ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50640

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 5, 5, 5, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.029 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.012, 0.037, 0.061, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.018, 0.049, 0.080, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.049 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.005, 0.039, 0.074, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.039 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.022, 0.062, 0.103, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.062 std_dev=0.041
C2 B 0, 0.089, 0.332, 0.574, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.332 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.054, 0.347, 0.639, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.347 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.103, 0.399, 0.695, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.399 std_dev=0.296
O2 B 0, 0.170, 0.473, 0.776, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.473 std_dev=0.303
C6 B 0, 0.180, 0.518, 0.857, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.518 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.052, 0.397, 0.742, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.397 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.175, 0.521, 0.867, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.521 std_dev=0.346
C1' B 0, 0.066, 0.535, 1.005, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.535 std_dev=0.469
N4 B 0, -0.035, 0.489, 1.013, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.489 std_dev=0.524
C2' B 0, -0.025, 0.616, 1.257, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.616 std_dev=0.641
O4' B 0, -0.021, 0.689, 1.399, 2.991 max_d=2.991 avg_d=0.689 std_dev=0.710
O2' B 0, -0.091, 0.741, 1.573, 3.783 max_d=3.783 avg_d=0.741 std_dev=0.832
C3' B 0, -0.115, 0.789, 1.693, 3.673 max_d=3.673 avg_d=0.789 std_dev=0.904
C4' B 0, -0.094, 0.834, 1.762, 3.842 max_d=3.842 avg_d=0.834 std_dev=0.928
C5' B 0, -0.084, 0.923, 1.930, 4.110 max_d=4.110 avg_d=0.923 std_dev=1.007
C2' A 0, -0.304, 0.723, 1.751, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.723 std_dev=1.028
O4' A 0, -0.295, 0.736, 1.766, 2.779 max_d=2.779 avg_d=0.736 std_dev=1.030
O5' B 0, -0.134, 0.950, 2.034, 4.274 max_d=4.274 avg_d=0.950 std_dev=1.084
P B 0, -0.145, 0.955, 2.056, 4.465 max_d=4.465 avg_d=0.955 std_dev=1.101
OP2 B 0, -0.063, 1.061, 2.185, 4.241 max_d=4.241 avg_d=1.061 std_dev=1.124
O2' A 0, -0.327, 0.856, 2.039, 3.258 max_d=3.258 avg_d=0.856 std_dev=1.183
O3' B 0, -0.306, 0.994, 2.294, 5.237 max_d=5.237 avg_d=0.994 std_dev=1.300
OP1 B 0, -0.241, 1.151, 2.543, 5.908 max_d=5.908 avg_d=1.151 std_dev=1.392
C4' A 0, -0.442, 1.019, 2.480, 4.040 max_d=4.040 avg_d=1.019 std_dev=1.461
C3' A 0, -0.482, 1.131, 2.743, 4.352 max_d=4.352 avg_d=1.131 std_dev=1.613
O3' A 0, -0.583, 1.595, 3.773, 6.121 max_d=6.121 avg_d=1.595 std_dev=2.178
C5' A 0, -0.816, 1.763, 4.343, 6.930 max_d=6.930 avg_d=1.763 std_dev=2.579
O5' A 0, -1.088, 1.960, 5.008, 8.445 max_d=8.445 avg_d=1.960 std_dev=3.048
P A 0, -1.282, 2.642, 6.565, 10.852 max_d=10.852 avg_d=2.642 std_dev=3.924
OP2 A 0, -1.363, 2.862, 7.088, 11.806 max_d=11.806 avg_d=2.862 std_dev=4.225
OP1 A 0, -1.420, 3.161, 7.742, 12.239 max_d=12.239 avg_d=3.161 std_dev=4.581

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.22 0.02 0.14 0.16 0.18
C2 0.02 0.00 0.36 0.82 0.00 0.64 0.01 0.88 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.87 0.42 1.37 0.01 1.23 2.12 1.60
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.18 0.01 0.08 0.03 0.15 0.19 0.27 0.44 0.36 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.19 0.11 0.13 0.20 0.20
C3' 0.01 0.82 0.01 0.00 0.31 0.00 0.14 0.01 0.25 0.57 0.56 1.08 0.79 0.43 0.14 0.02 0.01 0.02 0.20 0.18 0.19 0.29 0.21
C4 0.01 0.00 0.18 0.31 0.00 0.23 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.30 0.21 0.56 0.01 0.39 0.93 0.66
C4' 0.01 0.64 0.01 0.00 0.23 0.00 0.09 0.00 0.16 0.50 0.42 0.86 0.62 0.39 0.11 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.14 0.25 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.09 0.41 0.01 0.56 0.74 0.48
C5' 0.06 0.88 0.03 0.01 0.26 0.00 0.25 0.00 0.23 0.85 0.57 1.25 0.81 0.73 0.26 0.05 0.08 0.01 0.01 0.27 0.17 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.25 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.27 0.17 0.53 0.00 0.56 1.15 0.69
C8 0.01 0.00 0.19 0.57 0.00 0.50 0.01 0.85 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.54 0.22 0.96 0.02 1.15 0.81 0.93
N1 0.02 0.00 0.27 0.56 0.00 0.42 0.01 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.61 0.32 1.00 0.01 0.88 1.82 1.24
N2 0.03 0.00 0.44 1.08 0.01 0.86 0.00 1.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 1.19 0.51 1.82 0.01 1.82 2.73 2.14
N3 0.02 0.00 0.36 0.79 0.00 0.62 0.01 0.81 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.79 0.42 1.23 0.01 1.01 1.70 1.36
N7 0.01 0.01 0.11 0.43 0.01 0.39 0.00 0.73 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.43 0.13 0.82 0.02 1.15 0.73 0.84
N9 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.36 0.01 0.42 0.35 0.32
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.09 0.05 0.08 0.05 0.10 0.17 0.16 0.27 0.20 0.14 0.07 0.00 0.07 0.10 0.09 0.10 0.15 0.26 0.12
O3' 0.03 0.87 0.03 0.01 0.30 0.03 0.14 0.08 0.27 0.54 0.61 1.19 0.79 0.43 0.11 0.07 0.00 0.02 0.19 0.21 0.33 0.44 0.21
O4' 0.00 0.42 0.02 0.02 0.21 0.00 0.09 0.01 0.17 0.22 0.32 0.51 0.42 0.13 0.01 0.10 0.02 0.00 0.18 0.13 0.10 0.17 0.18
O5' 0.22 1.37 0.19 0.20 0.56 0.02 0.41 0.01 0.53 0.96 1.00 1.82 1.23 0.82 0.36 0.09 0.19 0.18 0.00 0.45 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.21 0.13 0.45 0.00 0.69 1.03 0.59
OP1 0.14 1.23 0.13 0.19 0.39 0.14 0.56 0.17 0.56 1.15 0.88 1.82 1.01 1.15 0.42 0.15 0.33 0.10 0.02 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 2.12 0.20 0.29 0.93 0.25 0.74 0.28 1.15 0.81 1.82 2.73 1.70 0.73 0.35 0.26 0.44 0.17 0.02 1.03 0.01 0.00 0.01
P 0.18 1.60 0.20 0.21 0.66 0.04 0.48 0.01 0.69 0.93 1.24 2.14 1.36 0.84 0.32 0.12 0.21 0.18 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.21 0.31 0.32 0.16 0.48 0.14 0.50 0.18 0.24 0.15 0.27 0.28 0.52 0.57 0.52 0.25 0.27 0.34 0.17
C2 0.34 0.21 0.30 0.27 0.17 0.40 0.14 0.43 0.17 0.24 0.14 0.29 0.30 0.51 0.47 0.45 0.23 0.23 0.34 0.13
C2' 0.28 0.30 0.25 0.22 0.45 0.32 0.43 0.36 0.36 0.30 0.38 0.54 0.26 0.39 0.38 0.38 0.53 0.39 0.53 0.43
C3' 0.58 0.73 0.48 0.53 1.13 0.57 1.10 0.70 0.93 0.75 0.94 1.33 0.52 0.28 0.39 0.66 1.05 0.88 1.13 1.04
C4 0.34 0.19 0.30 0.29 0.17 0.44 0.14 0.45 0.17 0.23 0.15 0.28 0.26 0.50 0.54 0.48 0.22 0.23 0.35 0.14
C4' 0.39 0.53 0.38 0.41 0.95 0.43 0.89 0.51 0.69 0.53 0.76 1.19 0.37 0.28 0.39 0.48 0.80 0.56 0.87 0.75
C5 0.33 0.17 0.30 0.30 0.19 0.42 0.15 0.42 0.16 0.21 0.17 0.30 0.23 0.49 0.55 0.46 0.22 0.23 0.37 0.16
C5' 0.61 0.82 0.56 0.65 1.44 0.64 1.38 0.78 1.09 0.83 1.14 1.79 0.55 0.30 0.54 0.70 1.15 0.97 1.32 1.16
C6 0.31 0.16 0.30 0.29 0.22 0.39 0.17 0.39 0.16 0.20 0.20 0.31 0.22 0.48 0.51 0.42 0.21 0.23 0.39 0.18
C8 0.34 0.17 0.30 0.32 0.18 0.46 0.14 0.46 0.17 0.22 0.15 0.28 0.23 0.49 0.59 0.49 0.23 0.25 0.36 0.17
N1 0.32 0.17 0.29 0.26 0.21 0.38 0.16 0.39 0.16 0.21 0.19 0.31 0.26 0.49 0.47 0.42 0.21 0.22 0.37 0.15
N2 0.34 0.25 0.31 0.27 0.16 0.39 0.14 0.44 0.19 0.26 0.15 0.29 0.32 0.52 0.44 0.44 0.25 0.25 0.33 0.14
N3 0.35 0.21 0.30 0.29 0.16 0.43 0.13 0.46 0.18 0.24 0.14 0.27 0.29 0.51 0.51 0.48 0.24 0.24 0.33 0.14
N7 0.32 0.16 0.31 0.32 0.19 0.43 0.15 0.44 0.16 0.21 0.17 0.29 0.22 0.48 0.59 0.46 0.23 0.24 0.38 0.18
N9 0.34 0.19 0.30 0.31 0.17 0.46 0.14 0.47 0.17 0.23 0.14 0.27 0.26 0.50 0.57 0.50 0.23 0.25 0.34 0.15
O2' 0.25 0.23 0.30 0.24 0.30 0.33 0.28 0.35 0.24 0.23 0.27 0.38 0.24 0.50 0.49 0.35 0.27 0.40 0.48 0.25
O3' 0.75 0.88 0.61 0.69 1.31 0.76 1.32 0.91 1.13 0.93 1.09 1.52 0.64 0.38 0.49 0.85 1.29 1.15 1.41 1.32
O4' 0.40 0.37 0.39 0.39 0.57 0.48 0.51 0.50 0.41 0.37 0.48 0.75 0.35 0.45 0.47 0.53 0.53 0.29 0.49 0.42
O5' 0.95 1.31 0.99 1.00 2.07 0.87 1.98 1.06 1.63 1.31 1.73 2.46 0.95 0.64 0.57 0.91 1.60 1.50 1.93 1.70
O6 0.30 0.17 0.32 0.30 0.24 0.37 0.19 0.37 0.18 0.19 0.24 0.32 0.20 0.47 0.52 0.39 0.23 0.24 0.43 0.22
OP1 1.12 1.42 1.10 1.17 2.36 1.13 2.32 1.35 1.88 1.46 1.89 2.88 1.02 0.80 0.85 1.18 1.87 1.80 2.32 2.03
OP2 1.97 2.42 2.05 2.13 3.33 1.92 3.26 2.16 2.85 2.44 2.91 3.76 1.92 1.54 1.73 1.91 2.77 2.73 3.21 2.90
P 1.27 1.69 1.33 1.37 2.58 1.20 2.50 1.44 2.09 1.70 2.17 3.03 1.25 0.87 0.94 1.22 2.03 1.97 2.45 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.19 0.01 0.11 0.20 0.44 0.15
C2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.11 0.07 0.28 0.28 0.38 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.17 0.12 0.03 0.04 0.07 0.14 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.37 0.18
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.25 0.00 0.29 0.02 0.26 0.15 0.18 0.27 0.09 0.03 0.01 0.01 0.25 0.20 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.25 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.18 0.03 0.44 0.36 0.38 0.29
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.07 0.11 0.04 0.21 0.03 0.01 0.02 0.13 0.32 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.29 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.26 0.03 0.47 0.37 0.38 0.30
C5' 0.10 0.17 0.17 0.02 0.24 0.01 0.26 0.00 0.24 0.17 0.20 0.25 0.14 0.09 0.14 0.02 0.01 0.23 0.26 0.03
C6 0.01 0.01 0.12 0.26 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.04 0.40 0.32 0.38 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.02 0.28 0.27 0.39 0.18
N3 0.02 0.00 0.04 0.18 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.10 0.06 0.36 0.32 0.37 0.24
N4 0.02 0.01 0.07 0.27 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.22 0.03 0.47 0.39 0.41 0.33
O2 0.03 0.00 0.14 0.09 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.22 0.10 0.20 0.24 0.38 0.15
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.22 0.21 0.21 0.09 0.17 0.12 0.21 0.24 0.22 0.00 0.06 0.15 0.16 0.22 0.38 0.12
O3' 0.19 0.11 0.01 0.01 0.18 0.03 0.26 0.14 0.22 0.10 0.10 0.22 0.22 0.06 0.00 0.17 0.26 0.41 0.22 0.27
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.10 0.15 0.17 0.00 0.17 0.22 0.54 0.25
O5' 0.11 0.28 0.19 0.25 0.44 0.02 0.47 0.01 0.40 0.28 0.36 0.47 0.20 0.16 0.26 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.28 0.24 0.20 0.36 0.13 0.37 0.23 0.32 0.27 0.32 0.39 0.24 0.22 0.41 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.38 0.37 0.21 0.38 0.32 0.38 0.26 0.38 0.39 0.37 0.41 0.38 0.38 0.22 0.54 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.19 0.18 0.16 0.29 0.06 0.30 0.03 0.23 0.18 0.24 0.33 0.15 0.12 0.27 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00