.06 0.04 0.00 0.02 0.06 0.07 0.38 0.36 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.54 0.82 0.38
O5' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.06 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.07 0.05 0.05 0.00 1.04 0.96 0.43
OP1 0.64 0.86 0.59 0.57 0.90 0.39 1.01 0.42 1.01 1.03 0.95 0.81 0.82 1.09 0.87 0.34 0.38 0.54 0.02 1.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.85 0.95 0.45 0.16 0.96 0.24 0.98 0.21 0.97 0.99 0.97 0.93 0.93 0.98 0.95 0.42 0.36 0.82 0.01 0.96 0.01 0.00 0.00
P 0.39 0.43 0.23 0.09 0.45 0.13 0.46 0.01 0.45 0.48 0.44 0.42 0.43 0.47 0.45 0.16 0.08 0.38 0.00 0.43 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 0.31 0.48 0.70 0.73 1.16 0.59 0.94 0.28 0.36 0.33 0.72 0.73 1.34 1.15 1.25 1.32 1.29 1.22 1.01
C2 0.74 0.51 0.40 0.30 0.66 0.70 0.52 0.46 0.20 0.41 0.24 1.01 0.80 0.76 1.13 0.98 0.97 1.00 1.08 0.73
C2' 0.98 0.61 0.63 0.75 0.40 1.24 0.34 1.03 0.29 0.60 0.22 1.01 0.93 1.32 0.79 1.40 1.45 1.38 1.35 1.13
C3' 0.87 0.51 0.52 0.68 0.43 1.15 0.35 0.96 0.27 0.52 0.21 0.86 0.83 1.28 0.78 1.30 1.36 1.37 1.31 1.08
C4 0.78 0.31 0.44 0.57 0.74 1.01 0.54 0.77 0.21 0.35 0.36 0.74 0.77 1.18 1.18 1.17 1.18 1.26 1.17 0.93
C4' 0.68 0.27 0.38 0.64 0.68 1.09 0.57 0.89 0.28 0.31 0.34 0.60 0.63 1.32 1.06 1.15 1.27 1.28 1.21 0.99
C5 0.76 0.20 0.40 0.59 0.76 1.00 0.51 0.77 0.16 0.30 0.47 0.56 0.76 1.23 1.18 1.14 1.13 1.36 1.14 0.96
C5' 0.53 0.20 0.22 0.55 0.78 0.97 0.64 0.79 0.32 0.20 0.49 0.42 0.46 1.27 1.13 0.99 1.15 1.24 1.16 0.92
C6 0.72 0.21 0.35 0.44 0.74 0.81 0.48 0.58 0.13 0.29 0.48 0.58 0.79 1.03 1.13 1.01 0.98 1.29 1.07 0.86
C8 0.77 0.17 0.43 0.77 0.78 1.20 0.54 0.98 0.19 0.29 0.50 0.47 0.72 1.48 1.20 1.25 1.29 1.48 1.22 1.08
N1 0.72 0.40 0.36 0.27 0.70 0.65 0.49 0.42 0.14 0.36 0.35 0.88 0.81 0.76 1.13 0.92 0.90 1.09 1.05 0.74
N2 0.69 0.65 0.39 0.18 0.55 0.52 0.51 0.28 0.22 0.45 0.32 1.13 0.79 0.51 1.03 0.84 0.86 0.78 1.04 0.59
N3 0.77 0.45 0.44 0.44 0.68 0.88 0.55 0.64 0.23 0.40 0.25 0.93 0.79 0.97 1.14 1.09 1.11 1.08 1.14 0.82
N7 0.75 0.13 0.40 0.73 0.78 1.13 0.51 0.91 0.16 0.26 0.54 0.38 0.72 1.44 1.18 1.19 1.21 1.50 1.18 1.06
N9 0.78 0.26 0.45 0.69 0.75 1.13 0.56 0.91 0.23 0.34 0.40 0.65 0.74 1.34 1.18 1.23 1.27 1.34 1.21 1.01
O2' 1.04 0.71 0.72 0.83 0.36 1.33 0.34 1.13 0.35 0.67 0.29 1.12 0.98 1.37 0.72 1.48 1.55 1.37 1.40 1.18
O3' 0.95 0.64 0.59 0.71 0.30 1.20 0.27 1.01 0.33 0.62 0.29 0.99 0.90 1.27 0.60 1.36 1.43 1.40 1.38 1.14
O4' 0.61 0.16 0.34 0.64 0.86 1.07 0.73 0.86 0.37 0.23 0.50 0.48 0.57 1.34 1.26 1.10 1.21 1.23 1.14 0.93
O5' 0.45 0.20 0.19 0.60 0.90 1.00 0.77 0.81 0.42 0.16 0.60 0.34 0.38 1.38 1.26 0.95 1.14 1.23 1.12 0.90
O6 0.66 0.19 0.29 0.41 0.71 0.72 0.44 0.51 0.11 0.21 0.56 0.43 0.77 1.01 1.05 0.90 0.87 1.34 1.01 0.85
OP1 1.09 0.57 0.91 1.40 0.26 1.64 0.24 1.42 0.43 0.66 0.27 0.89 1.11 2.25 0.59 1.51 1.74 1.98 1.69 1.57
OP2 1.66 1.05 1.40 1.96 0.48 2.38 0.55 2.22 0.89 1.18 0.66 1.34 1.50 2.74 0.57 2.25 2.46 2.60 2.25 2.23
P 0.84 0.37 0.60 1.11 0.59 1.46 0.43 1.29 0.27 0.42 0.41 0.64 0.75 1.91 0.94 1.36 1.57 1.74 1.48 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.30 0.01 0.01 0.60 1.13 0.96 0.76
C2 0.03 0.00 0.20 0.35 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.15 0.01 0.18 0.75 1.05 1.11 0.78
C2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.09 0.01 0.28 0.23 0.34 0.06 0.12 0.41 0.01 0.08 0.08 0.02 0.63 1.58 1.03 1.02
C3' 0.01 0.35 0.02 0.00 0.42 0.00 0.39 0.02 0.33 0.25 0.42 0.36 0.05 0.01 0.45 0.00 0.08 0.98 0.14 0.32
C4 0.01 0.01 0.09 0.42 0.00 0.23 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.27 0.00 0.10 0.72 0.90 1.34 0.75
C4' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.23 0.00 0.33 0.01 0.33 0.14 0.12 0.13 0.31 0.03 0.22 0.01 0.02 0.52 0.20 0.13
C5 0.01 0.01 0.28 0.39 0.00 0.33 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01 0.58 0.30 0.00 0.26 0.70 0.93 1.51 0.81
C5' 0.07 0.09 0.23 0.02 0.27 0.01 0.41 0.00 0.38 0.14 0.14 0.16 0.06 0.19 0.27 0.02 0.01 0.28 0.21 0.04
C6 0.01 0.00 0.34 0.33 0.01 0.33 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.00 0.55 0.23 0.01 0.31 0.71 1.06 1.43 0.87
N1 0.01 0.00 0.06 0.25 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.03 0.01 0.05 0.72 1.10 1.17 0.81
N3 0.02 0.00 0.12 0.42 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.21 0.01 0.11 0.75 0.97 1.19 0.76
O2 0.05 0.00 0.41 0.36 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.27 0.01 0.35 0.74 1.07 0.99 0.76
O2' 0.02 0.10 0.01 0.05 0.43 0.31 0.58 0.06 0.55 0.27 0.23 0.19 0.00 0.15 0.43 0.25 0.33 1.48 1.01 0.88
O3' 0.30 0.15 0.08 0.01 0.27 0.03 0.30 0.19 0.23 0.03 0.21 0.27 0.15 0.00 0.34 0.24 0.53 0.51 0.58 0.32
O4 0.01 0.01 0.08 0.45 0.00 0.22 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.34 0.00 0.09 0.72 0.81 1.34 0.71
O4' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.10 0.01 0.26 0.02 0.31 0.05 0.11 0.35 0.25 0.24 0.09 0.00 0.40 0.65 0.61 0.40
O5' 0.60 0.75 0.63 0.08 0.72 0.02 0.70 0.01 0.71 0.72 0.75 0.74 0.33 0.53 0.72 0.40 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 1.13 1.05 1.58 0.98 0.90 0.52 0.93 0.28 1.06 1.10 0.97 1.07 1.48 0.51 0.81 0.65 0.00 0.00 0.06 0.01
OP2 0.96 1.11 1.03 0.14 1.34 0.20 1.51 0.21 1.43 1.17 1.19 0.99 1.01 0.58 1.34 0.61 0.02 0.06 0.00 0.01
P 0.76 0.78 1.02 0.32 0.75 0.13 0.81 0.04 0.87 0.81 0.76 0.76 0.88 0.32 0.71 0.40 0.00 0.01 0.01 0.00