ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50647

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.278, 1.364, 2.450, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.364 std_dev=1.086
O6 A 0, -0.596, 0.761, 2.118, 3.641 max_d=3.641 avg_d=0.761 std_dev=1.357
O6 B 0, 0.192, 1.639, 3.086, 4.323 max_d=4.323 avg_d=1.639 std_dev=1.447
C6 B 0, 0.207, 1.671, 3.136, 4.388 max_d=4.388 avg_d=1.671 std_dev=1.464
N1 A 0, -0.669, 0.805, 2.280, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.805 std_dev=1.474
C6 A 0, -0.749, 0.867, 2.484, 4.049 max_d=4.049 avg_d=0.867 std_dev=1.616
C2 B 0, -0.054, 1.939, 3.932, 5.712 max_d=5.712 avg_d=1.939 std_dev=1.993
N2 B 0, -0.263, 2.070, 4.402, 6.537 max_d=6.537 avg_d=2.070 std_dev=2.332
C5 B 0, -0.079, 2.376, 4.831, 7.017 max_d=7.017 avg_d=2.376 std_dev=2.455
C2 A 0, -1.176, 1.369, 3.914, 6.552 max_d=6.552 avg_d=1.369 std_dev=2.545
C5 A 0, -1.284, 1.473, 4.230, 6.859 max_d=6.859 avg_d=1.473 std_dev=2.757
N3 B 0, -0.283, 2.557, 5.397, 7.954 max_d=7.954 avg_d=2.557 std_dev=2.840
C4 B 0, -0.257, 2.674, 5.604, 8.226 max_d=8.226 avg_d=2.674 std_dev=2.931
N2 A 0, -1.354, 1.615, 4.585, 7.718 max_d=7.718 avg_d=1.615 std_dev=2.970
N7 B 0, -0.315, 3.003, 6.321, 9.320 max_d=9.320 avg_d=3.003 std_dev=3.318
C4 A 0, -1.586, 1.814, 5.214, 8.364 max_d=8.364 avg_d=1.814 std_dev=3.400
N3 A 0, -1.591, 1.814, 5.218, 8.544 max_d=8.544 avg_d=1.814 std_dev=3.405
N7 A 0, -1.655, 1.947, 5.550, 9.078 max_d=9.078 avg_d=1.947 std_dev=3.602
N9 B 0, -0.545, 3.362, 7.269, 10.807 max_d=10.807 avg_d=3.362 std_dev=3.907
C8 B 0, -0.535, 3.495, 7.524, 11.182 max_d=11.182 avg_d=3.495 std_dev=4.029
N9 A 0, -2.073, 2.348, 6.768, 10.889 max_d=10.889 avg_d=2.348 std_dev=4.421
C8 A 0, -2.044, 2.399, 6.843, 11.092 max_d=11.092 avg_d=2.399 std_dev=4.443
C1' B 0, -0.861, 3.987, 8.835, 13.243 max_d=13.243 avg_d=3.987 std_dev=4.848
C2' B 0, -1.077, 4.301, 9.679, 14.632 max_d=14.632 avg_d=4.301 std_dev=5.378
C1' A 0, -2.560, 2.910, 8.380, 13.434 max_d=13.434 avg_d=2.910 std_dev=5.470
O4' B 0, -1.037, 4.482, 10.001, 15.112 max_d=15.112 avg_d=4.482 std_dev=5.519
O2' B 0, -1.097, 4.563, 10.222, 15.477 max_d=15.477 avg_d=4.563 std_dev=5.659
C2' A 0, -2.669, 3.304, 9.276, 14.780 max_d=14.780 avg_d=3.304 std_dev=5.973
O4' A 0, -2.732, 3.397, 9.526, 15.206 max_d=15.206 avg_d=3.397 std_dev=6.129
C3' B 0, -1.215, 4.916, 11.047, 16.643 max_d=16.643 avg_d=4.916 std_dev=6.131
O2' A 0, -1.955, 4.322, 10.599, 16.371 max_d=16.371 avg_d=4.322 std_dev=6.277
C4' B 0, -1.410, 5.050, 11.510, 17.433 max_d=17.433 avg_d=5.050 std_dev=6.460
C3' A 0, -2.232, 4.271, 10.774, 16.764 max_d=16.764 avg_d=4.271 std_dev=6.503
O3' B 0, -1.341, 5.239, 11.820, 17.805 max_d=17.805 avg_d=5.239 std_dev=6.581
O5' B 0, -1.418, 5.236, 11.889, 18.029 max_d=18.029 avg_d=5.236 std_dev=6.653
O5' A 0, -2.335, 4.427, 11.189, 17.444 max_d=17.444 avg_d=4.427 std_dev=6.762
O3' A 0, -1.326, 5.663, 12.653, 19.102 max_d=19.102 avg_d=5.663 std_dev=6.989
C4' A 0, -3.065, 4.002, 11.069, 17.581 max_d=17.581 avg_d=4.002 std_dev=7.067
C5' B 0, -1.637, 5.448, 12.532, 19.090 max_d=19.090 avg_d=5.448 std_dev=7.085
P B 0, -1.519, 5.680, 12.879, 19.570 max_d=19.570 avg_d=5.680 std_dev=7.199
OP2 B 0, -1.641, 5.798, 13.237, 20.130 max_d=20.130 avg_d=5.798 std_dev=7.439
OP1 B 0, -1.325, 6.114, 13.554, 20.769 max_d=20.769 avg_d=6.114 std_dev=7.439
C5' A 0, -2.877, 4.604, 12.085, 19.000 max_d=19.000 avg_d=4.604 std_dev=7.481
P A 0, -2.979, 4.533, 12.046, 19.146 max_d=19.146 avg_d=4.533 std_dev=7.512
OP1 A 0, -2.304, 5.272, 12.847, 19.890 max_d=19.890 avg_d=5.272 std_dev=7.575
OP2 A 0, -2.554, 5.047, 12.648, 19.834 max_d=19.834 avg_d=5.047 std_dev=7.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.31 0.05 0.83 0.19 0.22
C2 0.07 0.00 0.16 0.18 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.48 0.33 0.10 0.47 0.02 1.04 0.54 0.15
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.22 0.08 0.07 0.13 0.19 0.15 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.41 0.07 0.58 0.38 0.31
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.22 0.01 0.32 0.02 0.33 0.36 0.25 0.17 0.15 0.39 0.22 0.03 0.01 0.03 0.34 0.38 0.40 0.52 0.26
C4 0.03 0.02 0.08 0.22 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.35 0.16 0.05 0.48 0.03 1.05 0.49 0.16
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.15 0.09 0.12 0.08 0.15 0.08 0.33 0.02 0.01 0.02 0.15 0.39 0.22 0.10
C5 0.02 0.02 0.05 0.32 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.12 0.04 0.55 0.03 1.12 0.67 0.14
C5' 0.09 0.09 0.22 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.13 0.08 0.13 0.10 0.15 0.08 0.11 0.23 0.02 0.01 0.13 0.28 0.39 0.01
C6 0.05 0.02 0.08 0.33 0.03 0.12 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.42 0.13 0.06 0.57 0.01 1.11 0.77 0.13
C8 0.02 0.02 0.07 0.36 0.01 0.15 0.02 0.13 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.19 0.20 0.05 0.53 0.05 1.14 0.52 0.18
N1 0.06 0.01 0.13 0.25 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.47 0.20 0.08 0.53 0.02 1.09 0.68 0.13
N2 0.10 0.01 0.19 0.17 0.03 0.12 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.52 0.46 0.14 0.46 0.03 1.02 0.50 0.17
N3 0.07 0.01 0.15 0.15 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.43 0.35 0.10 0.44 0.03 1.01 0.43 0.18
N7 0.01 0.02 0.04 0.39 0.02 0.15 0.01 0.15 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.28 0.22 0.04 0.57 0.05 1.17 0.72 0.16
N9 0.01 0.03 0.01 0.22 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.20 0.09 0.01 0.45 0.05 1.01 0.38 0.19
O2' 0.02 0.48 0.01 0.03 0.35 0.33 0.35 0.11 0.42 0.19 0.47 0.52 0.43 0.28 0.20 0.00 0.04 0.24 0.44 0.42 0.43 0.43 0.25
O3' 0.30 0.33 0.04 0.01 0.16 0.02 0.12 0.23 0.13 0.20 0.20 0.46 0.35 0.22 0.09 0.04 0.00 0.22 0.39 0.18 0.75 0.59 0.47
O4' 0.01 0.10 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.14 0.10 0.04 0.01 0.24 0.22 0.00 0.12 0.07 0.80 0.15 0.29
O5' 0.31 0.47 0.41 0.34 0.48 0.02 0.55 0.01 0.57 0.53 0.53 0.46 0.44 0.57 0.45 0.44 0.39 0.12 0.00 0.61 0.01 0.01 0.01
O6 0.05 0.02 0.07 0.38 0.03 0.15 0.03 0.13 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.42 0.18 0.07 0.61 0.00 1.11 0.89 0.15
OP1 0.83 1.04 0.58 0.40 1.05 0.39 1.12 0.28 1.11 1.14 1.09 1.02 1.01 1.17 1.01 0.43 0.75 0.80 0.01 1.11 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.54 0.38 0.52 0.49 0.22 0.67 0.39 0.77 0.52 0.68 0.50 0.43 0.72 0.38 0.43 0.59 0.15 0.01 0.89 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.15 0.31 0.26 0.16 0.10 0.14 0.01 0.13 0.18 0.13 0.17 0.18 0.16 0.19 0.25 0.47 0.29 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.20 0.49 0.07 0.14 0.09 0.20 0.09 0.11 0.08 0.18 0.09 0.13 0.07 0.35 0.22 0.13 0.28 0.13 1.03 0.99 0.14
C2 0.18 0.20 0.29 0.62 0.18 0.27 0.18 0.30 0.18 0.18 0.21 0.20 0.19 0.18 0.17 0.33 0.44 0.16 0.33 0.17 1.05 0.94 0.19
C2' 0.17 0.20 0.17 0.49 0.18 0.21 0.20 0.28 0.20 0.23 0.18 0.27 0.18 0.24 0.18 0.47 0.30 0.23 0.27 0.23 1.11 0.90 0.25
C3' 0.37 0.49 0.21 0.22 0.37 0.21 0.32 0.22 0.33 0.30 0.42 0.62 0.46 0.29 0.34 0.80 0.17 0.40 0.16 0.30 1.19 0.82 0.29
C4 0.09 0.11 0.20 0.48 0.09 0.13 0.10 0.18 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10 0.12 0.09 0.36 0.23 0.16 0.22 0.12 1.09 0.85 0.15
C4' 0.16 0.26 0.07 0.33 0.16 0.08 0.12 0.12 0.13 0.12 0.20 0.37 0.23 0.12 0.14 0.52 0.09 0.23 0.19 0.13 1.07 0.95 0.17
C5 0.15 0.15 0.17 0.39 0.15 0.13 0.16 0.17 0.16 0.18 0.14 0.18 0.15 0.18 0.16 0.38 0.14 0.26 0.15 0.19 1.15 0.70 0.22
C5' 0.19 0.27 0.10 0.32 0.18 0.12 0.13 0.16 0.13 0.12 0.20 0.39 0.26 0.11 0.16 0.51 0.14 0.28 0.18 0.13 1.07 0.89 0.16
C6 0.14 0.13 0.18 0.41 0.15 0.13 0.17 0.17 0.17 0.19 0.13 0.16 0.13 0.20 0.16 0.37 0.17 0.25 0.15 0.23 1.17 0.63 0.25
C8 0.20 0.22 0.14 0.32 0.20 0.16 0.18 0.18 0.18 0.20 0.18 0.27 0.22 0.19 0.20 0.43 0.13 0.32 0.15 0.18 1.16 0.72 0.22
N1 0.12 0.17 0.25 0.54 0.12 0.19 0.11 0.21 0.11 0.13 0.17 0.20 0.15 0.13 0.11 0.33 0.34 0.15 0.22 0.13 1.11 0.77 0.18
N2 0.30 0.29 0.36 0.74 0.31 0.41 0.31 0.43 0.31 0.30 0.31 0.26 0.30 0.31 0.30 0.35 0.60 0.28 0.46 0.31 1.01 1.06 0.29
N3 0.15 0.15 0.26 0.59 0.14 0.24 0.15 0.28 0.15 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.14 0.33 0.38 0.14 0.33 0.15 1.03 0.97 0.18
N7 0.24 0.24 0.14 0.29 0.24 0.20 0.24 0.22 0.23 0.25 0.22 0.27 0.25 0.25 0.25 0.44 0.16 0.37 0.17 0.24 1.20 0.62 0.29
N9 0.11 0.14 0.17 0.43 0.11 0.11 0.11 0.17 0.11 0.12 0.11 0.20 0.13 0.13 0.11 0.38 0.16 0.20 0.20 0.13 1.09 0.86 0.15
O2' 0.51 0.41 0.70 1.11 0.50 0.73 0.54 0.81 0.52 0.57 0.45 0.34 0.44 0.59 0.52 0.17 0.93 0.47 0.84 0.56 0.66 1.49 0.55
O3' 0.14 0.24 0.17 0.53 0.14 0.30 0.20 0.42 0.18 0.26 0.17 0.41 0.19 0.30 0.16 0.54 0.28 0.16 0.49 0.26 0.80 1.32 0.36
O4' 0.06 0.13 0.19 0.43 0.05 0.09 0.04 0.14 0.04 0.06 0.08 0.23 0.11 0.08 0.05 0.36 0.12 0.15 0.26 0.10 1.02 1.01 0.15
O5' 0.65 0.72 0.49 0.39 0.65 0.57 0.60 0.50 0.59 0.58 0.65 0.81 0.71 0.56 0.63 0.96 0.60 0.73 0.45 0.55 1.45 0.71 0.64
O6 0.22 0.18 0.16 0.34 0.24 0.20 0.29 0.23 0.30 0.30 0.21 0.17 0.19 0.32 0.26 0.38 0.15 0.35 0.20 0.35 1.21 0.49 0.36
OP1 0.93 0.90 1.13 1.26 0.92 1.00 0.95 1.03 0.96 0.94 0.93 0.85 0.90 0.96 0.93 0.59 0.90 0.84 1.08 0.98 0.48 1.71 0.87
OP2 1.19 1.22 0.97 0.88 1.15 1.13 1.05 1.07 1.01 1.06 1.11 1.33 1.23 0.99 1.14 1.53 1.28 1.27 0.96 0.91 1.95 0.22 1.07
P 0.32 0.35 0.13 0.22 0.28 0.29 0.21 0.27 0.18 0.22 0.25 0.46 0.36 0.17 0.28 0.57 0.32 0.44 0.19 0.14 1.13 0.70 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.05 0.03 0.01 0.02 0.32 0.01 0.10 0.04 0.62 0.13 0.16
C2 0.06 0.00 0.30 0.36 0.02 0.12 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.21 0.09 0.09 0.12 0.03 0.87 0.53 0.16
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.16 0.01 0.10 0.20 0.15 0.12 0.24 0.37 0.29 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.50 0.13 0.71 0.47 0.55
C3' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.35 0.01 0.44 0.02 0.47 0.37 0.44 0.34 0.30 0.44 0.28 0.03 0.01 0.02 0.19 0.51 0.18 0.29 0.19
C4 0.02 0.02 0.16 0.35 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.26 0.04 0.05 0.13 0.02 0.86 0.50 0.15
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.17 0.18 0.15 0.12 0.10 0.20 0.11 0.34 0.03 0.01 0.02 0.20 0.14 0.17 0.06
C5 0.03 0.02 0.10 0.44 0.01 0.17 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.34 0.19 0.04 0.20 0.02 0.95 0.68 0.15
C5' 0.06 0.12 0.20 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.18 0.17 0.16 0.12 0.10 0.20 0.09 0.12 0.20 0.01 0.01 0.22 0.13 0.32 0.02
C6 0.04 0.02 0.15 0.47 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.34 0.22 0.06 0.22 0.01 0.97 0.74 0.15
C8 0.03 0.03 0.12 0.37 0.02 0.18 0.02 0.17 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.30 0.20 0.06 0.23 0.04 0.91 0.58 0.14
N1 0.05 0.01 0.24 0.44 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.29 0.13 0.07 0.17 0.02 0.94 0.66 0.15
N2 0.09 0.01 0.37 0.34 0.03 0.12 0.03 0.12 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.16 0.17 0.10 0.11 0.05 0.84 0.49 0.17
N3 0.05 0.01 0.29 0.30 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.17 0.14 0.08 0.10 0.02 0.80 0.44 0.15
N7 0.03 0.03 0.08 0.44 0.01 0.20 0.01 0.20 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.36 0.29 0.05 0.27 0.04 0.98 0.75 0.15
N9 0.01 0.03 0.03 0.28 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.22 0.03 0.01 0.11 0.03 0.80 0.40 0.15
O2' 0.02 0.21 0.01 0.03 0.26 0.34 0.34 0.12 0.34 0.30 0.29 0.16 0.17 0.36 0.22 0.00 0.04 0.25 0.31 0.38 0.46 0.36 0.35
O3' 0.32 0.09 0.03 0.01 0.04 0.03 0.19 0.20 0.22 0.20 0.13 0.17 0.14 0.29 0.03 0.04 0.00 0.23 0.17 0.31 0.26 0.22 0.16
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.01 0.25 0.23 0.00 0.16 0.06 0.42 0.22 0.17
O5' 0.10 0.12 0.50 0.19 0.13 0.02 0.20 0.01 0.22 0.23 0.17 0.11 0.10 0.27 0.11 0.31 0.17 0.16 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.13 0.51 0.02 0.20 0.02 0.22 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.38 0.31 0.06 0.26 0.00 1.00 0.84 0.16
OP1 0.62 0.87 0.71 0.18 0.86 0.14 0.95 0.13 0.97 0.91 0.94 0.84 0.80 0.98 0.80 0.46 0.26 0.42 0.02 1.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.53 0.47 0.29 0.50 0.17 0.68 0.32 0.74 0.58 0.66 0.49 0.44 0.75 0.40 0.36 0.22 0.22 0.02 0.84 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.16 0.55 0.19 0.15 0.06 0.15 0.02 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.15 0.15 0.35 0.16 0.17 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00