ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50642

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 4, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.017, 0.035, 0.052, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.014, 0.038, 0.061, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.045 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.020, 0.054, 0.089, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.054 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.019, 0.057, 0.095, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.057 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.022, 0.067, 0.111, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.067 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.335, 0.596, 0.856, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.596 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.634, 0.910, 1.187, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.910 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.505, 0.806, 1.107, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.806 std_dev=0.301
C2' A 0, 0.356, 0.664, 0.971, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.664 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.573, 0.896, 1.219, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.896 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.591, 0.922, 1.253, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.922 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.599, 0.958, 1.316, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.958 std_dev=0.358
N1 B 0, 0.664, 1.031, 1.398, 1.316 max_d=1.316 avg_d=1.031 std_dev=0.367
C4' A 0, 0.524, 0.912, 1.299, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.912 std_dev=0.388
O2 B 0, 0.752, 1.171, 1.589, 1.727 max_d=1.727 avg_d=1.171 std_dev=0.419
N4 B 0, 0.765, 1.224, 1.683, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.224 std_dev=0.459
C3' A 0, 0.525, 1.008, 1.490, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.008 std_dev=0.482
O2' A 0, 0.442, 0.928, 1.415, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.928 std_dev=0.487
C5' A 0, 0.930, 1.467, 2.003, 1.889 max_d=1.889 avg_d=1.467 std_dev=0.536
C1' B 0, 0.862, 1.416, 1.970, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.416 std_dev=0.554
O4' B 0, 0.944, 1.593, 2.241, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.593 std_dev=0.649
P A 0, 0.798, 1.463, 2.128, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.463 std_dev=0.665
O5' A 0, 0.965, 1.658, 2.351, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.658 std_dev=0.693
OP2 A 0, 0.607, 1.347, 2.088, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.347 std_dev=0.741
O3' A 0, 0.702, 1.452, 2.202, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.452 std_dev=0.750
C2' B 0, 1.036, 1.787, 2.537, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.787 std_dev=0.751
O5' B 0, 1.208, 1.961, 2.715, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.961 std_dev=0.753
O2' B 0, 1.107, 1.898, 2.688, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.898 std_dev=0.791
C4' B 0, 1.120, 2.041, 2.961, 3.493 max_d=3.493 avg_d=2.041 std_dev=0.920
C5' B 0, 1.249, 2.170, 3.091, 3.339 max_d=3.339 avg_d=2.170 std_dev=0.921
OP2 B 0, 1.344, 2.266, 3.187, 4.182 max_d=4.182 avg_d=2.266 std_dev=0.921
P B 0, 1.177, 2.140, 3.103, 3.981 max_d=3.981 avg_d=2.140 std_dev=0.963
C3' B 0, 1.137, 2.193, 3.250, 4.063 max_d=4.063 avg_d=2.193 std_dev=1.056
OP1 B 0, 1.340, 2.571, 3.802, 4.414 max_d=4.414 avg_d=2.571 std_dev=1.231
O3' B 0, 1.145, 2.481, 3.818, 5.516 max_d=5.516 avg_d=2.481 std_dev=1.336
OP1 A 0, 1.116, 2.473, 3.830, 4.241 max_d=4.241 avg_d=2.473 std_dev=1.357

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.03 0.23 0.01 0.18 0.02 0.19 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.18 0.17 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.33 0.08 0.20 0.01 0.20 0.52 0.24
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03 0.16 0.06 0.12 0.12 0.22 0.18 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.35 0.04 0.45 0.49 0.36
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.17 0.01 0.24 0.02 0.24 0.31 0.19 0.18 0.16 0.32 0.17 0.02 0.01 0.03 0.22 0.27 0.28 0.70 0.34
C4 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.16 0.04 0.20 0.01 0.21 0.50 0.24
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.06 0.05 0.04 0.15 0.08 0.25 0.02 0.01 0.02 0.12 0.08 0.38 0.08
C5 0.02 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.09 0.03 0.21 0.01 0.23 0.61 0.27
C5' 0.07 0.12 0.16 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.20 0.22 0.16 0.10 0.11 0.24 0.14 0.11 0.19 0.01 0.01 0.22 0.11 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.09 0.04 0.20 0.00 0.23 0.65 0.27
C8 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.23 0.07 0.22 0.02 0.24 0.54 0.27
N1 0.03 0.01 0.12 0.19 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.20 0.06 0.20 0.01 0.21 0.60 0.25
N2 0.05 0.01 0.22 0.18 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.25 0.45 0.11 0.20 0.02 0.20 0.50 0.23
N3 0.04 0.01 0.18 0.16 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.35 0.08 0.20 0.01 0.20 0.46 0.23
N7 0.03 0.02 0.09 0.32 0.02 0.15 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.23 0.06 0.21 0.02 0.25 0.66 0.29
N9 0.00 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.08 0.01 0.21 0.02 0.21 0.44 0.24
O2' 0.03 0.22 0.00 0.02 0.18 0.25 0.24 0.11 0.25 0.23 0.23 0.25 0.18 0.26 0.15 0.00 0.06 0.18 0.19 0.28 0.29 0.50 0.25
O3' 0.23 0.33 0.02 0.01 0.16 0.02 0.09 0.19 0.09 0.23 0.20 0.45 0.35 0.23 0.08 0.06 0.00 0.17 0.30 0.11 0.38 1.11 0.56
O4' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06 0.11 0.08 0.06 0.01 0.18 0.17 0.00 0.09 0.05 0.09 0.22 0.09
O5' 0.18 0.20 0.35 0.22 0.20 0.02 0.21 0.01 0.20 0.22 0.20 0.20 0.20 0.21 0.21 0.19 0.30 0.09 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.27 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.11 0.05 0.20 0.00 0.24 0.70 0.27
OP1 0.19 0.20 0.45 0.28 0.21 0.08 0.23 0.11 0.23 0.24 0.21 0.20 0.20 0.25 0.21 0.29 0.38 0.09 0.02 0.24 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.52 0.49 0.70 0.50 0.38 0.61 0.30 0.65 0.54 0.60 0.50 0.46 0.66 0.44 0.50 1.11 0.22 0.02 0.70 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.24 0.36 0.34 0.24 0.08 0.27 0.02 0.27 0.27 0.25 0.23 0.23 0.29 0.24 0.25 0.56 0.09 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.21 0.40 0.42 0.32 0.30 0.31 0.27 0.25 0.22 0.25 0.43 0.22 0.54 0.53 0.24 0.55 0.46 0.74 0.56
C2 0.31 0.23 0.45 0.44 0.31 0.33 0.30 0.30 0.27 0.26 0.24 0.39 0.28 0.57 0.49 0.27 0.54 0.36 0.65 0.51
C2' 0.31 0.31 0.43 0.47 0.47 0.35 0.42 0.33 0.34 0.30 0.41 0.60 0.29 0.55 0.57 0.30 0.68 0.59 0.96 0.72
C3' 0.41 0.37 0.51 0.56 0.45 0.47 0.42 0.42 0.37 0.36 0.41 0.56 0.38 0.60 0.67 0.41 0.70 0.58 0.94 0.72
C4 0.25 0.18 0.37 0.38 0.30 0.28 0.28 0.26 0.22 0.19 0.23 0.40 0.20 0.50 0.51 0.23 0.49 0.40 0.63 0.48
C4' 0.27 0.23 0.38 0.41 0.32 0.31 0.31 0.29 0.26 0.23 0.26 0.42 0.24 0.49 0.52 0.26 0.53 0.45 0.73 0.55
C5 0.20 0.15 0.29 0.32 0.28 0.24 0.24 0.22 0.18 0.14 0.23 0.38 0.15 0.41 0.53 0.21 0.42 0.37 0.53 0.41
C5' 0.24 0.27 0.28 0.28 0.37 0.26 0.36 0.25 0.30 0.26 0.32 0.46 0.27 0.32 0.43 0.26 0.41 0.28 0.62 0.44
C6 0.20 0.14 0.26 0.31 0.28 0.24 0.23 0.22 0.17 0.14 0.24 0.37 0.14 0.38 0.53 0.21 0.39 0.32 0.47 0.37
C8 0.19 0.14 0.29 0.33 0.29 0.24 0.25 0.22 0.18 0.14 0.23 0.40 0.14 0.41 0.54 0.20 0.42 0.42 0.57 0.43
N1 0.26 0.18 0.36 0.36 0.29 0.28 0.26 0.26 0.21 0.20 0.23 0.37 0.23 0.48 0.49 0.24 0.46 0.32 0.53 0.42
N2 0.37 0.29 0.52 0.51 0.32 0.38 0.35 0.36 0.33 0.32 0.25 0.39 0.33 0.63 0.51 0.32 0.61 0.35 0.71 0.56
N3 0.30 0.22 0.44 0.45 0.31 0.32 0.31 0.30 0.27 0.24 0.23 0.40 0.26 0.57 0.51 0.26 0.56 0.41 0.70 0.54
N7 0.17 0.13 0.24 0.31 0.28 0.23 0.23 0.21 0.15 0.11 0.23 0.38 0.12 0.36 0.56 0.20 0.38 0.39 0.50 0.39
N9 0.24 0.17 0.36 0.39 0.30 0.28 0.28 0.25 0.22 0.18 0.23 0.41 0.19 0.50 0.53 0.23 0.50 0.43 0.66 0.50
O2' 0.21 0.27 0.35 0.39 0.44 0.23 0.37 0.22 0.27 0.23 0.39 0.59 0.28 0.53 0.50 0.20 0.55 0.55 0.81 0.56
O3' 0.15 0.23 0.33 0.42 0.49 0.25 0.39 0.18 0.24 0.16 0.40 0.69 0.20 0.48 0.59 0.13 0.47 0.46 0.69 0.49
O4' 0.23 0.16 0.37 0.38 0.27 0.26 0.27 0.24 0.21 0.18 0.18 0.37 0.19 0.50 0.51 0.21 0.47 0.41 0.61 0.47
O5' 0.15 0.21 0.26 0.25 0.37 0.16 0.34 0.14 0.26 0.20 0.30 0.48 0.16 0.32 0.41 0.13 0.36 0.38 0.52 0.36
O6 0.15 0.16 0.15 0.26 0.28 0.21 0.22 0.21 0.15 0.12 0.27 0.36 0.11 0.25 0.57 0.21 0.31 0.29 0.38 0.31
OP1 0.16 0.23 0.28 0.22 0.35 0.15 0.33 0.14 0.27 0.22 0.30 0.44 0.19 0.30 0.36 0.12 0.32 0.36 0.51 0.33
OP2 0.62 0.71 0.56 0.50 0.77 0.56 0.75 0.58 0.71 0.69 0.75 0.82 0.70 0.49 0.51 0.64 0.49 0.44 0.54 0.46
P 0.17 0.28 0.27 0.20 0.42 0.14 0.39 0.13 0.32 0.26 0.37 0.51 0.22 0.28 0.32 0.15 0.25 0.33 0.43 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.18 0.01 0.20 0.18 0.23 0.16
C2 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.20 0.03 0.30 0.28 0.36 0.26
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.12 0.08 0.03 0.05 0.08 0.06 0.00 0.04 0.01 0.47 0.41 0.58 0.45
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.05 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.34 0.46 0.47 0.38
C4 0.03 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.11 0.03 0.34 0.41 0.42 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.01 0.00 0.02 0.12 0.16 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.06 0.04 0.33 0.44 0.39 0.29
C5' 0.05 0.09 0.12 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.14 0.10 0.11 0.14 0.09 0.04 0.14 0.01 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.06 0.05 0.31 0.36 0.33 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.28 0.26 0.31 0.22
N3 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.17 0.03 0.32 0.34 0.41 0.30
N4 0.04 0.02 0.08 0.09 0.01 0.04 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.10 0.03 0.34 0.45 0.45 0.34
O2 0.06 0.01 0.06 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.30 0.08 0.28 0.26 0.35 0.25
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.17 0.08 0.17 0.04 0.14 0.08 0.13 0.18 0.09 0.00 0.06 0.04 0.50 0.51 0.71 0.53
O3' 0.18 0.20 0.04 0.01 0.11 0.01 0.06 0.14 0.06 0.13 0.17 0.10 0.30 0.06 0.00 0.12 0.28 0.64 0.53 0.45
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04 0.12 0.00 0.09 0.15 0.26 0.13
O5' 0.20 0.30 0.47 0.34 0.34 0.02 0.33 0.01 0.31 0.28 0.32 0.34 0.28 0.50 0.28 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.28 0.41 0.46 0.41 0.12 0.44 0.08 0.36 0.26 0.34 0.45 0.26 0.51 0.64 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.36 0.58 0.47 0.42 0.16 0.39 0.21 0.33 0.31 0.41 0.45 0.35 0.71 0.53 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.26 0.45 0.38 0.31 0.04 0.29 0.02 0.25 0.22 0.30 0.34 0.25 0.53 0.45 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00