ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50651

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.003, 0.029, 0.056, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.010, 0.041, 0.072, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.041 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.016, 0.080, 0.143, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.080 std_dev=0.063
O6 A 0, 0.002, 0.066, 0.130, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.066 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.053, 0.145, 0.237, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.145 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.059, 0.185, 0.311, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.185 std_dev=0.126
C3' A 0, 0.014, 0.163, 0.312, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.163 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.038, 0.232, 0.427, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.232 std_dev=0.194
O3' A 0, 0.068, 0.291, 0.514, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.291 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.150, 0.382, 0.613, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.382 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.168, 0.415, 0.661, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.415 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.183, 0.442, 0.701, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.442 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.162, 0.421, 0.680, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.421 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.181, 0.443, 0.706, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.443 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.174, 0.441, 0.708, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.441 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.169, 0.436, 0.704, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.436 std_dev=0.268
N2 B 0, 0.195, 0.466, 0.737, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.466 std_dev=0.271
O5' A 0, 0.195, 0.480, 0.765, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.480 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.163, 0.451, 0.739, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.451 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.167, 0.469, 0.771, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.469 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.154, 0.458, 0.763, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.458 std_dev=0.304
C6 B 0, 0.151, 0.469, 0.786, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.469 std_dev=0.317
N7 B 0, 0.168, 0.495, 0.821, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.495 std_dev=0.326
C2' B 0, 0.197, 0.528, 0.859, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.528 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.132, 0.469, 0.806, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.469 std_dev=0.337
O2' B 0, 0.213, 0.552, 0.891, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.552 std_dev=0.339
O6 B 0, 0.154, 0.510, 0.865, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.510 std_dev=0.356
C3' B 0, 0.156, 0.548, 0.940, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.548 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.159, 0.622, 1.085, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.622 std_dev=0.463
P A 0, 0.239, 0.711, 1.183, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.711 std_dev=0.472
C5' B 0, 0.031, 0.535, 1.040, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.535 std_dev=0.505
O5' B 0, 0.146, 0.661, 1.177, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.661 std_dev=0.516
OP2 A 0, 0.334, 0.975, 1.616, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.975 std_dev=0.641
OP1 A 0, 0.295, 0.993, 1.691, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.993 std_dev=0.698
P B 0, -0.036, 0.696, 1.427, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.696 std_dev=0.731
OP2 B 0, -0.159, 0.676, 1.512, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.676 std_dev=0.836
OP1 B 0, -0.077, 0.805, 1.687, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.805 std_dev=0.882

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.27 0.11
C2 0.05 0.00 0.14 0.15 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.03 0.10 0.02 0.14 0.41 0.21
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.12 0.16 0.13 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.05 0.28 0.12
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06 0.14 0.18 0.14 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.11 0.08 0.08 0.20 0.10
C4 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.02 0.13 0.40 0.21
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.11 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.09 0.03 0.20 0.44 0.24
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.15 0.03 0.09 0.01 0.23 0.46 0.25
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.16 0.39 0.22
N1 0.04 0.01 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.09 0.02 0.20 0.44 0.24
N2 0.07 0.00 0.16 0.18 0.01 0.11 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.18 0.23 0.05 0.10 0.03 0.13 0.41 0.21
N3 0.06 0.00 0.13 0.14 0.00 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.17 0.04 0.10 0.01 0.11 0.39 0.20
N7 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.09 0.06 0.23 0.44 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.10 0.35 0.18
O2' 0.04 0.14 0.01 0.03 0.06 0.13 0.05 0.12 0.08 0.03 0.12 0.18 0.12 0.02 0.01 0.00 0.03 0.11 0.04 0.06 0.16 0.17 0.04
O3' 0.02 0.20 0.02 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.15 0.08 0.19 0.23 0.17 0.11 0.07 0.03 0.00 0.01 0.12 0.14 0.14 0.15 0.09
O4' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.07 0.10 0.17 0.08
O5' 0.03 0.10 0.08 0.11 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.04 0.12 0.06 0.00 0.10 0.01 0.03 0.00
O6 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.06 0.14 0.07 0.10 0.00 0.30 0.48 0.28
OP1 0.04 0.14 0.05 0.08 0.13 0.11 0.20 0.15 0.23 0.16 0.20 0.13 0.11 0.23 0.10 0.16 0.14 0.10 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.41 0.28 0.20 0.40 0.13 0.44 0.05 0.46 0.39 0.44 0.41 0.39 0.44 0.35 0.17 0.15 0.17 0.03 0.48 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.21 0.12 0.10 0.21 0.03 0.24 0.01 0.25 0.22 0.24 0.21 0.20 0.26 0.18 0.04 0.09 0.08 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.03 0.11 0.15 0.09 0.17 0.11 0.25 0.08 0.15 0.03 0.04 0.06 0.15 0.12 0.09 0.13 0.14 0.29 0.09 0.43 0.48 0.39
C2 0.14 0.07 0.14 0.20 0.13 0.21 0.15 0.29 0.11 0.18 0.07 0.06 0.10 0.19 0.15 0.10 0.18 0.17 0.35 0.12 0.49 0.56 0.46
C2' 0.10 0.06 0.13 0.13 0.09 0.14 0.12 0.20 0.12 0.14 0.09 0.08 0.06 0.15 0.11 0.13 0.10 0.11 0.24 0.16 0.35 0.41 0.32
C3' 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.09 0.14 0.11 0.13 0.11 0.12 0.18 0.16 0.25 0.31 0.24
C4 0.13 0.08 0.11 0.16 0.12 0.19 0.12 0.26 0.09 0.17 0.07 0.08 0.10 0.17 0.13 0.09 0.14 0.16 0.30 0.08 0.43 0.48 0.40
C4' 0.10 0.04 0.10 0.12 0.08 0.15 0.10 0.21 0.07 0.14 0.04 0.07 0.05 0.14 0.10 0.09 0.12 0.13 0.24 0.10 0.37 0.41 0.33
C5 0.12 0.09 0.08 0.13 0.10 0.17 0.10 0.24 0.07 0.16 0.08 0.10 0.10 0.15 0.12 0.08 0.13 0.16 0.26 0.06 0.40 0.43 0.37
C5' 0.16 0.06 0.14 0.17 0.12 0.20 0.14 0.26 0.11 0.19 0.06 0.06 0.09 0.19 0.16 0.13 0.16 0.19 0.28 0.12 0.40 0.42 0.36
C6 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.17 0.08 0.24 0.06 0.15 0.08 0.10 0.08 0.14 0.11 0.07 0.12 0.16 0.27 0.07 0.41 0.45 0.38
C8 0.14 0.10 0.09 0.13 0.12 0.17 0.12 0.23 0.08 0.16 0.08 0.10 0.11 0.15 0.14 0.09 0.13 0.17 0.24 0.07 0.37 0.39 0.34
N1 0.13 0.06 0.11 0.16 0.10 0.20 0.11 0.28 0.07 0.17 0.06 0.08 0.08 0.17 0.13 0.08 0.15 0.17 0.33 0.07 0.46 0.52 0.44
N2 0.15 0.08 0.17 0.23 0.15 0.23 0.17 0.31 0.14 0.19 0.08 0.04 0.11 0.20 0.16 0.13 0.22 0.18 0.39 0.17 0.52 0.60 0.49
N3 0.14 0.08 0.14 0.19 0.13 0.21 0.15 0.28 0.12 0.18 0.08 0.07 0.11 0.19 0.15 0.11 0.17 0.17 0.34 0.12 0.47 0.54 0.44
N7 0.14 0.11 0.08 0.12 0.12 0.17 0.11 0.22 0.08 0.16 0.09 0.12 0.11 0.14 0.13 0.09 0.13 0.17 0.23 0.07 0.35 0.37 0.32
N9 0.13 0.08 0.10 0.14 0.11 0.18 0.12 0.24 0.09 0.16 0.06 0.08 0.10 0.16 0.13 0.08 0.13 0.16 0.27 0.08 0.41 0.45 0.38
O2' 0.18 0.14 0.21 0.21 0.18 0.22 0.21 0.28 0.21 0.20 0.17 0.13 0.15 0.22 0.18 0.20 0.18 0.17 0.32 0.24 0.43 0.50 0.41
O3' 0.17 0.17 0.18 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.19 0.17 0.19 0.20 0.16 0.19 0.17 0.20 0.16 0.18 0.19 0.23 0.21 0.25 0.21
O4' 0.13 0.05 0.11 0.16 0.11 0.19 0.12 0.27 0.08 0.17 0.04 0.04 0.08 0.17 0.13 0.09 0.15 0.17 0.30 0.09 0.45 0.49 0.41
O5' 0.21 0.11 0.18 0.19 0.17 0.23 0.18 0.27 0.15 0.23 0.11 0.08 0.14 0.22 0.20 0.18 0.19 0.24 0.27 0.14 0.34 0.35 0.33
O6 0.08 0.09 0.05 0.08 0.05 0.14 0.05 0.21 0.09 0.11 0.11 0.12 0.06 0.08 0.08 0.05 0.10 0.14 0.23 0.13 0.37 0.38 0.34
OP1 0.41 0.23 0.36 0.37 0.34 0.45 0.34 0.50 0.27 0.44 0.21 0.17 0.29 0.41 0.39 0.37 0.34 0.45 0.49 0.26 0.57 0.55 0.55
OP2 0.56 0.45 0.52 0.51 0.53 0.57 0.53 0.60 0.49 0.58 0.45 0.41 0.49 0.57 0.55 0.53 0.46 0.58 0.59 0.47 0.64 0.62 0.63
P 0.37 0.24 0.34 0.34 0.33 0.41 0.34 0.46 0.29 0.40 0.24 0.19 0.29 0.39 0.36 0.34 0.30 0.41 0.45 0.28 0.53 0.52 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
C2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.19 0.01 0.25 0.32 0.23
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.12 0.10 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.09 0.16 0.11 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.07 0.02 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.14 0.00 0.18 0.24 0.18
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.13 0.01 0.18 0.25 0.19
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.05 0.12 0.13 0.11 0.06 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.03 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.16 0.00 0.23 0.31 0.22
C8 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.03 0.04 0.03 0.07 0.10 0.09
N1 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.04 0.19 0.02 0.26 0.34 0.25
N2 0.04 0.01 0.12 0.16 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.19 0.04 0.20 0.02 0.27 0.34 0.25
N3 0.04 0.01 0.10 0.11 0.00 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.12 0.04 0.17 0.00 0.21 0.28 0.21
N7 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.03 0.08 0.04 0.13 0.18 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.11 0.14 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.10 0.09 0.05 0.02 0.00 0.07 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.08 0.14 0.09 0.19 0.12 0.14 0.04 0.07 0.00 0.01 0.07 0.12 0.08 0.09 0.07
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.05 0.04
O5' 0.03 0.19 0.06 0.07 0.14 0.01 0.13 0.01 0.16 0.04 0.19 0.20 0.17 0.08 0.08 0.05 0.07 0.06 0.00 0.14 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.23 0.31 0.21
OP1 0.04 0.25 0.07 0.07 0.18 0.02 0.18 0.03 0.23 0.07 0.26 0.27 0.21 0.13 0.11 0.07 0.08 0.05 0.02 0.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.32 0.05 0.02 0.24 0.03 0.25 0.05 0.31 0.10 0.34 0.34 0.28 0.18 0.14 0.04 0.09 0.05 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.23 0.05 0.05 0.18 0.01 0.19 0.01 0.22 0.09 0.25 0.25 0.21 0.14 0.11 0.05 0.07 0.04 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00