ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50637

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 12, 22, 26, 12, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.006, 0.038, 0.070, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.038 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.014, 0.051, 0.088, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.051 std_dev=0.037
N9 A 0, 0.007, 0.045, 0.083, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.045 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.014, 0.065, 0.116, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.065 std_dev=0.051
C8 A 0, 0.017, 0.082, 0.146, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.082 std_dev=0.065
C2 B 0, 0.300, 0.435, 0.569, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.435 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.331, 0.478, 0.625, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.478 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.288, 0.461, 0.634, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.461 std_dev=0.173
O2 B 0, 0.386, 0.572, 0.758, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.572 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.193, 0.388, 0.584, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.388 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.180, 0.390, 0.600, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.390 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.128, 0.358, 0.588, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.358 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.474, 0.706, 0.939, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.706 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.645, 1.002, 1.358, 1.935 max_d=1.935 avg_d=1.002 std_dev=0.357
N4 B 0, 0.113, 0.482, 0.851, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.482 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.878, 1.258, 1.637, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.258 std_dev=0.379
O4' B 0, 0.438, 0.939, 1.441, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.939 std_dev=0.501
C2' A 0, -0.251, 0.360, 0.971, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.360 std_dev=0.611
O2' A 0, -0.209, 0.430, 1.069, 2.906 max_d=2.906 avg_d=0.430 std_dev=0.639
O4' A 0, -0.285, 0.361, 1.007, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.361 std_dev=0.646
O5' B 0, 0.721, 1.386, 2.051, 3.636 max_d=3.636 avg_d=1.386 std_dev=0.665
C3' B 0, 0.482, 1.163, 1.845, 3.485 max_d=3.485 avg_d=1.163 std_dev=0.682
P B 0, 0.663, 1.382, 2.101, 4.116 max_d=4.116 avg_d=1.382 std_dev=0.719
C4' B 0, 0.497, 1.238, 1.978, 3.879 max_d=3.879 avg_d=1.238 std_dev=0.740
O3' B 0, 0.621, 1.411, 2.200, 4.239 max_d=4.239 avg_d=1.411 std_dev=0.789
OP2 B 0, 0.524, 1.343, 2.162, 4.022 max_d=4.022 avg_d=1.343 std_dev=0.819
C4' A 0, -0.370, 0.564, 1.497, 3.959 max_d=3.959 avg_d=0.564 std_dev=0.934
C3' A 0, -0.364, 0.608, 1.580, 4.194 max_d=4.194 avg_d=0.608 std_dev=0.972
OP1 B 0, 0.742, 1.741, 2.739, 5.219 max_d=5.219 avg_d=1.741 std_dev=0.998
C5' B 0, 0.391, 1.539, 2.688, 5.253 max_d=5.253 avg_d=1.539 std_dev=1.149
O3' A 0, -0.344, 0.942, 2.229, 5.493 max_d=5.493 avg_d=0.942 std_dev=1.287
C5' A 0, -0.722, 0.871, 2.464, 6.857 max_d=6.857 avg_d=0.871 std_dev=1.593
O5' A 0, -0.775, 0.994, 2.763, 7.425 max_d=7.425 avg_d=0.994 std_dev=1.769
P A 0, -0.981, 1.267, 3.515, 10.153 max_d=10.153 avg_d=1.267 std_dev=2.248
OP2 A 0, -1.117, 1.370, 3.857, 11.424 max_d=11.424 avg_d=1.370 std_dev=2.487
OP1 A 0, -1.172, 1.438, 4.047, 12.109 max_d=12.109 avg_d=1.438 std_dev=2.609

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.02 0.29 0.30 0.26
C2 0.02 0.00 0.31 0.51 0.02 0.35 0.02 0.53 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.56 0.23 0.94 0.01 0.73 1.32 1.02
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.17 0.02 0.11 0.02 0.17 0.13 0.26 0.37 0.30 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.14 0.21 0.51 0.34
C3' 0.01 0.51 0.01 0.00 0.22 0.00 0.11 0.02 0.19 0.31 0.37 0.65 0.49 0.22 0.07 0.02 0.01 0.02 0.26 0.15 0.18 0.66 0.36
C4 0.01 0.02 0.17 0.22 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.23 0.13 0.69 0.01 0.44 0.77 0.67
C4' 0.01 0.35 0.02 0.00 0.15 0.00 0.09 0.01 0.14 0.25 0.25 0.46 0.34 0.20 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.13 0.25 0.30 0.06
C5 0.01 0.02 0.11 0.11 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.08 0.81 0.01 0.67 0.83 0.82
C5' 0.04 0.53 0.02 0.02 0.24 0.01 0.24 0.00 0.29 0.41 0.41 0.71 0.49 0.38 0.16 0.06 0.03 0.01 0.01 0.30 0.21 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.19 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.12 0.87 0.00 0.73 1.02 0.91
C8 0.01 0.02 0.13 0.31 0.01 0.25 0.01 0.41 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.30 0.12 0.84 0.02 0.78 0.77 0.85
N1 0.02 0.01 0.26 0.37 0.01 0.25 0.02 0.41 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.43 0.19 0.91 0.01 0.70 1.24 0.98
N2 0.03 0.00 0.37 0.65 0.02 0.46 0.02 0.71 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.29 0.74 0.27 1.10 0.02 0.99 1.61 1.24
N3 0.02 0.01 0.30 0.49 0.01 0.34 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.50 0.22 0.83 0.01 0.59 1.06 0.85
N7 0.01 0.02 0.07 0.22 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.22 0.07 0.91 0.02 0.91 0.85 0.97
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.58 0.02 0.42 0.53 0.53
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.12 0.07 0.10 0.06 0.15 0.07 0.21 0.29 0.21 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.07 0.14 0.24 0.32 0.14
O3' 0.02 0.56 0.01 0.01 0.23 0.02 0.14 0.03 0.24 0.30 0.43 0.74 0.50 0.22 0.06 0.03 0.00 0.03 0.18 0.20 0.21 0.73 0.29
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.13 0.00 0.08 0.01 0.12 0.12 0.19 0.27 0.22 0.07 0.02 0.07 0.03 0.00 0.13 0.11 0.38 0.14 0.17
O5' 0.28 0.94 0.26 0.26 0.69 0.01 0.81 0.01 0.87 0.84 0.91 1.10 0.83 0.91 0.58 0.07 0.18 0.13 0.00 0.93 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.15 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.20 0.11 0.93 0.00 0.89 1.06 1.00
OP1 0.29 0.73 0.21 0.18 0.44 0.25 0.67 0.21 0.73 0.78 0.70 0.99 0.59 0.91 0.42 0.24 0.21 0.38 0.02 0.89 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 1.32 0.51 0.66 0.77 0.30 0.83 0.35 1.02 0.77 1.24 1.61 1.06 0.85 0.53 0.32 0.73 0.14 0.02 1.06 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.02 0.34 0.36 0.67 0.06 0.82 0.01 0.91 0.85 0.98 1.24 0.85 0.97 0.53 0.14 0.29 0.17 0.01 1.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.15 0.23 0.20 0.23 0.48 0.19 0.52 0.14 0.18 0.14 0.38 0.26 0.32 0.32 0.53 0.48 0.31 0.53 0.17
C2 0.25 0.16 0.20 0.17 0.23 0.32 0.19 0.32 0.14 0.16 0.14 0.38 0.30 0.28 0.23 0.42 0.38 0.20 0.59 0.18
C2' 0.48 0.40 0.29 0.31 0.33 0.61 0.34 0.63 0.38 0.41 0.34 0.35 0.47 0.39 0.39 0.69 0.69 0.47 0.44 0.33
C3' 0.49 0.50 0.40 0.42 0.65 0.60 0.64 0.65 0.57 0.52 0.57 0.75 0.46 0.38 0.44 0.67 0.76 0.62 0.70 0.57
C4 0.29 0.14 0.22 0.18 0.23 0.43 0.18 0.43 0.14 0.18 0.15 0.37 0.26 0.30 0.29 0.51 0.45 0.31 0.53 0.16
C4' 0.21 0.28 0.37 0.27 0.54 0.34 0.50 0.40 0.37 0.27 0.43 0.71 0.20 0.37 0.28 0.36 0.45 0.33 0.70 0.35
C5 0.29 0.14 0.23 0.19 0.23 0.41 0.18 0.40 0.15 0.18 0.17 0.35 0.22 0.31 0.30 0.49 0.44 0.38 0.52 0.18
C5' 0.33 0.48 0.59 0.44 0.84 0.26 0.79 0.34 0.62 0.47 0.69 1.04 0.33 0.57 0.37 0.26 0.49 0.47 0.95 0.58
C6 0.27 0.13 0.24 0.18 0.24 0.34 0.19 0.30 0.15 0.17 0.19 0.35 0.21 0.30 0.26 0.43 0.39 0.35 0.54 0.18
C8 0.31 0.14 0.24 0.21 0.22 0.49 0.17 0.50 0.15 0.19 0.16 0.36 0.23 0.33 0.35 0.55 0.49 0.43 0.49 0.20
N1 0.25 0.13 0.21 0.17 0.24 0.29 0.19 0.26 0.14 0.16 0.17 0.36 0.26 0.28 0.23 0.39 0.36 0.25 0.58 0.18
N2 0.23 0.19 0.19 0.18 0.23 0.28 0.21 0.29 0.15 0.17 0.14 0.39 0.32 0.28 0.21 0.36 0.35 0.18 0.64 0.24
N3 0.27 0.16 0.20 0.17 0.23 0.39 0.19 0.40 0.14 0.18 0.13 0.38 0.29 0.29 0.26 0.47 0.42 0.23 0.57 0.16
N7 0.31 0.14 0.25 0.21 0.23 0.46 0.18 0.45 0.16 0.19 0.18 0.35 0.20 0.33 0.34 0.53 0.47 0.45 0.49 0.21
N9 0.30 0.14 0.23 0.20 0.22 0.48 0.18 0.49 0.14 0.18 0.14 0.37 0.25 0.31 0.32 0.54 0.48 0.35 0.52 0.17
O2' 0.46 0.37 0.27 0.29 0.20 0.61 0.23 0.63 0.30 0.38 0.26 0.19 0.47 0.40 0.38 0.69 0.67 0.39 0.40 0.25
O3' 0.61 0.63 0.47 0.52 0.77 0.71 0.77 0.78 0.71 0.65 0.68 0.85 0.57 0.45 0.52 0.79 0.90 0.77 0.80 0.74
O4' 0.18 0.19 0.34 0.20 0.45 0.34 0.39 0.39 0.26 0.17 0.35 0.63 0.16 0.38 0.26 0.36 0.32 0.19 0.67 0.23
O5' 0.77 0.96 1.09 0.89 1.28 0.51 1.21 0.51 1.05 0.92 1.15 1.47 0.83 1.07 0.77 0.51 0.75 0.76 1.35 0.96
O6 0.27 0.15 0.26 0.21 0.24 0.31 0.20 0.26 0.18 0.18 0.22 0.32 0.17 0.32 0.27 0.40 0.37 0.41 0.52 0.21
OP1 0.68 0.83 1.05 0.76 1.23 0.38 1.17 0.37 0.95 0.80 1.04 1.50 0.75 1.17 0.64 0.39 0.64 0.65 1.26 0.84
OP2 1.19 1.42 1.40 1.32 1.88 1.10 1.83 1.21 1.62 1.41 1.68 2.11 1.18 1.28 1.20 1.09 1.48 1.49 1.81 1.55
P 0.85 1.07 1.19 0.98 1.47 0.61 1.40 0.64 1.20 1.03 1.30 1.70 0.91 1.17 0.84 0.60 0.93 0.93 1.47 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.13 0.25 0.50 0.17
C2 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.17 0.09 0.25 0.19 0.62 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.18 0.04 0.21 0.03 0.10 0.08 0.32 0.00 0.02 0.01 0.35 0.64 0.37 0.35
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.19 0.00 0.18 0.02 0.17 0.14 0.22 0.20 0.27 0.02 0.01 0.01 0.34 0.69 0.22 0.35
C4 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.25 0.15 0.04 0.32 0.31 0.66 0.38
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.15 0.07 0.08 0.14 0.08 0.18 0.03 0.00 0.01 0.29 0.38 0.07
C5 0.02 0.01 0.18 0.18 0.00 0.17 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.17 0.10 0.33 0.35 0.68 0.41
C5' 0.03 0.11 0.04 0.02 0.23 0.00 0.28 0.00 0.24 0.12 0.16 0.26 0.09 0.13 0.12 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01
C6 0.03 0.01 0.21 0.17 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.16 0.12 0.28 0.25 0.65 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.09 0.01 0.23 0.18 0.60 0.26
N3 0.02 0.01 0.10 0.22 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.06 0.29 0.22 0.64 0.32
N4 0.02 0.02 0.08 0.20 0.00 0.14 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.17 0.04 0.34 0.37 0.66 0.42
O2 0.06 0.01 0.32 0.27 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.25 0.16 0.23 0.22 0.60 0.24
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.25 0.18 0.31 0.13 0.27 0.13 0.16 0.28 0.21 0.00 0.05 0.13 0.12 0.55 0.38 0.24
O3' 0.11 0.17 0.02 0.01 0.15 0.03 0.17 0.12 0.16 0.09 0.17 0.17 0.25 0.05 0.00 0.06 0.26 0.73 0.15 0.34
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.02 0.12 0.01 0.06 0.04 0.16 0.13 0.06 0.00 0.11 0.12 0.61 0.28
O5' 0.13 0.25 0.35 0.34 0.32 0.01 0.33 0.01 0.28 0.23 0.29 0.34 0.23 0.12 0.26 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.19 0.64 0.69 0.31 0.29 0.35 0.18 0.25 0.18 0.22 0.37 0.22 0.55 0.73 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.62 0.37 0.22 0.66 0.38 0.68 0.37 0.65 0.60 0.64 0.66 0.60 0.38 0.15 0.61 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.27 0.35 0.35 0.38 0.07 0.41 0.01 0.34 0.26 0.32 0.42 0.24 0.24 0.34 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00