ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50635

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
O2' A 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C2' A 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
O4' A 0, 0.000, 0.400, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.400 std_dev=0.399
N3 B 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C4 B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
O2 B 0, 0.000, 0.527, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C2 B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C4' A 0, 0.000, 0.652, 1.305, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.652 std_dev=0.652
C3' A 0, 0.000, 0.665, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.665 std_dev=0.665
C5 B 0, 0.000, 0.693, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.693 std_dev=0.693
OP2 B 0, 0.000, 0.787, 1.575, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.787 std_dev=0.787
N1 B 0, 0.000, 0.788, 1.576, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.788 std_dev=0.788
C6 B 0, 0.000, 0.868, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.868 std_dev=0.868
O3' A 0, 0.000, 0.907, 1.814, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.907 std_dev=0.907
O5' B 0, 0.000, 0.922, 1.844, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.922 std_dev=0.922
C1' B 0, 0.000, 0.940, 1.881, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.940 std_dev=0.940
C2' B 0, 0.000, 0.976, 1.952, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.976 std_dev=0.976
P B 0, 0.000, 0.989, 1.978, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.989 std_dev=0.989
O4' B 0, 0.000, 1.032, 2.063, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.032 std_dev=1.032
C3' B 0, 0.000, 1.077, 2.154, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.077 std_dev=1.077
O2' B 0, 0.000, 1.097, 2.194, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.097 std_dev=1.097
C4' B 0, 0.000, 1.136, 2.271, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.136 std_dev=1.136
C5' A 0, 0.000, 1.142, 2.284, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.142 std_dev=1.142
C5' B 0, 0.000, 1.157, 2.313, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.157 std_dev=1.157
O5' A 0, 0.000, 1.256, 2.512, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.256 std_dev=1.256
O3' B 0, 0.000, 1.290, 2.580, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.290 std_dev=1.290
OP1 B 0, 0.000, 1.523, 3.045, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.523 std_dev=1.523
OP2 A 0, 0.000, 1.639, 3.278, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.639 std_dev=1.639
P A 0, 0.000, 1.660, 3.320, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.660 std_dev=1.660
OP1 A 0, 0.000, 2.106, 4.211, 4.211 max_d=4.211 avg_d=2.106 std_dev=2.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.18 0.23 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.28 0.08 0.19 0.00 0.21 0.36 0.21
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.07 0.14 0.22 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.18 0.02 0.22 0.25 0.21 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.03 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.10 0.16 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.19 0.00 0.20 0.33 0.22
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.31 0.43 0.32
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.18 0.12 0.04 0.05 0.20 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.04 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.18 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.03 0.27 0.00 0.35 0.48 0.34
C8 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.22 0.01 0.27 0.34 0.30
N1 0.01 0.00 0.14 0.22 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.27 0.05 0.24 0.00 0.29 0.43 0.28
N2 0.01 0.00 0.22 0.25 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.32 0.10 0.17 0.00 0.17 0.34 0.18
N3 0.01 0.00 0.18 0.21 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.24 0.07 0.15 0.00 0.15 0.29 0.17
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.27 0.01 0.36 0.46 0.37
N9 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.15 0.01 0.16 0.25 0.19
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03
O3' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.18 0.01 0.16 0.02 0.21 0.01 0.27 0.32 0.24 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.10 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01
O5' 0.04 0.19 0.02 0.01 0.19 0.00 0.25 0.00 0.27 0.22 0.24 0.17 0.15 0.27 0.15 0.03 0.01 0.02 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.29 0.00 0.41 0.53 0.39
OP1 0.02 0.21 0.02 0.03 0.20 0.04 0.31 0.04 0.35 0.27 0.29 0.17 0.15 0.36 0.16 0.02 0.07 0.03 0.01 0.41 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.36 0.04 0.01 0.33 0.01 0.43 0.00 0.48 0.34 0.43 0.34 0.29 0.46 0.25 0.05 0.04 0.03 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.21 0.02 0.00 0.22 0.00 0.32 0.01 0.34 0.30 0.28 0.18 0.17 0.37 0.19 0.03 0.03 0.01 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.04 0.08 0.07 0.02 0.02 0.09 0.07 0.01 0.09 0.07 0.11 0.19 0.07
C2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.05 0.04 0.13 0.11 0.12
C2' 0.07 0.14 0.11 0.15 0.12 0.06 0.04 0.05 0.03 0.08 0.17 0.18 0.07 0.19 0.16 0.03 0.16 0.08 0.27 0.01
C3' 0.21 0.25 0.21 0.26 0.24 0.21 0.18 0.21 0.17 0.21 0.27 0.28 0.18 0.29 0.26 0.19 0.31 0.07 0.41 0.15
C4 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.03 0.03 0.09 0.10 0.19 0.06
C4' 0.02 0.03 0.01 0.08 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.11 0.06 0.03 0.17 0.00 0.30 0.05
C5 0.04 0.07 0.05 0.10 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.08 0.08 0.03 0.14 0.08 0.03 0.13 0.06 0.23 0.02
C5' 0.12 0.10 0.09 0.17 0.12 0.16 0.13 0.20 0.13 0.11 0.10 0.09 0.05 0.19 0.13 0.14 0.29 0.14 0.41 0.18
C6 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.11 0.12 0.06 0.15 0.11 0.06 0.14 0.06 0.21 0.02
C8 0.02 0.04 0.04 0.10 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.15 0.06 0.01 0.14 0.05 0.25 0.00
N1 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.09 0.02 0.10 0.07 0.02 0.08 0.11 0.14 0.08
N2 0.06 0.04 0.06 0.03 0.09 0.08 0.12 0.08 0.11 0.07 0.04 0.00 0.09 0.01 0.09 0.08 0.01 0.16 0.05 0.16
N3 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.07 0.05 0.02 0.07 0.04 0.13 0.13 0.11
N7 0.06 0.08 0.07 0.13 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.09 0.05 0.17 0.09 0.04 0.16 0.03 0.27 0.02
N9 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.02 0.04 0.10 0.09 0.21 0.05
O2' 0.13 0.05 0.08 0.03 0.06 0.13 0.15 0.13 0.17 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.01 0.17 0.01 0.23 0.12 0.16
O3' 0.27 0.33 0.27 0.31 0.30 0.26 0.23 0.26 0.22 0.27 0.35 0.36 0.25 0.33 0.33 0.25 0.36 0.09 0.45 0.19
O4' 0.10 0.09 0.09 0.02 0.08 0.07 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.09 0.14 0.02 0.07 0.09 0.06 0.09 0.18 0.06
O5' 0.30 0.28 0.27 0.34 0.29 0.34 0.30 0.37 0.30 0.30 0.28 0.27 0.24 0.36 0.29 0.33 0.45 0.29 0.56 0.34
O6 0.14 0.16 0.13 0.16 0.15 0.12 0.13 0.11 0.13 0.14 0.16 0.16 0.12 0.20 0.16 0.12 0.18 0.03 0.25 0.02
OP1 0.42 0.36 0.37 0.46 0.38 0.49 0.43 0.55 0.44 0.41 0.35 0.33 0.33 0.47 0.36 0.49 0.63 0.50 0.75 0.55
OP2 0.62 0.56 0.58 0.66 0.57 0.67 0.62 0.72 0.63 0.61 0.55 0.54 0.56 0.68 0.54 0.67 0.78 0.64 0.88 0.69
P 0.40 0.35 0.36 0.44 0.37 0.46 0.41 0.51 0.42 0.39 0.34 0.32 0.32 0.46 0.35 0.45 0.58 0.45 0.70 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.05 0.15 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.03 0.23 0.01
C5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.02 0.13 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.12 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05 0.13 0.04 0.04
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.03 0.11 0.03 0.03 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.22 0.01 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.06 0.14 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.10 0.00
O5' 0.06 0.05 0.01 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.16 0.09 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.06 0.11 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.13 0.22 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.01 0.00 0.15 0.02 0.23 0.02 0.22 0.13 0.09 0.04 0.04 0.01 0.14 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00