ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50639

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 6, 9, 6, 1, 11, 2, 6, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.019, 0.028, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.024, 0.038, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.023, 0.039, 0.056, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.029, 0.047, 0.065, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.032, 0.052, 0.072, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.052 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.043, 0.069, 0.096, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.069 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.050, 0.081, 0.113, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.081 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.046, 0.090, 0.134, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.090 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.004, 0.049, 0.094, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.049 std_dev=0.045
C2 B 0, 0.239, 0.451, 0.663, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.451 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.133, 0.377, 0.620, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.377 std_dev=0.243
C2' A 0, 0.135, 0.388, 0.640, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.388 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.269, 0.530, 0.792, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.530 std_dev=0.262
O2 B 0, 0.250, 0.515, 0.780, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.515 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.225, 0.548, 0.872, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.548 std_dev=0.324
C4' A 0, 0.316, 0.656, 0.996, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.656 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.305, 0.651, 0.998, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.651 std_dev=0.346
C6 B 0, 0.292, 0.642, 0.991, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.642 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.258, 0.612, 0.966, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.612 std_dev=0.354
C3' A 0, 0.380, 0.761, 1.143, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.761 std_dev=0.381
O2' A 0, 0.488, 0.869, 1.251, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.869 std_dev=0.382
C1' B 0, 0.284, 0.701, 1.118, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.701 std_dev=0.417
C5' A 0, 0.533, 1.006, 1.478, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.006 std_dev=0.473
O5' A 0, 0.408, 0.898, 1.389, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.898 std_dev=0.491
N4 B 0, 0.237, 0.782, 1.326, 2.924 max_d=2.924 avg_d=0.782 std_dev=0.544
O3' A 0, 0.694, 1.249, 1.803, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.249 std_dev=0.554
C2' B 0, 0.443, 1.076, 1.708, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.076 std_dev=0.633
O4' B 0, 0.351, 1.092, 1.832, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.092 std_dev=0.740
O2' B 0, 0.419, 1.201, 1.983, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.201 std_dev=0.782
P A 0, 0.217, 1.089, 1.962, 4.591 max_d=4.591 avg_d=1.089 std_dev=0.872
OP2 A 0, 0.280, 1.168, 2.056, 4.582 max_d=4.582 avg_d=1.168 std_dev=0.888
C3' B 0, 0.510, 1.478, 2.446, 3.746 max_d=3.746 avg_d=1.478 std_dev=0.968
C4' B 0, 0.357, 1.405, 2.453, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.405 std_dev=1.048
C5' B 0, 0.460, 1.651, 2.843, 5.064 max_d=5.064 avg_d=1.651 std_dev=1.191
OP1 A 0, 0.257, 1.464, 2.670, 5.940 max_d=5.940 avg_d=1.464 std_dev=1.206
O3' B 0, 0.477, 1.760, 3.044, 4.869 max_d=4.869 avg_d=1.760 std_dev=1.283
O5' B 0, 1.012, 2.781, 4.550, 6.807 max_d=6.807 avg_d=2.781 std_dev=1.769
P B 0, 1.382, 3.910, 6.438, 9.209 max_d=9.209 avg_d=3.910 std_dev=2.528
OP1 B 0, 1.423, 3.983, 6.543, 9.384 max_d=9.384 avg_d=3.983 std_dev=2.560
OP2 B 0, 1.738, 4.939, 8.141, 10.834 max_d=10.834 avg_d=4.939 std_dev=3.201

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.19 0.01 0.19 0.02 0.23 0.25 0.20
C2 0.04 0.00 0.24 0.24 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.36 0.14 0.28 0.02 0.39 0.45 0.33
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.04 0.09 0.18 0.12 0.14 0.19 0.30 0.24 0.11 0.05 0.01 0.04 0.02 0.38 0.11 0.51 0.49 0.42
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.21 0.01 0.30 0.03 0.30 0.38 0.25 0.27 0.21 0.39 0.21 0.02 0.01 0.03 0.18 0.34 0.32 0.38 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.21 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.18 0.07 0.27 0.01 0.33 0.38 0.29
C4' 0.02 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.12 0.23 0.08 0.13 0.09 0.22 0.10 0.28 0.05 0.01 0.03 0.16 0.15 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.30 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.21 0.06 0.36 0.01 0.41 0.48 0.37
C5' 0.09 0.16 0.18 0.03 0.17 0.01 0.25 0.00 0.26 0.29 0.21 0.16 0.14 0.33 0.17 0.12 0.19 0.03 0.01 0.31 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.22 0.07 0.38 0.01 0.47 0.56 0.42
C8 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.23 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.34 0.11 0.34 0.02 0.32 0.34 0.28
N1 0.04 0.01 0.19 0.25 0.01 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.39 0.27 0.10 0.34 0.02 0.45 0.53 0.39
N2 0.06 0.01 0.30 0.27 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.42 0.49 0.16 0.26 0.04 0.40 0.45 0.33
N3 0.04 0.01 0.24 0.21 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.33 0.35 0.14 0.24 0.02 0.33 0.38 0.28
N7 0.02 0.01 0.11 0.39 0.01 0.22 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.35 0.09 0.41 0.02 0.41 0.47 0.39
N9 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.13 0.03 0.23 0.02 0.26 0.29 0.22
O2' 0.03 0.38 0.01 0.02 0.28 0.28 0.34 0.12 0.38 0.27 0.39 0.42 0.33 0.33 0.19 0.00 0.07 0.18 0.27 0.41 0.45 0.54 0.36
O3' 0.19 0.36 0.04 0.01 0.18 0.05 0.21 0.19 0.22 0.34 0.27 0.49 0.35 0.35 0.13 0.07 0.00 0.13 0.31 0.26 0.40 0.67 0.38
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.03 0.07 0.11 0.10 0.16 0.14 0.09 0.03 0.18 0.13 0.00 0.11 0.07 0.18 0.21 0.21
O5' 0.19 0.28 0.38 0.18 0.27 0.03 0.36 0.01 0.38 0.34 0.34 0.26 0.24 0.41 0.23 0.27 0.31 0.11 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.34 0.01 0.16 0.01 0.31 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.41 0.26 0.07 0.43 0.00 0.52 0.63 0.48
OP1 0.23 0.39 0.51 0.32 0.33 0.15 0.41 0.12 0.47 0.32 0.45 0.40 0.33 0.41 0.26 0.45 0.40 0.18 0.02 0.52 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.45 0.49 0.38 0.38 0.20 0.48 0.21 0.56 0.34 0.53 0.45 0.38 0.47 0.29 0.54 0.67 0.21 0.02 0.63 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.33 0.42 0.22 0.29 0.06 0.37 0.02 0.42 0.28 0.39 0.33 0.28 0.39 0.22 0.36 0.38 0.21 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.19 0.48 0.44 0.24 0.28 0.25 0.33 0.24 0.22 0.20 0.30 0.20 0.67 0.51 0.25 0.60 0.91 0.99 0.79
C2 0.25 0.19 0.43 0.37 0.20 0.25 0.21 0.29 0.21 0.22 0.17 0.25 0.22 0.63 0.43 0.25 0.51 0.81 0.85 0.66
C2' 0.38 0.37 0.54 0.55 0.47 0.39 0.46 0.41 0.42 0.38 0.42 0.54 0.33 0.71 0.61 0.36 0.69 1.00 1.19 0.90
C3' 0.46 0.38 0.67 0.70 0.45 0.49 0.46 0.49 0.45 0.42 0.39 0.52 0.37 0.81 0.81 0.42 0.70 1.05 1.14 0.91
C4 0.25 0.18 0.48 0.41 0.21 0.26 0.22 0.30 0.22 0.21 0.18 0.26 0.19 0.64 0.51 0.24 0.51 0.81 0.85 0.66
C4' 0.31 0.24 0.54 0.51 0.31 0.32 0.33 0.36 0.31 0.28 0.25 0.38 0.22 0.71 0.62 0.29 0.60 0.93 0.96 0.78
C5 0.24 0.17 0.48 0.39 0.21 0.28 0.21 0.29 0.21 0.20 0.19 0.26 0.18 0.62 0.58 0.26 0.43 0.72 0.73 0.55
C5' 0.36 0.27 0.57 0.55 0.34 0.39 0.37 0.43 0.36 0.33 0.28 0.39 0.25 0.72 0.69 0.34 0.60 0.91 0.87 0.74
C6 0.24 0.18 0.45 0.37 0.22 0.29 0.21 0.28 0.20 0.20 0.21 0.27 0.18 0.60 0.60 0.27 0.37 0.67 0.66 0.48
C8 0.25 0.17 0.50 0.43 0.21 0.29 0.22 0.32 0.22 0.21 0.18 0.27 0.18 0.64 0.59 0.25 0.49 0.78 0.80 0.63
N1 0.23 0.17 0.42 0.34 0.21 0.26 0.20 0.25 0.19 0.19 0.19 0.26 0.19 0.60 0.49 0.25 0.40 0.69 0.71 0.52
N2 0.28 0.24 0.42 0.39 0.21 0.28 0.23 0.33 0.24 0.25 0.19 0.25 0.28 0.62 0.39 0.28 0.56 0.88 0.92 0.73
N3 0.25 0.20 0.46 0.41 0.22 0.26 0.23 0.31 0.23 0.22 0.19 0.27 0.22 0.65 0.46 0.25 0.56 0.87 0.92 0.73
N7 0.25 0.18 0.49 0.42 0.21 0.31 0.21 0.31 0.21 0.21 0.20 0.26 0.18 0.61 0.63 0.27 0.43 0.73 0.72 0.55
N9 0.25 0.18 0.49 0.43 0.22 0.28 0.23 0.32 0.22 0.21 0.18 0.27 0.18 0.65 0.53 0.24 0.54 0.84 0.89 0.70
O2' 0.46 0.50 0.42 0.41 0.60 0.42 0.55 0.50 0.49 0.47 0.57 0.70 0.48 0.81 0.46 0.52 0.73 0.96 1.20 0.94
O3' 0.47 0.45 0.60 0.65 0.66 0.49 0.64 0.56 0.56 0.48 0.55 0.80 0.37 0.83 0.79 0.48 0.78 1.14 1.18 1.02
O4' 0.25 0.20 0.49 0.43 0.28 0.28 0.29 0.35 0.26 0.23 0.23 0.35 0.19 0.67 0.52 0.27 0.58 0.89 0.87 0.75
O5' 0.47 0.37 0.68 0.67 0.39 0.51 0.43 0.54 0.44 0.43 0.35 0.41 0.36 0.76 0.80 0.43 0.66 0.95 0.89 0.78
O6 0.26 0.22 0.46 0.40 0.26 0.35 0.23 0.33 0.22 0.22 0.26 0.30 0.22 0.58 0.71 0.31 0.34 0.65 0.60 0.43
OP1 0.67 0.55 0.88 0.87 0.59 0.70 0.67 0.74 0.68 0.64 0.53 0.59 0.51 0.95 1.00 0.61 0.88 1.09 1.10 0.98
OP2 0.66 0.58 0.84 0.80 0.61 0.68 0.65 0.71 0.66 0.63 0.58 0.63 0.56 0.83 0.90 0.62 0.77 0.95 0.98 0.85
P 0.54 0.45 0.76 0.73 0.48 0.56 0.53 0.58 0.54 0.51 0.44 0.51 0.42 0.79 0.86 0.47 0.71 0.93 0.92 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.25 0.01 0.21 0.43 0.59 0.29
C2 0.02 0.00 0.15 0.22 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.19 0.08 0.34 0.56 0.76 0.43
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.10 0.03 0.15 0.22 0.17 0.05 0.13 0.11 0.27 0.01 0.05 0.03 0.48 0.54 0.83 0.53
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.34 0.01 0.35 0.03 0.30 0.21 0.29 0.37 0.17 0.03 0.01 0.02 0.40 0.37 0.62 0.29
C4 0.02 0.01 0.10 0.34 0.00 0.15 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.27 0.04 0.50 0.78 1.05 0.67
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.09 0.16 0.06 0.27 0.04 0.01 0.02 0.35 0.31 0.18
C5 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.19 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.31 0.09 0.53 0.81 1.12 0.74
C5' 0.10 0.15 0.22 0.03 0.27 0.01 0.31 0.00 0.27 0.17 0.20 0.30 0.12 0.13 0.19 0.02 0.01 0.22 0.23 0.03
C6 0.02 0.01 0.17 0.30 0.01 0.18 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.24 0.11 0.46 0.68 0.96 0.61
N1 0.01 0.01 0.05 0.21 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.16 0.02 0.33 0.54 0.75 0.42
N3 0.02 0.01 0.13 0.29 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.21 0.07 0.42 0.67 0.89 0.54
N4 0.02 0.02 0.11 0.37 0.01 0.16 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.31 0.05 0.54 0.87 1.14 0.75
O2 0.04 0.01 0.27 0.17 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.31 0.26 0.14 0.27 0.50 0.65 0.35
O2' 0.03 0.25 0.01 0.03 0.32 0.27 0.32 0.13 0.27 0.18 0.29 0.35 0.31 0.00 0.08 0.18 0.47 0.54 0.93 0.54
O3' 0.25 0.19 0.05 0.01 0.27 0.04 0.31 0.19 0.24 0.16 0.21 0.31 0.26 0.08 0.00 0.18 0.37 0.46 0.53 0.25
O4' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.05 0.14 0.18 0.18 0.00 0.12 0.41 0.54 0.31
O5' 0.21 0.34 0.48 0.40 0.50 0.02 0.53 0.01 0.46 0.33 0.42 0.54 0.27 0.47 0.37 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.56 0.54 0.37 0.78 0.35 0.81 0.22 0.68 0.54 0.67 0.87 0.50 0.54 0.46 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.59 0.76 0.83 0.62 1.05 0.31 1.12 0.23 0.96 0.75 0.89 1.14 0.65 0.93 0.53 0.54 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.43 0.53 0.29 0.67 0.18 0.74 0.03 0.61 0.42 0.54 0.75 0.35 0.54 0.25 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00