ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50645

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.010, 0.041, 0.072, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.041 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.014, 0.113, 0.212, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.113 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.007, 0.106, 0.206, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.099
OP2 A 0, 0.025, 0.137, 0.249, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.137 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.015, 0.151, 0.287, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.151 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.009, 0.148, 0.287, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.016, 0.172, 0.328, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.172 std_dev=0.156
P A 0, 0.031, 0.232, 0.432, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.232 std_dev=0.200
O2' A 0, 0.014, 0.247, 0.479, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.247 std_dev=0.233
C5' A 0, 0.028, 0.264, 0.499, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.264 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.028, 0.298, 0.567, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.298 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.034, 0.306, 0.578, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.306 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.033, 0.308, 0.583, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.308 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.035, 0.341, 0.647, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.341 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.032, 0.348, 0.665, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.348 std_dev=0.317
N6 B 0, 0.031, 0.356, 0.681, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.356 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.033, 0.380, 0.726, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.380 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.032, 0.388, 0.743, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.388 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.031, 0.394, 0.758, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.394 std_dev=0.363
N9 B 0, 0.033, 0.427, 0.821, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.427 std_dev=0.394
N7 B 0, 0.031, 0.440, 0.848, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.440 std_dev=0.409
C1' B 0, 0.037, 0.446, 0.855, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.446 std_dev=0.409
C8 B 0, 0.033, 0.461, 0.889, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.461 std_dev=0.428
C2' B 0, 0.041, 0.508, 0.976, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.508 std_dev=0.468
O4' B 0, 0.042, 0.511, 0.979, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.511 std_dev=0.468
O2' B 0, 0.041, 0.512, 0.982, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.512 std_dev=0.470
C4' B 0, 0.048, 0.595, 1.143, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.595 std_dev=0.547
C3' B 0, 0.048, 0.615, 1.182, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.615 std_dev=0.567
C5' B 0, 0.051, 0.683, 1.315, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.683 std_dev=0.632
OP2 B 0, 0.049, 0.692, 1.336, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.692 std_dev=0.644
O3' B 0, 0.055, 0.700, 1.345, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.700 std_dev=0.645
O5' B 0, 0.049, 0.704, 1.359, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.704 std_dev=0.655
P B 0, 0.048, 0.707, 1.367, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.707 std_dev=0.660
OP1 B 0, 0.047, 0.746, 1.445, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.746 std_dev=0.699

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.07
C2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.04 0.09 0.00 0.11 0.07 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.22 0.13
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.20 0.13
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.06 0.05
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05
C5' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.08 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.05 0.06 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.08 0.00 0.08 0.06 0.07
N2 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.04 0.10 0.00 0.13 0.07 0.09
N3 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.04 0.07 0.00 0.11 0.07 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.05
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.12 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.28 0.15
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.25 0.21 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02
O5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.06
OP1 0.12 0.11 0.15 0.22 0.08 0.16 0.05 0.08 0.05 0.02 0.08 0.13 0.11 0.02 0.07 0.18 0.25 0.10 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.07 0.22 0.20 0.07 0.06 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.28 0.21 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.13 0.13 0.06 0.05 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.09 0.08 0.03 0.05 0.15 0.14 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.10 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00
C2 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.05
C2' 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.10 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C3' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.09 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01
C4 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.04 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03
C4' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.09 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04
C5' 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.12 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05
C6 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.09 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05
C8 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.09 0.05 0.01 0.09 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
N1 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.06
N2 0.05 0.07 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.03 0.09 0.02 0.07
N3 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04
N7 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.06 0.01 0.10 0.05 0.02 0.09 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03
N9 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
O2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.10 0.07 0.07 0.01 0.14 0.09 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01
O3' 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.09 0.09 0.10 0.09 0.06 0.02 0.14 0.11 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.08 0.04
O4' 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01
O5' 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.12 0.07 0.05 0.04 0.08 0.02 0.07
O6 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.05 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.06
OP1 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
OP2 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.11 0.08 0.08 0.05 0.03 0.11 0.09 0.06 0.06 0.02 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07
P 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.05 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.05 0.10 0.08 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.12 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00