ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50636

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 11, 16, 10, 27, 21, 18, 9, 5, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.013, 0.030, 0.048, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.020, 0.041, 0.061, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.004, 0.022, 0.049, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.022 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.010, 0.043, 0.077, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.026, 0.060, 0.094, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.060 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N2 A 0, 0.009, 0.054, 0.098, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.054 std_dev=0.044
C2 B 0, 0.342, 0.546, 0.750, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.546 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.393, 0.630, 0.867, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.630 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.425, 0.675, 0.925, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.675 std_dev=0.250
O2 B 0, 0.290, 0.550, 0.810, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.550 std_dev=0.260
C4 B 0, 0.516, 0.783, 1.050, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.783 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.489, 0.772, 1.054, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.772 std_dev=0.283
C5 B 0, 0.483, 0.802, 1.121, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.802 std_dev=0.319
N4 B 0, 0.634, 1.002, 1.370, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.002 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.459, 0.863, 1.267, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.863 std_dev=0.404
O4' B 0, 0.546, 0.990, 1.433, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.990 std_dev=0.444
C2' B 0, 0.584, 1.118, 1.652, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.118 std_dev=0.534
C3' B 0, 0.465, 1.045, 1.625, 4.386 max_d=4.386 avg_d=1.045 std_dev=0.580
C4' B 0, 0.392, 0.990, 1.588, 4.227 max_d=4.227 avg_d=0.990 std_dev=0.598
C5' B 0, 0.456, 1.177, 1.898, 4.886 max_d=4.886 avg_d=1.177 std_dev=0.721
P B 0, 1.365, 2.107, 2.849, 5.527 max_d=5.527 avg_d=2.107 std_dev=0.742
O5' B 0, 0.910, 1.669, 2.429, 4.892 max_d=4.892 avg_d=1.669 std_dev=0.759
O3' B 0, 0.504, 1.299, 2.095, 4.536 max_d=4.536 avg_d=1.299 std_dev=0.795
O4' A 0, 0.088, 0.910, 1.731, 2.667 max_d=2.667 avg_d=0.910 std_dev=0.821
C2' A 0, 0.142, 1.011, 1.879, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.011 std_dev=0.869
OP1 B 0, 1.296, 2.291, 3.286, 6.013 max_d=6.013 avg_d=2.291 std_dev=0.995
OP2 B 0, 1.466, 2.492, 3.518, 5.908 max_d=5.908 avg_d=2.492 std_dev=1.026
O2' B 0, 0.542, 1.590, 2.639, 4.363 max_d=4.363 avg_d=1.590 std_dev=1.048
C4' A 0, 0.387, 1.461, 2.534, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.461 std_dev=1.073
O2' A 0, 0.298, 1.483, 2.669, 4.112 max_d=4.112 avg_d=1.483 std_dev=1.186
C3' A 0, 0.480, 1.707, 2.934, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.707 std_dev=1.227
O3' A 0, 0.906, 2.496, 4.087, 5.732 max_d=5.732 avg_d=2.496 std_dev=1.591
C5' A 0, 0.147, 2.181, 4.216, 6.511 max_d=6.511 avg_d=2.181 std_dev=2.035
O5' A 0, -0.208, 2.271, 4.750, 7.473 max_d=7.473 avg_d=2.271 std_dev=2.479
P A 0, -0.657, 2.781, 6.218, 10.228 max_d=10.228 avg_d=2.781 std_dev=3.437
OP2 A 0, 0.270, 3.796, 7.323, 11.339 max_d=11.339 avg_d=3.796 std_dev=3.526
OP1 A 0, -1.090, 2.947, 6.985, 11.710 max_d=11.710 avg_d=2.947 std_dev=4.038

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.38 0.01 0.18 0.03 0.45 0.29 0.15
C2 0.04 0.00 0.37 0.65 0.02 0.64 0.01 1.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.27 0.51 0.46 1.37 0.02 1.32 1.73 1.49
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.22 0.17 0.19 0.28 0.45 0.36 0.13 0.05 0.01 0.05 0.03 0.55 0.15 0.84 0.43 0.54
C3' 0.02 0.65 0.01 0.00 0.38 0.01 0.38 0.02 0.44 0.46 0.55 0.80 0.61 0.45 0.25 0.04 0.01 0.03 0.32 0.46 0.26 0.37 0.22
C4 0.01 0.02 0.19 0.38 0.00 0.28 0.01 0.46 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.22 0.24 0.52 0.02 0.56 0.69 0.54
C4' 0.01 0.64 0.02 0.01 0.28 0.00 0.16 0.01 0.26 0.39 0.47 0.82 0.61 0.29 0.11 0.33 0.04 0.01 0.02 0.21 0.28 0.27 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.38 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.15 0.12 0.31 0.03 0.58 0.67 0.33
C5' 0.08 1.12 0.22 0.02 0.46 0.01 0.26 0.00 0.45 0.60 0.84 1.46 1.02 0.45 0.14 0.13 0.25 0.02 0.01 0.36 0.39 0.41 0.02
C6 0.02 0.03 0.17 0.44 0.01 0.26 0.01 0.45 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.35 0.20 0.20 0.55 0.01 0.57 0.92 0.59
C8 0.01 0.02 0.19 0.46 0.01 0.39 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.36 0.32 0.24 0.81 0.03 1.22 1.11 0.88
N1 0.04 0.01 0.28 0.55 0.03 0.47 0.01 0.84 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.35 0.36 1.04 0.01 0.96 1.44 1.15
N2 0.04 0.01 0.45 0.80 0.02 0.82 0.02 1.46 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.69 0.55 1.80 0.02 1.87 2.32 2.01
N3 0.04 0.01 0.36 0.61 0.01 0.61 0.02 1.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.49 0.46 1.20 0.03 1.12 1.37 1.25
N7 0.01 0.02 0.13 0.45 0.01 0.29 0.01 0.45 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.29 0.14 0.62 0.05 1.11 1.05 0.74
N9 0.01 0.03 0.05 0.25 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.18 0.04 0.21 0.02 0.59 0.45 0.21
O2' 0.03 0.27 0.01 0.04 0.25 0.33 0.34 0.13 0.35 0.36 0.30 0.30 0.24 0.40 0.23 0.00 0.08 0.22 0.43 0.38 0.78 0.41 0.47
O3' 0.38 0.51 0.05 0.01 0.22 0.04 0.15 0.25 0.20 0.32 0.35 0.69 0.49 0.29 0.18 0.08 0.00 0.25 0.35 0.22 0.50 0.47 0.33
O4' 0.01 0.46 0.03 0.03 0.24 0.01 0.12 0.02 0.20 0.24 0.36 0.55 0.46 0.14 0.04 0.22 0.25 0.00 0.13 0.15 0.17 0.26 0.18
O5' 0.18 1.37 0.55 0.32 0.52 0.02 0.31 0.01 0.55 0.81 1.04 1.80 1.20 0.62 0.21 0.43 0.35 0.13 0.00 0.45 0.04 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.46 0.02 0.21 0.03 0.36 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.38 0.22 0.15 0.45 0.00 0.58 0.91 0.49
OP1 0.45 1.32 0.84 0.26 0.56 0.28 0.58 0.39 0.57 1.22 0.96 1.87 1.12 1.11 0.59 0.78 0.50 0.17 0.04 0.58 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 1.73 0.43 0.37 0.69 0.27 0.67 0.41 0.92 1.11 1.44 2.32 1.37 1.05 0.45 0.41 0.47 0.26 0.03 0.91 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.49 0.54 0.22 0.54 0.11 0.33 0.02 0.59 0.88 1.15 2.01 1.25 0.74 0.21 0.47 0.33 0.18 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.15 0.37 0.33 0.28 0.29 0.24 0.39 0.16 0.16 0.19 0.41 0.22 0.65 0.61 0.28 0.37 0.59 0.59 0.32
C2 0.22 0.14 0.29 0.26 0.27 0.23 0.22 0.37 0.14 0.14 0.20 0.38 0.23 0.57 0.46 0.24 0.40 0.60 0.56 0.31
C2' 0.31 0.41 0.38 0.36 0.63 0.34 0.60 0.26 0.48 0.39 0.54 0.77 0.34 0.58 0.50 0.34 0.62 0.74 0.56 0.46
C3' 0.59 0.70 0.59 0.62 1.01 0.63 0.99 0.53 0.85 0.72 0.86 1.17 0.56 0.49 0.47 0.64 1.03 1.00 0.85 0.87
C4 0.27 0.15 0.37 0.33 0.27 0.31 0.22 0.40 0.15 0.17 0.21 0.40 0.22 0.63 0.61 0.30 0.34 0.59 0.62 0.32
C4' 0.52 0.65 0.62 0.64 1.01 0.55 0.98 0.56 0.82 0.66 0.85 1.21 0.49 0.41 0.47 0.52 0.99 0.94 0.93 0.87
C5 0.32 0.17 0.40 0.39 0.26 0.37 0.20 0.44 0.17 0.20 0.22 0.37 0.22 0.64 0.71 0.36 0.31 0.59 0.69 0.36
C5' 0.99 1.22 1.05 1.09 1.75 1.02 1.71 1.06 1.46 1.23 1.51 2.03 0.94 0.60 0.76 0.99 1.57 1.49 1.56 1.51
C6 0.33 0.19 0.40 0.38 0.25 0.38 0.20 0.45 0.18 0.21 0.24 0.34 0.22 0.62 0.70 0.38 0.32 0.60 0.70 0.38
C8 0.32 0.17 0.42 0.41 0.27 0.38 0.21 0.44 0.16 0.19 0.22 0.39 0.22 0.66 0.76 0.37 0.31 0.60 0.70 0.36
N1 0.27 0.16 0.34 0.30 0.26 0.29 0.20 0.40 0.15 0.17 0.23 0.35 0.22 0.58 0.55 0.30 0.34 0.59 0.62 0.32
N2 0.19 0.15 0.24 0.25 0.28 0.19 0.24 0.37 0.17 0.15 0.18 0.39 0.25 0.52 0.34 0.21 0.49 0.64 0.53 0.35
N3 0.22 0.13 0.31 0.27 0.27 0.24 0.23 0.37 0.15 0.14 0.19 0.40 0.22 0.60 0.50 0.24 0.40 0.60 0.56 0.31
N7 0.35 0.18 0.43 0.44 0.26 0.41 0.20 0.47 0.18 0.21 0.23 0.37 0.22 0.66 0.80 0.40 0.31 0.61 0.74 0.39
N9 0.28 0.15 0.38 0.35 0.27 0.32 0.22 0.41 0.15 0.17 0.21 0.41 0.21 0.65 0.66 0.31 0.33 0.59 0.63 0.32
O2' 0.46 0.33 0.67 0.62 0.32 0.48 0.31 0.68 0.30 0.35 0.29 0.44 0.42 1.05 0.91 0.39 0.36 0.71 0.95 0.57
O3' 0.48 0.53 0.45 0.45 0.80 0.48 0.81 0.62 0.69 0.56 0.66 0.95 0.43 0.58 0.44 0.56 0.79 0.79 0.95 0.79
O4' 0.39 0.43 0.53 0.51 0.68 0.40 0.65 0.48 0.52 0.43 0.56 0.84 0.35 0.49 0.54 0.38 0.69 0.69 0.71 0.58
O5' 1.21 1.52 1.23 1.30 2.17 1.25 2.11 1.33 1.82 1.53 1.87 2.48 1.16 0.65 0.92 1.24 1.87 1.78 1.87 1.82
O6 0.40 0.23 0.45 0.46 0.26 0.45 0.22 0.51 0.24 0.27 0.26 0.32 0.25 0.63 0.80 0.47 0.35 0.62 0.79 0.45
OP1 1.27 1.60 1.22 1.31 2.48 1.28 2.44 1.53 2.04 1.64 2.05 2.93 1.17 0.77 1.00 1.34 1.99 1.93 2.35 2.10
OP2 1.81 2.19 1.93 2.01 3.06 1.90 3.02 2.03 2.63 2.23 2.64 3.46 1.70 1.32 1.54 1.80 2.69 2.70 2.78 2.70
P 1.39 1.77 1.44 1.51 2.58 1.45 2.53 1.58 2.16 1.79 2.20 2.97 1.33 0.77 1.07 1.41 2.18 2.13 2.28 2.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.30 0.01 0.31 0.51 0.57 0.28
C2 0.02 0.00 0.10 0.19 0.01 0.06 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.20 0.06 0.43 0.60 0.54 0.32
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.11 0.03 0.16 0.28 0.16 0.05 0.08 0.13 0.20 0.01 0.05 0.02 0.32 0.53 0.97 0.50
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.33 0.01 0.37 0.03 0.34 0.20 0.25 0.35 0.16 0.03 0.01 0.02 0.25 0.35 0.70 0.31
C4 0.02 0.01 0.11 0.33 0.00 0.18 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.25 0.04 0.55 0.64 0.56 0.40
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.18 0.00 0.24 0.01 0.22 0.11 0.10 0.20 0.07 0.28 0.04 0.01 0.02 0.30 0.43 0.10
C5 0.02 0.01 0.16 0.37 0.01 0.24 0.00 0.58 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.32 0.07 0.59 0.65 0.59 0.42
C5' 0.18 0.34 0.28 0.03 0.53 0.01 0.58 0.00 0.53 0.37 0.43 0.57 0.25 0.13 0.24 0.03 0.01 0.40 0.34 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.34 0.01 0.22 0.01 0.53 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.27 0.08 0.53 0.62 0.54 0.36
N1 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.11 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.16 0.03 0.43 0.58 0.52 0.30
N3 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.10 0.01 0.43 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.18 0.05 0.49 0.63 0.54 0.36
N4 0.03 0.02 0.13 0.35 0.01 0.20 0.02 0.57 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.38 0.29 0.05 0.58 0.65 0.60 0.44
O2 0.04 0.01 0.20 0.16 0.01 0.07 0.02 0.25 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.30 0.34 0.10 0.38 0.59 0.56 0.31
O2' 0.03 0.28 0.01 0.03 0.34 0.28 0.30 0.13 0.24 0.19 0.33 0.38 0.30 0.00 0.10 0.19 0.28 0.47 1.08 0.47
O3' 0.30 0.20 0.05 0.01 0.25 0.04 0.32 0.24 0.27 0.16 0.18 0.29 0.34 0.10 0.00 0.28 0.29 0.53 0.59 0.32
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.05 0.05 0.10 0.19 0.28 0.00 0.42 0.60 0.56 0.43
O5' 0.31 0.43 0.32 0.25 0.55 0.02 0.59 0.01 0.53 0.43 0.49 0.58 0.38 0.28 0.29 0.42 0.00 0.04 0.04 0.01
OP1 0.51 0.60 0.53 0.35 0.64 0.30 0.65 0.40 0.62 0.58 0.63 0.65 0.59 0.47 0.53 0.60 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.54 0.97 0.70 0.56 0.43 0.59 0.34 0.54 0.52 0.54 0.60 0.56 1.08 0.59 0.56 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.32 0.50 0.31 0.40 0.10 0.42 0.03 0.36 0.30 0.36 0.44 0.31 0.47 0.32 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00