ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50644

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.018, 0.042, 0.066, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.042 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.016, 0.042, 0.067, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.026, 0.059, 0.091, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.059 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.016, 0.052, 0.087, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.052 std_dev=0.036
C2 A 0, 0.003, 0.043, 0.082, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.043 std_dev=0.039
N3 A 0, 0.010, 0.051, 0.092, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.051 std_dev=0.041
N2 A 0, 0.013, 0.060, 0.107, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.060 std_dev=0.047
N7 A 0, 0.037, 0.086, 0.136, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.086 std_dev=0.049
O6 A 0, 0.029, 0.085, 0.141, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.085 std_dev=0.056
C8 A 0, 0.047, 0.105, 0.162, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.105 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.517, 0.885, 1.252, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.885 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.504, 0.897, 1.290, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.897 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.535, 0.938, 1.342, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.938 std_dev=0.403
N3 B 0, 0.597, 1.035, 1.473, 1.388 max_d=1.388 avg_d=1.035 std_dev=0.438
O4' A 0, 0.397, 0.853, 1.310, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.853 std_dev=0.456
C4 B 0, 0.719, 1.380, 2.041, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.380 std_dev=0.661
C3' A 0, 0.436, 1.110, 1.783, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.110 std_dev=0.674
O2' B 0, 0.918, 1.595, 2.273, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.595 std_dev=0.678
C2' B 0, 0.965, 1.664, 2.363, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.664 std_dev=0.699
C1' B 0, 0.885, 1.620, 2.355, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.620 std_dev=0.735
C4' A 0, 0.407, 1.156, 1.906, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.156 std_dev=0.749
O2' A 0, 0.725, 1.488, 2.250, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.488 std_dev=0.763
O3' A 0, 0.692, 1.496, 2.300, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.496 std_dev=0.804
C6 B 0, 0.571, 1.435, 2.299, 2.738 max_d=2.738 avg_d=1.435 std_dev=0.864
N9 B 0, 0.790, 1.712, 2.634, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.712 std_dev=0.922
C5 B 0, 0.634, 1.679, 2.724, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.679 std_dev=1.045
OP2 A 0, 0.329, 1.594, 2.858, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.594 std_dev=1.265
N6 B 0, 0.460, 1.743, 3.026, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.743 std_dev=1.283
C3' B 0, 1.098, 2.462, 3.825, 4.286 max_d=4.286 avg_d=2.462 std_dev=1.363
C5' A 0, 0.413, 1.789, 3.164, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.789 std_dev=1.376
O4' B 0, 0.812, 2.231, 3.651, 4.312 max_d=4.312 avg_d=2.231 std_dev=1.419
C8 B 0, 0.714, 2.197, 3.681, 4.374 max_d=4.374 avg_d=2.197 std_dev=1.484
O5' A 0, 0.216, 1.736, 3.255, 4.151 max_d=4.151 avg_d=1.736 std_dev=1.519
C4' B 0, 1.035, 2.567, 4.098, 4.747 max_d=4.747 avg_d=2.567 std_dev=1.532
O3' B 0, 1.208, 2.822, 4.436, 5.040 max_d=5.040 avg_d=2.822 std_dev=1.614
N7 B 0, 0.605, 2.223, 3.841, 4.682 max_d=4.682 avg_d=2.223 std_dev=1.618
P A 0, 0.185, 2.112, 4.039, 5.125 max_d=5.125 avg_d=2.112 std_dev=1.927
C5' B 0, 0.909, 3.439, 5.968, 7.234 max_d=7.234 avg_d=3.439 std_dev=2.529
OP1 A 0, 0.095, 2.645, 5.196, 6.666 max_d=6.666 avg_d=2.645 std_dev=2.550
O5' B 0, 0.939, 3.856, 6.773, 8.405 max_d=8.405 avg_d=3.856 std_dev=2.917
OP1 B 0, 0.997, 4.142, 7.287, 8.981 max_d=8.981 avg_d=4.142 std_dev=3.145
P B 0, 0.793, 4.347, 7.900, 9.864 max_d=9.864 avg_d=4.347 std_dev=3.553
OP2 B 0, 0.760, 4.598, 8.436, 10.446 max_d=10.446 avg_d=4.598 std_dev=3.838

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.00 0.04 0.27 0.01 0.05 0.03 0.10 0.13 0.05
C2 0.07 0.00 0.46 0.38 0.01 0.14 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.41 0.23 0.04 0.81 0.36 0.43
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.24 0.02 0.11 0.14 0.21 0.26 0.35 0.58 0.46 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.66 0.58 0.50
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.34 0.01 0.38 0.02 0.43 0.21 0.43 0.39 0.33 0.32 0.23 0.05 0.00 0.02 0.02 0.47 0.53 0.21 0.21
C4 0.03 0.01 0.24 0.34 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.09 0.19 0.28 0.04 0.74 0.37 0.45
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.02 0.11 0.30 0.05 0.22 0.16 0.28 0.11 0.33 0.02 0.01 0.04 0.19 0.34 0.20 0.02
C5 0.01 0.00 0.11 0.38 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.13 0.05 0.45 0.03 1.13 0.56 0.69
C5' 0.02 0.13 0.14 0.02 0.07 0.02 0.22 0.00 0.19 0.38 0.07 0.22 0.14 0.39 0.14 0.16 0.19 0.03 0.02 0.30 0.26 0.27 0.03
C6 0.01 0.02 0.21 0.43 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.17 0.18 0.12 0.47 0.01 1.31 0.62 0.77
C8 0.04 0.01 0.26 0.21 0.01 0.30 0.01 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.51 0.02 0.29 0.44 0.05 0.80 0.49 0.59
N1 0.04 0.01 0.35 0.43 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.29 0.36 0.03 1.13 0.50 0.63
N2 0.06 0.01 0.58 0.39 0.01 0.22 0.01 0.22 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.42 0.16 0.49 0.18 0.05 0.72 0.31 0.36
N3 0.07 0.01 0.46 0.33 0.00 0.16 0.02 0.14 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.25 0.13 0.41 0.17 0.05 0.58 0.28 0.32
N7 0.03 0.01 0.14 0.32 0.02 0.28 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.48 0.11 0.19 0.54 0.05 1.21 0.65 0.80
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.07 0.02 0.25 0.05 0.49 0.30 0.34
O2' 0.04 0.23 0.01 0.05 0.05 0.33 0.25 0.16 0.17 0.51 0.06 0.42 0.25 0.48 0.20 0.00 0.03 0.25 0.20 0.25 0.78 0.59 0.47
O3' 0.27 0.14 0.01 0.00 0.09 0.02 0.13 0.19 0.18 0.02 0.16 0.16 0.13 0.11 0.07 0.03 0.00 0.19 0.18 0.23 0.45 0.09 0.08
O4' 0.01 0.41 0.01 0.02 0.19 0.01 0.05 0.03 0.12 0.29 0.29 0.49 0.41 0.19 0.02 0.25 0.19 0.00 0.10 0.05 0.04 0.42 0.18
O5' 0.05 0.23 0.33 0.02 0.28 0.04 0.45 0.02 0.47 0.44 0.36 0.18 0.17 0.54 0.25 0.20 0.18 0.10 0.00 0.57 0.03 0.01 0.01
O6 0.03 0.04 0.16 0.47 0.04 0.19 0.03 0.30 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.25 0.23 0.05 0.57 0.00 1.56 0.75 0.93
OP1 0.10 0.81 0.66 0.53 0.74 0.34 1.13 0.26 1.31 0.80 1.13 0.72 0.58 1.21 0.49 0.78 0.45 0.04 0.03 1.56 0.00 0.05 0.04
OP2 0.13 0.36 0.58 0.21 0.37 0.20 0.56 0.27 0.62 0.49 0.50 0.31 0.28 0.65 0.30 0.59 0.09 0.42 0.01 0.75 0.05 0.00 0.01
P 0.05 0.43 0.50 0.21 0.45 0.02 0.69 0.03 0.77 0.59 0.63 0.36 0.32 0.80 0.34 0.47 0.08 0.18 0.01 0.93 0.04 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.41 0.94 0.11 0.71 0.15 1.17 0.16 0.15 0.13 0.14 0.26 0.19 0.11 0.06 1.06 0.35 2.22 1.91 3.77 2.76
C2 0.10 0.13 0.36 0.76 0.12 0.62 0.13 0.97 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.14 0.12 0.09 0.80 0.39 1.98 1.54 3.26 2.39
C2' 0.32 0.43 0.70 1.19 0.41 0.97 0.45 1.42 0.46 0.44 0.46 0.40 0.47 0.46 0.40 0.25 1.25 0.65 2.44 2.02 3.88 2.93
C3' 0.42 0.52 0.77 1.28 0.46 1.10 0.42 1.57 0.41 0.42 0.47 0.51 0.33 0.40 0.44 0.33 1.36 0.78 2.60 2.27 4.11 3.15
C4 0.09 0.17 0.41 0.94 0.11 0.74 0.11 1.21 0.12 0.10 0.14 0.15 0.18 0.12 0.10 0.07 1.01 0.40 2.24 1.88 3.70 2.75
C4' 0.17 0.15 0.31 0.83 0.16 0.61 0.29 1.07 0.30 0.32 0.15 0.12 0.48 0.39 0.20 0.11 0.96 0.25 2.11 1.86 3.72 2.69
C5 0.10 0.19 0.42 1.02 0.12 0.82 0.12 1.36 0.13 0.11 0.16 0.17 0.18 0.13 0.11 0.12 1.08 0.45 2.38 2.04 3.84 2.92
C5' 0.16 0.16 0.32 0.86 0.15 0.63 0.32 1.11 0.33 0.38 0.14 0.13 0.55 0.46 0.21 0.12 1.01 0.24 2.13 1.90 3.74 2.73
C6 0.10 0.18 0.39 0.98 0.13 0.81 0.14 1.34 0.15 0.13 0.17 0.16 0.17 0.14 0.12 0.14 1.01 0.47 2.35 1.95 3.70 2.84
C8 0.11 0.22 0.47 1.11 0.13 0.87 0.13 1.45 0.14 0.13 0.16 0.19 0.21 0.15 0.11 0.10 1.21 0.45 2.46 2.20 4.02 3.05
N1 0.09 0.13 0.36 0.84 0.12 0.70 0.14 1.12 0.14 0.14 0.14 0.12 0.17 0.15 0.12 0.09 0.85 0.44 2.12 1.67 3.37 2.53
N2 0.13 0.13 0.30 0.58 0.14 0.48 0.16 0.74 0.15 0.18 0.12 0.13 0.20 0.20 0.15 0.14 0.61 0.33 1.71 1.27 2.90 2.07
N3 0.10 0.16 0.40 0.84 0.12 0.66 0.12 1.04 0.12 0.11 0.13 0.14 0.16 0.12 0.11 0.08 0.90 0.38 2.07 1.66 3.45 2.52
N7 0.12 0.23 0.46 1.13 0.14 0.90 0.13 1.52 0.14 0.13 0.17 0.20 0.19 0.14 0.12 0.14 1.21 0.48 2.52 2.25 4.05 3.12
N9 0.09 0.19 0.44 1.00 0.11 0.77 0.12 1.27 0.13 0.11 0.14 0.16 0.20 0.14 0.10 0.07 1.10 0.40 2.31 1.99 3.84 2.86
O2' 0.12 0.16 0.43 0.92 0.20 0.70 0.29 1.16 0.31 0.29 0.24 0.14 0.40 0.35 0.20 0.10 0.97 0.40 2.18 1.78 3.62 2.67
O3' 0.21 0.24 0.48 0.96 0.22 0.85 0.21 1.31 0.18 0.23 0.20 0.24 0.16 0.22 0.23 0.09 1.02 0.57 2.34 2.05 3.85 2.91
O4' 0.37 0.19 0.14 0.67 0.38 0.43 0.55 0.89 0.57 0.58 0.36 0.20 0.78 0.66 0.43 0.27 0.83 0.14 1.94 1.71 3.58 2.53
O5' 0.26 0.48 0.69 1.27 0.29 1.05 0.15 1.57 0.14 0.14 0.32 0.46 0.13 0.11 0.24 0.23 1.40 0.64 2.56 2.31 4.13 3.16
O6 0.13 0.21 0.38 1.03 0.17 0.88 0.18 1.49 0.18 0.17 0.20 0.18 0.20 0.18 0.15 0.23 1.04 0.52 2.48 2.09 3.81 2.99
OP1 1.46 1.47 1.83 2.49 1.39 2.36 1.19 2.96 1.08 1.24 1.24 1.54 0.83 1.11 1.39 1.34 2.60 1.93 3.91 3.77 5.44 4.57
OP2 0.52 0.73 1.02 1.70 0.53 1.44 0.36 2.05 0.33 0.34 0.53 0.73 0.16 0.26 0.48 0.49 1.86 0.94 3.00 2.85 4.58 3.64
P 0.66 0.83 1.10 1.73 0.66 1.52 0.47 2.10 0.43 0.46 0.63 0.84 0.22 0.37 0.62 0.61 1.87 1.08 3.06 2.88 4.62 3.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.34 0.35 0.37 0.18
C2 0.04 0.00 0.30 0.78 0.01 0.65 0.01 1.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.75 0.40 1.92 1.35 2.74 2.12
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.17 0.01 0.13 0.01 0.20 0.09 0.27 0.28 0.19 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.28 0.26 0.36 0.19
C3' 0.02 0.78 0.01 0.00 0.32 0.01 0.11 0.02 0.29 0.46 0.58 0.75 0.19 0.31 0.08 0.02 0.01 0.02 0.29 0.33 0.34 0.22
C4 0.02 0.01 0.17 0.32 0.00 0.27 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.30 0.21 1.09 0.50 1.50 1.09
C4' 0.01 0.65 0.01 0.01 0.27 0.00 0.07 0.01 0.21 0.41 0.46 0.64 0.12 0.30 0.06 0.10 0.02 0.00 0.02 0.33 0.34 0.09
C5 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.06 0.82 0.31 1.35 0.84
C5' 0.02 1.02 0.01 0.02 0.37 0.01 0.12 0.00 0.31 0.68 0.72 0.96 0.17 0.53 0.12 0.07 0.05 0.01 0.02 0.32 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.29 0.00 0.21 0.01 0.31 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.31 0.14 1.15 0.57 1.90 1.27
C8 0.01 0.01 0.09 0.46 0.01 0.41 0.02 0.68 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.20 0.38 0.25 0.28 0.70 0.37 0.19
N1 0.03 0.01 0.27 0.58 0.01 0.46 0.01 0.72 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.58 0.29 1.64 1.08 2.53 1.85
N3 0.04 0.01 0.28 0.75 0.00 0.64 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.68 0.43 1.76 1.12 2.26 1.82
N6 0.01 0.01 0.19 0.19 0.01 0.12 0.02 0.17 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.15 0.22 0.08 0.99 0.42 1.78 1.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.31 0.00 0.30 0.01 0.53 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.20 0.25 0.17 0.32 0.52 0.66 0.19
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.48 0.31 0.70 0.39
O2' 0.04 0.21 0.01 0.02 0.08 0.10 0.10 0.07 0.10 0.20 0.13 0.22 0.15 0.20 0.05 0.00 0.03 0.12 0.09 0.41 0.40 0.20
O3' 0.01 0.75 0.02 0.01 0.30 0.02 0.13 0.05 0.31 0.38 0.58 0.68 0.22 0.25 0.05 0.03 0.00 0.01 0.35 0.31 0.39 0.16
O4' 0.01 0.40 0.00 0.02 0.21 0.00 0.06 0.01 0.14 0.25 0.29 0.43 0.08 0.17 0.01 0.12 0.01 0.00 0.36 0.40 0.33 0.14
O5' 0.34 1.92 0.28 0.29 1.09 0.02 0.82 0.02 1.15 0.28 1.64 1.76 0.99 0.32 0.48 0.09 0.35 0.36 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.35 1.35 0.26 0.33 0.50 0.33 0.31 0.32 0.57 0.70 1.08 1.12 0.42 0.52 0.31 0.41 0.31 0.40 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.37 2.74 0.36 0.34 1.50 0.34 1.35 0.29 1.90 0.37 2.53 2.26 1.78 0.66 0.70 0.40 0.39 0.33 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.18 2.12 0.19 0.22 1.09 0.09 0.84 0.01 1.27 0.19 1.85 1.82 1.11 0.19 0.39 0.20 0.16 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00