ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50646

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 13, 15, 15, 10, 4, 3, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.021, 0.037, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.020, 0.035, 0.050, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.023, 0.040, 0.058, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.040 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.053, 0.091, 0.128, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.038, 0.083, 0.128, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.083 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.075, 0.129, 0.184, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.129 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.077, 0.153, 0.229, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.153 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.053, 0.138, 0.223, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.138 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.154, 0.272, 0.390, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.272 std_dev=0.118
C5' A 0, 0.072, 0.216, 0.360, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.216 std_dev=0.144
O6 B 0, 0.107, 0.256, 0.404, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.256 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.103, 0.267, 0.430, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.267 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.122, 0.300, 0.478, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.300 std_dev=0.178
O5' A 0, 0.057, 0.237, 0.417, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.237 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.110, 0.294, 0.478, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.294 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.110, 0.306, 0.503, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.306 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.155, 0.357, 0.560, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.357 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.136, 0.342, 0.548, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.342 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.160, 0.377, 0.594, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.377 std_dev=0.217
N2 B 0, 0.192, 0.414, 0.637, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.414 std_dev=0.223
C8 B 0, 0.121, 0.349, 0.577, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.349 std_dev=0.228
N9 B 0, 0.139, 0.370, 0.600, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.370 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.159, 0.426, 0.692, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.426 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.174, 0.447, 0.721, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.447 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.151, 0.452, 0.753, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.452 std_dev=0.301
P A 0, 0.031, 0.334, 0.636, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.334 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.160, 0.474, 0.789, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.474 std_dev=0.314
C5' B 0, 0.213, 0.551, 0.889, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.551 std_dev=0.338
C4' B 0, 0.155, 0.493, 0.831, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.493 std_dev=0.338
O5' B 0, 0.165, 0.513, 0.862, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.513 std_dev=0.348
C3' B 0, 0.126, 0.488, 0.849, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.488 std_dev=0.362
OP1 A 0, 0.014, 0.384, 0.754, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.384 std_dev=0.370
OP2 A 0, 0.013, 0.387, 0.760, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.387 std_dev=0.373
P B 0, 0.118, 0.510, 0.902, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.510 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.100, 0.504, 0.909, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.504 std_dev=0.405
OP2 B 0, 0.088, 0.521, 0.954, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.521 std_dev=0.433
OP1 B 0, 0.128, 0.573, 1.019, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.573 std_dev=0.445

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.12 0.01 0.17 0.22 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.10 0.09 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.12 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.01 0.14 0.18 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.13 0.01 0.17 0.22 0.16
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.14 0.00 0.20 0.26 0.18
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.14 0.16 0.13
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.13 0.01 0.19 0.25 0.17
N2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.11 0.03 0.11 0.02 0.17 0.23 0.14
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.10 0.01 0.14 0.19 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.14 0.02 0.18 0.21 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.14 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.09 0.08 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.08 0.11 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.16 0.13 0.09
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.07
O5' 0.05 0.12 0.05 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.11 0.10 0.14 0.09 0.04 0.05 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.15 0.00 0.22 0.27 0.20
OP1 0.06 0.17 0.10 0.12 0.14 0.05 0.17 0.04 0.20 0.14 0.19 0.17 0.14 0.18 0.11 0.09 0.16 0.04 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.22 0.09 0.10 0.18 0.03 0.22 0.01 0.26 0.16 0.25 0.23 0.19 0.21 0.14 0.08 0.13 0.09 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.15 0.05 0.07 0.12 0.02 0.16 0.01 0.18 0.13 0.17 0.14 0.12 0.17 0.09 0.05 0.09 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.16 0.07 0.11 0.12 0.10
C2 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.16 0.08 0.11 0.14 0.10
C2' 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09 0.17 0.09 0.12 0.14 0.11
C3' 0.11 0.10 0.13 0.12 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.14 0.09 0.12 0.09 0.14 0.11 0.13 0.12 0.11 0.19 0.10 0.16 0.19 0.15
C4 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.16 0.08 0.11 0.13 0.10
C4' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.08 0.11 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.17 0.08 0.13 0.16 0.13
C5 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.14 0.13 0.11 0.18 0.10 0.13 0.13 0.11
C5' 0.12 0.08 0.14 0.14 0.10 0.13 0.12 0.16 0.10 0.16 0.08 0.11 0.08 0.16 0.12 0.15 0.14 0.12 0.21 0.11 0.20 0.23 0.19
C6 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.14 0.12 0.18 0.12 0.13 0.13 0.11
C8 0.11 0.09 0.13 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.14 0.13 0.11 0.18 0.09 0.14 0.15 0.13
N1 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.16 0.09 0.11 0.13 0.10
N2 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.10 0.17 0.11 0.14 0.16 0.12
N3 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.16 0.08 0.11 0.13 0.10
N7 0.13 0.11 0.14 0.14 0.11 0.13 0.11 0.16 0.10 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.13 0.16 0.15 0.13 0.19 0.11 0.15 0.15 0.14
N9 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.17 0.08 0.11 0.13 0.10
O2' 0.12 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.16 0.11 0.12 0.13 0.18 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.17 0.11 0.12 0.14 0.11
O3' 0.12 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.15 0.11 0.15 0.11 0.14 0.11 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.20 0.12 0.18 0.21 0.17
O4' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.17 0.07 0.11 0.13 0.10
O5' 0.20 0.12 0.22 0.21 0.17 0.20 0.19 0.23 0.16 0.23 0.13 0.11 0.14 0.23 0.20 0.22 0.21 0.20 0.27 0.17 0.28 0.31 0.27
O6 0.17 0.15 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.18 0.15 0.17 0.15 0.15 0.16 0.17 0.17 0.19 0.18 0.17 0.21 0.16 0.16 0.14 0.14
OP1 0.28 0.18 0.31 0.30 0.24 0.30 0.26 0.34 0.23 0.32 0.19 0.15 0.21 0.31 0.28 0.30 0.29 0.29 0.38 0.24 0.42 0.45 0.41
OP2 0.37 0.26 0.39 0.39 0.33 0.39 0.34 0.41 0.30 0.40 0.26 0.22 0.29 0.39 0.36 0.38 0.38 0.37 0.45 0.30 0.48 0.50 0.47
P 0.26 0.16 0.29 0.28 0.23 0.28 0.24 0.31 0.21 0.30 0.17 0.13 0.19 0.29 0.26 0.28 0.27 0.27 0.35 0.22 0.38 0.41 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.02 0.14 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.05 0.15 0.01 0.13 0.12 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.15 0.13 0.10
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.15 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.14 0.01 0.12 0.12 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.15 0.02 0.11 0.12 0.09
C5' 0.03 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.16 0.00 0.10 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.14 0.03 0.10 0.13 0.09
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.15 0.01 0.12 0.12 0.09
N2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.06 0.14 0.02 0.14 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.14 0.01 0.13 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.15 0.03 0.10 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.13 0.02 0.12 0.13 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.05 0.17 0.16 0.12
O3' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.15 0.12 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.03 0.13 0.11 0.06
O5' 0.10 0.15 0.09 0.05 0.14 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.13 0.09 0.06 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.16 0.00 0.10 0.12 0.10
OP1 0.14 0.13 0.15 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.14 0.13 0.10 0.12 0.17 0.15 0.13 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.16 0.12 0.11 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.10 0.07 0.09 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.07 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00