ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50638

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 14, 12, 16, 12, 4, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.008, 0.035, 0.063, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.015, 0.071, 0.127, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.071 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.039, 0.103, 0.166, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.103 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.074, 0.168, 0.261, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.168 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.039, 0.149, 0.260, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.149 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.060, 0.178, 0.296, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.178 std_dev=0.118
O2 B 0, 0.203, 0.364, 0.525, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.364 std_dev=0.161
N3 B 0, 0.224, 0.392, 0.560, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.392 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.209, 0.380, 0.550, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.380 std_dev=0.171
C5' A 0, 0.071, 0.246, 0.422, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.246 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.110, 0.286, 0.462, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.286 std_dev=0.176
C1' B 0, 0.361, 0.550, 0.738, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.550 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.292, 0.482, 0.672, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.482 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.291, 0.481, 0.671, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.481 std_dev=0.190
N4 B 0, 0.325, 0.529, 0.733, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.529 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.370, 0.582, 0.794, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.582 std_dev=0.212
OP2 A 0, 0.242, 0.456, 0.670, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.456 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.359, 0.579, 0.799, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.579 std_dev=0.220
O5' B 0, 0.414, 0.649, 0.884, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.649 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.056, 0.291, 0.527, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.291 std_dev=0.236
P B 0, 0.431, 0.679, 0.926, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.679 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.631, 0.889, 1.148, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.889 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.182, 0.447, 0.711, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.447 std_dev=0.264
O4' B 0, 0.401, 0.672, 0.944, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.672 std_dev=0.272
OP1 B 0, 0.485, 0.762, 1.039, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.762 std_dev=0.277
C4' B 0, 0.390, 0.678, 0.965, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.678 std_dev=0.288
P A 0, 0.049, 0.356, 0.664, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.356 std_dev=0.307
O3' B 0, 1.119, 1.461, 1.802, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.461 std_dev=0.341
O2' B 0, 1.120, 1.497, 1.874, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.497 std_dev=0.377
OP2 B 0, 0.408, 0.811, 1.214, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.811 std_dev=0.403
C5' B 0, 0.435, 0.956, 1.477, 2.916 max_d=2.916 avg_d=0.956 std_dev=0.521
OP1 A 0, -0.121, 0.720, 1.562, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.720 std_dev=0.841

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.12 0.10 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.15 0.01 0.34 0.13 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.30 0.10 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.39 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.18 0.01 0.25 0.11 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.23 0.01 0.26 0.15 0.13
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.13 0.11 0.09 0.08 0.15 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.15 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.22 0.00 0.30 0.18 0.14
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.26 0.02 0.17 0.13 0.15
N1 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.19 0.01 0.34 0.16 0.12
N2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.12 0.04 0.14 0.02 0.38 0.13 0.10
N3 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.14 0.01 0.30 0.10 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.27 0.02 0.21 0.17 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.18 0.01 0.18 0.09 0.10
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.29 0.09 0.06
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.12 0.09 0.12 0.12 0.09 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.11 0.13 0.53 0.17 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.02 0.08 0.14 0.16
O5' 0.09 0.15 0.04 0.06 0.18 0.01 0.23 0.01 0.22 0.26 0.19 0.14 0.14 0.27 0.18 0.04 0.11 0.10 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.13 0.02 0.24 0.00 0.31 0.21 0.17
OP1 0.12 0.34 0.30 0.39 0.25 0.16 0.26 0.09 0.30 0.17 0.34 0.38 0.30 0.21 0.18 0.29 0.53 0.08 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.06 0.15 0.03 0.18 0.13 0.16 0.13 0.10 0.17 0.09 0.09 0.17 0.14 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.05 0.09 0.10 0.05 0.13 0.01 0.14 0.15 0.12 0.10 0.08 0.16 0.10 0.06 0.17 0.16 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.27 0.21 0.15 0.10 0.17 0.16 0.14 0.09 0.10 0.20 0.15 0.32 0.16 0.09 0.17 0.12 0.26 0.13
C2 0.10 0.07 0.23 0.17 0.17 0.10 0.16 0.11 0.12 0.08 0.10 0.22 0.16 0.29 0.15 0.10 0.15 0.13 0.22 0.11
C2' 0.09 0.12 0.21 0.17 0.13 0.10 0.16 0.17 0.12 0.09 0.11 0.17 0.20 0.23 0.13 0.10 0.21 0.14 0.29 0.16
C3' 0.10 0.14 0.19 0.15 0.12 0.10 0.15 0.16 0.11 0.09 0.13 0.16 0.23 0.19 0.12 0.10 0.25 0.18 0.32 0.22
C4 0.10 0.07 0.28 0.21 0.17 0.10 0.19 0.15 0.15 0.09 0.11 0.22 0.13 0.35 0.17 0.09 0.15 0.12 0.24 0.12
C4' 0.09 0.11 0.23 0.19 0.13 0.10 0.16 0.17 0.12 0.08 0.11 0.17 0.18 0.25 0.13 0.09 0.21 0.15 0.30 0.18
C5 0.11 0.09 0.32 0.24 0.19 0.11 0.20 0.16 0.17 0.12 0.14 0.23 0.11 0.41 0.19 0.10 0.14 0.12 0.24 0.12
C5' 0.11 0.13 0.24 0.19 0.13 0.12 0.16 0.18 0.13 0.10 0.13 0.17 0.22 0.25 0.14 0.11 0.25 0.19 0.34 0.23
C6 0.11 0.11 0.32 0.23 0.20 0.11 0.20 0.14 0.17 0.12 0.16 0.23 0.11 0.43 0.18 0.10 0.13 0.13 0.24 0.12
C8 0.11 0.09 0.33 0.26 0.18 0.12 0.21 0.18 0.18 0.12 0.12 0.22 0.11 0.40 0.20 0.10 0.14 0.12 0.25 0.12
N1 0.09 0.08 0.26 0.18 0.19 0.10 0.18 0.11 0.13 0.09 0.15 0.23 0.12 0.35 0.16 0.10 0.14 0.12 0.22 0.11
N2 0.12 0.11 0.19 0.15 0.15 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.09 0.22 0.20 0.23 0.15 0.13 0.17 0.16 0.22 0.12
N3 0.10 0.08 0.24 0.18 0.16 0.10 0.17 0.13 0.13 0.08 0.09 0.21 0.16 0.30 0.15 0.09 0.16 0.13 0.23 0.12
N7 0.13 0.10 0.35 0.27 0.20 0.12 0.22 0.18 0.19 0.13 0.14 0.23 0.11 0.44 0.21 0.11 0.14 0.14 0.25 0.13
N9 0.10 0.08 0.30 0.23 0.17 0.10 0.19 0.17 0.16 0.10 0.11 0.21 0.13 0.36 0.18 0.09 0.15 0.12 0.25 0.12
O2' 0.12 0.14 0.21 0.18 0.14 0.12 0.16 0.18 0.13 0.11 0.14 0.17 0.21 0.23 0.14 0.12 0.23 0.15 0.31 0.17
O3' 0.13 0.18 0.14 0.13 0.12 0.11 0.13 0.15 0.10 0.11 0.17 0.15 0.27 0.15 0.15 0.12 0.31 0.24 0.37 0.27
O4' 0.10 0.08 0.29 0.23 0.15 0.11 0.18 0.18 0.14 0.09 0.10 0.19 0.14 0.34 0.18 0.09 0.16 0.12 0.27 0.13
O5' 0.13 0.17 0.26 0.21 0.16 0.14 0.19 0.20 0.16 0.13 0.15 0.19 0.26 0.27 0.16 0.14 0.26 0.21 0.34 0.24
O6 0.14 0.15 0.36 0.26 0.21 0.13 0.21 0.15 0.19 0.16 0.19 0.23 0.14 0.50 0.21 0.13 0.14 0.16 0.25 0.14
OP1 0.41 0.45 0.29 0.29 0.43 0.37 0.41 0.26 0.40 0.42 0.45 0.44 0.48 0.31 0.36 0.41 0.67 0.61 0.81 0.70
OP2 0.12 0.14 0.22 0.18 0.14 0.13 0.16 0.17 0.14 0.11 0.13 0.18 0.22 0.22 0.16 0.13 0.29 0.24 0.42 0.30
P 0.12 0.14 0.23 0.19 0.14 0.13 0.15 0.18 0.13 0.11 0.13 0.17 0.20 0.23 0.15 0.12 0.29 0.23 0.42 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.14 0.12 0.20 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.04 0.12 0.12 0.18 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.08 0.10 0.02 0.06 0.04 0.16 0.00 0.02 0.02 0.44 0.39 0.51 0.44
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.11 0.02 0.01 0.01 0.36 0.37 0.47 0.38
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.20 0.19 0.23 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.05 0.26 0.23 0.25 0.16
C5' 0.04 0.09 0.08 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.15 0.10 0.11 0.14 0.07 0.05 0.05 0.01 0.01 0.28 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.06 0.25 0.21 0.23 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.17 0.13 0.20 0.11
N3 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.15 0.15 0.20 0.10
N4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03 0.22 0.21 0.25 0.14
O2 0.06 0.01 0.16 0.11 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.15 0.08 0.08 0.12 0.16 0.08
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.13 0.05 0.13 0.04 0.08 0.08 0.23 0.00 0.04 0.03 0.44 0.39 0.63 0.49
O3' 0.07 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.15 0.04 0.00 0.07 0.22 0.28 0.46 0.28
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.08 0.03 0.07 0.00 0.09 0.11 0.11 0.11
O5' 0.14 0.12 0.44 0.36 0.20 0.01 0.26 0.01 0.25 0.17 0.15 0.22 0.08 0.44 0.22 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.12 0.39 0.37 0.19 0.16 0.23 0.28 0.21 0.13 0.15 0.21 0.12 0.39 0.28 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.18 0.51 0.47 0.23 0.09 0.25 0.14 0.23 0.20 0.20 0.25 0.16 0.63 0.46 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.08 0.44 0.38 0.13 0.03 0.16 0.01 0.16 0.11 0.10 0.14 0.08 0.49 0.28 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00