ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50641

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 5, 1, 4, 1, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.003, 0.026, 0.050, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.023 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.032 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.033 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.005, 0.036, 0.068, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.036 std_dev=0.031
C8 A 0, -0.001, 0.035, 0.071, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.035 std_dev=0.036
N2 A 0, -0.008, 0.042, 0.091, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.042 std_dev=0.049
N3 B 0, 0.366, 0.634, 0.902, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.634 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.404, 0.712, 1.020, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.712 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.455, 0.768, 1.082, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.768 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.672, 1.007, 1.342, 1.374 max_d=1.374 avg_d=1.007 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.677, 1.018, 1.358, 1.423 max_d=1.423 avg_d=1.018 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.514, 0.862, 1.210, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.862 std_dev=0.348
N4 B 0, 0.413, 0.810, 1.207, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.810 std_dev=0.397
O2 B 0, 0.379, 0.782, 1.184, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.782 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.588, 1.013, 1.438, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.013 std_dev=0.425
O4' B 0, 0.717, 1.200, 1.683, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.200 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.846, 1.407, 1.968, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.407 std_dev=0.561
O2' B 0, 0.963, 1.634, 2.305, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.634 std_dev=0.671
C3' B 0, 1.101, 1.825, 2.548, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.825 std_dev=0.723
C4' B 0, 0.941, 1.667, 2.392, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.667 std_dev=0.726
C5' B 0, 1.222, 2.039, 2.855, 3.794 max_d=3.794 avg_d=2.039 std_dev=0.817
P B 0, 1.337, 2.195, 3.053, 3.326 max_d=3.326 avg_d=2.195 std_dev=0.858
OP1 B 0, 1.289, 2.172, 3.055, 3.144 max_d=3.144 avg_d=2.172 std_dev=0.883
C2' A 0, 1.208, 2.101, 2.993, 2.749 max_d=2.749 avg_d=2.101 std_dev=0.893
O4' A 0, 1.045, 1.954, 2.863, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.954 std_dev=0.909
O5' B 0, 1.539, 2.452, 3.365, 3.688 max_d=3.688 avg_d=2.452 std_dev=0.913
OP2 B 0, 1.564, 2.494, 3.424, 3.645 max_d=3.645 avg_d=2.494 std_dev=0.930
O3' B 0, 1.419, 2.363, 3.306, 3.835 max_d=3.835 avg_d=2.363 std_dev=0.944
O2' A 0, 1.936, 3.103, 4.269, 4.485 max_d=4.485 avg_d=3.103 std_dev=1.166
C4' A 0, 1.468, 2.760, 4.052, 3.755 max_d=3.755 avg_d=2.760 std_dev=1.292
C3' A 0, 1.528, 2.858, 4.187, 3.876 max_d=3.876 avg_d=2.858 std_dev=1.330
O3' A 0, 1.787, 3.245, 4.702, 4.511 max_d=4.511 avg_d=3.245 std_dev=1.458
C5' A 0, 2.345, 4.820, 7.295, 6.620 max_d=6.620 avg_d=4.820 std_dev=2.475
O5' A 0, 2.074, 5.067, 8.059, 7.245 max_d=7.245 avg_d=5.067 std_dev=2.992
P A 0, 2.537, 6.698, 10.858, 9.806 max_d=9.806 avg_d=6.698 std_dev=4.161
OP2 A 0, 3.074, 7.583, 12.093, 10.953 max_d=10.953 avg_d=7.583 std_dev=4.510
OP1 A 0, 2.877, 8.092, 13.306, 12.011 max_d=12.011 avg_d=8.092 std_dev=5.215

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.20 0.03 0.44 0.36 0.26
C2 0.06 0.00 0.47 1.03 0.01 0.73 0.01 1.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 1.08 0.33 1.45 0.01 1.05 2.48 1.62
C2' 0.00 0.47 0.00 0.00 0.24 0.02 0.12 0.10 0.21 0.22 0.36 0.56 0.46 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.16 0.56 0.59 0.46
C3' 0.01 1.03 0.00 0.00 0.47 0.00 0.23 0.01 0.43 0.51 0.78 1.30 0.99 0.32 0.09 0.02 0.01 0.02 0.19 0.32 0.35 0.46 0.28
C4 0.03 0.01 0.24 0.47 0.00 0.31 0.00 0.37 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.44 0.17 0.60 0.01 0.24 1.18 0.58
C4' 0.01 0.73 0.02 0.00 0.31 0.00 0.11 0.00 0.25 0.41 0.53 0.94 0.70 0.27 0.05 0.15 0.03 0.00 0.01 0.16 0.29 0.32 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.23 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.21 0.06 0.46 0.01 0.66 0.95 0.43
C5' 0.05 1.05 0.10 0.01 0.37 0.00 0.11 0.00 0.31 0.66 0.75 1.42 0.96 0.50 0.12 0.06 0.12 0.01 0.01 0.20 0.32 0.42 0.01
C6 0.03 0.01 0.21 0.43 0.01 0.25 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.44 0.12 0.64 0.00 0.40 1.47 0.65
C8 0.02 0.02 0.22 0.51 0.01 0.41 0.00 0.66 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.47 0.20 0.91 0.02 1.47 0.67 1.06
N1 0.05 0.00 0.36 0.78 0.02 0.53 0.01 0.75 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.83 0.24 1.10 0.01 0.57 2.20 1.25
N2 0.08 0.00 0.56 1.30 0.02 0.94 0.01 1.42 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.45 1.42 0.40 1.90 0.01 1.73 3.11 2.19
N3 0.06 0.01 0.46 0.99 0.00 0.70 0.01 0.96 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.36 0.97 0.34 1.28 0.01 0.86 1.98 1.33
N7 0.01 0.01 0.11 0.32 0.01 0.27 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.29 0.12 0.77 0.03 1.46 0.52 0.91
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01 0.35 0.02 0.64 0.48 0.37
O2' 0.01 0.39 0.00 0.02 0.23 0.15 0.19 0.06 0.26 0.08 0.34 0.45 0.36 0.11 0.09 0.00 0.05 0.10 0.12 0.24 0.58 0.65 0.42
O3' 0.12 1.08 0.01 0.01 0.44 0.03 0.21 0.12 0.44 0.47 0.83 1.42 0.97 0.29 0.06 0.05 0.00 0.07 0.25 0.33 0.36 0.56 0.21
O4' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.17 0.00 0.06 0.01 0.12 0.20 0.24 0.40 0.34 0.12 0.01 0.10 0.07 0.00 0.12 0.09 0.34 0.17 0.11
O5' 0.20 1.45 0.22 0.19 0.60 0.01 0.46 0.01 0.64 0.91 1.10 1.90 1.28 0.77 0.35 0.12 0.25 0.12 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.16 0.32 0.01 0.16 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.24 0.33 0.09 0.57 0.00 0.69 1.33 0.57
OP1 0.44 1.05 0.56 0.35 0.24 0.29 0.66 0.32 0.40 1.47 0.57 1.73 0.86 1.46 0.64 0.58 0.36 0.34 0.01 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 2.48 0.59 0.46 1.18 0.32 0.95 0.42 1.47 0.67 2.20 3.11 1.98 0.52 0.48 0.65 0.56 0.17 0.01 1.33 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.62 0.46 0.28 0.58 0.09 0.43 0.01 0.65 1.06 1.25 2.19 1.33 0.91 0.37 0.42 0.21 0.11 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.28 0.37 0.42 0.21 0.50 0.21 0.48 0.23 0.27 0.22 0.25 0.37 0.48 0.71 0.47 0.33 0.22 0.16 0.17
C2 0.29 0.26 0.29 0.29 0.24 0.35 0.23 0.38 0.21 0.23 0.22 0.31 0.35 0.38 0.49 0.37 0.37 0.22 0.17 0.19
C2' 0.51 0.45 0.49 0.53 0.51 0.53 0.54 0.49 0.52 0.48 0.46 0.54 0.45 0.49 0.69 0.55 0.78 0.67 0.57 0.65
C3' 0.74 0.80 0.67 0.75 1.15 0.75 1.17 0.79 1.03 0.86 0.96 1.32 0.61 0.52 0.76 0.80 1.24 1.22 1.28 1.24
C4 0.35 0.28 0.37 0.42 0.25 0.46 0.25 0.45 0.26 0.28 0.24 0.29 0.34 0.47 0.67 0.44 0.38 0.28 0.19 0.22
C4' 0.30 0.40 0.37 0.42 0.79 0.35 0.77 0.34 0.59 0.42 0.60 1.01 0.26 0.33 0.59 0.33 0.75 0.72 0.87 0.74
C5 0.38 0.29 0.42 0.48 0.28 0.49 0.29 0.48 0.31 0.32 0.26 0.30 0.31 0.51 0.73 0.45 0.42 0.37 0.25 0.29
C5' 0.41 0.65 0.51 0.58 1.28 0.42 1.23 0.50 0.94 0.67 0.98 1.62 0.36 0.35 0.62 0.39 1.04 1.09 1.35 1.12
C6 0.37 0.28 0.41 0.45 0.30 0.46 0.31 0.46 0.33 0.32 0.27 0.31 0.28 0.49 0.67 0.43 0.44 0.39 0.28 0.32
C8 0.40 0.30 0.45 0.53 0.27 0.55 0.29 0.52 0.32 0.33 0.26 0.28 0.33 0.55 0.81 0.48 0.42 0.38 0.25 0.30
N1 0.32 0.25 0.32 0.34 0.27 0.37 0.27 0.39 0.27 0.27 0.24 0.32 0.30 0.41 0.52 0.38 0.40 0.30 0.21 0.24
N2 0.26 0.26 0.24 0.22 0.23 0.29 0.22 0.36 0.18 0.21 0.22 0.34 0.37 0.33 0.36 0.32 0.39 0.22 0.20 0.22
N3 0.31 0.27 0.32 0.33 0.23 0.40 0.23 0.41 0.22 0.25 0.23 0.30 0.36 0.42 0.56 0.40 0.36 0.21 0.16 0.17
N7 0.41 0.31 0.47 0.55 0.29 0.55 0.31 0.53 0.35 0.35 0.28 0.29 0.32 0.56 0.82 0.49 0.45 0.43 0.30 0.35
N9 0.37 0.28 0.40 0.45 0.24 0.50 0.25 0.48 0.27 0.29 0.24 0.28 0.35 0.50 0.73 0.46 0.38 0.29 0.19 0.22
O2' 0.61 0.58 0.63 0.65 0.51 0.66 0.51 0.62 0.53 0.57 0.55 0.48 0.64 0.67 0.83 0.64 0.71 0.57 0.43 0.53
O3' 0.96 0.98 0.84 0.94 1.37 0.97 1.42 1.05 1.28 1.08 1.14 1.53 0.77 0.66 0.89 1.04 1.52 1.52 1.60 1.55
O4' 0.26 0.16 0.28 0.30 0.34 0.40 0.30 0.35 0.18 0.16 0.23 0.51 0.25 0.42 0.61 0.39 0.31 0.22 0.35 0.23
O5' 0.73 1.05 0.86 0.87 1.79 0.64 1.72 0.80 1.39 1.07 1.44 2.18 0.70 0.64 0.65 0.64 1.39 1.48 1.78 1.52
O6 0.41 0.30 0.46 0.52 0.32 0.50 0.36 0.50 0.39 0.36 0.29 0.32 0.25 0.53 0.72 0.46 0.50 0.49 0.37 0.41
OP1 0.25 0.59 0.36 0.30 1.71 0.18 1.63 0.38 1.10 0.62 1.16 2.32 0.33 0.73 0.34 0.18 1.04 1.27 1.75 1.32
OP2 2.04 2.43 2.15 2.34 3.39 2.08 3.34 2.32 2.92 2.49 2.93 3.84 1.90 1.63 2.13 2.01 2.98 3.12 3.45 3.13
P 0.89 1.30 1.02 1.11 2.24 0.86 2.17 1.10 1.75 1.33 1.80 2.73 0.82 0.66 0.89 0.83 1.75 1.90 2.27 1.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.17 0.01 0.20 0.21 0.33 0.16
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.17 0.11 0.37 0.27 0.23 0.23
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.10 0.12 0.03 0.11 0.06 0.21 0.00 0.02 0.02 0.37 0.42 0.40 0.33
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.24 0.00 0.25 0.01 0.21 0.14 0.21 0.27 0.14 0.01 0.00 0.01 0.35 0.39 0.23 0.25
C4 0.01 0.02 0.05 0.24 0.00 0.16 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.20 0.05 0.49 0.31 0.28 0.34
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.21 0.08 0.10 0.18 0.13 0.16 0.02 0.00 0.01 0.16 0.32 0.05
C5 0.02 0.02 0.10 0.25 0.00 0.23 0.00 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.21 0.11 0.52 0.33 0.29 0.38
C5' 0.06 0.16 0.10 0.01 0.33 0.00 0.39 0.00 0.32 0.16 0.24 0.37 0.15 0.07 0.11 0.01 0.01 0.25 0.39 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.21 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.17 0.13 0.46 0.28 0.24 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.11 0.02 0.35 0.25 0.24 0.21
N3 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.18 0.08 0.43 0.29 0.23 0.27
N4 0.02 0.02 0.06 0.27 0.00 0.18 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.21 0.23 0.06 0.51 0.34 0.34 0.38
O2 0.05 0.01 0.21 0.14 0.02 0.13 0.03 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.20 0.24 0.20 0.33 0.29 0.26 0.23
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.19 0.16 0.28 0.07 0.27 0.12 0.11 0.21 0.20 0.00 0.04 0.11 0.24 0.37 0.40 0.26
O3' 0.17 0.17 0.02 0.00 0.20 0.02 0.21 0.11 0.17 0.11 0.18 0.23 0.24 0.04 0.00 0.10 0.29 0.45 0.24 0.27
O4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.08 0.06 0.20 0.11 0.10 0.00 0.13 0.18 0.39 0.19
O5' 0.20 0.37 0.37 0.35 0.49 0.01 0.52 0.01 0.46 0.35 0.43 0.51 0.33 0.24 0.29 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.27 0.42 0.39 0.31 0.16 0.33 0.25 0.28 0.25 0.29 0.34 0.29 0.37 0.45 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.23 0.40 0.23 0.28 0.32 0.29 0.39 0.24 0.24 0.23 0.34 0.26 0.40 0.24 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.23 0.33 0.25 0.34 0.05 0.38 0.01 0.29 0.21 0.27 0.38 0.23 0.26 0.27 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00